aokad
commented
1 year ago githubのリポジトリにおいてあるDockerfileはあくまでも一般的なものであり、業務で使用するDockerfileおよびイメージは各プロジェクトの方針のもと管理すべきと考えます。 そのため、以下ご提案につきましては対応を見送りたいと思います。 ・BLATのビルド時の除外 ・ローカルのソースコードの利用
以下については対応したいと思います。 ・chimera_utilsのインストールタイミングの変更
よろしくお願いいたします。
athos
このプルリクエストはfusionfusionのDockerfileを以下の3点について変更します。
BLATのビルド時の除外
11 の修正により、fusionfusionの実行についてBLATが必須ではなくなりました。
以下のように、Dockerイメージのビルド時にビルド変数
NO_BLATを指定することにより、ビルド後のDockerイメージからBLATを除外できるようにしています：ローカルのソースコードの利用
現状のDockerfileの記述では、ビルド時にGitHub上のリポジトリ https://github.com/Genomon-Project/fusionfusion.git からコードをクローンします。この構成では、たとえばローカル環境で修正したコードを含むDockerイメージのビルド等がしづらくなっています。
このプルリクエストでは、ローカルのコードを
COPYすることでコードを取り回しやすくしています。chimera_utilsのインストールタイミングの変更現状のDockerfileの記述では、
chimera_utilsのインストール(pip3 install chimera_utils==0.6.0)後にfusionfusionのインストール(python3 setup.py build install)をしています。しかし、
chimera_utilsは依存ライブラリとしてfusionfusionを利用しているため、chimera_utilsをインストールした時点で、PYPI (pip)に登録されている最新バージョンのfusionfusion(2022/7/14現在で0.5.0)が自動的にインストールされます。これによって、chimera_utilsのインストール後のfusionfusionのインストールが阻害され、意図しない「古い」バージョンのfusionfusionがインストールされた状態になる可能性があります。このプルリクエストでは、
fusionfusionのインストール後にchimera_utilsをインストールすることで、意図したリビジョンのfusionfusionがインストールされることを保証します。