efrembernuz
commented
3 years ago Bones,
l'error esta solucionat. Si fas un update t'hauria de funcionar perfectament.
PD: Sobre el que has fet per mirar de veure l'error, igualant label='PP-5', recorda que el que li donem al shape son llistes de strings, per tant hauria de ser una llista de l'estil label=['PP-5']. De fet, l'error venia d'aquí, ja que a l'script shape no se perque no ho estavem enviant com a llist i per això et feia un loop sobre el string 'PP-5', resultant en 5 càlculs per P, P, - i 5
Efrem
Sembla que al usar l'script shape no llegeix bé l'etiqueta de l'estructura de referència.
L'input (fitxer t01.xyz) és el següent: 5 ABOXIY N 3.9023 7.5659 14.2563 C 3.9912 8.8145 16.4883 S 1.0864 9.0325 13.3242 Cl 1.4893 10.6356 16.0313 Pt 2.7159 8.9642 15.0153
La línia de comanda: shape -m PP-5 t01.xyz
Missatge d'error: Traceback (most recent call last): File "/Library/Python/3.7/site-packages/cosymlib/shape/tools.py", line 37, in get_reference_structure coordinates = ideal_structures[label][:-1] KeyError: 'P'
Si en el tool.py de dins la carpeta shape afegeixo una línia label='PP-5' just abans que trobi l'error, per forçar al programa a calcular amb aquesta label, el que surt per pantalla indica que la llista de labels amb què està treballant és de quatre elements, un per cada caràcter de la label.
Output de programa "forçat" a calcular sense aturar-se: Structure P P - 5
ABOXIY, 27.794, 27.794, 27.794, 27.794,