efrembernuz
commented
3 years ago Bones Miquel, a primera vista crec que es un problema de l'algoritme de la part del shape en fortran. L'estructura de referencia SS-4 es correcta i el codi utilitza la subrutina cshm_fix, que es va crear fa temps per només fer la permutació que toca. Pel que he vist el que feiem era ordenar les estructures abans d'enviar-ho al shape.
A part d'això, crec que haurem de parlar en la pròxima reunió com gestionem el tema de la permutació en estructures de referencia internes de la cosymlib. Quan l'usuari dona una estructura de referència no hi ha cap problema perque l'únic que ha de fer es ordenar l'estructura de referencia com vulgui. El problema rau en que no tenim manera de que l'usuari reordeni una estructura de referencia de la cosymlib i hauriem de veure si això es necessari i si es així com fer-ho.
He tornat a provar el càlcul del shape quan es fixen les permutacions (--fix_permutation) i la mesura (que huaria de donar més gran que quan no es fixa res dóna 0.
––– FITXER INPUT –––––––––––––––––– 4 XONNOE Si 12.73812 12.02248 32.82539 Si 12.02248 12.73812 34.67421 C 12.46423 12.56259 31.05319 C 12.56259 12.46423 36.44641 ––––––––––––––––––––––––––––––––––––
––– Primera execució: shape -m SS-4 test11.xyz ––––––––––––––––––––––– Structure SS-4
XONNOE, 30.144, ––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––
––– Segona execució: shape -m SS-4 --fix_permutation test11.xyz –––––– Structure SS-4
XONNOE, 0.000, –––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––––