MOM5 install and run

[HyunChaeJung]

MOM5 Install

• 슈퍼컴퓨터 5호기에 설치

  • 위치 : /home/mirae/ryu/WORK/2023/1_TOPAZ/MOM5
  • 컴파일러 : ifort(mpiifort)
  • 라이브러리 : netcdf, netcdf-fortran

• platform 및 model_type 설정

  • 위치 : /home/mirae/ryu/WORK/2023/1_TOPAZ/MOM5/bin
  • platform = ifc
  • model_type = ESM2M(ocean-seaice-land-atmosphere coupled climate model with biogeochemistry, EarthSystemModel)

• environs.ifc 설정

• mkkf.template.ifc 설정

  • FC = mpiifort (mpi 수행을 위한 컴파일러)
  • CPPFLAGS = -I/opt/kma/kma_lib/apps/netcdf/4.7.3/INTEL/210/include -I/opt/kma/kma_lib/apps/intel/21/21.3/mpi/2021.3.0/include -I/opt/kma/kma_lib/apps/netcdf-fortran/4.5.2/INTEL/210/include
  • LDFLAGS = -L/opt/kma/kma_lib/apps/netcdf/4.7.3/INTEL/210/lib -L/opt/kma/kma_lib/apps/intel/21/21.3/mpi/2021.3.0/lib -L/opt/kma/kma_lib/apps/netcdf-fortran/4.5.2/INTEL/210/lib -lnetcdf -lnetcdff
    • mpi 라이브러리 연결 확인 필요
    • -lnetcdff 필요 => 연결하지 않으면 실행파일 컴파일 시 netcdf.inc include 시 오류 발생
  • CPPDEFS = -Duse_netCDF -Duse_netCDF3 -Duse_libMPI -DUSE_OCEAN_BGC -DENABLE_ODA -DSPMD -DLAND_BND_TRACERS
    • -Duse_libMPI 옵션 연결 확인 필요 => 연결하지 않으면 컴파일 시 mpif.h 연결 오류 발생

• compile

  • 위치 : /home/mirae/ryu/WORK/2023/1_TOPAZ/MOM5/exp/MOM_compile.csh
  • ./MOM_compile.csh --platform ifc --type ESM2M

[HyunChaeJung]

MOM5 run

• 슈퍼컴퓨터 5호기에서 수행
  • cd ~/exp
  • MOM_SIS_TOPAZ 모드 수행
    • a.bsub -W 10:00 ./MOM_run.csh --platform ifc --type MOM_SIS —experiment MOM_SIS_TOPAZ
    • 30일 수행
    • ~/work/MOM_SIS_TOPAZ/INPUT/input.nml에서 "days = 30"으로 수정
  • 작업 모니터링 : watch a.bjobs
  • 수행한 작업 리스트 보기 : a.bjobs -v -u ryu
  • wall time error
    • default로 wall time은 1시간으로 세팅
    • 30일 수행 시 wall time error 발생
    • 317704 ryu normal - duru0127 1 1 - Jan 30 14:42:21 Jan 30 14:42:22 Jan 30 15:42:26 01:00:04 - - job killed after reaching LSF run time limit
    • que 작업 수행 시 "-W 10:00" 옵션 필요
    • 30일 수행 시 5시간 10분 소요 됨
    • 317734 ryu normal - duru0127 1 1 - Jan 30 15:59:01 Jan 30 15:59:02 Jan 30 21:09:50 05:10:48 10:00:00 0 -