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HELIO-HFC / TrackFil

Solar filament tracking code (TrackFil)
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Helio-hfc trackfil problem #2

Open sebastienflament opened 5 months ago

sebastienflament commented 5 months ago

Where can I find "trackfil_intersect.pro" because it is needed in the compilation file "compile_trackfil.pro" and I couldn't find it anywhere.

Coud you help me please ?

Best regards,

Sébastien Flament

sebastien.flament@oca.eu

xbonnin commented 5 months ago

Hello @sebastienflament,

The trackfil_intersect.pro source file is actually not required anymore for running TrackFil. I have updated the compilation program to avoid this error. For the moment this is done in a new branch "develop" that you can use for testing. Note that I take the opportunity to slighltly update setup method. Now the setup_trackfil.csh is stored in the root directory (see README for details). Let me know if it fixes the problem

sebastienflament commented 5 months ago

Bonjour Xavier,

Tout marche mais je ne peux pas faire le training

3) Mise à jour de la base hfc1 La base hfc1 est mise à jour de manière journalière en exécutant le script /home/helio/hfc/prod/tools/cron/hfc_insert_frc.voparis.sh à l’aide de cron. Ce script se charge de lancer l’insertion des dernières données de détection disponibles sur le serveur ftpbass2000, de mettre à jour la table DATE_STAT dans la foulée. 4) Connexion aux bases depuis un client MySQL Pour des raisons de sécurité, excepté via les interfaces utilisateur dédiées, il n’est pas possible d’interroger les bases de données depuis Internet en utilisant un client MySQL, seul une connexion depuis l’Intranet de l’Observatoire de Paris-Meudon est autorisée. L’accès en lecture seule aux bases hfc1tmp et hfc1 de la machine voparis-mysql5-paris peut se faire depuis la machine voparis-helio en utilisant les paramètres de connexion suivants : Host = voparis-mysql5-paris.obspm.fr User = guest Password = guest Exemple : pour se connecter à la base hfc1test, depuis le prompt entrer : ! mysql –-host=helio-fc1.obspm.fr –-user=guest –-pasword=guest hfc1test ☛ Pour un obtenir les paramètres de connexion en lecture et en écriture, voir avec Christian Renié ou Xavier Bonnin.

N'y a-t-il vraiment aucun moyen de se connecter ?

Merci,

Cordialement,

Sébastien Flament

------------------------------------------------------+ OBSERVATOIRE DE LA COTE D'AZUR BD DE L'OBSERVATOIRE CS 34229 06304 NICE CEDEX 4

Tel: 04-92-00-19-41 mob: 07-68-06-42-45 E-mail: @.***

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De: "Xavier Bonnin" @.> À: "HELIO-HFC/TrackFil" @.> Cc: "Sebastien Flament" @.>, "Mention" @.> Envoyé: Mardi 21 Mai 2024 12:18:31 Objet: Re: [HELIO-HFC/TrackFil] Helio-hfc trackfil problem (Issue #2)

Hello [ https://github.com/sebastienflament | @sebastienflament ] ,

The trackfil_intersect.pro source file is actually not required anymore for running TrackFil. I have updated the compilation program to avoid this error. For the moment this is done in a new branch "develop" that you can use for testing. Note that I take the opportunity to slighltly update setup method. Now the setup_trackfil.csh is stored in the root directory (see README for details). Let me know if it fixes the problem

— Reply to this email directly, [ https://github.com/HELIO-HFC/TrackFil/issues/2#issuecomment-2122284133 | view it on GitHub ] , or [ https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AJT52JLH7INXZ3JI2JMV6WDZDMNPPAVCNFSM6AAAAABH5CDPS6VHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMZDCMRSGI4DIMJTGM | unsubscribe ] . You are receiving this because you were mentioned. Message ID: <HELIO-HFC/TrackFil/issues/2/2122284133 @ github . com>

xbonnin commented 5 months ago

Bonjour Sebastien,

Le web service "STILTS" initialement utilisé par TrackFil pour récupérer les données filaments du HFC n'est plus fonctionel pour des raisons de sécurité. Il existe actuellement deux API pour envoyer des requêtes à la base HFC. La première est spécifique aux services HELIO (voir indication ici http://voparis-helio.obspm.fr/hfc-gui/doc/HELIO_HFC_webservices_V10.pdf) Une seconde utilise le protocole EPN-TAP. Il n'existe pas de doc dédiée pour cette dernière, le service étant appelé depuis l'interface Web VESPA (http://voparis-europlanet-new.obspm.fr/planetary/data/epn/query/all/), mais je dois pouvoir fournir un ou deux exemples de requêtes si besoin. Une troisième solution consiste à récupérer les données filaments directement depuis les fichiers CSV utilisés par le HFC pour peupler la base. Ces fichiers sont sauvegardées sur ftpbass2000.obspm.fr:/pub/helio/hfc/obsparis/frc/sosoft/results. Ils contiennent les mêmes infos que dans la base. Je n'ai sur l'instant pas mieux à proposer navré, car TrackFil a été intialement designé pour fonctionner au sein du HFC. Il faudrait idéalement modifier légèrement le code pour le rendre plus résilient aux données en entrée.

sebastienflament commented 5 months ago

Bonjour Xavier,

J'ai essayé de faire tourner Results = trackfil(fil_data, config_file=config_file, /SILENT) Sur mon traitement SoSoft et je tombe sur cette erreur:

Attempt to call undefined function: 'FEAT_CC_EXTRACT'.

;Generate the filament skeleton coordinates (in pixel) ;on the processed image using chain code skeleton= feat_cc_extract(data[i].ske_cc,$ [data[i].ske_cc_x_pix,data[i].ske_cc_y_pix])

Je n'ai pas cette fonction et peut être qu'il m'en manque d'autres.

J'ai renoncé à faire tourner l'exemple pour l'instant car je ne comprends pas grand chose à ce scripts.

J'ai juste téléchargé des .csv mais je ne savais pas comment les utiliser.

Je te remercie pour tout,

Et te souhaite un agréable week-end ou semaine.

Sébastien Flament (METEOSPACE avec Thierry Corbard à Nice)

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Tel: 04-92-00-19-41 mob: 07-68-06-42-45 E-mail: @.***

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De: "Xavier Bonnin" @.> À: "HELIO-HFC/TrackFil" @.> Cc: "Sebastien Flament" @.>, "Mention" @.> Envoyé: Mercredi 22 Mai 2024 19:45:45 Objet: Re: [HELIO-HFC/TrackFil] Helio-hfc trackfil problem (Issue #2)

Bonjour Sebastien,

Le web service "STILTS" initialement utilisé par TrackFil pour récupérer les données filaments du HFC n'est plus fonctionel pour des raisons de sécurité. Il existe actuellement deux API pour envoyer des requêtes à la base HFC. La première est spécifique aux services HELIO (voir indication ici [ http://voparis-helio.obspm.fr/hfc-gui/doc/HELIO_HFC_webservices_V10.pdf | http://voparis-helio.obspm.fr/hfc-gui/doc/HELIO_HFC_webservices_V10.pdf ] ) Une seconde utilise le protocole EPN-TAP. Il n'existe pas de doc dédiée pour cette dernière, le service étant appelé depuis l'interface Web VESPA ( [ http://voparis-europlanet-new.obspm.fr/planetary/data/epn/query/all/ | http://voparis-europlanet-new.obspm.fr/planetary/data/epn/query/all/ ] ), mais je dois pouvoir fournir un ou deux exemples de requêtes si besoin. Une troisième solution consiste à récupérer les données filaments directement depuis les fichiers CSV utilisés par le HFC pour peupler la base. Ces fichiers sont sauvegardées sur ftpbass2000.obspm.fr:/pub/helio/hfc/obsparis/frc/sosoft/results. Ils contiennent les mêmes infos que dans la base. Je n'ai sur l'instant pas mieux à proposer navré, car TrackFil a été intialement designé pour fonctionner au sein du HFC. Il faudrait idéalement modifier légèrement le code pour le rendre plus résilient aux données en entrée.

— Reply to this email directly, [ https://github.com/HELIO-HFC/TrackFil/issues/2#issuecomment-2125411830 | view it on GitHub ] , or [ https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AJT52JOAGOHPSHB2I2ILZC3ZDTKUTAVCNFSM6AAAAABH5CDPS6VHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMZDCMRVGQYTCOBTGA | unsubscribe ] . You are receiving this because you were mentioned. Message ID: <HELIO-HFC/TrackFil/issues/2/2125411830 @ github . com>

sebastienflament commented 5 months ago

J'ai aussi un problème pour remplir phenom: Index of the phenomena detection et ref_id: Index of filaments for a solar rotation to the next . je suppose que: track_id index of the filament tracking (equal at fil_id at the beginning of the process) Same filaments will have the same track_id number between observations.

égal à fil_id à la première itération se remplit tout seul aux itérations suivantes ?

Voilà Xavier,

Si tu pouvais m'aide,

Merci,

Bonne semaine,

Sébastien

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De: "Sebastien Flament" @.> À: "HELIO-HFC" @.> Envoyé: Dimanche 26 Mai 2024 07:49:24 Objet: Re: [HELIO-HFC/TrackFil] Helio-hfc trackfil problem (Issue #2)

Bonjour Xavier,

J'ai essayé de faire tourner Results = trackfil(fil_data, config_file=config_file, /SILENT) Sur mon traitement SoSoft et je tombe sur cette erreur:

Attempt to call undefined function: 'FEAT_CC_EXTRACT'.

;Generate the filament skeleton coordinates (in pixel) ;on the processed image using chain code skeleton= feat_cc_extract(data[i].ske_cc,$ [data[i].ske_cc_x_pix,data[i].ske_cc_y_pix])

Je n'ai pas cette fonction et peut être qu'il m'en manque d'autres.

J'ai renoncé à faire tourner l'exemple pour l'instant car je ne comprends pas grand chose à ce scripts.

J'ai juste téléchargé des .csv mais je ne savais pas comment les utiliser.

Je te remercie pour tout,

Et te souhaite un agréable week-end ou semaine.

Sébastien Flament (METEOSPACE avec Thierry Corbard à Nice)

------------------------------------------------------+ OBSERVATOIRE DE LA COTE D'AZUR BD DE L'OBSERVATOIRE CS 34229 06304 NICE CEDEX 4

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De: "Xavier Bonnin" @.> À: "HELIO-HFC/TrackFil" @.> Cc: "Sebastien Flament" @.>, "Mention" @.> Envoyé: Mercredi 22 Mai 2024 19:45:45 Objet: Re: [HELIO-HFC/TrackFil] Helio-hfc trackfil problem (Issue #2)

Bonjour Sebastien,

Le web service "STILTS" initialement utilisé par TrackFil pour récupérer les données filaments du HFC n'est plus fonctionel pour des raisons de sécurité. Il existe actuellement deux API pour envoyer des requêtes à la base HFC. La première est spécifique aux services HELIO (voir indication ici [ http://voparis-helio.obspm.fr/hfc-gui/doc/HELIO_HFC_webservices_V10.pdf | http://voparis-helio.obspm.fr/hfc-gui/doc/HELIO_HFC_webservices_V10.pdf ] ) Une seconde utilise le protocole EPN-TAP. Il n'existe pas de doc dédiée pour cette dernière, le service étant appelé depuis l'interface Web VESPA ( [ http://voparis-europlanet-new.obspm.fr/planetary/data/epn/query/all/ | http://voparis-europlanet-new.obspm.fr/planetary/data/epn/query/all/ ] ), mais je dois pouvoir fournir un ou deux exemples de requêtes si besoin. Une troisième solution consiste à récupérer les données filaments directement depuis les fichiers CSV utilisés par le HFC pour peupler la base. Ces fichiers sont sauvegardées sur ftpbass2000.obspm.fr:/pub/helio/hfc/obsparis/frc/sosoft/results. Ils contiennent les mêmes infos que dans la base. Je n'ai sur l'instant pas mieux à proposer navré, car TrackFil a été intialement designé pour fonctionner au sein du HFC. Il faudrait idéalement modifier légèrement le code pour le rendre plus résilient aux données en entrée.

— Reply to this email directly, [ https://github.com/HELIO-HFC/TrackFil/issues/2#issuecomment-2125411830 | view it on GitHub ] , or [ https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AJT52JOAGOHPSHB2I2ILZC3ZDTKUTAVCNFSM6AAAAABH5CDPS6VHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMZDCMRVGQYTCOBTGA | unsubscribe ] . You are receiving this because you were mentioned. Message ID: <HELIO-HFC/TrackFil/issues/2/2125411830 @ github . com>

sebastienflament commented 5 months ago

Bonjour Xavier,

S'il te plait je suis bloqué et j'ai besoin de ton aide pour avancer.

Je te remercie,

Bonne journée,

Sébastien Flament

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De: "Sebastien Flament" @.> À: "HELIO-HFC" @.> Envoyé: Mardi 28 Mai 2024 09:00:48 Objet: Re: [HELIO-HFC/TrackFil] Helio-hfc trackfil problem (Issue #2)

J'ai aussi un problème pour remplir phenom: Index of the phenomena detection et ref_id: Index of filaments for a solar rotation to the next . je suppose que: track_id index of the filament tracking (equal at fil_id at the beginning of the process) Same filaments will have the same track_id number between observations.

égal à fil_id à la première itération se remplit tout seul aux itérations suivantes ?

Voilà Xavier,

Si tu pouvais m'aide,

Merci,

Bonne semaine,

Sébastien

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Tel: 04-92-00-19-41 mob: 07-68-06-42-45 E-mail: @.***

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De: "Sebastien Flament" @.> À: "HELIO-HFC" @.> Envoyé: Dimanche 26 Mai 2024 07:49:24 Objet: Re: [HELIO-HFC/TrackFil] Helio-hfc trackfil problem (Issue #2)

Bonjour Xavier,

J'ai essayé de faire tourner Results = trackfil(fil_data, config_file=config_file, /SILENT) Sur mon traitement SoSoft et je tombe sur cette erreur:

Attempt to call undefined function: 'FEAT_CC_EXTRACT'.

;Generate the filament skeleton coordinates (in pixel) ;on the processed image using chain code skeleton= feat_cc_extract(data[i].ske_cc,$ [data[i].ske_cc_x_pix,data[i].ske_cc_y_pix])

Je n'ai pas cette fonction et peut être qu'il m'en manque d'autres.

J'ai renoncé à faire tourner l'exemple pour l'instant car je ne comprends pas grand chose à ce scripts.

J'ai juste téléchargé des .csv mais je ne savais pas comment les utiliser.

Je te remercie pour tout,

Et te souhaite un agréable week-end ou semaine.

Sébastien Flament (METEOSPACE avec Thierry Corbard à Nice)

------------------------------------------------------+ OBSERVATOIRE DE LA COTE D'AZUR BD DE L'OBSERVATOIRE CS 34229 06304 NICE CEDEX 4

Tel: 04-92-00-19-41 mob: 07-68-06-42-45 E-mail: @.***

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De: "Xavier Bonnin" @.> À: "HELIO-HFC/TrackFil" @.> Cc: "Sebastien Flament" @.>, "Mention" @.> Envoyé: Mercredi 22 Mai 2024 19:45:45 Objet: Re: [HELIO-HFC/TrackFil] Helio-hfc trackfil problem (Issue #2)

Bonjour Sebastien,

Le web service "STILTS" initialement utilisé par TrackFil pour récupérer les données filaments du HFC n'est plus fonctionel pour des raisons de sécurité. Il existe actuellement deux API pour envoyer des requêtes à la base HFC. La première est spécifique aux services HELIO (voir indication ici [ http://voparis-helio.obspm.fr/hfc-gui/doc/HELIO_HFC_webservices_V10.pdf | http://voparis-helio.obspm.fr/hfc-gui/doc/HELIO_HFC_webservices_V10.pdf ] ) Une seconde utilise le protocole EPN-TAP. Il n'existe pas de doc dédiée pour cette dernière, le service étant appelé depuis l'interface Web VESPA ( [ http://voparis-europlanet-new.obspm.fr/planetary/data/epn/query/all/ | http://voparis-europlanet-new.obspm.fr/planetary/data/epn/query/all/ ] ), mais je dois pouvoir fournir un ou deux exemples de requêtes si besoin. Une troisième solution consiste à récupérer les données filaments directement depuis les fichiers CSV utilisés par le HFC pour peupler la base. Ces fichiers sont sauvegardées sur ftpbass2000.obspm.fr:/pub/helio/hfc/obsparis/frc/sosoft/results. Ils contiennent les mêmes infos que dans la base. Je n'ai sur l'instant pas mieux à proposer navré, car TrackFil a été intialement designé pour fonctionner au sein du HFC. Il faudrait idéalement modifier légèrement le code pour le rendre plus résilient aux données en entrée.

— Reply to this email directly, [ https://github.com/HELIO-HFC/TrackFil/issues/2#issuecomment-2125411830 | view it on GitHub ] , or [ https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AJT52JOAGOHPSHB2I2ILZC3ZDTKUTAVCNFSM6AAAAABH5CDPS6VHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMZDCMRVGQYTCOBTGA | unsubscribe ] . You are receiving this because you were mentioned. Message ID: <HELIO-HFC/TrackFil/issues/2/2125411830 @ github . com>