search

HPCHub / trinity

BSD 3-Clause "New" or "Revised" License
0 stars 0 forks source link

Create vSC image with Qiime #7

Open vbitner87 opened 9 years ago

vbitner87 commented 9 years ago

Нужно сделать имидж с Qiime. Для этого нужно подготовить настроенный vSC. Настроенный vSC будет доступен по адресу 185.87.49.150:5116 pass a5aZOVnbb. С него можно будет сделать снэпшот.

Специфичный софт должен быть установлен на локальный диск (например, /opt или /usr/local), но не на /shared.

azkalot1 commented 8 years ago

ВМ-ки?

2015-11-24 20:07 GMT+03:00 Anna Subbotina notifications@github.com:

Assigned #7 https://github.com/HPCHub/biosoft/issues/7 to @azkalot1 https://github.com/azkalot1.

— Reply to this email directly or view it on GitHub https://github.com/HPCHub/biosoft/issues/7#event-473540443.

ubuntik commented 8 years ago

После создания vSC, переведите задачу на меня для создания образа

azkalot1 commented 8 years ago

Установлен qiime в /opt на вычислительный узел. Фаилы гоняются, скрипты видятся. При подъеме vSC в .bash_profile должны быть прописаны строки: eport PATH export PATH=/opt/qiime/1.8.0/bin:$PATH export PATH=/opt/qiime/1.8.0/lib/scripts:$PATH export PYTHONPATH=/opt/qiime/1.8.0/lib:$PYTHONPATH export QIIME_CONFIG_FP=/opt/qiime/1.8.0/qiime_config

На мастер узел qiime не установлен, т.е с мастер узла запустить скрипты чайма нельзя, поэтому либо работать через sge, либо переходить на узел и там запускать. Доступ на кластер - порт 5116. https://drive.google.com/file/d/0Bz7ZMzX59PEtNHIyOFpRZnBEX1k/view?usp=sharing

azkalot1 commented 8 years ago

Возникли проблемы с локал-стораджем, не хватает пока памяти. Проведу тесты по префомансу, используя shared

ubuntik commented 8 years ago

@azkalot1 могу стопать кластер и делать с него снапшот?

ubuntik commented 8 years ago

есть что-то на сторадже ценное? в домашней директории админа? при зачистке это удалится

azkalot1 commented 8 years ago

Да, можно стопать.

14 декабря 2015 г., 18:02 пользователь Anna Subbotina < notifications@github.com> написал:

есть что-то на сторадже ценное? в домашней директории админа? при зачистке это удалится

— Reply to this email directly or view it on GitHub https://github.com/HPCHub/biosoft/issues/7#issuecomment-164459405.

azkalot1 commented 8 years ago

@ubuntik есть какие-нибудь новости?

ubuntik commented 8 years ago

вечером сделаю

On Fri, Dec 18, 2015 at 2:38 PM, azkalot1 notifications@github.com wrote:

@ubuntik https://github.com/ubuntik есть какие-нибудь новости?

— Reply to this email directly or view it on GitHub https://github.com/HPCHub/biosoft/issues/7#issuecomment-165754952.

ubuntik commented 8 years ago

Сделала образ узла: qiime-worker-latest, мастер - базовый.

[root@n11 ~]# hpchubclient --config-file /root/hpchubclient-test.conf create --admin-pass 1q2w3e -n 1 -c -z -f --rbd-id qiime-test --image-set qiime qiime-test

Можете проверить.

azkalot1 commented 8 years ago

Все разворачивается корректно. Но нужно пофиксить одну строчку в одном фаиле

/opt/apps/qiime/1.8.0/qiime_config , строка 18 Вместо temp_dir /apps/tmp

нужно temp_dir /tmp

(Это по дефолту бы так)

Но это пока не критично, заказывать и использовать можно уже так.

ubuntik commented 8 years ago

я вручную исправлю

ubuntik commented 8 years ago

исправила вручную. можете проверить?

vbitner87 commented 8 years ago

Сергей, какой статус таски?

azkalot1 commented 8 years ago

@ubuntik на кластере по 5116 порту, на n001 поставлена новая версия qiime. Нужно заменить образ.