Erster Gliederungsentwurf, weitere Infos und was habe ich bisher geschafft

[HeleneTusche]

1. Einleitung
2. Grundlagen der Viren 2.1 Definition 2.2 Struktur und Aufbau 2.3 Virenarten 2.3.1 verschiedene Arten 2.3.2 Astroviren 2.4 Viren im Abwasser 2.4.1 Ursprung 2.4.2 Verhalten
3. Methode Abwassermonitoring
4. Programmiersprache R
5. Praktischer Teil 5.1 Analyse Standort A 5.2 Analyse Standort B 5.3 Ergebnisse
6. Zusammenfassung
7. Anhang
8. Literaturverzeichnis
9. Selbstständigkeitserklärung

Also ich habe erstmal eine grobe Gliederung formuliert. Bei machen Punkten brauche ich aber noch bessere Überschriften. Gerade der Teil zum Praktischen Teil muss später, im Laufe der Facharbeit noch Umgeschrieben werden. Ich wusste jetzt nicht mehr ob ich Daten von 1 oder verschiedenen Standorten/Klärwerken nutzen werde. Die ganzen Grundlagen mache ich, da ich als betreuende Lehrer jetzt meine Bio Lehrerin und meine Info Lehrerin habe. Meine Biolehrerin überwacht und kontrolliert dann meinen theoretischen Teil und meine Info lehrerin überwacht dann den praktischen Teil. Außerdem habe ich noch meine Klassenlehrerin wegen meiner Vorgehensweise gefragt, und sie meinte, dass ich schreiben soll das ich analytisch und produktiv-gestaltend vorgehe, da ich ja die Daten analysiere, aber trotzdem selbst einen Code schreibe. Außerdem müssen wir ja noch eine Leitfrage formulieren. "Abwassermonitoring - Eine Methode um Virenmutationen zu finden?" das wäre jetzt erstmal meine Frage. Könnte ich die so nehmen? Ansonsten habe ich erstmal die Internetseiten/-quellen übersetzt und mir durchgelesen. Bei dem Buch über R bin ich noch nicht viel weitergekommen, möchte aber die nächsten tage da weiter machen.

[HeleneTusche]

Achso und ich habe noch das Quellen Dokument erstellt und ein Dokument wo ich schon mal alles formatiert habe

[HeleneTusche]

Sehr geehrte Frau Koslowski,

ich muss diese E-Mail mit meiner privaten Adresse schreiben, da die Schüler-E-Mail zu Zeit nicht richtig funktioniert. In meiner Facharbeit untersuche ich anhand von Daten, die vom Forscher Emanuel Wyler vom Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in Berlin gesammelt wurden, ob und wie im Abwasser Virenmutationen gefunden werden können. Das Ganze nennt man Abwassermonitoring. Dabei nutze ich die Programmiersprache R, um einen Code zu entwickeln um danach die Daten analysieren zu können. Meine Leitfrage lautet: „Abwassermonitoring – Eine Methode zur Identifizierung von neuen Virenmutationen?“. Ich werde analytisch und produktiv-gestaltend vorgehen. Den Informatischen Teil wird höchstwahrscheinlich Frau Hüttemann übernehmen. Ich würde mich sehr über eine Zusage freuen.

Mit freundlichen Grüßen Helene Tusche Klasse 9c

[HeleneTusche]

Sehr geehrte Hüttemann,

ich muss diese E-Mail mit meiner privaten Adresse schreiben, da die Schüler-E-Mail zu Zeit nicht richtig funktioniert. In meiner Facharbeit untersuche ich anhand von Daten, die vom Forscher Emanuel Wyler vom Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in Berlin gesammelt wurden, ob und wie im Abwasser Virenmutationen gefunden werden können. Das Ganze nennt man Abwassermonitoring. Dabei nutze ich die Programmiersprache R, um einen Code zu entwickeln um danach die Daten analysieren zu können. Meine Leitfrage lautet: „Abwassermonitoring – Eine Methode zur Identifizierung von neuen Virenmutationen?“. Ich werde analytisch und produktiv-gestaltend vorgehen. Den Biologischen Teil wird höchstwahrscheinlich Frau Koslowski übernehmen. Ich würde mich sehr über eine Zusage freuen.

Mit freundlichen Grüßen Helene Tusche Klasse 9c

[vicfabienne]

Sehr geehrte Frau Koslowski,

ich muss diese E-Mail mit meiner privaten Adresse schreiben, da die Schüler-E-Mail zu Zeit nicht richtig funktioniert. In meiner Facharbeit untersuche ich anhand von Daten, die vom Forscher Emanuel Wyler vom Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin in Berlin gesammelt wurden, ob und wie im Abwasser Virenmutationen gefunden werden können. Das Ganze nennt man Abwassermonitoring. Dabei nutze ich die Programmiersprache R, um einen Code zu entwickeln um danach die Daten analysieren zu können. Meine Leitfrage lautet: „Abwassermonitoring – Eine Methode zur Identifizierung von neuen Virenmutationen?“. Ich werde analytisch und produktiv-gestaltend vorgehen. Den Informatischen Teil wird höchstwahrscheinlich Frau Hüttemann übernehmen. Ich würde mich sehr über eine Zusage freuen.

Mit freundlichen Grüßen Helene Tusche Klasse 9c

"Dabei nutze ich die Programmiersprache R, um einen Code zu entwickeln um danach die Daten analysieren zu können." --> "..., um einen Code zu entwickeln mit dem die Daten analysiert werden können."

"Forscher Emanuel Wyler" --> in offiziellen/mehr förmlichen E-Mails spricht man über die Person mit ihrem Titel (auch wenn man im persönlichen Gespräch, die Leute mit Vornamen ansprechen kann). Also in dem Fall "Forscher Dr. Emanuel Wyler".

"untersuche ich anhand von Daten" --> "anhand von mRNA Sequenzierdaten", das beschreibt etwas genauer womit du genau arbeitest

[vicfabienne]

Zur Leitfrage:

Eine Leitfrage ist dazu da, um dir so spezifisch wie möglich einen Rahmen zu geben, was du untersuchen möchtest. Deine Frage ist noch viel viel zu grob umfassend und auch nicht wirklich das, was du untersuchen möchtest.

Spätestens in dem Paper siehst du ja, dass man schon weiß, dass man über Mutationen, die man im Virusgenomen aus Abwasser findet sowohl bestimmen kann welche Virenarten darin vorkommen, also auch welche Virenvarianten der jeweiligen Arten.

Was du machen möchtest ist diese Methode nutzen, um spezifisch nach Astroviren zu suchen. Also zu schauen wie ob/wieviele Astroviren du findest, welche Arten und Varianten. Und das spezifisch im Abwasser von Berlin.

Hilft dir das, um eine etwa spezifischere Frage zu formulieren?

Als weitere Hilfe, empfehle ich dir auch in dem Paper zu schauen wie da zB Überschriften oder eventuell auch Fragen formuliert wurden.

[vicfabienne]

1. Einleitung
2. Grundlagen der Viren 2.1 Definition 2.2 Struktur und Aufbau 2.3 Virenarten 2.3.1 verschiedene Arten 2.3.2 Astroviren 2.4 Viren im Abwasser 2.4.1 Ursprung 2.4.2 Verhalten
3. Methode Abwassermonitoring
4. Programmiersprache R
5. Praktischer Teil 5.1 Analyse Standort A 5.2 Analyse Standort B 5.3 Ergebnisse
6. Zusammenfassung
7. Anhang
8. Literaturverzeichnis
9. Selbstständigkeitserklärung

Also ich habe erstmal eine grobe Gliederung formuliert. Bei machen Punkten brauche ich aber noch bessere Überschriften. Gerade der Teil zum Praktischen Teil muss später, im Laufe der Facharbeit noch Umgeschrieben werden. Ich wusste jetzt nicht mehr ob ich Daten von 1 oder verschiedenen Standorten/Klärwerken nutzen werde. Die ganzen Grundlagen mache ich, da ich als betreuende Lehrer jetzt meine Bio Lehrerin und meine Info Lehrerin habe. Meine Biolehrerin überwacht und kontrolliert dann meinen theoretischen Teil und meine Info lehrerin überwacht dann den praktischen Teil. Außerdem habe ich noch meine Klassenlehrerin wegen meiner Vorgehensweise gefragt, und sie meinte, dass ich schreiben soll das ich analytisch und produktiv-gestaltend vorgehe, da ich ja die Daten analysiere, aber trotzdem selbst einen Code schreibe. Außerdem müssen wir ja noch eine Leitfrage formulieren. "Abwassermonitoring - Eine Methode um Virenmutationen zu finden?" das wäre jetzt erstmal meine Frage. Könnte ich die so nehmen? Ansonsten habe ich erstmal die Internetseiten/-quellen übersetzt und mir durchgelesen. Bei dem Buch über R bin ich noch nicht viel weitergekommen, möchte aber die nächsten tage da weiter machen.

Gliederung

Im theoretischen Teil brauchst du noch einen kleinen Absatz zum Thema "RNA Sequenzierung" mit der Spezialisierung "shotgun-sequencing". An sich könntest du das eventuell unter dem "Abwassermonitoring" Punkt Unterordnen, aber eventuell ist es besser das als eigenen Punkt zu nehmen.

--> weitere Kommentare folgen in kürze

[HeleneTusche]

Ok ich werde die Sachen überarbeiten

[HeleneTusche]

Soll ich die E-Mail dann abschicken

[HeleneTusche]

Wäre diese Frage besser:"Können im Abwasser von Berlin verschiedene Astroviren-Arten und deren Varianten durch Abwassermonitoring nachgewiesen werden?"

[HeleneTusche]

Die betreuenden Fachlehrer stehen jetzt fest. Ich habe meine Bio Lehrerin und meine Info Lehrerin bekommen (wie ich es auch wollte :)) . Konsultationstermine legen wir dem nächst fest.

[vicfabienne]

Also die Frage ist jetzt so sehr viel besser und ist denke ich so in Ordnung.

Also zu der Gliederung nochmal: Nachdem ich ein Blick auf das geworfen habe, was Emanuel geschickt hatte, solltest du den Theoretischen Teil zu der Informatik wahrscheinlich etwas breiter fassen. So schonmal hingeworfen:

Eventuell ist eine Kapitelüberschrift wie "Bioinformatische Datenanalyse" oder "Analyse biologischer Daten" sinnvoller und dann die Unterpunkte wie:

• die Programmiersprache Bash
• die Programmiersprache R
• Tools zur Anaylse von Sequenzierdaten
• Analysepipelines (reden wir noch drüber was damit gemeint ist)

[HeleneTusche]

1. Einleitung

Viren und Mutationen, diese Begriffe hat man in den Nachrichten während der Coronapandemie häufig gehört. Begriffe wie Abwassermonitoring oder RNA-Sequenzierung sind jedoch nicht so häufig aufgetaucht, aber beides ist eng miteinander verbunden. Doch was sind Viren und wie verhalten sie sich? Wie kommen sie ins Abwasser und kann man sie dort nachweisen? Was ist Abwassermonitoring und warum ist es wichtig? Und wie hängt das alles miteinander zusammen? Diese und noch viele weitere Fragen habe ich mir auch gestellt, als ich das erste Mal davon gehört habe. Doch mittlerweile ist Corona nicht mehr so populär, und viele der Forscher, die an Coronaviren geforscht haben, forschen jetzt an anderen Viren, wie zum Beispiel Astroviren. Astroviren sind Krankheitserreger, die auf Gemüse, hauptsächlich auf der roten Paprika vorkommen. Diese können Gastroenteritis, eine Krankheit, die sich durch Durchfall, Erbrechen, Fieber und Bauchschmerzen auszeichnet, auslösen. Astroviren gehören zu den RNA-Viren. Diese RNA kann man durch Abwassermonitoring nachweisen. Abwassermonitoring ist die Überwachung des Vorkommens von Krankheitserregern im Abwasser an einem bestimmten Ort. Dazu nutzt man RNA- oder DNA-Sequenzierung. Dabei kann man auch Veränderungen wie Mutationen einzelner Erreger feststellen. Genau das werde ich auch in meiner Facharbeit untersuchen, mit der Fragestellung: „Können im Abwasser von Berlin verschiedene Astroviren-Arten und deren Varianten durch Abwassermonitoring nachgewiesen werden?“. Dabei nutze ich die Programmiersprache R, um einen Code zu entwickeln, mit dem ich die mRNA-Sequenzierdaten vom Forscher Dr. Emanuel Wyler (Max-Dellbrück-Centrum für Molekulare Medizin, Berlin) analysieren werde. Zuerst werde ich dafür auf die Grundlagen der Viren und des Abwassermonitorings eingehen. Dann werde ich mich mit der Analyse der Sequenzierdaten von verschiedenen Standorten in Berlin beschäftigen. Zum Schluss werde ich die daraus resultierenden Ergebnisse auswerten.

[HeleneTusche]

Das ist jetzt erst mal meine Einleitung. Ich könnte am Donnerstag oder Mittwoch, also an beiden Tagen. Von der Zeit her würde 17:30 passen. @vicfabienne