Integracion con R

[midraed]

Habria que integrar sisinta con el paquete de R aqp. El objetivo sería poder graficar lo perfiles, pintarlos con el color RGB correspondiente al color en campo. Y análisis de parentesco.

Excepto lo de parentesco, para lo otro no haría falta R. Sin embargo, integrar con R nos puede dar ventajas a futuro. ![Uploading hz_distinctness_demo.png . . .]()

[angelini75]

Sería para una cuarta etapa, no? Estaría bueno tener una pestaña que sea de análisis de los perfiles seleccionados, que entre aqp. Es posible viscular R al sistema?

[mauriciopasquier]

Es posible, ya lo había estado investigando. Mandenme un "hola mundo" (un script mínimo, básico) en R pelado o con aqp así probamos.

@midraed estabas subiendo alguna imagen?

[midraed]

Si.. estaba subiendo una imagen de aqp. Pero no funciono. Y no importa. aqp es una libreria, podemos probar primero un codigo que no use ninguna libreria

asd <- c(2,3,4,5,6,7,8,9)
mean(asd)

El resultado de ese codigo es 5.5

o

version

DEvuelve detalles de la instalacion de R

Etapa 2. Ahora probemos con un codigo que requiera un paquete, para lo cual habria que instalar previamente el paquete en el servidor.

install.packages("nnet", repos="http://cran.us.r-project.org") #para instalar el paquete
library(nnet) #carga en memmoria el paquete
example(nnet) #y tira una chorrada de resultado de ejemplo si el paquete esta bien

A ver?

[midraed]

asd <- c(1,2,3,4,5)

[midraed]

Ja.. estaba probando ocmo poner codigo... perdon!

[mauriciopasquier]

Ahí te lo arreglé :P 4 espacios antes de la línea y una línea en blanco de separación

[midraed]

Ja! Los 4 espacios se los habia puesto! No lei lo de la linea!

El dic 12, 2012 4:15 p.m., "Mauricio Pasquier Juan" < notifications@github.com> escribió:

Ahí te lo arreglé :P 4 espacios antes de la línea y una línea en blanco de separación

— Reply to this email directly or view it on GitHub.

[image]

[midraed]

A ver.. veamos algo que plotee:

asd <- c(2,3,4,5,6,7,8,9)
plot(asd, main="Unos puntos alineados") ##Esto deberia abrir una ventana con el grafico 
# y seguro no funciona
# Vamos a probar exportando a un svg para que lo muestres.
png("archivo.png") #aca el nombre
plot(asd, main="grafico en png")
dev.off( ) 

svg("archivo.svg") #aca el nombre
plot(asd, main="grafico en svg")
dev.off( ) 

Por otra parte, si, puedo sacar graficos en dot, sin problema, pero implican unas lineas mas de codigo.. dejemoslo simplificado. Porque para un grafico complejo puede ser un quilombo

Y me gusto que pensemos un interprete de R para trabajar con la BD. Obviamente deberia ser una funcion restringida a los usuarios que los admins habilitemos.

o/

[midraed]

Ok. Con respecto a integración con R, cree una hoja en el wiki para ir planteando tareas de la 4ta etapa.

[mauriciopasquier]

Yo cerraría el issue recién cuando esté en el código :P

[midraed]

Holy issue resurrection, batman!

Che: estaba pensando, Deberiamos tener un boton desde la pagina de exportacion que permita correr diferentes scripts... Entonces se correrian sobre los perfiles seleccionados. Algunos podrian entregar una imagen y otros un poco de texto... o ambos.

No se si un boton la pagina de exportacion o un nueva entrada del menu con una copia del selector... pero la idea es seleccionar perfiles y correr los codigos. Aunque estaria bueno que anduviera para el selector grafico del mapa...

[midraed]

Pensandolo mejor: Podria ser que los datos de entrada son el resultado de una busqueda guardada?

Digamos en la parte de "Analizar perfiles" hay un dropdown con las busquedas y un dropdown con los scripts?

[mauriciopasquier]

Mi idea es hacer una sola vista donde seleccionar perfiles, y desde la selección trabajarlos (ya sea exportando, corriendo r, etc). Esta selección se podría hacer desde el mapa, desde las búsquedas, desde cada perfil, etc.

Estoy tratando de probar los scripts que me pasaste y no puedo instalar las dependencias :P Desde qué repo trato de instalar? Con http://cran.r-project.org me dice:

ERROR: dependency ‘acepack’ is not available for package ‘Hmisc’
ERROR: dependency ‘Hmisc’ is not available for package ‘aqp’

Warning messages:
1: In install.packages("aqp") :
  installation of package ‘acepack’ had non-zero exit status
2: In install.packages("aqp") :
  installation of package ‘Hmisc’ had non-zero exit status
3: In install.packages("aqp") :
  installation of package ‘aqp’ had non-zero exit status
Error in library(aqp) : there is no package called ‘aqp’

[mauriciopasquier]

Me parece que es problema con mi máquina y los paquetes que tengo instalados.. ahora confirmo.

[mauriciopasquier]

Era eso nomás, tuve que actualizar un montón de cosas (e instalar gcc-fortran).

[guilleschulz]

Buenas, actualmente como se puede usar esto de "aqp" integrado a SisInta. Nos sería de mucha utilidad.

Estuve tratando de entrar y a partir de seleccionar perfiles aplicar algo de esto, pero no encuentro las opciones.

Gracias.

[mauriciopasquier]

@guilleschulz no está subido actualmente, hice una integración "beta" digamos, pero no quedó subida al servidor en producción porque daba algunos errores, según los datos que tuvieran cargados o no los perfiles. Habría que definir bien cómo filtrar los perfiles, si corresponde al usuario, o si cada script puede tener una serie de "campos obligatorios" con los que filtrar automáticamente.