Bead Kontakt bestimmen - Githubissues

IPMI-ICNS-UKE / DARTS

A Ca2+ microdomain analysis pipeline for spatio-temporal microscopy imaging

https://ipmi-icns-uke.github.io/DARTS/

Apache License 2.0

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Bead Kontakt bestimmen #34

Closed lwoelk closed 1 year ago

lwoelk commented 1 year ago

kurzfristig: Excel Tabelle / manuelle Eingabe
langfristig: automatische Bestimmung
StarDist multiclass trainieren?
auf Durchlichtbildern?
fehlende Fluoreszenz ausnutzen?

DejanKov2901 commented 1 year ago

Ich habe mich heute mit Björn über die Bead-Kontaktstelle unterhalten. Er meinte, dass man Beads oftmals in den Fluoreszenzbildern nur im Fura-Red aber nicht im Fluo-4-Kanal sieht (oder andersherum?). Man könnte also die "Differenz" rausrechnen. Und Beads erscheinen immer erst während der Messung (einige Zellen zwar auch, aber es ist ein erweitertes Kriterium)

DejanKov2901 commented 1 year ago

Vorschlag zur Bestimmung der Bead-Kontaktstelle:

User soll sich manuell die Time-Series aus der Messung in beiden Kanälen anschauen können. Ein Bead-Kontakt soll definiert sein als ein Event mit einem bestimmten Ort (relativ zu einer Zelle eine Zahl von 1-12 entsprechend einer Uhr) und einer bestimmten Zeit (Startframe)
am besten sollten die Bead-Kontakte ganz am Anfang nach Einlesen der Dateien definiert werden, damit man möglichst wenig Zeit am Computer verbringen muss

DejanKov2901 commented 1 year ago

siehe Pull Request

DejanKov2901 commented 1 year ago

sollte erledigt sein, muss aber noch robuster gemacht werden