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IPMI-ICNS-UKE / DARTS

A Ca2+ microdomain analysis pipeline for spatio-temporal microscopy imaging
https://ipmi-icns-uke.github.io/DARTS/
Apache License 2.0
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bounding box vergrößern #51

Closed lwoelk closed 1 year ago

lwoelk commented 1 year ago

Die ausgeschnittenen ROIs sind sehr kanpp, teilweise ist der Zellrand am Bildrand, das ist ungünstig. Außerdem müssten die Bilder für die Deconvolution idealerweise quadratisch sein, oder zumindest so groß, dass man sie (temporör) quadratisch croppen könnte. Problem dabei: falls zu groß, könnten natürlich weitere Zellen partiell auftauchen, die man mit Background correction entfernen müsste. Die müsste man bei der Background correction mit entfernen.

DejanKov2901 commented 1 year ago

Aktuell ist es so implementiert, dass für jede Zelle in jedem Frame die Zelle selbst übrig bleibt durch Anwenden der "Segmentierungs-Maske". Also Zellen, die im Verlauf in den ROI wandern, werden eigentlich entfernt. Heißt auch, dass im Zellbild selbst nicht der Background subtrahiert wird.

DejanKov2901 commented 1 year ago

Wir hatten ja die maximale bounding box als Mindestgröße für die ROIs gewählt, man könnte einfach die maximale Ausdehnung in x- oder y-Richtung als Seitenlänge des Quadrats festlegen. Ich kann mich bald darum kümmern

DejanKov2901 commented 1 year ago

Sollte jetzt erledigt sein. Allerdings habe ich jetzt nicht besonders viel getestet. Es könnten also noch Fehler auftreten