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IPMI-ICNS-UKE
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DARTS
A Ca2+ microdomain analysis pipeline for spatio-temporal microscopy imaging
https://ipmi-icns-uke.github.io/DARTS/
Apache License 2.0
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dartboards now represented by tables, not by 2D arrays
#147
DejanKov2901
closed
1 year ago
0
Test-Klassen?
#146
DejanKov2901
opened
1 year ago
0
ggf. mehrere Konditionen auf einmal auswerten können. Z.B. WT vs. KO, jeweils in Sub-Ordnern
#145
DejanKov2901
opened
1 year ago
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kürzere Filenames (insbesondere bei Windows sind zu lange Filenames ein Problem)
#144
DejanKov2901
opened
1 year ago
0
Config-Datei speichern und einlesen können in der GUI ("Methode").
#143
DejanKov2901
closed
10 months ago
0
Memory issues auf Windows-Rechnern? Segmentierung dauert von Datei zu Datei immer länger
#142
DejanKov2901
opened
1 year ago
0
Dartboards durch Excel-Tabellen repräsentieren. Für jedes Dartboard-Feld eine Spalte, für jeden Frame eine Zeile. Dartboard-Generator zum Einlesen. Der Benutzer sollte beliebige Dartboards angenehm erstellen können.
#141
DejanKov2901
closed
1 year ago
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fixed bug in Celltracker ROI (cell tracker memory now higher, correct…
#140
DejanKov2901
closed
1 year ago
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fixed small error in Mean-Dartboard
#139
DejanKov2901
closed
1 year ago
0
Kleiner Fehler in timelines. Muss korrigiert werden, im Anschluss NK-Zell-Timeline überarbeiten
#138
DejanKov2901
closed
1 year ago
0
Docker? Environment? Wie kriegt man das Skript auf anderen PCs möglichst angenehm und unabhängig vom Betriebssystem zum Laufen?
#137
DejanKov2901
opened
1 year ago
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could not broadcast error - workaround
#136
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Dejan local
#135
DejanKov2901
closed
1 year ago
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dartboard timelines corrected (now also data before the bead contact)
#134
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Bioformats
#133
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Radius besser bestimmen
#132
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Dejan local
#131
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Lena local
#130
lwoelk
closed
1 year ago
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Dejan local
#129
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Dejan local
#128
DejanKov2901
closed
1 year ago
0
besseres error handling bei Fehleingaben in der GUI
#127
lwoelk
opened
1 year ago
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170508 1.tif: Could not broadcast… error
#126
DejanKov2901
closed
1 year ago
0
Progress bar Dartboard (Console) manchmal nicht ganz richtig (z.B. 4/1)
#125
DejanKov2901
closed
1 year ago
0
Overflow encountered in divide (cell.py 175)?
#124
DejanKov2901
opened
1 year ago
0
Indices im Logging teils nicht einheitlich
#123
DejanKov2901
closed
1 year ago
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only files with cells that have a bead contact are analysed
#122
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Evtl Bleaching Correction with Reference Frame
#121
lwoelk
opened
1 year ago
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nur die Zellen auswerten, die von Interesse sind (z.B. nur solche, die einen Bead-Kontakt haben)
#120
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Dateien nur auswerten, wenn es überhaupt Bead-Kontakte gibt
#119
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Batch postprocessing
#118
lwoelk
closed
1 year ago
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Bead-Kontakt-GUI besser erklären
#117
DejanKov2901
opened
1 year ago
0
Speicher-Problematik: v.a. die Segmentierung dauert mit jeder neuen Datei zumindest auf manchen Rechnern immer länger. Gefahr für Programmabbruch
#116
DejanKov2901
closed
1 year ago
0
Nach der Segmentierung Zell-Objekte bilden, auf denen dann das Postprocessing, die Shape Normalization und die ANalyse vollständig durchläuft.
#115
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Modularität: Bestimmte Module wie z.B. "Postprocessing" alleine ausführen können.
#114
DejanKov2901
closed
9 months ago
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Effizienteren Code schreiben (z.B. weniger Iterationen über Listen)
#113
DejanKov2901
opened
1 year ago
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Multiprocessing einsetzen, um mehrere Zellen gleichzeitig auswerten zu können
#112
DejanKov2901
opened
1 year ago
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Programm lesbarer und übersichtlicher machen
#111
DejanKov2901
opened
1 year ago
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Dejan local
#110
DejanKov2901
closed
1 year ago
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optimization of background subtraction
#109
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Dejan local
#108
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Dejan local
#107
DejanKov2901
closed
1 year ago
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optimized batch processing mode: now number of signals per frame for …
#106
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Dejan local
#105
DejanKov2901
closed
1 year ago
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trouble shooting of artefacts in images, now correct clearing of area…
#104
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Dejan local
#103
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Skript aufteilen:
#102
DejanKov2901
closed
1 year ago
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now only cells that have a bead contact are processed (start postproc…
#101
DejanKov2901
closed
1 year ago
0
Dejan local
#100
DejanKov2901
closed
1 year ago
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Fritz local
#99
FritzHF
closed
1 year ago
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Median filter test
#98
FritzHF
closed
1 year ago
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