Nirvana 2.0.1 run test data on Ubuntu 16.04 error

[yusmile0618]

Here is the error,can you help me figure out what's wrong with it?

$ dotnet bin/Release/netcoreapp2.0/Nirvana.dll -c Cache/24/GRCh37/Ensembl84 --sd GRCh37 -r References/5/Homo_sapiens.GRCh37.Nirvana.dat -i HiSeq.10000.vcf -o HiSeqtest

Nirvana (c) 2017 Illumina, Inc. Stromberg, Roy, Lajugie, Jiang, Li, and Kang 2.0.1

ERROR: Unable to read beyond the end of the stream.

Stack trace: at System.IO.__Error.EndOfFile() at System.IO.BinaryReader.ReadByte() at VariantAnnotation.IO.ExtendedBinaryReader.ReadOptInt32() in /home/yu/Nirvana/VariantAnnotation/IO/ExtendedBinaryReader.cs:line 35 at VariantAnnotation.SA.SaIndex.GetGlobalMajorAlleleInRefMinor(ExtendedBinaryReader reader) in /home/yu/Nirvana/VariantAnnotation/SA/SaIndex.cs:line 81 at VariantAnnotation.SA.SaIndex.Read(Stream stream) in /home/yu/Nirvana/VariantAnnotation/SA/SaIndex.cs:line 64 at VariantAnnotation.Providers.RefMinorProvider..ctor(List1 supplementaryAnnotationDirectories) in /home/yuNirvana/VariantAnnotation/Providers/RefMinorProvider.cs:line 19 at Nirvana.ProviderUtilities.GetRefMinorProvider(List1 supplementaryAnnotationDirectories) in /home/yu/Nirvana/Nirvana/ProviderUtilities.cs:line 46 at Nirvana.Nirvana.ProgramExecution() in /home/yu/Nirvana/Nirvana/Nirvana.cs:line 35 at CommandLine.Builders.ConsoleAppErrors.Execute(Func`1 executeMethod) in /home/yu/Nirvana/CommandLine/Builders/ConsoleAppBuilder.cs:line 158

[MichaelStromberg]

Which version of the supplementary database are you using for Nirvana 2.0.1?

Nirvana 2.0.1 uses v40 of the supplementary database. You can download the newer versions here: https://github.com/Illumina/Nirvana/wiki/Getting-Started

[yusmile0618]

@MichaelStromberg thanks, I use v40 supplementary database which dowonload from Nirvana Getting-Started, here's my Data dir below.

/home/yu/Nirvana/Data/ ├── Cache │   └── 24 │   ├── GRCh37 │   │   ├── Both84.polyphen.ndb │   │   ├── Both84.sift.ndb │   │   ├── Both84.transcripts.ndb │   │   ├── Ensembl84.polyphen.ndb │   │   ├── Ensembl84.sift.ndb │   │   ├── Ensembl84.transcripts.ndb │   │   ├── GRCh37_Ensembl_24.gff.gz │   │   ├── GRCh37_RefSeq_24.gff.gz │   │   ├── GRCh37_Regulatory_24.gff.gz │   │   ├── RefSeq84.polyphen.ndb │   │   ├── RefSeq84.sift.ndb │   │   └── RefSeq84.transcripts.ndb │   └── GRCh38 │   ├── Both84.polyphen.ndb │   ├── Both84.sift.ndb │   ├── Both84.transcripts.ndb │   ├── Ensembl84.polyphen.ndb │   ├── Ensembl84.sift.ndb │   ├── Ensembl84.transcripts.ndb │   ├── GRCh38_Ensembl_24.gff.gz │   ├── GRCh38_RefSeq_24.gff.gz │   ├── GRCh38_Regulatory_24.gff.gz │   ├── RefSeq84.polyphen.ndb │   ├── RefSeq84.sift.ndb │   └── RefSeq84.transcripts.ndb ├── References │   └── 5 │   ├── Homo_sapiens.GRCh37.Nirvana.dat │   └── Homo_sapiens.GRCh38.Nirvana.dat └── SupplementaryDatabase │ └── 40 │ │ └── GRCh37 │ │ │ ├── chr10.npd │ │ │ ├── chr10.nsa │ │ │ ├── chr10.nsa.idx │ │ │ ├── chr11.npd │ │ │ ├── chr11.nsa │ │ │ ├── chr11.nsa.idx │ │ │ ├── chr12.npd │ │ │ ├── chr12.nsa │ │ │ ├── chr12.nsa.idx │ │ │ ├── chr13.npd │ │ │ ├── chr13.nsa │ │ │ ├── chr13.nsa.idx │ │ │ ├── chr14.npd │ │ │ ├── chr14.nsa │ │ │ ├── chr14.nsa.idx │ │ │ ├── chr15.npd │ │ │ ├── chr15.nsa │ │ │ ├── chr15.nsa.idx │ │ │ ├── chr16.npd │ │ │ ├── chr16.nsa │ │ │ ├── chr16.nsa.idx │ │ │ ├── chr17.npd │ │ │ ├── chr17.nsa │ │ │ ├── chr17.nsa.idx │ │ │ ├── chr18.npd │ │ │ ├── chr18.nsa │ │ │ ├── chr18.nsa.idx │ │ │ ├── chr19.npd │ │ │ ├── chr19.nsa │ │ │ ├── chr19.nsa.idx │ │ │ ├── chr1.npd │ │ │ ├── chr1.nsa │ │ │ ├── chr1.nsa.idx │ │ │ ├── chr20.npd │ │ │ ├── chr20.nsa │ │ │ ├── chr20.nsa.idx │ │ │ ├── chr21.npd │ │ │ ├── chr21.nsa │ │ │ ├── chr21.nsa.idx │ │ │ ├── chr22.npd │ │ │ ├── chr22.nsa │ │ │ ├── chr22.nsa.idx │ │ │ ├── chr2.npd │ │ │ ├── chr2.nsa │ │ │ ├── chr2.nsa.idx │ │ │ ├── chr3.npd │ │ │ ├── chr3.nsa │ │ │ ├── chr3.nsa.idx │ │ │ ├── chr4.npd │ │ │ ├── chr4.nsa │ │ │ ├── chr4.nsa.idx │ │ │ ├── chr5.npd │ │ │ ├── chr5.nsa │ │ │ ├── chr5.nsa.idx │ │ │ ├── chr6.npd │ │ │ ├── chr6.nsa │ │ │ ├── chr6.nsa.idx │ │ │ ├── chr7.npd │ │ │ ├── chr7.nsa │ │ │ ├── chr7.nsa.idx │ │ │ ├── chr8.npd │ │ │ ├── chr8.nsa │ │ │ ├── chr8.nsa.idx │ │ │ ├── chr9.npd │ │ │ ├── chr9.nsa │ │ │ ├── chr9.nsa.idx │ │ │ ├── chrM.nsa │ │ │ ├── chrM.nsa.idx │ │ │ ├── chrMT.npd │ │ │ ├── chrX.npd │ │ │ ├── chrX.nsa │ │ │ ├── chrX.nsa.idx │ │ │ ├── chrY.npd │ │ │ ├── chrY.nsa │ │ │ ├── chrY.nsa.idx │ │ │ └── genePhenotypeMap.mim

9 directories, 102 files

[JFL9421]

Which version of Nirvana should be used for running data with Cache/26, References/5 and v44 supplementary database? Thanks!