🏗️ Tesis de maestría de Rocío Avendaño sobre pelícano café (BRPE) en las islas del Pacífico

nepito commented 3 weeks ago

Descripción

Compendio de la información que tenemos de pelícano.

[x] Tendencia poblacional λ para pelícano reports/tasa_crecimiento_fundamental_aves_marinas.pdf: en lambdas_aves_marinas (con los datos parejas_aves_marinas_islas_del_pacifico.csv):
- [x] Reproducir reporte viejo
- [x] Actualizar reporte con datos nuevos
- [x] Actualizar reporte con algoritmo nuevo
- [ ] Reemplazar (en un reporte nuevo) al cormorán doble cresta por el pelícano pardo
[x] Calcular éxito reproductivo
- [ ] Comparación de éxito reproductivo entre islas
[ ] Comparación del tamaño de la población entre (grupos de) islas (para un instante o periodo particular)
[ ] Definir la matriz de Leslie "bases de reavistamiento" (como insumo para lo de abajo)
- [ ] Calcular serie de tiempo del tamaño poblacional usando la matriz de Leslie
- [x] Analizar supervivencia (esto lo hará con su director)
[x] Variables ambientales (esto lo hará con su director)

Pendientes

Referencias

lambdas_aves_marinas

GitHub

Chio360 commented 3 weeks ago

15 de octubre 2024

Se actualizó la fecha del reporte de Tasa de crecimiento de las aves marinas (a: 15 de octubre 2024).
Se modificó el cambio de los autores (a: Yuliana Bedolla).
Se actualizó la versión del Hash (a: cc2a01bc72997aea72f549b6bd33d1d2d4082859).
Falló la actualización de versión del Population_Trend (de 5.0.0 a 5.8.0), es decir, el pipeline. La finalidad de lo anterior es para corroborar configuración de la computadora.
Comparamos la versión 5.0.0 con la 5.8.0 y no se encontró la función calculate_bootstrapped_mean().

Contratiempo

Falló el pipeline.
El geci-testmake también falló (ERROR: No pudo generar objetivo reports/tasa_crecimiento_fundamental_aves_marinas.pdf).
Se terminaron los minutos del pipeline, por lo tanto vamos a posponer la actualización de versión en el pipeline (hasta noviembre).
En la versión 5.8.0 no existe la función calculate_bootstrapped_mean(), no aparece tampoco en 5.0.0, aun no se sabe la razón.

Posible causa

Sincronización entre la imagen correcta y la que se descarga en la computadora.

Nota: con los cambios de permisos ya se puede empujar al servidor.

Chio360 commented 3 weeks ago

16 de Octubre 2024

Primera parte del día

Del archivo _aed_burrows_isletsquantity (lambdas_aves_marinas/src), se modificó:
```
import os
from _**population_trend**_ import calculate_bootstrapped_mean
```
a:
```
import os
from _**bootstrapping_tools**_ import calculate_bootstrapped_mean
```
Posteriormente, en la terminal corrió exitosamente la línea "make reports/non-tabular/aed_burrows_inislets.json". Por lo tanto se creó un archivo (.json_) Para corroborar se intentó correr la misma línea pero como estaba originalmente y efectivamente no corrió.

Nota: La espera fue corta porque desde el Makefile solo se indicó que se corriera esa línea y no todo el reporte (2 hrs 😢).

Segunda parte del día

Se clonó el repositorio de _cormorant_populationgrowth y se corrió el docker-compose run islasgeci
En el Makefile se buscó el comando para hacer los listones de las gráficas (azul claro), así como el modelo (línea azul oscuro). Y encontramos que fue importada desde plot_population_trend. Después, en el repositorio Population_Trend (GitHub). Se encontró dentro de...
```
Class Plotter_Population_Trend_Model:
....
def plot-smooth(self)
label = "Confidence zone"
```

Contratiempo del día

Falló: geci-testmake lambdas_aves_marinas reports/tasa_crecimiento_fundamental_aves_marinas.pdf, diciendo: " cannot import name 'fit_population_model' from 'population_trend'". Por lo tanto se buscó el fit_population_model en el repositorio Population_Trend (GitHub). Y no se encuentra en Bootstapping_tools

Chio360 commented 3 weeks ago

17 de Octubre 2024

Del repositorio Population_Trend (_population_trend/calculate_growthrates.py), copiamos la parte de código.

def fit_population_model(seasons_series, data_series):
parameters = lambda_calculator(seasons_series, data_series)
model = power_law(
    seasons_series - seasons_series.iloc[0],
    parameters[0],
    parameters[1],
)
return model

Y se pegó en: _LAMBDAS_AVES_MARINAS/lambdas_aves_marinas/plot_log_lineartendency.py, además, se comentó: #from population_trend import fit_population_model
Actualizamos dos hash en las pruebas de Population_Trend (pasaron exitosamente).

Refactorizamos...

def fit_population_model(seasons_series, data_series):
parameters = lambda_calculator(seasons_series, data_series)
model = power_law(
    seasons_series - seasons_series.iloc[0],
    parameters[0],
    parameters[1],
)
return model
class Bootstrap_from_time_series:
def fit_population_model(self):
    model = fit_population_model(self.season_series, self.data_series)
    return model

Se actualizó la versión del Population_Trend a 5.9.0 (antes 5.8.0), a su vez, tuvimos que actualizar la versión del mismo pero de Lambdas_aves_marinas (_LAMBDAS_AVESMARINAS/pyproject.toml)
Corrió exitosamente: geci-testmake cormorant_population_growth reports/tendencia_poblacional_cormoran.pdf -Corrió lo siguiente: make reports/figures/mean_lambdas_per_taxon.png

Nota: Consignamos, pero no me permitió empujar en GitHub, se tuvo que repetir el proceso en la carpeta /tmp/share

Tarea: Checar que estén en verde los reportes en el Tablero de Reproducibilidad -Preguntar a los chicos de donde jalan los datos de cormorant, ya que no aparecen en las líneas del código, ni en el pdf.

Escoger que sigue: 1) Graficar la tendencia poblacional. 2) Trabajar con el éxito reproductivo 3) Calcular la matriz de Leslie.

Chio360 commented 2 weeks ago

18 de Octubre 2024

Se corrió el geci-testmake muestreo-aves-marinas-ipbc reports/tamano_poblacional.pdf y dio error a pesar de la versión Populationtrend aparece como **5.***_.
A la par estuvimos conociendo la estructura del Makefile de Muestreos Aves Marinas, específicamente

Chio360 commented 2 weeks ago

21 de Octubre 2024

Se dejó corriendo el geci-testmake cormorant_population_growth reports/tendencia_poblacional_cormoran.pdf y salió exitoso.
Se clonaron los repositorios: Cormorant, Muestreo aves marinas y Templater (GitHub)
En el repositorio de Cormorant, estuvimos explorando en el Makefile para saber cómo se hacían las gráficas con los listones. Se vio que en el repo de Muestreo, genera un _Totalnidos.csv donde tiene las columnas de Temporada|Totalnidos. Por lo tanto, se pretende hacer uno similar para pelícanos. Para ello en el repositorio Templater (GitHub), específicamente en los archivos: /home/chio/templater/tests/testthat/test_count_seabirdpairs.R (líneas de código) y _/home/chio/templater/R/count_seabirdpairs.R (ejecutor de funciones)
En ambos archivos estuvimos haciendo TDD, pasando de bandera roja a verde y refactorizando consecutivamente hasta que quedara lo mejor posible.

Nota: Nuestro objetivo Gold era llegar a unas líneas similares a la siguiente:

Parejas|>filter(Species_name=="Brown Pelican", Island=="Coronado")|>transmute(Temporada=Seas
on, Total_nidos=Maximum_number_of_nests)

Segunda parte del día

Se hizo un fork del Pelican_trend (homologo a Templater). A este le hicimos las modificaciones de:
- [x] Cambio de nombre: templater -> pelicanr
- [x] Cambio de versión: 0.1.0 -> 0.0.1
- [x] Cambio de los archivos:
Se hizo Pull requests y del archivo Parejas_aves_marinas se eliminaron todas las especies, dejando solamente al pelícano pardo de las islas Coronados y Todos Santos.

Chio360 commented 2 weeks ago

22 de Octubre del 2024

Corroboramos que el geci-testmake cormorant_population_growth reports/tendencia_poblacional_cormoran.pdf corriera adecuadamente y así fue.
Clonamos el repositorio de Cormorant y le agregamos el Objetivo con su descriptor:

data/raw/parejas_aves_marinas_islas_del_pacifico.csv:
    $(checkDirectories)
    descarga_datos $(@F) $(@D) parejas_aves_marinas_islas_del_pacifico

Nota: En el archivo {} analyses.json no se agregó nada porque que estaba mencionado el archivo de parejas.

Después creamos un archivo _/home/chio/cormorant_population_growth/src/clean_pelicandata.R que contienen las líneas para filtrar al pelícano en Todos Santos de la base de datos de pajeras.


library(pelicanr)
library(tidyverse)
library(optparse)
#!/usr/bin/env Rscript
option_list = list(
make_option(c("-f", "--island"), type="character", default=NULL, 
          help="Isla de interes", metavar="character"),
make_option(c("-o", "--out"), type="character", default="out.txt", 
          help="output file name [default= %default]", metavar="character")
); 
opt_parser = OptionParser(option_list=option_list);
opt = parse_args(opt_parser);
isla<-opt$island
output_file<-opt$out
seabird_pair<-read_csv("/workdir/data/raw/parejas_aves_marinas_islas_del_pacifico.csv")

pelican<-seabird_pair|>make_Total_nidos(isla) pelican|>write_csv(output_file)

 - Posteriormente, en el makefile de cormorant (con la guía de Muestreo_aves_marinas) le agregamos las instrucciones para generar un archivo _.csv_ 
 ``` Makefile
data/raw/Total_nidos_Nombre_isla.csv: data/raw/parejas_aves_marinas_islas_del_pacifico.csv
    Rscript src/clean_pelican_data.R \
    --island "Nombre_isla" \
    --out $@

Generamos un archivo .json

reports/non-tabular/pelican_Nombre_isla_bootstrap_intervals.json: data/raw/Total_nidos_Nombre_isla.csv
$(checkDirectories)
typer population_trend run write-bootstrap-intervals-json \
    --data-path data/raw/Total_nidos_Nombre_isla.csv \
    --blocks-length 3 \
    --variable-of-interest "Total_nidos" \
    --bootstrap-number 2000 \
    --output-path $@

Así como el generador de imágenes:

reports/figures/plot_trend_pelicano_Nombre_isla.png: data/raw/Total_nidos_Nombre_isla.csv \
reports/non-tabular/pelican_bootstrap_intervals.json
$(checkDirectories)
typer population_trend run plot-population-trend \
    --data-path "data/raw/Total_nidos_Nombre_isla.csv" \
    --intervals-path "reports/non-tabular/pelican_bootstrap_intervals.json" \
    --island "Nombre_isla" \
    --variable-of-interest "Total_nidos" \
    --output-path $@

Así para cada uno de los 8 grupos de islas (Coronado, Todos Santos, San Martín, San Jerónimo, San Benito, Natividad, San Roque y Asunción).
Se consignaron y empujaron los cambios.
Corroboramos que el geci-testmake cormorant_population_growth reports/tendencia_poblacional_cormoran.pdf corriera adecuadamente y así fue.

Segunda parte del día

En el Makefile de cormorant primero revisamos como se obtiene el archivo .json que va a separar las islas norteñas con las sureñas (Golfo vs Pacífico en el repo original). Para ello, se tuvo que hacer un nuevo archivo: /home/chio/cormorant_population_growth/pelican_config.json
Y si corrió sin error, dando como resultado preliminar una λ=1.43 (1.34 - 2.79) para las del norte y λ=1.04 (0.82 - 1.24) para las del sur.
Se agregó una nueva variable en el Makefile jsonBootstrapPelicanoAllIslets donde llama a todas los archivos _*_bootstrapintervals.json
Por último, generamos la gráfica que de forma preliminar compara las islas norteñas contra las sureñas.

Chio360 commented 2 weeks ago

23 de Octubre 2024

Se realizaron cambios en el repositorio de population trend /home/chio/population_trend/population_trend/calculate_growth_rates.py, donde se modificaron los códigos para que arroje los nombres de los ejes "Sur, Norte" en el eje x de la gráfica comparación de regiones. Como se agregó un comando, el sistema pidió que actualizaramos la versión del Population trend y se documentó en el CHANGELOG.md

## [6.0.0] - 2024-10-23
### Changed
- Added command option `regional_names` to `plot_growth_rate` 
- Added argument `regional_names` to class `Plotter_groth_rate`

(antes 5.9.0)

Se actualizó la versión del mutmut de __ a 2.4.0, para detectar a los mutantes que estén sobreviviendo.

Falta consignar este cambio en el Makefile de cormorant:

IslasGECI / voluntariado