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🏗️ Tesis de maestría de Rocío Avendaño sobre pelícano café (BRPE) en las islas del Pacífico #1

Open nepito opened 1 month ago

nepito commented 1 month ago

Descripción

Compendio de la información que tenemos de pelícano.


Pendientes


Referencias


Chio360 commented 1 month ago

15 de octubre 2024

Contratiempo

Posible causa

Sincronización entre la imagen correcta y la que se descarga en la computadora.

Nota: con los cambios de permisos ya se puede empujar al servidor.

Chio360 commented 1 month ago

16 de Octubre 2024

Primera parte del día

Nota: La espera fue corta porque desde el Makefile solo se indicó que se corriera esa línea y no todo el reporte (2 hrs 😢).


Segunda parte del día

Contratiempo del día

image

image

Chio360 commented 1 month ago

17 de Octubre 2024

Nota: Consignamos, pero no me permitió empujar en GitHub, se tuvo que repetir el proceso en la carpeta /tmp/share

Tarea: Checar que estén en verde los reportes en el Tablero de Reproducibilidad -Preguntar a los chicos de donde jalan los datos de cormorant, ya que no aparecen en las líneas del código, ni en el pdf.

Chio360 commented 1 month ago

18 de Octubre 2024

Chio360 commented 1 month ago

21 de Octubre 2024

Nota: Nuestro objetivo Gold era llegar a unas líneas similares a la siguiente:

Parejas|>filter(Species_name=="Brown Pelican", Island=="Coronado")|>transmute(Temporada=Seas
on, Total_nidos=Maximum_number_of_nests)

Segunda parte del día

Chio360 commented 1 month ago

22 de Octubre del 2024

data/raw/parejas_aves_marinas_islas_del_pacifico.csv:
    $(checkDirectories)
    descarga_datos $(@F) $(@D) parejas_aves_marinas_islas_del_pacifico

Nota: En el archivo {} analyses.json no se agregó nada porque que estaba mencionado el archivo de parejas.

pelican<-seabird_pair|>make_Total_nidos(isla) pelican|>write_csv(output_file)

 - Posteriormente, en el makefile de cormorant (con la guía de Muestreo_aves_marinas) le agregamos las instrucciones para generar un archivo _.csv_ 
 ``` Makefile
data/raw/Total_nidos_Nombre_isla.csv: data/raw/parejas_aves_marinas_islas_del_pacifico.csv
    Rscript src/clean_pelican_data.R \
    --island "Nombre_isla" \
    --out $@ 
Chio360 commented 1 month ago

23 de Octubre 2024

Se realizaron cambios en el repositorio de population trend /home/chio/population_trend/population_trend/calculate_growth_rates.py, donde se modificaron los códigos para que arroje los nombres de los ejes "Sur, Norte" en el eje x de la gráfica comparación de regiones. Como se agregó un comando, el sistema pidió que actualizaramos la versión del Population trend y se documentó en el CHANGELOG.md

## [6.0.0] - 2024-10-23
### Changed
- Added command option `regional_names` to `plot_growth_rate` 
- Added argument `regional_names` to class `Plotter_groth_rate`

(antes 5.9.0)

Se actualizó la versión del mutmut de __ a 2.4.0, para detectar a los mutantes que estén sobreviviendo.


Falta consignar este cambio en el Makefile de cormorant: image