Análisis de datos virales

[nselem]

• [ ] Describir en una tabla qué son esos genes/proteínas que estás comparando donde sí sale un hoyo (ejemplo son H1, H3? etc)
• [x] Hacer un mapa de calor de ellos
• [x] Agregar etiquetas con los nombres de los genomas, distinguiendo la recombinante.
• [x] Ordenar los genomas mas similares
• [x] Corregir la inversa de la matriz para el cálculo de la homología

[nselem]

Buscar a mano el ejemplo del artículo:

• [x] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=txid1259807[Organism:noexp]
• [x] Replicar figura 3E https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1313480110
• [x] Usar y citar Patric https://www.bv-brc.org/
• [x] Traer figura 3E en la tesis con las secuencias concatenadas. PAra eso, sig item
• [ ] Describe en tu tesis el contenido de cada uno de los crommosomas. ¿Qué proteína está en cada cromosoma y en qué orden?

[nselem]

• [x] Investigar por qué no sale un 1-hoyo con la recombinante
• [ ] Documentar qué pasa con distintos controles.
• [x] Hacer una función que coloree por poblaciones, indicar numero de poblaciones (parental1, parental2, recombinante) y poner nodos por color
• [x] Si quieres, variar un poco los datos de covid

[nselem]

• [ ] Poner control de experimento computacional
• [ ] Introducir mutaciones falsas con una funcion
• [ ] Escoger dos linajes muy lejanos
• [ ] Introducir recombinacion con una funcion , entre esos dos linjaes
• [ ] Variar la proporción de recombinantes/parentales.
  Para el 26 de septiembre