MIMIC III 数据 + postgreSQL

[JackieMium]

MIMIC III 数据 + postgreSQL

申请的 MIMIC III 数据库 今天终于通过了，下载发现一堆 csv.gz 大小也是惊人。所以自己一一个用表格怕是不可能了，只能去用他们推荐的数据库管理了。

安装和配置

首先第一步就是用官方提供的 mimin-code 来构建数据库了。官方推荐postgreSQL，那就用这个好了。 Debian 的话安装postgresql倒是没什么，直接sudo apt install postgresql就 KO 了。看了一下版本

➜  ~ psql --version
psql (PostgreSQL) 10.4 (Debian 10.4-2)

还是挺新的。很多基础的东西文档都已经覆盖，但是人懒就是没看，碰到问题查，感觉浪费的时间也不少。

安装完之后默认会创建postgres这个用户，然后我就psql -U postgres 打算登录，结果报错：

psql: FATAL:  Peer authentication failed for user "postgres"

上网查了一下就解决了。解决办法是 编辑/etc/postgresql/10/main/pg_hba.conf文件，将

# Database administrative login by Unix domain socket
local   all             postgres                                peer

中peer改成trust，然后systemctl restart postgresql.service 重启下服务重载设置应该就能登录了。确保posgres用户可用之后就能直接用 mimic-code 提供的脚本构建数据库了，由于这个数据很大，构建数据库需要一会儿，可以先坐和放宽。

简单使用

现在只有postgres用户，数据我自己用，我们显然想自己的用户也是 super user 的。所以下面就是给我自己授权了。

首先 psql -U postgres 登录 postgres 用户，然后：

CREATE USER XXX;
ALTER USER XXX SUPERUSER CREATEDB;
\du

就行了。这样我自己也能管理数据库了。

要进入 mimic 数据库，直接psql mimic就行了。

值得注意的是，mimic-code 提供了很多concepts，就是已经定义好的一些疾病和数据提取方法。但是按照 README 里写的直接make concepts并不能直接生成这些数据，我自己就看了Makefile，发现根本就没写concepts的规则，也难怪直接 make 不行。所以需要把mimic-code/buildmimic/postgres/Makefile复制一份到mimic-code/concepts/，然后自己编辑加入concepts规则。具体做法倒很简单，直接把上面的那些规则复制一份然后改动具体调用的sql文件为当前目录下的make-concepts.sql就行了。 这个也不知道是 mimic-code 本来设置如此还是我搞错，但是反正黑猫白猫吧，那些物化视图我倒是都顺利生成了。

最后来看看MIMIC III里的数据的样子：

嗯，很好，数据库建立完毕，剩下的就是怎么用数据库和导入 R 分析的问题了。

[BruceLuo33]

请问能装在移动硬盘里吗？

[JackieMium]

@BruceLuo33 可以当然是可以的，但是不建议。因为这个你随时可能想看一下都需要连接读取的，硬动硬盘不能保证随时携带，也不能保证连接性稳定，读取速度也比不上本地硬盘。本身数据库只需要 50~60G 空间而已，有移动硬盘的话自己把硬盘空出空间来岂不更好。

[BruceLuo33]

主要是因为我的电脑只剩下40多个G的容量了哈哈，我再去删点东西，谢谢回复！

[BruceLuo33]

楼主你好，我想问一下，我将mimic iii数据库导入到了sql之后能删掉之前的csv吗？因为硬盘容量只剩下10来个G了，现在速度非常慢。谢谢！

[JackieMium]

@BruceLuo33 数据库建好了当然可以删

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[BruceLuo33]

@JackieMium 好的谢谢！