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From Giuseppe D'Auria
para que funcione el bwa con paired-ends tengo que hacer eso: indexando la secuencia de referencia bwa index -a bwtsw sequence.fasta alineando los dos ficheros de forward y reverse bwa aln sequence.fasta NG-5400_Y3_read_1.fastq> reads_y3_1.sai bwa aln sequence.fasta NG-5400_Y3_read_2.fastq> reads_y3_2.sai mapeando los dos ficheros bwa sampe -f aln_y3.sam sequence.fasta reads_y3_1.sai reads_y3_2.sai NG-5400_Y3_read_1.fastq NG-5400_Y3_read_2.fastq creando el bam samtools view -b -S aln_y3.sam> aln_y3.bam sorteando el bam samtools sort aln_y3.bam aln_y3.sorted indexando el bam samtools index aln_y3.sorted.bam Tendriamos que tener en el backbone_analysis una opción para que el pipeline funcione de esta manera.
para que funcione el bwa con paired-ends tengo que hacer eso:
bwa index -a bwtsw sequence.fasta
bwa aln sequence.fasta NG-5400_Y3_read_1.fastq> reads_y3_1.sai bwa aln sequence.fasta NG-5400_Y3_read_2.fastq> reads_y3_2.sai
bwa sampe -f aln_y3.sam sequence.fasta reads_y3_1.sai reads_y3_2.sai NG-5400_Y3_read_1.fastq NG-5400_Y3_read_2.fastq
samtools view -b -S aln_y3.sam> aln_y3.bam
samtools sort aln_y3.bam aln_y3.sorted
samtools index aln_y3.sorted.bam
Tendriamos que tener en el backbone_analysis una opción para que el pipeline funcione de esta manera.
From Giuseppe D'Auria