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KUAS-Korea / KUAS-2021-igem

KUAS at Korea University
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AND gate 목록 #22

Open kwanghoson7 opened 3 years ago

kwanghoson7 commented 3 years ago

목적 : 2개의 신호를 받아 특정 유전자의 발현을 유도하기 위함. violacein 생산과 연결해 사용할 예정. 조건 : 길이가 너무 길지 않아야 하고, 성공한 사례가 있는 파츠 중심으로 조사.

T7 RNA polymerase gene with two internal amber codons (T7ptag) & amber suppressor gene supD http://parts.igem.org/Part:BBa_K228260 작동 확인됨, 하지만 크기가 커서 다루기 어려움.

Split T7 RNA polymerase AND gate 5028.full.pdf http://parts.igem.org/Part:BBa_K2442398 논문에서 작동 확인됨 iGEM17_Glasgow 팀에서 이를 시도했으나 DNA sequence error로 인해 확인하지 못함. 위와 동일하게 크기가 커 다루기 어려울 것이라 예상됨.

http://2011.igem.org/Team:TU_Munich/lab/results image

Chaperon & transcription factor AND gate outrwtg.pdf 논문에서 작동 확인됨. iGEM14_BIT-CHINA 팀에서 시도함, 2개 circuit 만들고 그 중 ipgC, mxiE의 작동을 실험했으나 complex가 작용하는 프로모터 pipaH의 basal level이 높아 control에서도 형광이 확인됨. RBS의 세기를 낮추고 추가 실험을 진행했으나 결과 작성 안됨. 파트 또한 등록 안됨.

hrpR, hrpS AND gate http://parts.igem.org/Part:BBa_K1014014

NAND gate? https://2019.igem.org/Team:Amazonas-Brazil/Design

https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-11-S4-S16

igchoi commented 3 years ago

@kwanghoson7 Kill Switch용 AND gate와 AND gate general 모델링은 아래 링크의 주피터노트북을 참고하세요. 주피터노트북은 사용가능할줄 알지요? DryLab

2sungwook commented 3 years ago

조교님과의 회의 T7 AND gate 와 vio operon 을 다른 플라스미드를 사용할 경우 카피 수가 달라질 수 있어 어려움. 교수님 디자인으로 진행하는 것이 좋음. 단, 현재는 각 vio 유전자 앞에 프로모터가 들어 있어, 각 유전자를 꺼내어 polycistronic 형태로 만든 다음 두 부분으로 나눠서 사용해야함. 15kb 파트 transform 은 시도는 해볼 수 있지만 성공확률 낮음.

2sungwook commented 3 years ago

조교님께서도 교수님 디자인을 선호하시는 것 같습니다. 그럼 다음 단계로는

  1. 광센서 합성
  2. Gibson assembly용 PCR 프라이머 디자인 이 될 것 같습니다.

광센서는 LovTAP 을 사용할 경우 kit 의 파트를 사용하여 조립 가능하고 pDawn 의 경우 조립을 하거나 pDawn 플라스미드를 pcr 해서 사용해도 좋을 것 같습니다. 프라이머 디자인 관련해서는 조교님의 도움을 받으면 좋을 것 같습니다.

교수님께서는 어떻게 생각하시는지 조언 부탁드립니다!

igchoi commented 3 years ago

진행하세요

2021년 9월 10일 (금) 오후 5:26, 2sungwook @.***>님이 작성:

조교님께서도 교수님 디자인을 선호하시는 것 같습니다. 그럼 다음 단계로는

  1. 광센서 합성
  2. Gibson assembly용 PCR 프라이머 디자인 이 될 것 같습니다.

광센서는 LovTAP 을 사용할 경우 kit 의 파트를 사용하여 조립 가능하고 pDawn 의 경우 조립을 하거나 pDawn 플라스미드를 pcr 해서 사용해도 좋을 것 같습니다. 프라이머 디자인 관련해서는 조교님의 도움을 받으면 좋을 것 같습니다.

교수님께서는 어떻게 생각하시는지 조언 부탁드립니다!

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2sungwook commented 3 years ago

AND gate 파트 서열입니다. LovTAP: https://benchling.com/s/seq-HlVTx1IKGGnTKNLbyDAU pDawn: https://benchling.com/s/seq-vVdNhuu0ce91ej8jdPBg 이 파트들 뒤에 cl 와 pBAD 를 가진 vio 유전자들을 두면 될 것 같습니다.