Usable parts list

[2sungwook]

안녕하세요 교수님? 저번에 말씀해주신대로 distribution kit 에 포함된 파트를 활용하는 방안을 생각해보았습니다. kit 에 포함된 파트만으로도 두 종류의 광센서(Lov-TAP, pDawn)를 만들 수 있을 것 같습니다. 광센서를 구성하는데 필요한 파트를 엑셀 파일에 정리해보았는데 한 번 검토해주시면 감사하겠습니다. Parts list.xlsx

만약 이 광센서 디자인으로 프로젝트를 진행한다면 wet lab 실험으로는 어떤 실험이 가능할지 여쭤보고 싶습니다. 가장 간단한 방법은 빛이 있는 조건과 없는 조건에서 배양된 대장균에서의 물질 생산 여부를 확인하는 것이 될 것 같습니다. 또한 두 가지 광센서 디자인이 가능하니 두 센서의 성능을 비교하는 것도 가능할 것이라는 생각을 해보았습니다. 교수님께서는 의견이 어떠하신지 알려주시면 감사하겠습니다.

Distribution kit 에서 표면 발현에 사용되는 OmpA 파트를 발견했습니다. 이 파트에 mucin 에 결합하는 adhesin 단백질을 fusion하여 대장균이 개구리의 피부에 더 잘 결합하게하는 방안도 고려해보았습니다. 다만, 이 protein fusion을 하기 위해서는 복잡한 assembly 방식을 사용해야하기 때문에 IDT에서 제공하는 서비스를 활용하여 직접 합성하는 것이 더 좋을 수도 있을 것 같습니다. 이 부분 관련하여서도 조언 부탁드립니다.

감사합니다.

[2sungwook]

Mucin 결합 단백질 관련해서는 이 논문을 읽어보고 있습니다. Microbial adhesins to gastrointestinal mucus.pdf

[igchoi]

1. 설계는 SBOL형식을 사용해 glyph로 표현해 보세요
   • https://sbolcanvas.org/canvas/
   • https://synbiohub.org/
2. 실험은 누가 할 예정인가요? 합성생물학회 활동이 제대로 진행되고 있는지요?
3. human practice로 이전 활동한 이전년도(2009-2020)별 합성생물학회 활동(팀/팀주제/팀원/팀파트/결과등등)을 https://pages.github.com/ 에 페이지를 만들어 (예. kuas.github.io) 정리해주세요. 웹페이지가 만들어지면 알려주세요. kuaskorea.org로 링크하겠습니다.
4. 광센서/인버터는 이미 잘 알려진 회로이니, 지난번 알려준대로 logic gate(AND gate?)를 디자인해보세요.
   • https://www.nature.com/articles/nchembio.2390