Make a job script for Fugaku

Kenkentake / optimizePara

make c programs that can execute the parallel optimization

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Make a job script for Fugaku #5

Closed Kenkentake closed 2 years ago

Kenkentake commented 3 years ago

Summary

Make a job script for Fugaku

Goal

Run estimation_main on Fugaku

Todo

[x] make a job script for Fugaku
[x] Run estimation_main on Fugaku

Deadline

xx/xx

Parent issue

None

References

None

Notes

None

Kenkentake commented 3 years ago

参考にするファイル

テスト用の富岳のジョブスクリプト（@Fugaku）
- ~/neuron_kplus/hoc/single_test.sh
- ~/fneuron_kplus/k_job/single_test.sh
京でのジョブスクリプト（@cluster）
- /mnt/nas2/data/kbaklast/home/hp160269/k03180/estimator/sb_estimation/src_k /sb_estimation_1.sh

Kenkentake commented 3 years ago

利用及びジョブ実行編より京から移行する際の注意事項のメモ

ステージングは不要
- #PJM --stgin
- #PJM --stgout
- #PJM --stg-transfiles
- #PJM --mpi "use-rankdir"
ジョブ実行時にデフォルトの言語環境が設定されるため環境変数の設定は不要
- . /work/system/Env_base

Kenkentake commented 3 years ago

実行結果：

[u00690@Fugaku ~/optimizePara/src_forSB]$cat single_test.sh.7235655.err
[WARN] PLE 0611 plexec The program(./estimate_main) cannot be executed.(nid=0x226d0003)(error=execve failed. Exec format error.)(CODE=9213,0,8)

real    0m12.427s
user    0m0.097s
sys     0m0.142s

おそらく、estimation_emainが富岳上でコンパイルされたものではないので実行不可能な状態