current warnings WIP

[AndreaSanchezTapia]

as of 2021-02-24: formatDwc

Error: Can't combine `gbif$dateIdentified` <datetime<UTC>> and `speciesLink$dateIdentified` <character>.
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.
In addition: Warning message:
In formatDwc(splink_data = occs_splink, gbif_data = occs_gbif) :
  some columns in gbif_data do not follow the gbif pattern
Called from: signal_abort(cnd)

formatOcc:

`Warning message:
In last.name[gen.suf] <- gsub("\\s[A-Zà-ýÀ-Ý]\\.", "", name[gen.suf],  :
  number of items to replace is not a multiple of replacement length`

validateCoords [isto já foi]

Error in checkBorders(x1, geo.check = "geo.check", country.shape = country.shape,  : 
  unused arguments (geo.check = "geo.check", country.shape = country.shape, country.gazetteer = country.gazetteer, output = output)

validateTax bad format names

Identifier	Records
(mo, R.L.	148
Dias, M.C.	141
(mo, R.L.L.	140
(aau, S.L.	112

validateDup

Warning message:
To merge geographic info, the input data must contain the following column(s): geo.check. Skipping 'geo' from info to merge. 

[LimaRAF]

@AndreaSanchezTapia

Para a parte de 'validateTax bad format names' inclui um tratamento especial para esses casos. Espero que não esteja zuando outros casos, mas acho que não. Mas de novo, não é o plantR que está formatando mal, é o nome de entrada que tem um código de herbário junto ao nome da pessoa, ou seja, o input está errado na base.

[LimaRAF]

@AndreaSanchezTapia

Para a parte de 'validateDup' o problema deve vir do pau que estava dando em check_borders. Pois a ultima vez que rodei no meu branch não tive esse erro. De qualquer modo só dá pra olhar quando fechar validateCoord de vez

[LimaRAF]

@AndreaSanchezTapia

Sobre formatOcc. Não consegui reproduzir o seu erro aqui. Mas fiz uma alteração no código que penso que deve resolver a questão. Pf, rode de novo no seu check e veja se resolve.

[LimaRAF]

@AndreaSanchezTapia @saramortara

A parte do formatDwc. Antes tinha um stop se houvesse campos não GBIF. Mas como está tendo alguma discordância entre os campos DwC e o que vem do GBIF, todo o workflow parava em formatDwc. Então transformei o stop em um warning. Mas precisa rastrear a origem do problema. Deixo essa missão para vcs que desenvolveram a função. Assim que resolver, por mim, podem fechar esse issue.

[LimaRAF]

@AndreaSanchezTapia creio que com as ultimas mudanças no formatDwc(), ficou tudo ok com esse issue. Fechando...