Luthaf
commented
1 year ago For context, when running on the first frame of molecular_crystals (176 atoms), the old code produced this profile:
╔════╦══════════════════════════════════════════════╦════════════╦═══════════╦══════════╦═════════════╗
║ id ║ span name ║ call count ║ called by ║ total ║ mean ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 2 ║ Full calculation ║ 1 ║ — ║ 6.19s ║ 6.19s ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 4 ║ LodeSphericalExpansion::compute ║ 1 ║ 2 ║ 6.17s ║ 6.17s ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 1 ║ LodeRadialIntegralSpline::with_accuracy ║ 2 ║ 4, 2 ║ 24.31ms ║ 12.16ms ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 0 ║ LodeRadialIntegralGto::compute ║ 5122 ║ 1 ║ 21.18ms ║ 4.14µs ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 3 ║ Calculator::prepare ║ 1 ║ 2 ║ 926.31µs ║ 926.31µs ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 5 ║ compute_k_vectors ║ 1 ║ 4 ║ 161.05µs ║ 161.05µs ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 7 ║ project_k_to_nlm ║ 1 ║ 4 ║ 14.74ms ║ 14.74ms ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 6 ║ SplinedRadialIntegral::compute ║ 25662 ║ 7 ║ 2.90ms ║ 113.00ns ⚠️ ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 8 ║ SphericalHarmonics::compute ║ 25662 ║ 7 ║ 875.10µs ║ 34.00ns ⚠️ ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 9 ║ compute_structure_factors ║ 1 ║ 4 ║ 3.60s ║ 3.60s ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 10 ║ compute_density_fourrier ║ 1 ║ 4 ║ 164.45µs ║ 164.45µs ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 11 ║ LODE main loop ║ 1 ║ 4 ║ 2.53s ║ 2.53s ║and the new code produce this profile:
╔════╦══════════════════════════════════════════════╦════════════╦═══════════╦══════════╦═════════════╗
║ id ║ span name ║ call count ║ called by ║ total ║ mean ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 2 ║ Full calculation ║ 1 ║ — ║ 2.75s ║ 2.75s ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 4 ║ LodeSphericalExpansion::compute ║ 1 ║ 2 ║ 2.73s ║ 2.73s ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 1 ║ LodeRadialIntegralSpline::with_accuracy ║ 2 ║ 4, 2 ║ 25.36ms ║ 12.68ms ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 0 ║ LodeRadialIntegralGto::compute ║ 5122 ║ 1 ║ 22.30ms ║ 4.35µs ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 3 ║ Calculator::prepare ║ 1 ║ 2 ║ 1.04ms ║ 1.04ms ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 5 ║ compute_k_vectors ║ 1 ║ 4 ║ 216.40µs ║ 216.40µs ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 7 ║ project_k_to_nlm ║ 1 ║ 4 ║ 15.19ms ║ 15.19ms ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 6 ║ SplinedRadialIntegral::compute ║ 25662 ║ 7 ║ 2.88ms ║ 112.00ns ⚠️ ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 8 ║ SphericalHarmonics::compute ║ 25662 ║ 7 ║ 957.23µs ║ 37.00ns ⚠️ ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 9 ║ compute_structure_factors ║ 1 ║ 4 ║ 119.99ms ║ 119.99ms ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 10 ║ compute_density_fourrier ║ 1 ║ 4 ║ 129.11µs ║ 129.11µs ║
╠════╬══════════════════════════════════════════════╬════════════╬═══════════╬══════════╬═════════════╣
║ 11 ║ LODE main loop ║ 1 ║ 4 ║ 2.58s ║ 2.58s ║
╚════╩══════════════════════════════════════════════╩════════════╩═══════════╩══════════╩═════════════╝compute_structure_factors is down to 120ms from 3.6s, and the overall calculation is a bit more than twice as fast 🎉
Subtraction theorem exploited when computing the LODE structure factor in order to remove the double sum over atoms.
:books: Documentation preview :books:: https://rascaline--242.org.readthedocs.build/en/242/