lishuangshuang0616
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2 months ago 您好，软件版本建议使用压缩包的2.1.3版本，可以和FBS沟通使用（目前还未正式发布）。 1.软件报错是因为分析中测序的reads数量过于多导致需要极大的内存而被killed，可以查看01.data/sequence_report.tsv文件看下reads数量，建议低于100M。你使用的这个版本存在比较大的问题（切分fastq多线程分析这块），不建议使用。 2.RNA需要使用--end5分析，不适用会导致捕获mRNA非常低，合并也会出现错误，RNA的结果也会不正确，影响细胞聚类分群。VDJ仅使用合并结果用于合并。5端一定需要加上--end5。 3.断点机制的话，--process 会有几个字符串，对应目录的不同输出，已完成的可以不用方进去，比如你的data已经完成再跑assembly，那么重新分析就是--process assembly,filter,report来分析。不过你这个不是5端，建议删除已分析的目录全部重新分析。
切记，使用压缩包版本dnbc4tools2.1.3。
biginfor
尊敬的开发者： 您好！我在分析scBCR-Seq数据时遇到了以下几个问题： 1.当dnbc4tools vdj run开始使用TRUST4（v1.1.1）执行contig Assembly 和annotation时，出现如下报错： assembly - ERROR - Command failed with exit code 137. Read in and count kmers for 8800000 reads. Killed. 软件并不显示更多的报错原因。但是当我使用log文件中出现的命令行单独运行，一切似乎又正常了，是因为我在开始的运行代码中设置了过多的线程并行的原因吗？ 以下是初始运行代码： dnbc4tools vdj run \ --fastq1 sample1_1_R1.fastq.gz sample1_2_R1.fastq.gz sample1_3_R1.fastq.gz\ --fastq2 sample1_1_R2.fastq.gz sample1_2_R2.fastq.gz sample1_3_R1.fastq.gz \ --beadstrans /scRNA/test/output/singlecell.csv \ --ref Human \ --name test \ --threads 25 \ --chain IG 2.我注意到主程序其实是分步骤进行的，下游步骤出错，上游结果依然存在，我想问该pipeline是否有对应的断点机制，使得当下游任务失败时，不必再耗时耗力从头进行分析？ 3.在执行dnbc4tools rna run时，没有加上--end5参数（即使我们的下机数据是5' scRNA-Seq），对下游分析（如基于表达矩阵的单细胞聚类分群以及相应的scBCR-Seq和scTCR-Seq联合分析）有多少影响？
热切期盼您的回复！