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MGI-tech-bioinformatics / DNBelab_C_Series_HT_scRNA-analysis-software

An open source and flexible pipeline to analysis high-throughput DNBelab C Series single-cell RNA datasets
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单细胞数据结果文件 #119

Open ldan999 opened 2 months ago

ldan999 commented 2 months ago

华大工程师老师您好，在单细胞跑完的文件中，我看到report文件夹中有细胞分群和注释的结果，请问聚类和注释是基于什么方法进行的？另外我也看到output文件夹中有过滤的矩阵压缩包，请问过滤的标准可以从哪里了解？ 是否有专门的文献或者报告可以了解dnbc4tools rna run生成的文件的详细信息或者分析流程？非常感谢您！ image image

ldan999 commented 2 months ago

另外也想请教您细胞降维的参数以及注释的marker可以从哪里获得。

lishuangshuang0616 commented 2 months ago

软件分析的结果是使用scanpy进行分析的。 建议使用output/filter_matrix使用seurat或者scanpy进行分析，读取方法见https://github.com/MGI-tech-bioinformatics/DNBelab_C_Series_HT_scRNA-analysis-software/blob/version2.0/doc/io.md image image

ldan999 commented 1 month ago

感谢您的回复！想请问您filter_matrix和raw_matrix有什么不同呢？数据筛选的标准是什么？

h4rvey-g commented 6 days ago

@lishuangshuang0616 同问，能否提供数据筛选的标准？

lishuangshuang0616 commented 5 days ago

image raw是所有cellid的矩阵，filter是cell calling之后的，cell calling使用的emptydrops方法。filter matrix并没有经过seurat或者scanpy处理过滤。