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MGI-tech-bioinformatics / DNBelab_C_Series_HT_scRNA-analysis-software

An open source and flexible pipeline to analysis high-throughput DNBelab C Series single-cell RNA datasets
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其他物种参考基因组的构建 #127

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ASasasdasfasfasfasfasf commented 2 hours ago

工程师您好，加入我现在需要构建其他物种的参考基因组，有gtf与fa文件，但我看参数仅能选人跟鼠的，我该怎么操作？ 期待您的回复

lishuangshuang0616 commented 1 hour ago

参考这个说明部分，参数可以查看parameter部分的markdown https://github.com/MGI-tech-bioinformatics/DNBelab_C_Series_HT_scRNA-analysis-software/blob/version2.0/doc/pipeline/scRNA.md

lishuangshuang0616 commented 1 hour ago

你需要研究的是VDJ吗，如果是VDJ目前不提供其他物种的参考数据库构建方式。

ASasasdasfasfasfasfasf commented 1 hour ago

我研究的是常规分析，没涉及VDJ，然后我之前试着构建了其他物种，从[Ensembl 数据库]下载的，有的物种只有gff文件，我尝试将gff转为gtf，然后过滤，但过滤之后是空的。最后我尝试不过滤直接构建，发现成功了，请问这样对接下来的分析影响大不大

lishuangshuang0616 commented 15 minutes ago

过滤是可选项，不过滤也可行，只是可能存在一些假基因和mRNA完全重合导致基因表达分配问题。 ensembl数据库大部分都有gtf，你的是哪个物种，我看下。

ASasasdasfasfasfasfasf commented 12 minutes ago

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