search

MGI-tech-bioinformatics / DNBelab_C_Series_HT_scRNA-analysis-software

An open source and flexible pipeline to analysis high-throughput DNBelab C Series single-cell RNA datasets
MIT License
52 stars 20 forks source link

DNBC4Tools产生的单细胞数据可以使用MARVEL进行RNA剪接分析吗？ #61

Closed TianYu-828 closed 6 hours ago

TianYu-828 commented 4 months ago

你好，我想使用MARVEL对C4的单细胞RNA数据进行RNA剪接分析，但是没有合适的cell barcode list可以指定。请问有合适的解决方法吗？

lishuangshuang0616 commented 4 months ago

You can try using _/miniconda3/envs/dnbc4tools/lib/python3.8/site-packages/dnbc4tools/config/whitelistatac.txt.gz for the whitelist. I haven't used this software before, so I can't give you an accurate response.

TianYu-828 commented 4 months ago

非常感谢你的回复，我在2.0.7版本中没有发现这个文件，但是在2.1.1中发现了“whitelist_atac.txt.gz”。我是否需要使用2.1.1版本对下机数据重新进行分析？ 能否提供适合DNBC4单细胞数据进行RNA剪接的分析软件？

lishuangshuang0616 commented 4 months ago

不用重新分析，2.1.1版本whitelist和之前版本的一致，只是我发现这个whitelist_atac.txt.gz文件刚好适合你使用。 我并没有太多这块分析的经验，暂时不能提供帮助，抱歉。

TianYu-828 commented 4 months ago

好的，非常感谢。