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MGI-tech-bioinformatics / DNBelab_C_Series_HT_scRNA-analysis-software

An open source and flexible pipeline to analysis high-throughput DNBelab C Series single-cell RNA datasets
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Error code: SAW-A10400, get signal: 18 #65

Closed Tc940417 closed 2 months ago

Tc940417 commented 2 months ago

您好，我在运行过程中出现了这个问题，请问是什么造成的呢？ image

lishuangshuang0616 commented 2 months ago

内存超了

Tc940417 commented 2 months ago

@lishuangshuang0616 ，好滴谢谢你。顺便问一下，gff基因注释文件转成gtf后再进行过滤数据库后生成的文件是0字节的，请问是什么问题呀？

lishuangshuang0616 commented 2 months ago

过滤后的gtf文件截图一下前10行我看一下

Tc940417 commented 2 months ago

@lishuangshuang0616 您好，我是使用dnbc4tools tools mkgtf --ingtf Medicago_falcata.genome.gtf --out Medicago_falcata.filter.gtf --type gene_type，这个代码，gtf文件前十行如下图 image 最后输出过滤后文件为0字节文件

Tc940417 commented 2 months ago

image 这样的

lishuangshuang0616 commented 2 months ago

mkgtf这个步骤是可选的，你的gtf似乎也没有gene_type的标注可以不用过滤。 mkgtf过滤还会读取第三列为gene的行（软件写的固定，下个版本优化），所以输出为空。 这个gtf不用过滤就行。

Tc940417 commented 2 months ago

我这边使用不过滤的文件构建的数据库，跑完dnbc4tools，数据结果很差，很多都在基因间区，但是我用另外的同源的基因注释文件（可以过滤的）跑出来的就很好，是不是这个没办法过滤的基因注释文件不是很好？

lishuangshuang0616 commented 2 months ago

嗯嗯，过滤gtf的基因类型不会使你的间区比例减小，相反可能会更高。 如果你的gtf结果很差，那么可能的原因之一使gtf文件注释准确性一般。

Tc940417 commented 2 months ago

@lishuangshuang0616 image 而且会有很多这种warning！信息，非常感谢老师答疑！

lishuangshuang0616 commented 2 months ago

应该是transcript行的gene_id与他下面的exon的gene_id不一致导致的

Tc940417 commented 2 months ago

好的，谢谢您的解答