C4单细胞上游分析提问

MGI-tech-bioinformatics / DNBelab_C_Series_HT_scRNA-analysis-software

An open source and flexible pipeline to analysis high-throughput DNBelab C Series single-cell RNA datasets

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C4单细胞上游分析提问 #96

Open hswl1314 opened 3 months ago

hswl1314 commented 3 months ago

华大的工程师您好，我是想从10X单细胞转到C4测序。之前已学会10X的单细胞上游分析。在学习C4的上游分析过程中遇到困难。1、以小鼠为例，quickstart.md中的构建索引输出文件夹为Mus_musculus，当中并没有mm10。而运行代码中--genomeDir /database/scRNA/Mus_musculus/mm10最后有mm10，请问如何解释？下图是构建索引得到的文件。

lishuangshuang0616 commented 3 months ago

按照你实际的数据库路径填写即可。

hswl1314 commented 3 months ago

谢谢，我试试，有问题再来请教您