MIC-DKFZ / MedNeXt

[MICCAI 2023] MedNeXt is a fully ConvNeXt architecture for 3D medical image segmentation.
https://arxiv.org/pdf/2303.09975
Apache License 2.0
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About data processing before validation or testing #26

Open yykmeng opened 1 month ago

yykmeng commented 1 month ago

你好!

我想知道在validation和testing时如何对数据进行处理?我尝试自己找到这些代码片段,但是我失败了。

我知道在训练时需要将数据crop到(128, 128, 128)的大小,并进行数据增强。然而,我并不知道在validation和testing时如何处理数据。我需要对图像进行裁剪到(128, 128, 128)的大小吗?

如果需要裁剪,那么是不是应该保证所有标签有效值被裁剪到范围内?如果不需要裁剪,那如何将数据对其模型以便模型进行推理呢?毕竟模型只能接收(128, 128, 128)的大小的数据。

感谢您抽出宝贵的时间回答我的问题!

saikat-roy commented 1 month ago

Hi, are you using the nnUNet training code or using the model externally?