search

MagneticResonanceImaging / MRIReco.jl

Julia Package for MRI Reconstruction
https://magneticresonanceimaging.github.io/MRIReco.jl/latest/
Other
85 stars 22 forks source link

MRIFiles: `save(ISMRMRDFile(rawfile), raw)` broken in Julia 1.11 and 1.12 #194

Closed cncastillo closed 4 hours ago

cncastillo commented 2 weeks ago

While testing KomaMRI (https://github.com/JuliaHealth/KomaMRI.jl/actions/runs/9771622540/job/26974655129?pr=422#step:18:696), I noticed that save(ISMRMRDFile(rawfile), raw) is failing in Julia 1.11 and 1.12.

MWE:

import MRIFiles: save, ISMRMRDFile
import MRIBase: RawAcquisitionData, Profile, AcquisitionHeader
import HDF5: FileIO

# Define minimal RawAcquisitionData
raw = RawAcquisitionData(
    Dict(
        "encodedSize" => [2, 2, 1],
        "reconSize"   => [2, 2, 1],
        "encodedFOV"  => [100.0, 100.0, 1.0],
        "reconFOV"    => [100.0, 100.0, 1.0],
    ),
    [
        Profile(
            AcquisitionHeader(; 
                trajectory_dimensions=2, 
                sample_time_us=1
                ),
            [0.0 0.0 1.0 1.0; 
             0.0 1.0 1.0 1.0] ./ 2,
            [0.0; 0.0im; 0.0; 0.0 ;;],
        ),
    ],
)

rawfile = "test.mrd"
save(ISMRMRDFile(rawfile), raw)

Output for Julia 1.12:

ERROR: MethodError: Cannot `convert` an object of type 
  Tuple{UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8} to an object of type 
  Tuple{UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8,UInt8}
This error has been manually thrown, explicitly, so the method may exist but be intentionally marked as unimplemented.

Closest candidates are:
  convert(::Type{T}, ::NTuple{N, Any}) where {N, T<:Tuple}
   @ Base essentials.jl:591
  (::Type{T})(::Tuple) where T<:Tuple
   @ Base tuple.jl:451
  (::Type{T})(::Any) where T<:Tuple
   @ Base tuple.jl:456
  ...

Stacktrace:
  [1] _tuple_error(T::Type, x::NTuple{921, UInt8})
    @ Base ./essentials.jl:588
  [2] convert(::Type{NTuple{372, UInt8}}, x::NTuple{921, UInt8})
    @ Base ./essentials.jl:595
  [3] setindex!(A::Vector{NTuple{372, UInt8}}, x::NTuple{921, UInt8}, i::Int64)
    @ Base ./array.jl:967
  [4] writeProfiles(file::HDF5.File, dataset::String, profiles::Vector{Profile})
    @ MRIFiles ~/.julia/packages/MRIFiles/lFnsn/src/ISMRMRD/HDF5Types.jl:252
  [5] (::MRIFiles.var"#32#33"{RawAcquisitionData, String})(file::HDF5.File)
    @ MRIFiles ~/.julia/packages/MRIFiles/lFnsn/src/ISMRMRD/ISMRMRD.jl:97
  [6] (::HDF5.var"#17#18"{HDF5.HDF5Context, @Kwargs{}, MRIFiles.var"#32#33"{RawAcquisitionData, String}, HDF5.File})()
    @ HDF5 ~/.julia/packages/HDF5/Z859u/src/file.jl:101
  [7] task_local_storage(body::HDF5.var"#17#18"{…}, key::Symbol, val::HDF5.HDF5Context)
    @ Base ./task.jl:315
  [8] #h5open#16
    @ ~/.julia/packages/HDF5/Z859u/src/file.jl:96 [inlined]
  [9] h5open
    @ ~/.julia/packages/HDF5/Z859u/src/file.jl:94 [inlined]
 [10] save
    @ ~/.julia/packages/MRIFiles/lFnsn/src/ISMRMRD/ISMRMRD.jl:94 [inlined]
 [11] save(f::ISMRMRDFile, acq::RawAcquisitionData)
    @ MRIFiles ~/.julia/packages/MRIFiles/lFnsn/src/ISMRMRD/ISMRMRD.jl:94
 [12] top-level scope
    @ ~/Documents/test_MRIFiles.jl:27
Some type information was truncated. Use `show(err)` to see complete types.

I will see if I have time to investigate during the weekend.