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Malelei / Bioinformatik-R-Kurs

Malelei's first repository for the module bioinformatics
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Übung 3 #1

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Malelei commented 2 years ago

Übung 3

1. schauen, ob packages schon installiert

installed.packages()

2. benötigte Packages istallieren

install.packages(ape) install.packages(phangorn)

3. Packages laden

library(ape) library(phangorn)

4. Datensatz laden

fdir <- system.file("extdata/trees", package = "phangorn") primates <- read.phyDat(file.path(fdir, "primates.dna"), format = "interleaved")

data(primates)

5. definieren

distance <- distance_Matrix_Primates <- dist.ml(primates) tree_UPGMA_primates <- upgma(distance) tree_NJ_primates <- NJ(distance)

6. Stammbäume erstellen

-> UPGMA-gewurzelter Baum

plot(tree_UPGMA_primates, main ="UPGMA")

-> neighbour-joining Methode

plot(tree_NJ_primates,"unrooted", main ="NJ")

Antworten auf Fragen:

Befindet sich unter den Species ein Nicht-Primat? Wie ist dessen Position in den Bäumen zu beschreiben?

-> Mouse: die Abzweigung ist besonders früh

Mit welchen anderen zwei Primaten formt ‘Lemur’ ein Cluster?

-> Bovine & Tarsier

Welcher Primat formt mit dem Menschen ein Cluster?

-> Chimp

Bioinformatik Übung 3.pdf

Malelei commented 2 years ago

Bioinformatik Übung 3_3.1.2.pdf