The case where the sequence strand of SV is a reverse strand

[jwli-code]

I used Assemblytics and Syri software to process the nucmer results respectively, and found that reverse strand SV would occur in Assemblytics. Later, I extracted the sequence and compared the difference between the two sequences at the same site, and found some problems. For this kind of problem, what should I do in the case of reverse chains? Which should be right ? The following are the original output results of the two software and the results of my extraction sequence. syri_result C09 62451491 DEL26880 TCACAATACTAAAAGCCCTATATGCTGAGATTATAGGCTGCCACGTCACCCAAAATAATCAACCAATAAAAAACAGTTAATCGGACATGTCAGACAGGCCTCCTGTGTTAGTTTCGTCCAGAGTCGAGCATCTGACAATGTGGGCTTCATCCGATAAATTTTCCACTTGGGCTTTGTCTGTTTTTTATATGCGCGGTTGGCCACATAATATATGAATCACCACATTATTTTATGTCAACGTAATTTATGAATCACATTACCTTATGGCAATCTTAATTTATTGAGAATACCTTTCCTCTTCCTTCAAAATGTCGATAGACCTTTGCCCTTTCTCTCACAACTCAAGACTTTTGCCAAGGTGAACAAAGAGAATTCGAGAGACTTGCAAAGTTGCAATGCGCCAGAGCGATGGCGATCGTCGCGTCGAAACGGATTGGTTTCCCCTGCGGCCCCATCCATGTTCTCGCCGATCAATCATTTCCAACTCTCGCTATCAACTCTTTTACCGTCTCCGGCAACGTAAGTTAAATCTCATGTTTCGTTTTCTTTCACTTCTTTTGAAGCTTTTCGTTTGTTTGGTGTTGTTGCAGAGTGAGTGCTCCGAGGTATCAGATCATTCCATTAGGGACAGATCTTAATTGGCTTCTTTTGCTGACTGATTTTCAAGAAAGTTTTTATACATGGCCACCGTGAAGCCTAGGATCATTGGAGGTATGTTCTTTCTCCGTTTCCAATCTTACGATTGTATGCCACTAATAATATTGAAGAATGAACCATTTTGTTAATAATCTTTTATTTATAATTTTTTAAGGTGTGACATGGGTGTGGTGTTTCTCACTTGACAGATATATGTAAAGATCGAATAGGAAGAAATATCAAGCACTTTCTGTCTCGGGTTTAGTGGACTAGGTGATTGCGCCAATTGACATTCTTAAGAAAATAAATGAGATAACCTTACACCAAATCCCTAGGCTTCAATCCATGGCAGGTTCATCGTGTTGGAGAGATTCATTCGTCTTGGTATTCCATGTTTTTTCTTTTAACGCCACTCAGATTTCAGGATCTCCTATCTAACTATTATCGGGTTTTATTTCAGGTCGTGGAGCATGTTTTTGTTCATTTGCCGTTCACTAAGAAATAAGTAGTCACTCCAACAGGTACGAGAGGAGTATGTCTGAGCATTGACATAGTTTATGCAGTTTCTTAGATGCCATGCAGAGTAGTGGAGTTAGCTTATTCAGTTGGTTATAATTTGTTATCTTTTCCAAACCAGGAGCTGTGTATACCGGATTTGATTTTTGCAAGAAACTTTGTGGGTTTCTCAATGATTCGAAGGTGAGGTTTGAAAATACTTTGGCTTAATTTTTTTTTCTCCCACCTATAGTACTCTTGGAAGAGTATATTATTTAGAGAAATTCTCTATAGTTTTTGTCACAAATATAGCCTTTAAGGATCAAAATGACCAAAATATTGTATTAAAGGATGTGTTTTTGGGTTTATGGTTTAGAATTTAGGGTTTAAAGTTTATGATTTAGGGTTTAGAGTTAACGGATGAGGTTTTGGGGGTATGATTTCAAATTTTAAAAACTTAAAAAATATTAAAATTTTCAAAATAAAAAAAAATTATTTTGGTCATTTTATTTTTTTAAGTCTATTTTTGTGACACAAAACTTTAAAAAATCTATTTGAGAGAATTGTCTTATTATTTATGGTTATAAGGTGTGTATGCTTTGTTAGTAGTGAAAGTATAAAGCTTATTGAAAAAATCCTTCCAAATTAGCTTTACCATTATTCTGTCTGTCTTTTTCTTAAATTACATTAATGAACTTTCTGATTTATGGGTCTTGATCATTTGTGTATAAAAATTACTCGTGTGTAATACATATATATATTCTTTCAGGATTCCCTGCTTAAAGTTTTTGAAGTATATGTTTCACAGAAGAAATCAACTTTCTTTTTCAGTGACAATGTGAAAGTGGAATGCTTCTCCGTCACCTATTTCTTCTCTGAAAAACACATCCCCTAGCTCTGCCTTCACGCAAACTTTGTCGTCTCCCGCCGTCCACAATGCTTTCTTTCTCCTCAGTTTCTCTCATTTTGAAGTTCATATGATCACCTAGGTATTAACTTATAAGTATTTGATTGATTAAGATAATTATTCAAGTATTTTTTGCCCATTGTTTATAATCCTTAACAACCAGCATCTATATTGGTCAGTTCAGGTTAAGATAGCTACATTTCACTGTTTAGGATAAGGTTGGATGATCTTTCTGAAGATACTAATGTCTATCATCGGATCTAAAACTCAAAGAAACTTAACATCTTTCTTGATGCTCTTAACAGGGAATCCTCTTTTCCCCGGGAAAAATATAGTCCATCAATTGGATATGATGAATGATCTGTTGGGAACTCCATTTGTGAAACTATTGGAAGGGTCAGTGTCCCTTACCTCTCTCCACAATGCTTACAACAACTGCATTGTTACTTTTCTTGGCTGAACTGCTTTCACTGAATGTGACAGGTGAGGAACGAGAAAGCTGGAAGATACTTGAGGAGCATGAGGTTGAAGAAGTCTATTCGTTTTTCACATAAGCTTCCACATGACGATCCTCTCGATCTTCGTATTCTACAAAAGTTGTTGTCTTTTGAGCTCAATGAACGGCCTACATTTGAAGAGGTGCTTCACAAAATTATTTTACTACATTCCTTATGATCTATTTGGTTGTATTCAACTAAAATTATTGTTTAGGGGTTAGTCCTGACACTTGTGGAGTACTTCAAGGGTGTAGCTAAGAAAGAGACTATATATGAGCTCTCAAAGAGATCCCTCTGTTCAACCTGTCACCAAGCTGGAATTCGAGTTTGAGAGGCTGAAGATCACAAAAGAGGCCATGCCAGAGCTCATATATAGTATCTTGAGACTGCTCTTGAGTACCACCCAAAGATGCTAAAAGAATACTTGGATTTGTGGAATAGAAGATTTTGCTTCATATTAAGTTTTTTTTGTCAAAATTAATATTAATATTAAGTTTTTTGCAGAAGAGAAAAACAAACGTACTACAGTGTTTCTATTACCGGCACTACCCAACAAAAAACATGCTCGAGTTGGTGGTCGGAAGATGAAAGATTTAGGTTTATGAAGAATATGCTTTTTAATGAAGAATATGTTTTCTGTTGCAACATTTAGTTTACACCAAAATAAACAATAGCTTATAAAAATAACTAAATACATAATTTTGTTTTTGGTAGTAGGCAAGTAGCTAGAAAGGAAGTCAGAGAAATGGGACTATGAGTTCATGTCAATAGGTTGTTGTGGTTAGAAGACCATACTCAATCGAAACTTTACATGATTTTGAAATAAATCATTTCACTAATTTTCTCGAAACAATAATGTTATCTCTTGGCAGCTCCATATGATTTCAGCCATTAACTTTGATCTCTTCAGTGTTCTGAGACAATATTACGAACACAGAAAAACAAATTAACGAATATATGAAATCCGTGTTCTTGAGATAATATTAGGAACACAAAAACAAATTAATGAATATAAGAAACCCATTGAATATTAATCTAAAATCAATTCAATCATAACAATTTGCAATGACTGTATATACTTCATAACCTGAAAATTAAATTACGTTAATTGATTTAAATTTCAAACTCTATAAAGTAACTCAAATTCCCAAAATTAGAGACCTCTTTTATTAGTCATCAAAAAGATTCCACCAGTCCCATCTTAAACATTCAATAGGCCAATATTTAAACTAACATAAGAAAGAGATTTTCAAACAAAAACGGCAAATTTATTGCCACAAATTACTCTGAATATATTTAAAATCACAAATAATTAAATTTGTTTATTAAATAAAACCTATACTCAATATAAAAATGAAGATAGTGGTAAAAATTAAAGAGAAACTAAAAGAACATAAAGCAACATATGAAAAACTGCATTTAATAGTTGTATTAATTCCTTAAAAAATGTTGAAGAAAATTAATAAATACACTTAATATCTATCAAAAATATACACTCTCTAAAATTAACTACAGAGAAAACACAAAAATAATCATAGTTTATGTACATATGGAAATTCTGCAATATTCTATAATTAAATAACAAAACTAATTGTAAAATTTTAAAAGCAATAATCCGCGCGAAGCGCGGAAAACGAT T . PASS END=62455663;ChrB=C09;StartB=59463369;EndB=59463369;Parent=SYN10402;VarType=ShV;DupType=. Assemblytics_result C09 62451491 62455664 Assemblytics_b_27075 4177 + Deletion 4173 -4 C09:59463365-59463369:- between_alignments

two software sequence C09 62451491 Assemblytics_b_27075 TCACAATACTAAAAGCCCTATATGCTGAGATTATAGGCTGCCACGTCACCCAAAATAATCAACCAATAAAAAACAGTTAATCGGACATGTCAGACAGGCCTCCTGTGTTAGTTTCGTCCAGAGTCGAGCATCTGACAATGTGGGCTTCATCCGATAAATTTTCCACTTGGGCTTTGTCTGTTTTTTATATGCGCGGTTGGCCACATAATATATGAATCACCACATTATTTTATGTCAACGTAATTTATGAATCACATTACCTTATGGCAATCTTAATTTATTGAGAATACCTTTCCTCTTCCTTCAAAATGTCGATAGACCTTTGCCCTTTCTCTCACAACTCAAGACTTTTGCCAAGGTGAACAAAGAGAATTCGAGAGACTTGCAAAGTTGCAATGCGCCAGAGCGATGGCGATCGTCGCGTCGAAACGGATTGGTTTCCCCTGCGGCCCCATCCATGTTCTCGCCGATCAATCATTTCCAACTCTCGCTATCAACTCTTTTACCGTCTCCGGCAACGTAAGTTAAATCTCATGTTTCGTTTTCTTTCACTTCTTTTGAAGCTTTTCGTTTGTTTGGTGTTGTTGCAGAGTGAGTGCTCCGAGGTATCAGATCATTCCATTAGGGACAGATCTTAATTGGCTTCTTTTGCTGACTGATTTTCAAGAAAGTTTTTATACATGGCCACCGTGAAGCCTAGGATCATTGGAGGTATGTTCTTTCTCCGTTTCCAATCTTACGATTGTATGCCACTAATAATATTGAAGAATGAACCATTTTGTTAATAATCTTTTATTTATAATTTTTTAAGGTGTGACATGGGTGTGGTGTTTCTCACTTGACAGATATATGTAAAGATCGAATAGGAAGAAATATCAAGCACTTTCTGTCTCGGGTTTAGTGGACTAGGTGATTGCGCCAATTGACATTCTTAAGAAAATAAATGAGATAACCTTACACCAAATCCCTAGGCTTCAATCCATGGCAGGTTCATCGTGTTGGAGAGATTCATTCGTCTTGGTATTCCATGTTTTTTCTTTTAACGCCACTCAGATTTCAGGATCTCCTATCTAACTATTATCGGGTTTTATTTCAGGTCGTGGAGCATGTTTTTGTTCATTTGCCGTTCACTAAGAAATAAGTAGTCACTCCAACAGGTACGAGAGGAGTATGTCTGAGCATTGACATAGTTTATGCAGTTTCTTAGATGCCATGCAGAGTAGTGGAGTTAGCTTATTCAGTTGGTTATAATTTGTTATCTTTTCCAAACCAGGAGCTGTGTATACCGGATTTGATTTTTGCAAGAAACTTTGTGGGTTTCTCAATGATTCGAAGGTGAGGTTTGAAAATACTTTGGCTTAATTTTTTTTTCTCCCACCTATAGTACTCTTGGAAGAGTATATTATTTAGAGAAATTCTCTATAGTTTTTGTCACAAATATAGCCTTTAAGGATCAAAATGACCAAAATATTGTATTAAAGGATGTGTTTTTGGGTTTATGGTTTAGAATTTAGGGTTTAAAGTTTATGATTTAGGGTTTAGAGTTAACGGATGAGGTTTTGGGGGTATGATTTCAAATTTTAAAAACTTAAAAAATATTAAAATTTTCAAAATAAAAAAAAATTATTTTGGTCATTTTATTTTTTTAAGTCTATTTTTGTGACACAAAACTTTAAAAAATCTATTTGAGAGAATTGTCTTATTATTTATGGTTATAAGGTGTGTATGCTTTGTTAGTAGTGAAAGTATAAAGCTTATTGAAAAAATCCTTCCAAATTAGCTTTACCATTATTCTGTCTGTCTTTTTCTTAAATTACATTAATGAACTTTCTGATTTATGGGTCTTGATCATTTGTGTATAAAAATTACTCGTGTGTAATACATATATATATTCTTTCAGGATTCCCTGCTTAAAGTTTTTGAAGTATATGTTTCACAGAAGAAATCAACTTTCTTTTTCAGTGACAATGTGAAAGTGGAATGCTTCTCCGTCACCTATTTCTTCTCTGAAAAACACATCCCCTAGCTCTGCCTTCACGCAAACTTTGTCGTCTCCCGCCGTCCACAATGCTTTCTTTCTCCTCAGTTTCTCTCATTTTGAAGTTCATATGATCACCTAGGTATTAACTTATAAGTATTTGATTGATTAAGATAATTATTCAAGTATTTTTTGCCCATTGTTTATAATCCTTAACAACCAGCATCTATATTGGTCAGTTCAGGTTAAGATAGCTACATTTCACTGTTTAGGATAAGGTTGGATGATCTTTCTGAAGATACTAATGTCTATCATCGGATCTAAAACTCAAAGAAACTTAACATCTTTCTTGATGCTCTTAACAGGGAATCCTCTTTTCCCCGGGAAAAATATAGTCCATCAATTGGATATGATGAATGATCTGTTGGGAACTCCATTTGTGAAACTATTGGAAGGGTCAGTGTCCCTTACCTCTCTCCACAATGCTTACAACAACTGCATTGTTACTTTTCTTGGCTGAACTGCTTTCACTGAATGTGACAGGTGAGGAACGAGAAAGCTGGAAGATACTTGAGGAGCATGAGGTTGAAGAAGTCTATTCGTTTTTCACATAAGCTTCCACATGACGATCCTCTCGATCTTCGTATTCTACAAAAGTTGTTGTCTTTTGAGCTCAATGAACGGCCTACATTTGAAGAGGTGCTTCACAAAATTATTTTACTACATTCCTTATGATCTATTTGGTTGTATTCAACTAAAATTATTGTTTAGGGGTTAGTCCTGACACTTGTGGAGTACTTCAAGGGTGTAGCTAAGAAAGAGACTATATATGAGCTCTCAAAGAGATCCCTCTGTTCAACCTGTCACCAAGCTGGAATTCGAGTTTGAGAGGCTGAAGATCACAAAAGAGGCCATGCCAGAGCTCATATATAGTATCTTGAGACTGCTCTTGAGTACCACCCAAAGATGCTAAAAGAATACTTGGATTTGTGGAATAGAAGATTTTGCTTCATATTAAGTTTTTTTTGTCAAAATTAATATTAATATTAAGTTTTTTGCAGAAGAGAAAAACAAACGTACTACAGTGTTTCTATTACCGGCACTACCCAACAAAAAACATGCTCGAGTTGGTGGTCGGAAGATGAAAGATTTAGGTTTATGAAGAATATGCTTTTTAATGAAGAATATGTTTTCTGTTGCAACATTTAGTTTACACCAAAATAAACAATAGCTTATAAAAATAACTAAATACATAATTTTGTTTTTGGTAGTAGGCAAGTAGCTAGAAAGGAAGTCAGAGAAATGGGACTATGAGTTCATGTCAATAGGTTGTTGTGGTTAGAAGACCATACTCAATCGAAACTTTACATGATTTTGAAATAAATCATTTCACTAATTTTCTCGAAACAATAATGTTATCTCTTGGCAGCTCCATATGATTTCAGCCATTAACTTTGATCTCTTCAGTGTTCTGAGACAATATTACGAACACAGAAAAACAAATTAACGAATATATGAAATCCGTGTTCTTGAGATAATATTAGGAACACAAAAACAAATTAATGAATATAAGAAACCCATTGAATATTAATCTAAAATCAATTCAATCATAACAATTTGCAATGACTGTATATACTTCATAACCTGAAAATTAAATTACGTTAATTGATTTAAATTTCAAACTCTATAAAGTAACTCAAATTCCCAAAATTAGAGACCTCTTTTATTAGTCATCAAAAAGATTCCACCAGTCCCATCTTAAACATTCAATAGGCCAATATTTAAACTAACATAAGAAAGAGATTTTCAAACAAAAACGGCAAATTTATTGCCACAAATTACTCTGAATATATTTAAAATCACAAATAATTAAATTTGTTTATTAAATAAAACCTATACTCAATATAAAAATGAAGATAGTGGTAAAAATTAAAGAGAAACTAAAAGAACATAAAGCAACATATGAAAAACTGCATTTAATAGTTGTATTAATTCCTTAAAAAATGTTGAAGAAAATTAATAAATACACTTAATATCTATCAAAAATATACACTCTCTAAAATTAACTACAGAGAAAACACAAAAATAATCATAGTTTATGTACATATGGAAATTCTGCAATATTCTATAATTAAATAACAAAACTAATTGTAAAATTTTAAAAGCAATAATCCGCGCGAAGCGCGGAAAACGATC ATTAG . PASS SVTYPE=Deletion;SVLEN=4177 GT 1/1 C09 62451491 DEL26880 TCACAATACTAAAAGCCCTATATGCTGAGATTATAGGCTGCCACGTCACCCAAAATAATCAACCAATAAAAAACAGTTAATCGGACATGTCAGACAGGCCTCCTGTGTTAGTTTCGTCCAGAGTCGAGCATCTGACAATGTGGGCTTCATCCGATAAATTTTCCACTTGGGCTTTGTCTGTTTTTTATATGCGCGGTTGGCCACATAATATATGAATCACCACATTATTTTATGTCAACGTAATTTATGAATCACATTACCTTATGGCAATCTTAATTTATTGAGAATACCTTTCCTCTTCCTTCAAAATGTCGATAGACCTTTGCCCTTTCTCTCACAACTCAAGACTTTTGCCAAGGTGAACAAAGAGAATTCGAGAGACTTGCAAAGTTGCAATGCGCCAGAGCGATGGCGATCGTCGCGTCGAAACGGATTGGTTTCCCCTGCGGCCCCATCCATGTTCTCGCCGATCAATCATTTCCAACTCTCGCTATCAACTCTTTTACCGTCTCCGGCAACGTAAGTTAAATCTCATGTTTCGTTTTCTTTCACTTCTTTTGAAGCTTTTCGTTTGTTTGGTGTTGTTGCAGAGTGAGTGCTCCGAGGTATCAGATCATTCCATTAGGGACAGATCTTAATTGGCTTCTTTTGCTGACTGATTTTCAAGAAAGTTTTTATACATGGCCACCGTGAAGCCTAGGATCATTGGAGGTATGTTCTTTCTCCGTTTCCAATCTTACGATTGTATGCCACTAATAATATTGAAGAATGAACCATTTTGTTAATAATCTTTTATTTATAATTTTTTAAGGTGTGACATGGGTGTGGTGTTTCTCACTTGACAGATATATGTAAAGATCGAATAGGAAGAAATATCAAGCACTTTCTGTCTCGGGTTTAGTGGACTAGGTGATTGCGCCAATTGACATTCTTAAGAAAATAAATGAGATAACCTTACACCAAATCCCTAGGCTTCAATCCATGGCAGGTTCATCGTGTTGGAGAGATTCATTCGTCTTGGTATTCCATGTTTTTTCTTTTAACGCCACTCAGATTTCAGGATCTCCTATCTAACTATTATCGGGTTTTATTTCAGGTCGTGGAGCATGTTTTTGTTCATTTGCCGTTCACTAAGAAATAAGTAGTCACTCCAACAGGTACGAGAGGAGTATGTCTGAGCATTGACATAGTTTATGCAGTTTCTTAGATGCCATGCAGAGTAGTGGAGTTAGCTTATTCAGTTGGTTATAATTTGTTATCTTTTCCAAACCAGGAGCTGTGTATACCGGATTTGATTTTTGCAAGAAACTTTGTGGGTTTCTCAATGATTCGAAGGTGAGGTTTGAAAATACTTTGGCTTAATTTTTTTTTCTCCCACCTATAGTACTCTTGGAAGAGTATATTATTTAGAGAAATTCTCTATAGTTTTTGTCACAAATATAGCCTTTAAGGATCAAAATGACCAAAATATTGTATTAAAGGATGTGTTTTTGGGTTTATGGTTTAGAATTTAGGGTTTAAAGTTTATGATTTAGGGTTTAGAGTTAACGGATGAGGTTTTGGGGGTATGATTTCAAATTTTAAAAACTTAAAAAATATTAAAATTTTCAAAATAAAAAAAAATTATTTTGGTCATTTTATTTTTTTAAGTCTATTTTTGTGACACAAAACTTTAAAAAATCTATTTGAGAGAATTGTCTTATTATTTATGGTTATAAGGTGTGTATGCTTTGTTAGTAGTGAAAGTATAAAGCTTATTGAAAAAATCCTTCCAAATTAGCTTTACCATTATTCTGTCTGTCTTTTTCTTAAATTACATTAATGAACTTTCTGATTTATGGGTCTTGATCATTTGTGTATAAAAATTACTCGTGTGTAATACATATATATATTCTTTCAGGATTCCCTGCTTAAAGTTTTTGAAGTATATGTTTCACAGAAGAAATCAACTTTCTTTTTCAGTGACAATGTGAAAGTGGAATGCTTCTCCGTCACCTATTTCTTCTCTGAAAAACACATCCCCTAGCTCTGCCTTCACGCAAACTTTGTCGTCTCCCGCCGTCCACAATGCTTTCTTTCTCCTCAGTTTCTCTCATTTTGAAGTTCATATGATCACCTAGGTATTAACTTATAAGTATTTGATTGATTAAGATAATTATTCAAGTATTTTTTGCCCATTGTTTATAATCCTTAACAACCAGCATCTATATTGGTCAGTTCAGGTTAAGATAGCTACATTTCACTGTTTAGGATAAGGTTGGATGATCTTTCTGAAGATACTAATGTCTATCATCGGATCTAAAACTCAAAGAAACTTAACATCTTTCTTGATGCTCTTAACAGGGAATCCTCTTTTCCCCGGGAAAAATATAGTCCATCAATTGGATATGATGAATGATCTGTTGGGAACTCCATTTGTGAAACTATTGGAAGGGTCAGTGTCCCTTACCTCTCTCCACAATGCTTACAACAACTGCATTGTTACTTTTCTTGGCTGAACTGCTTTCACTGAATGTGACAGGTGAGGAACGAGAAAGCTGGAAGATACTTGAGGAGCATGAGGTTGAAGAAGTCTATTCGTTTTTCACATAAGCTTCCACATGACGATCCTCTCGATCTTCGTATTCTACAAAAGTTGTTGTCTTTTGAGCTCAATGAACGGCCTACATTTGAAGAGGTGCTTCACAAAATTATTTTACTACATTCCTTATGATCTATTTGGTTGTATTCAACTAAAATTATTGTTTAGGGGTTAGTCCTGACACTTGTGGAGTACTTCAAGGGTGTAGCTAAGAAAGAGACTATATATGAGCTCTCAAAGAGATCCCTCTGTTCAACCTGTCACCAAGCTGGAATTCGAGTTTGAGAGGCTGAAGATCACAAAAGAGGCCATGCCAGAGCTCATATATAGTATCTTGAGACTGCTCTTGAGTACCACCCAAAGATGCTAAAAGAATACTTGGATTTGTGGAATAGAAGATTTTGCTTCATATTAAGTTTTTTTTGTCAAAATTAATATTAATATTAAGTTTTTTGCAGAAGAGAAAAACAAACGTACTACAGTGTTTCTATTACCGGCACTACCCAACAAAAAACATGCTCGAGTTGGTGGTCGGAAGATGAAAGATTTAGGTTTATGAAGAATATGCTTTTTAATGAAGAATATGTTTTCTGTTGCAACATTTAGTTTACACCAAAATAAACAATAGCTTATAAAAATAACTAAATACATAATTTTGTTTTTGGTAGTAGGCAAGTAGCTAGAAAGGAAGTCAGAGAAATGGGACTATGAGTTCATGTCAATAGGTTGTTGTGGTTAGAAGACCATACTCAATCGAAACTTTACATGATTTTGAAATAAATCATTTCACTAATTTTCTCGAAACAATAATGTTATCTCTTGGCAGCTCCATATGATTTCAGCCATTAACTTTGATCTCTTCAGTGTTCTGAGACAATATTACGAACACAGAAAAACAAATTAACGAATATATGAAATCCGTGTTCTTGAGATAATATTAGGAACACAAAAACAAATTAATGAATATAAGAAACCCATTGAATATTAATCTAAAATCAATTCAATCATAACAATTTGCAATGACTGTATATACTTCATAACCTGAAAATTAAATTACGTTAATTGATTTAAATTTCAAACTCTATAAAGTAACTCAAATTCCCAAAATTAGAGACCTCTTTTATTAGTCATCAAAAAGATTCCACCAGTCCCATCTTAAACATTCAATAGGCCAATATTTAAACTAACATAAGAAAGAGATTTTCAAACAAAAACGGCAAATTTATTGCCACAAATTACTCTGAATATATTTAAAATCACAAATAATTAAATTTGTTTATTAAATAAAACCTATACTCAATATAAAAATGAAGATAGTGGTAAAAATTAAAGAGAAACTAAAAGAACATAAAGCAACATATGAAAAACTGCATTTAATAGTTGTATTAATTCCTTAAAAAATGTTGAAGAAAATTAATAAATACACTTAATATCTATCAAAAATATACACTCTCTAAAATTAACTACAGAGAAAACACAAAAATAATCATAGTTTATGTACATATGGAAATTCTGCAATATTCTATAATTAAATAACAAAACTAATTGTAAAATTTTAAAAGCAATAATCCGCGCGAAGCGCGGAAAACGAT T . PASS SVTYPE=Deletion;SVLEN=4172 GT 1/1

[MariaNattestad]

I'm not sure I understand your question or what the problem is. Can you elaborate? For instance: What is a reverse chain? Is there something you don't understand? Are you saying you think the outputs of Assemblytics and Syri disagree?

[jwli-code]

Genomes are matched in reverse,This is an example C09 62451491 62455664 Assemblytics_b_27075 4177 + Deletion 4173 -4 C09:59463365-59463369:- between_alignments
However, this is not recognized in other software such as Syri. Other software will still recognize the mutation, but ALT is just one base.Just like this C09 62451491 DEL26880 N T . PASS END=62455663;ChrB=C09;StartB=59463369;EndB=59463369;Parent=SYN10402;VarType=ShV;DupType=.

[jwli-code]

Assemblytics software results in the location of ALT at C09:59463365-59463369:-. The ALT sequence of Syri software is C09:59463369-59463369, which is only one bp

[MariaNattestad]

The variant in Assemblytics is a between_alignments variant, which just catalogues that there are two alignments whose borders meet at that locus, so you can visualize what's going on with a dot plot perhaps, or Ribbon, or using nucmer's built-in tools if you are curious to see more details.

[jwli-code]

Thank you for your prompt reply,I wonder if it has something to do with the fact that I used --mum instead of the maxmatch parameter.

[MariaNattestad]

I definitely recommend sticking to the instructions in the README here on github -- they matter a lot for the unique anchor filtering Assemblytics does on the alignments.