search

MatsDahlberg / clinicalDB

0 stars 0 forks source link

IGV requesting non-existing file #10

Closed robinandeer closed 10 years ago

robinandeer commented 10 years ago

Should IGV work? Has the structure on rasta changed?

Requested: 99_sorted_pmd_rreal_brecal_vrecal_BOTH.vcf

Some available options: 99_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced_BOTH.vcf 99_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced_vrecal_BOTH.vcf 99_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced_vrecal_BOTH_env.vcf

MatsDahlberg commented 10 years ago

Ja, nu har Eric monterat rasta. Dom filer som du nämner är bara några filer som jag kopierade över till clinical-db.

Jag håller just nu på att fixa den riktiga lösningen där jag kommer att peka på de verkliga filerna som ligger på rasta.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Nu funkar IGV för familj 2 och 99. Varianter nås via anrop till: http://clinical-db:8082/variants/11717722/igv.xml

Det visar sig dock att igv inte stöder https så jag tror inte vi kommer kunna använda detta. För att få det att funka just nu så låter jag IGV använda: http://clinical-db:8082/ vilket användarna inte kunner komma göra.

robinandeer commented 10 years ago

Tror att fil-länkarna kan vara lite felformaterade:

.../api/1/... stället för .../api/v1/... .../static2-1-2A/mosaik/... istället för .../static/2-1-2A/mosaik/...

Tror inte att det kommer att funka ändå men ett steg i rätt riktning.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Ahh, det stämmer. Jag har fixat det nu.

robinandeer commented 10 years ago

Det är något konstigt med Flask-servern. Som att den hänger sig lite då och då. Kollar mer på det nästa vecka.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Jag tror att problemet nu är att det inte skickas "Range" till tornado servern. Jag ser att det kommit request som ser ut så här:

[I 140210 15:16:54 web:1636] 200 GET /static/2-1-2A/mosaik/GATK/2-1-2A.120906_AD196LACXX_7.lane7_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced.bam (130.237.80.53) 4332.75ms

Så tornado servern skickar hela bam-filen och det gör nog att flask-servern storknar.

Men vi tar det nästa vecka.

robinandeer commented 10 years ago

Borde alla familjer funka att använda med IGV nu? Jag får det att funka med familj 2 men t.ex familj 99 funkar inte...

Edit: du kan förresten testa på clinical-db.scilifelab.se:8081 nu, den är uppdaterad.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Jag har nu testat familj 2, 99 och 132 och alla dessa funkar för mig. Men jag var tvungen att köra: Ctrl + Shift + R

På alla sidor för att de skulle ladda dina senaste javascript ändringar, utan Ctrl + Shift + R så funkade det inte.

Det tog långtid för IGV att starta. Jag tycker att det borde kanske vara lite fler 206 respons om jag kollar loggen:

[I 140220 12:37:55 web:1636] 200 HEAD /static/132-1-2A/mosaik/GATK/132-1-2A_lanes_111222_sorted_merged_pmd_rreal_brecal_reduced.bam (130.237.80.53) 108840.97ms

Det är sshfs som gör att det tar sådan tid.