search

MatsDahlberg / clinicalDB

0 stars 0 forks source link

IGV static links #14

Closed robinandeer closed 10 years ago

robinandeer commented 10 years ago

Länkar på formatet: "/api/v1/static//mnt/hds/proj/cust003/analysis/exomes/2/mosaik/GATK/2_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced_vrecal_BOTH.vcf"

Kommer nog inte funka p.g.a. "...//..." i URL:n. Kan du istället ta emot URL med endast ".../..."? Nu blir det fel i "validate_absolute_path" eller liknande.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Nu hoppas jag att det /api/v1/static/mnt/ istf '//'.

robinandeer commented 10 years ago

Jag får error

http://localhost:5000/api/v1/static/mnt/hds/proj/cust003/analysis/exomes/2/mosaik/GATK/2_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced_vrecal_BOTH.vcf

Traceback (most recent call last):
  File "/home/mats.dahlberg/test/lib/python2.7/site-packages/tornado/web.py", line 1142, in _when_complete
    callback()
  File "/home/mats.dahlberg/test/lib/python2.7/site-packages/tornado/web.py", line 1163, in _execute_method
    self._when_complete(method(*self.path_args, **self.path_kwargs),
  File "/home/mats.dahlberg/test/lib/python2.7/site-packages/tornado/web.py", line 1801, in get
    self.root, absolute_path)
  File "/home/mats.dahlberg/test/lib/python2.7/site-packages/tornado/web.py", line 1969, in validate_absolute_path
    raise HTTPError(404)
HTTPError: HTTP 404: Not Found
MatsDahlberg commented 10 years ago

Jag har mecket med detta nu. Men jag kan inte testa det eftersom flask-servern på clinical-db inte är igång.

robinandeer commented 10 years ago

Okej, flask-servern hakar upp sig hela tiden. Förmodligen har det att göra med BAM-fil-get-requests. Nu bör du iaf kunna testa igen.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Nu ska det vara rätt länkar som genereras igen. Nu får jag problem med att det inte skickas 'Range' tror jag för hela BAM-filen skickas nu till flask-servern:

[I 140218 13:30:04 web:1636] 200 GET /static/2-1-2A/mosaik/GATK/2-1-2A.120906_AD196LACXX_7.lane7_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced.bam (130.237.80.53) 4195.72ms

Och jag tror att detta dödar flask-servern.

robinandeer commented 10 years ago

Sorry, jag tror att min Flask inte skiljer REST och static routerna år på rätt sett.

Om du ändrar länkarna i xml-filen till "/remote/static/..." istället för "/api/v1/..." så borde det fungera bättre.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Jag har ändrat nu, men nu anropas det med:

https://clinical-db.scilifelab.se:8081/remote/static/2-1-2A/mosaik/GATK/2-1-2A.120906_AD196LACXX_7.lane7_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced.bai

Dvs det har smugit in ett 'remote' i anropet till tornado servern.

robinandeer commented 10 years ago

Tack! Nu har jag fått det att funka lokalt igen. Jag meddelar när jag uppdaterat på clinical-db