Closed robinandeer closed 10 years ago
Nu hoppas jag att det /api/v1/static/mnt/ istf '//'.
Jag får error
http://localhost:5000/api/v1/static/mnt/hds/proj/cust003/analysis/exomes/2/mosaik/GATK/2_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced_vrecal_BOTH.vcf
Traceback (most recent call last):
File "/home/mats.dahlberg/test/lib/python2.7/site-packages/tornado/web.py", line 1142, in _when_complete
callback()
File "/home/mats.dahlberg/test/lib/python2.7/site-packages/tornado/web.py", line 1163, in _execute_method
self._when_complete(method(*self.path_args, **self.path_kwargs),
File "/home/mats.dahlberg/test/lib/python2.7/site-packages/tornado/web.py", line 1801, in get
self.root, absolute_path)
File "/home/mats.dahlberg/test/lib/python2.7/site-packages/tornado/web.py", line 1969, in validate_absolute_path
raise HTTPError(404)
HTTPError: HTTP 404: Not Found
Jag har mecket med detta nu. Men jag kan inte testa det eftersom flask-servern på clinical-db inte är igång.
Okej, flask-servern hakar upp sig hela tiden. Förmodligen har det att göra med BAM-fil-get-requests. Nu bör du iaf kunna testa igen.
Nu ska det vara rätt länkar som genereras igen. Nu får jag problem med att det inte skickas 'Range' tror jag för hela BAM-filen skickas nu till flask-servern:
[I 140218 13:30:04 web:1636] 200 GET /static/2-1-2A/mosaik/GATK/2-1-2A.120906_AD196LACXX_7.lane7_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced.bam (130.237.80.53) 4195.72ms
Och jag tror att detta dödar flask-servern.
Sorry, jag tror att min Flask inte skiljer REST och static routerna år på rätt sett.
Om du ändrar länkarna i xml-filen till "/remote/static/..." istället för "/api/v1/..." så borde det fungera bättre.
Jag har ändrat nu, men nu anropas det med:
https://clinical-db.scilifelab.se:8081/remote/static/2-1-2A/mosaik/GATK/2-1-2A.120906_AD196LACXX_7.lane7_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced.bai
Dvs det har smugit in ett 'remote' i anropet till tornado servern.
Tack! Nu har jag fått det att funka lokalt igen. Jag meddelar när jag uppdaterat på clinical-db
Länkar på formatet: "/api/v1/static//mnt/hds/proj/cust003/analysis/exomes/2/mosaik/GATK/2_sorted_pmd_rreal_brecal_reduced_vrecal_BOTH.vcf"
Kommer nog inte funka p.g.a. "...//..." i URL:n. Kan du istället ta emot URL med endast ".../..."? Nu blir det fel i "validate_absolute_path" eller liknande.