search

MatsDahlberg / clinicalDB

0 stars 0 forks source link

Nytt utseende på /families/2 #15

Closed MatsDahlberg closed 10 years ago

MatsDahlberg commented 10 years ago

Jag har ändrat på /families/2 nu. Nu ser svaret ut så här:

[
    {
        "family": [
            {
                "update_date": "2014-02-18", 
                "iem": "IEM", 
                "pedigree": "<table>\n<tr class=\"smallerText\">\n<th>#IDN(FDN-GDN-SDN(DS))</th><th>SampleID</th><th>Mother(0/1)</th><th>Father(0/1)</th><th>Child(0/1)</th><th>Origin</th><th>Isolation kit</th><th>Isolation Date</th><th>Isolation Personnel</th><th>MD</th><th>Inheritance Model</th><th>Phenotype Terms</th><th>CMMS_SeqID</th><th>SciLifeID</th><th>Capture kit</th><th>Capture date</th><th>Capture Personnel</th><th>Clustering date</th><th>Sequencing kit</th></tr>\n<tr class=\"smallerText\"><td  align=center>2-1-2A</td><td  align=center>09-10951</td><td  align=center>0</td><td  align=center>0</td><td  align=center>1</td><td  align=center>Fibroblasts</td><td  align=center>cmms old</td><td  align=center>Unknown</td><td  align=center>Unknown</td><td  align=center>Na</td><td  align=center>AR;AR_compound;AD_denovo;X;X_denovo</td><td  align=center>Na</td><td  align=center>WES3;WES6</td><td  align=center>A.Wedell_10_02;A.Wedell_12_03</td><td  align=center>Nimblegen_SeqCapEZExome.V2;Agilent_SureSelect.V4</td><td  align=center>Na;20120815</td><td  align=center>Na;Na</td><td  align=center>Na;20120905</td><td  align=center>Na;TrueSeq V.3</td></tr>\n<tr class=\"smallerText\"><td  align=center>2-2-2U</td><td  align=center>12-10F</td><td  align=center>1</td><td  align=center>0</td><td  align=center>0</td><td  align=center>Blood</td><td  align=center>cmms old</td><td  align=center>Unknown</td><td  align=center>Unknown</td><td  align=center>Na</td><td  align=center>AR;AR_compound;AD_denovo;X;X_denovo</td><td  align=center>Na</td><td  align=center>WES3;WES6</td><td  align=center>A.Wedell_10_02;A.Wedell_12_03(260)</td><td  align=center>Nimblegen_SeqCapEZExome.V2;Agilent_SureSelect.V4</td><td  align=center>Na;20120711</td><td  align=center>Na;Na</td><td  align=center>Na;20120905</td><td  align=center>Na;TrueSeq V.3</td></tr>\n<tr class=\"smallerText\"><td  align=center>2-2-1U</td><td  align=center>11-10F</td><td  align=center>0</td><td  align=center>1</td><td  align=center>0</td><td  align=center>Blood</td><td  align=center>cmms old</td><td  align=center>Unknown</td><td  align=center>Unknown</td><td  align=center>Na</td><td  align=center>AR;AR_compound;AD_denovo;X;X_denovo</td><td  align=center>Na</td><td  align=center>WES3;WES6</td><td  align=center>A.Wedell_10_02;A.Wedell_12_03(260)</td><td  align=center>Nimblegen_SeqCapEZExome.V2;Agilent_SureSelect.V4</td><td  align=center>Na;20120711</td><td  align=center>Na;Na</td><td  align=center>Na;20120905</td><td  align=center>Na;TrueSeq V.3</td> </tr>\n</table>\n#no more family available. HenrikS_121019: A.Wedell_12_03 order form for sample 2-1-2A is incorrectly named 2-1-1A, this has been corrected in the data analysis.\n", 
                "family": "2"
            }
        ]
    }, 
    {
        "2-1-2A": {
            "clinical_db": null, 
            "capture_personnel": null, 
            "sequencing_kit": null, 
            "cmmsid": "09-10951", 
            "isolation_personnel": null, 
            "medical_doctor": "Na", 
            "capture_date": null, 
            "sex": "2", 
            "idn": "2-1-2A", 
            "isolation_kit": "cmms old", 
            "clustering_date": null, 
            "inheritance_model": "['AR', 'AR_compound', 'AD_denovo', 'X', 'X_denovo']", 
            "isolation_date": null, 
            "cmms_seqid": "WES3", 
            "capture_kit": "Nimblegen_SeqCapEZExome.V2", 
            "scilifeid": "A.Wedell_10_02", 
            "phenotype_terms": null, 
            "phenotype": "2"
        }
    }, 
    {
        "2-2-2U": {
            "clinical_db": null, 
            "capture_personnel": null, 
            "sequencing_kit": null, 
            "cmmsid": "12-10F", 
            "isolation_personnel": null, 
            "medical_doctor": "Na", 
            "capture_date": null, 
            "sex": "2", 
            "idn": "2-2-2U", 
            "isolation_kit": "cmms old", 
            "clustering_date": null, 
            "inheritance_model": "['AR', 'AR_compound', 'AD_denovo', 'X', 'X_denovo']", 
            "isolation_date": null, 
            "cmms_seqid": "WES3", 
            "capture_kit": "Nimblegen_SeqCapEZExome.V2", 
            "scilifeid": "A.Wedell_10_02", 
            "phenotype_terms": null, 
            "phenotype": "1"
        }
    }, 
    {
        "2-2-1U": {
            "clinical_db": null, 
            "capture_personnel": null, 
            "sequencing_kit": null, 
            "cmmsid": "11-10F", 
            "isolation_personnel": null, 
            "medical_doctor": "Na", 
            "capture_date": null, 
            "sex": "1", 
            "idn": "2-2-1U", 
            "isolation_kit": "cmms old", 
            "clustering_date": null, 
            "inheritance_model": "['AR', 'AR_compound', 'AD_denovo', 'X', 'X_denovo']", 
            "isolation_date": null, 
            "cmms_seqid": "WES3", 
            "capture_kit": "Nimblegen_SeqCapEZExome.V2", 
            "scilifeid": "A.Wedell_10_02", 
            "phenotype_terms": null, 
            "phenotype": "1"
        }
    }
]

Dvs varje sample har fått sitt eget entry (detta kommer direkt från yaml-filen).

Jag har kvar det gamla entryt också dethar taggen "family". På sikt vill jag ta bort "family" och bara ha sample taggarna.

robinandeer commented 10 years ago

Ska det verkligen finnas ett fält "iem": "IEM"?

Har några förslag som skulle göra det enklare för mig. För det är väl alltid endast en familj och aldrig en lista med familjer man får tillbaka. Däremot vill man enkelt loopa över samples. Jag skulle gärna se att responsen såg ut något så här:

{
    "family": {
        "update_date": "2014-02-18", 
        "database(s)": "IEM",
        "pedigree": "...",
        "id": "2"
    },
    "samples": [{
       "id": "2-1-2A",
        "clinical_db": null,
        "capture_personnel": null,
        ...
    }, {
        "id": "2-2-1A",
        ...
    },
    ...
    ]
}
MatsDahlberg commented 10 years ago

Nu har jag ändrat så att det ser ut som du skriver ovan. Dock tillät inte mysql att jag döpte om idn till id. Så den kolumnen heter fortfarande idn.

robinandeer commented 10 years ago

OK! Det är inga problem att med idn/id.

robinandeer commented 10 years ago

Nu blev det lite svårt här om jag inte gör ngt fel för "/families" och "/familes/2" verkar nu ha olika fältnamn för "database"/"clinical_db_gene_annotation" och "update_date"/"analyzed_date".

Dessutom är jag osäker på hur det kommer att funka att ha en request med bara familj-information och en med både familj+samples. Möjligen att en enskild ny request för att hämta samples för en familj hade funkat bättre.

Om det skulle hjälpa kan jag komma över till Alfa efter lunch och gå igenom?

MatsDahlberg commented 10 years ago

Visst kom över efter lunch så kan vi titta på det. Jag har ställt till det lite för mig genom att ha två olika servicar som svarar med alla familer och för bara en familj.

Det borde vara en service som svarar på detta så att jag bara behöver fixa på ett ställe i koden.

/Mats

2014-02-21 11:35 GMT+01:00 Robin Andeer notifications@github.com:

Nu blev det lite svårt här om jag inte gör ngt fel för "/families" och "/familes/2" verkar nu ha olika fältnamn för "database"/"clinical_db_gene_annotation" och "update_date"/"analyzed_date".

Dessutom är jag osäker på hur det kommer att funka att ha en request med bara familj-information och en med både familj+samples. Möjligen att en enskild ny request för att hämta samples för en familj hade funkat bättre.

Om det skulle hjälpa kan jag komma över till Alfa efter lunch och gå igenom?

Reply to this email directly or view it on GitHubhttps://github.com/MatsDahlberg/clinicalDB/issues/15#issuecomment-35718520 .

MatsDahlberg commented 10 years ago

Jag har fixat så att levereras 'update_date' och 'database' både för /families och /families/1

MatsDahlberg commented 10 years ago

Nu har jag skrivit om /families och /families/2 så att det genereras json som ser ut:

{
    "update_date": "2014-02-18", 
    "id": "2", 
    "samples": [
        {
            "clinical_db": null, 
             ....
            "capture_personnel": null, 
            "phenotype": "2"
        }, 
    ], 
    "database": "IEM"
}