search

MatsDahlberg / clinicalDB

0 stars 0 forks source link

Filtering frequency #28

Closed henrikstranneheim closed 10 years ago

henrikstranneheim commented 10 years ago

Variants that do not have a frequency are removed when filtering on frequency. The should be included in the output as they are the most interesting ones.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Om man söker med 'Lesser' så visas de varianter som har frekvensen null eller mindre än den angivna siffran i sök-boxen.

Om man söker med 'Greater' så visas bara de varianter med en frkvens högre än den angivna siffran.

Ska det vara på något annat sätt?

henrikstranneheim commented 10 years ago

Ok, nu vet jag varför. När man fyller i det kliniska filtret så finns det ingen default för vilken lista man står och jag råkade inte ha något alternativ ifyllt. Ändå dök det upp gener, så det var lite förvirrande.

I den här länken har ingen lista valts: https://clinical-db.scilifelab.se:8081/#/family/143/variants?database=iem&functional_annotations_-&functional_annotations_frameshift deletion&functional_annotations_frameshift insertion&functional_annotations_nonframeshift deletion&functional_annotations_nonframeshift insertion&functional_annotations_nonsynonymous SNV&functional_annotations_stopgain SNV&functional_annotations_stoploss SNV&gene_annotations_exonic&gene_annotations_splicing&offset=0&relation=LESSER&thousand_g=0.01

Klickar man i en lista verkar det funka som tänkt. Jag vet inte hur jag lyckades inte ha ett alternativt ifyllt eftersom det verkar ologiskt.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Just nu tillåter jag bara att man filterar på en frekvensdatabas åt gången.

Men detta framgår nog inte för användaren. Jag vet inte riktigt hur alvarlig den begränsningen är.

henrikstranneheim commented 10 years ago

De e nog lugnt! Vi har det så tills någon har en annan åsikt.