search

MatsDahlberg / clinicalDB

0 stars 0 forks source link

Compounds #36

Open robinandeer opened 10 years ago

robinandeer commented 10 years ago

Hur gjorde vi med compounds? Får jag tillbaka de som Måns specificerar eller de som du plockar fram automatiskt?

Hur som helst fick jag reda på vad Måns gör med compounds i sitt program. Bland annat exkluderar han vissa på basis av nedärvning - alltså är det Måns lista med compounds som bör returneras och visas upp (om det inte redan är så nu?)

MatsDahlberg commented 10 years ago

Dom compounds som jag returnerar kommer från Måns.

2014-03-13 16:22 GMT+01:00 Robin Andeer notifications@github.com:

Hur gjorde vi med compounds? Får jag tillbaka de som Måns specificerar eller de som du plockar fram automatiskt?

Hur som helst fick jag reda på vad Måns gör med compounds i sitt program. Bland annat exkluderar han vissa på basis av nedärvning - alltså är det Måns lista med compounds som bör returneras och visas upp (om det inte redan är så nu?)

Reply to this email directly or view it on GitHubhttps://github.com/MatsDahlberg/clinicalDB/issues/36 .

robinandeer commented 10 years ago

Vi skulle också vilja filtrera/sortera variant-listan på "combined score" för att få fram de bästa compound-paren. Jag antar att jag enklast skickar en flagga ?combined_score.

Funkar det?

Edit: det är ingen brådska :)

MatsDahlberg commented 10 years ago

Visst, det funkar. Jag behöver dock bygga om lite i databasen för att klara det. Så det kommer ta lite tid.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Nu har jag fixat så att man sortera på combined_score. Man kan göra så här:

http://clinical-db:8082/families/1/variants?database=IEM&relation=LESSER&offset=0&combined_score
MatsDahlberg commented 10 years ago

Hur ska jag göra när rank_score är högre än combined_score.

Och hur ska jag sortera varianter som inte är compound. Ska jag sortera in dom oxå?

robinandeer commented 10 years ago

Det tog ju inte lång tid alls!

Tanken är att man ska kunna gå igenom compounds separat. combined_score sortering ger de bästa compound-paren. Min första tanke var att endast compounds har combined_score så att den flaggan skulle fungera som ett indirekt filter på endast compounds.

För att besvara dina frågor är jag ganska säker på att sorterar man på combined_score är det den som är det viktiga (ingen sortering på rank_score).

Jag antar också att det inte gör ngt att varianter som inte är compounds hamnar längst ner i rankingen om man slår på combined_score-sortering.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Ja, det blev lite enklare än vad jag trodde.

Dock så har jag gjort så att jag skriver in rank_score värdet i combined_score kolumnen för de varianter som inte är compounds. Men om detta är felaktigt så kan jag ändra på det.