Coverage

[robinandeer]

Nu finns en familj inladdad. Jag väntar med resten tills vi vet att "allt" funkar.

Eftersom jag använder SQLAlchemy så försöker jag beskriva strukturen för du vet säkert bättre hur man exakt skriver queries. Vill du använda mitt egna interface är det bara säga till så kan jag visa hur det ser ut.

Allmänt:

• gene = superset
• transcript = set
• exon = interval

Coverage för en gen och ett prov:

SELECT (coverage, completeness)
FROM superset_data
WHERE sample_id="153-1-1A"

Coverage för alla transcript i en gen och ett prov

SELECT set_data.parent_id, set_data.coverage, set_data.completeness
FROM set_data
INNER JOIN `set`
ON set_data.parent_id=`set`.`id`
WHERE sample_id="153-1-1A"
AND `set`.superset_id="ADK"

Note: man kan inte gå direkt från gen till exon.

Jag ska fundera på routes och återkommer då.