search

MatsDahlberg / clinicalDB

0 stars 0 forks source link

Kan inte välja ut "other families" baserat på "instance tag" #40

Open robinandeer opened 10 years ago

robinandeer commented 10 years ago

Upptäckte att det exempelvis /other_families?variant_id=58691453 rapporterar familjer från andra instanser än den nuvarande. Det är såklart inte bra att blanda ihop kunders prover så jag behöver lite mer data i svaret från servern. Antingen:

  1. Instance-tag för varje returnerad familj så att jag kan välja att inte länka vissa varianter.
  2. Returnera endast varianter i andra familjer som tillhör samma "instance"

Den mesta av datan på variant-nivå inte åtkommlig från en familj med en annan "instance tag" men exempelvis gtcall kommer man fortfarande åt (oavsett instance tag). Matchar du någon cookie där?

MatsDahlberg commented 10 years ago

Ja, jag returnerar alla med flit så att användarna kan välja bort varianter som dyker upp i många prover.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Man skulle kunna tänka sig att jag returnerar en kvot som talar om hur ofta som varianten dyker upp.

45/156 skulle betyda att varianten finns i 45 av 156 familjer och då ser man över alla instancer.

robinandeer commented 10 years ago

Nja, det får nog den siffran från hbvdb-kolumnen.

Jag tror att de vill kunna klicka sig mellan varianter/familjer interaktivt som förut.

Finns det ngn koppling mellan familjer och instancer som man kan skicka med?

MatsDahlberg commented 10 years ago

Vad innebär hbvdb=0.01? Är det en procentsats?

För siffran har ingen relation till de frekvenser som finns i scout-databasen.

robinandeer commented 10 years ago

hbvdb för vara en procentsats.

Den är genererad från ett verktyg skrivet av Daniel Nilsson. Men enligt Henrik bör beräkningen bygga på samma underliggande data.

Är det inte ens samma trend för hbvdb och den dynamiska frekvensen? Jag tycker att det brukar vara så att varianter finns i andra filer när hdvdb > 0 och när hbvdb=0 returnerar other_families en tom array.

MatsDahlberg commented 10 years ago

Jag vet inte hur Daniel räknar men jag hittar fler än 100000 varianter som finns i flera familjer och som har hbvdb=null.

Klickar på lite random varianter topplistan i en familj som adderades idag: https://clinical-db.scilifelab.se:8081/#/family/174/variants/75351962?database=IEM&offset=0&relation=LESSER https://clinical-db.scilifelab.se:8081/#/family/174/variants/75351961?database=IEM&offset=0&relation=LESSER https://clinical-db.scilifelab.se:8081/#/family/174/variants/75351967?database=IEM&offset=0&relation=LESSER

De har 1000G>0 finns i fler än en familj och de har hbvdb=null.

Som det ser ut idag litar jag inte det minsta på hbvdb.

robinandeer commented 10 years ago

Jag ska höra med Henrik i morgon.