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MatthiasHerrmann / Long_Range_RNA_Interactions

Genomic long range RNA-RNA interactions in flaviviruses
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[lineplot] strukturelemente annotieren #4

Open martin-raden opened 8 months ago

martin-raden commented 8 months ago

wie in #1 von @mtw schon angerissen, wärs gut die konservierten strukturelemente noch im lineplot zu annotieren.

besprechen wir morgen mal mit michael, wer wie wo da die daten generiert werden...

martin-raden commented 8 months ago
MatthiasHerrmann commented 8 months ago

Okay ich glaube, so wie ich das jetzt gemacht hatte ist das okay (auch wenn nicht super hübsch). Habe allerdings nicht plots für alle Samples, einfach da für manche kein CM Existiert. Eventuell steht "I" beispielsweise für alle ISFV Typen und ähnlich "N" für NKV, aber ich habe mich mal nicht darauf verlassen und statdessen nur die genommen, die exakte Matches mit den Namen haben. (Zumal das Format ja dann komplett anders wäre, wenn man bedenkt, dass Beispielsweise für MBFV alle Möglichen Untergruppen existieren). Wenn die wirklich dafür stehen, könnte ich das aber vermutlich einfach lösen, indem ich "I" und "N" einfach umbenenne oder so.