[alignment] mfe interaction site center +- 20 nt - Githubissues

MatthiasHerrmann / Long_Range_RNA_Interactions

Genomic long range RNA-RNA interactions in flaviviruses

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[alignment] mfe interaction site center +- 20 nt #6

Open martin-raden opened 8 months ago

martin-raden commented 8 months ago

um die sequenzkonserviertheit der interactions zu untersuchen, brauchen wir sequenzalignments.

dazu zb.

mfe interaction site center +-20nt subsequenz extrahieren
- sowohl 5' als auch 3'

dann

pures sequenzalignment der zugehörigen subsequenzen machen
RNAalifold alignment machen (= globales alignment), indem zusammengehörige 5'-3'-subsequenzen mit NNNNN in eine verlinkt werden als pseudosequenz
LocARNA alignment machen (= lokales alignment) mit gleichem trick

was wollen wir wissen:

konserviertheit
unterschiede zwischen virusklassen?
covarianz, d.h. mutiert aber interaktionsbasenpaarung erhalten?
... ?

martin-raden commented 8 months ago

ggf. das gleiche nochmal aber diesmal mit mfe-unabhängiger subsequenz, zB

CDS[20..60]
UTR3[-110..-60] (indexing rückwärts vom genomende)