Closed Bollie15 closed 3 years ago
Hi @Bollie15, can you try conda install python==3.7 deepbgc==0.1.26
and share the commandline output?
Hi @Bollie15, can you try
conda install python==3.7 deepbgc==0.1.26
and share the commandline output?
I am so happy to tell you that I successfully install this powerful tool by conda install python==3.7 deepbgc==0.1.26
. Thanks!
(base) b07@SB:~$ conda install python==3.7 deepbgc==0.1.26
Collecting package metadata (current_repodata.json): \
done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Collecting package metadata (repodata.json): -
done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/b07/miniconda3
added / updated specs:
- deepbgc==0.1.26
- python==3.7
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
_tflow_select-2.3.0 | mkl 2 KB
absl-py-0.11.0 | py37h89c1867_0 168 KB conda-forge
asn1crypto-1.4.0 | pyh9f0ad1d_0 78 KB conda-forge
binutils_impl_linux-64-2.35.1| h193b22a_2 9.3 MB conda-forge
binutils_linux-64-2.35 | h67ddf6f_30 22 KB conda-forge
biopython-1.76 | py37h516909a_0 2.6 MB conda-forge
blas-2.14 | openblas 10 KB conda-forge
brotlipy-0.7.0 |py37h5e8e339_1001 341 KB conda-forge
bzip2-1.0.8 | h7f98852_4 484 KB conda-forge
c-ares-1.17.1 | h7f98852_1 109 KB conda-forge
certifi-2020.12.5 | py37h89c1867_1 143 KB conda-forge
cffi-1.14.4 | py37h11fe52a_0 224 KB conda-forge
chardet-4.0.0 | py37h89c1867_1 204 KB conda-forge
conda-4.9.2 | py37h89c1867_0 3.0 MB conda-forge
conda-package-handling-1.7.2| py37hb5d75c8_0 915 KB conda-forge
cryptography-2.5 | py37hb7f436b_1 643 KB conda-forge
deepbgc-0.1.26 | py_0 47 KB bioconda
freetype-2.10.4 | h0708190_1 890 KB conda-forge
gast-0.4.0 | pyh9f0ad1d_0 12 KB conda-forge
gcc_impl_linux-64-9.3.0 | h70c0ae5_18 43.1 MB conda-forge
gcc_linux-64-9.3.0 | hf25ea35_30 23 KB conda-forge
grpcio-1.16.0 |py37h4f00d22_1000 1.0 MB conda-forge
gxx_impl_linux-64-9.3.0 | hd87eabc_18 10.7 MB conda-forge
gxx_linux-64-9.3.0 | h3fbe746_30 23 KB conda-forge
h5py-2.10.0 |nompi_py37h90cd8ad_104 1.0 MB conda-forge
icu-58.2 | hf484d3e_1000 22.6 MB conda-forge
importlib-metadata-3.7.2 | py37h89c1867_0 24 KB conda-forge
keras-2.2.4 | py37_1 492 KB conda-forge
keras-applications-1.0.8 | py_1 30 KB conda-forge
kernel-headers_linux-64-2.6.32| h77966d4_13 707 KB conda-forge
kiwisolver-1.3.1 | py37h2527ec5_1 78 KB conda-forge
libblas-3.8.0 | 14_openblas 10 KB conda-forge
libcblas-3.8.0 | 14_openblas 10 KB conda-forge
libffi-3.2.1 | he1b5a44_1007 47 KB conda-forge
libgcc-devel_linux-64-9.3.0| h7864c58_18 4.0 MB conda-forge
libgpuarray-0.7.6 | h7f98852_1003 245 KB conda-forge
liblapack-3.8.0 | 14_openblas 10 KB conda-forge
liblapacke-3.8.0 | 14_openblas 10 KB conda-forge
libopenblas-0.3.7 | h5ec1e0e_6 7.6 MB conda-forge
libprotobuf-3.15.5 | h780b84a_0 2.5 MB conda-forge
libstdcxx-devel_linux-64-9.3.0| hb016644_18 13.9 MB conda-forge
mako-1.1.4 | pyh44b312d_0 58 KB conda-forge
markupsafe-1.1.1 | py37h5e8e339_3 27 KB conda-forge
matplotlib-base-2.2.3 | py37h60b886d_1 6.4 MB conda-forge
numpy-1.16.1 | py37h99e49ec_1 48 KB
numpy-base-1.16.1 | py37h2f8d375_1 3.4 MB
openssl-1.0.2u | h516909a_0 3.2 MB conda-forge
pandas-0.24.1 | py37hf484d3e_0 11.1 MB conda-forge
protobuf-3.15.5 | py37hcd2ae1e_0 344 KB conda-forge
pycosat-0.6.3 |py37h5e8e339_1006 107 KB conda-forge
pygpu-0.7.6 |py37h03ebfcd_1001 629 KB conda-forge
pyopenssl-19.0.0 | py37_0 81 KB conda-forge
pysocks-1.7.1 | py37h89c1867_3 27 KB conda-forge
python-3.7.0 | hd21baee_1006 31.5 MB conda-forge
python_abi-3.7 | 1_cp37m 4 KB conda-forge
pyyaml-5.4.1 | py37h5e8e339_0 189 KB conda-forge
readline-7.0 | hf8c457e_1001 391 KB conda-forge
ruamel_yaml-0.15.80 |py37h5e8e339_1004 270 KB conda-forge
scikit-learn-0.21.3 | py37hcdab131_0 6.7 MB conda-forge
scipy-1.2.0 | py37he2b7bc3_0 13.7 MB
setuptools-49.6.0 | py37h89c1867_3 947 KB conda-forge
sqlite-3.28.0 | h8b20d00_0 1.9 MB conda-forge
sysroot_linux-64-2.12 | h77966d4_13 30.2 MB conda-forge
tensorboard-1.14.0 | py37_0 3.2 MB conda-forge
tensorflow-1.14.0 |mkl_py37h45c423b_0 4 KB
tensorflow-base-1.14.0 |mkl_py37h7ce6ba3_0 84.4 MB
tensorflow-estimator-1.14.0| py37h5ca1d4c_0 645 KB conda-forge
theano-1.0.5 | py37hcd2ae1e_1 3.6 MB conda-forge
tornado-6.1 | py37h5e8e339_1 646 KB conda-forge
wrapt-1.12.1 | py37h5e8e339_3 47 KB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 331.1 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
_tflow_select pkgs/main/linux-64::_tflow_select-2.3.0-mkl
absl-py conda-forge/linux-64::absl-py-0.11.0-py37h89c1867_0
appdirs conda-forge/noarch::appdirs-1.4.4-pyh9f0ad1d_0
asn1crypto conda-forge/noarch::asn1crypto-1.4.0-pyh9f0ad1d_0
astor conda-forge/noarch::astor-0.8.1-pyh9f0ad1d_0
binutils_impl_lin~ conda-forge/linux-64::binutils_impl_linux-64-2.35.1-h193b22a_2
binutils_linux-64 conda-forge/linux-64::binutils_linux-64-2.35-h67ddf6f_30
biopython conda-forge/linux-64::biopython-1.76-py37h516909a_0
blas conda-forge/linux-64::blas-2.14-openblas
bzip2 conda-forge/linux-64::bzip2-1.0.8-h7f98852_4
c-ares conda-forge/linux-64::c-ares-1.17.1-h7f98852_1
cycler conda-forge/noarch::cycler-0.10.0-py_2
deepbgc bioconda/noarch::deepbgc-0.1.26-py_0
freetype conda-forge/linux-64::freetype-2.10.4-h0708190_1
gast conda-forge/noarch::gast-0.4.0-pyh9f0ad1d_0
gcc_impl_linux-64 conda-forge/linux-64::gcc_impl_linux-64-9.3.0-h70c0ae5_18
gcc_linux-64 conda-forge/linux-64::gcc_linux-64-9.3.0-hf25ea35_30
google-pasta conda-forge/noarch::google-pasta-0.2.0-pyh8c360ce_0
grpcio conda-forge/linux-64::grpcio-1.16.0-py37h4f00d22_1000
gxx_impl_linux-64 conda-forge/linux-64::gxx_impl_linux-64-9.3.0-hd87eabc_18
gxx_linux-64 conda-forge/linux-64::gxx_linux-64-9.3.0-h3fbe746_30
h5py conda-forge/linux-64::h5py-2.10.0-nompi_py37h90cd8ad_104
hdf5 conda-forge/linux-64::hdf5-1.10.6-nompi_h3c11f04_101
hmmer bioconda/linux-64::hmmer-3.3.2-he1b5a44_0
icu conda-forge/linux-64::icu-58.2-hf484d3e_1000
importlib-metadata conda-forge/linux-64::importlib-metadata-3.7.2-py37h89c1867_0
joblib conda-forge/noarch::joblib-1.0.1-pyhd8ed1ab_0
keras conda-forge/linux-64::keras-2.2.4-py37_1
keras-applications conda-forge/noarch::keras-applications-1.0.8-py_1
keras-preprocessi~ conda-forge/noarch::keras-preprocessing-1.1.2-pyhd8ed1ab_0
kernel-headers_li~ conda-forge/noarch::kernel-headers_linux-64-2.6.32-h77966d4_13
kiwisolver conda-forge/linux-64::kiwisolver-1.3.1-py37h2527ec5_1
libblas conda-forge/linux-64::libblas-3.8.0-14_openblas
libcblas conda-forge/linux-64::libcblas-3.8.0-14_openblas
libgcc-devel_linu~ conda-forge/linux-64::libgcc-devel_linux-64-9.3.0-h7864c58_18
libgfortran-ng conda-forge/linux-64::libgfortran-ng-7.5.0-h14aa051_18
libgfortran4 conda-forge/linux-64::libgfortran4-7.5.0-h14aa051_18
libgpuarray conda-forge/linux-64::libgpuarray-0.7.6-h7f98852_1003
liblapack conda-forge/linux-64::liblapack-3.8.0-14_openblas
liblapacke conda-forge/linux-64::liblapacke-3.8.0-14_openblas
libopenblas conda-forge/linux-64::libopenblas-0.3.7-h5ec1e0e_6
libpng conda-forge/linux-64::libpng-1.6.37-h21135ba_2
libprotobuf conda-forge/linux-64::libprotobuf-3.15.5-h780b84a_0
libstdcxx-devel_l~ conda-forge/linux-64::libstdcxx-devel_linux-64-9.3.0-hb016644_18
mako conda-forge/noarch::mako-1.1.4-pyh44b312d_0
markdown conda-forge/noarch::markdown-3.3.4-pyhd8ed1ab_0
markupsafe conda-forge/linux-64::markupsafe-1.1.1-py37h5e8e339_3
matplotlib-base conda-forge/linux-64::matplotlib-base-2.2.3-py37h60b886d_1
numpy pkgs/main/linux-64::numpy-1.16.1-py37h99e49ec_1
numpy-base pkgs/main/linux-64::numpy-base-1.16.1-py37h2f8d375_1
pandas conda-forge/linux-64::pandas-0.24.1-py37hf484d3e_0
prodigal bioconda/linux-64::prodigal-2.6.3-h516909a_2
protobuf conda-forge/linux-64::protobuf-3.15.5-py37hcd2ae1e_0
pygpu conda-forge/linux-64::pygpu-0.7.6-py37h03ebfcd_1001
pyparsing conda-forge/noarch::pyparsing-2.4.7-pyh9f0ad1d_0
python-dateutil conda-forge/noarch::python-dateutil-2.8.1-py_0
pytz conda-forge/noarch::pytz-2021.1-pyhd8ed1ab_0
pyyaml conda-forge/linux-64::pyyaml-5.4.1-py37h5e8e339_0
scikit-learn conda-forge/linux-64::scikit-learn-0.21.3-py37hcdab131_0
scipy pkgs/main/linux-64::scipy-1.2.0-py37he2b7bc3_0
sysroot_linux-64 conda-forge/noarch::sysroot_linux-64-2.12-h77966d4_13
tensorboard conda-forge/linux-64::tensorboard-1.14.0-py37_0
tensorflow pkgs/main/linux-64::tensorflow-1.14.0-mkl_py37h45c423b_0
tensorflow-base pkgs/main/linux-64::tensorflow-base-1.14.0-mkl_py37h7ce6ba3_0
tensorflow-estima~ conda-forge/linux-64::tensorflow-estimator-1.14.0-py37h5ca1d4c_0
termcolor conda-forge/noarch::termcolor-1.1.0-py_2
theano conda-forge/linux-64::theano-1.0.5-py37hcd2ae1e_1
tornado conda-forge/linux-64::tornado-6.1-py37h5e8e339_1
typing_extensions conda-forge/noarch::typing_extensions-3.7.4.3-py_0
werkzeug conda-forge/noarch::werkzeug-1.0.1-pyh9f0ad1d_0
wrapt conda-forge/linux-64::wrapt-1.12.1-py37h5e8e339_3
zipp conda-forge/noarch::zipp-3.4.1-pyhd8ed1ab_0
The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:
pyopenssl conda-forge/noarch::pyopenssl-20.0.1-~ --> conda-forge/linux-64::pyopenssl-19.0.0-py37_0
python pkgs/main::python-3.8.5-h7579374_1 --> conda-forge::python-3.7.0-hd21baee_1006
The following packages will be DOWNGRADED:
brotlipy 0.7.0-py38h497a2fe_1001 --> 0.7.0-py37h5e8e339_1001
certifi 2020.12.5-py38h578d9bd_1 --> 2020.12.5-py37h89c1867_1
cffi 1.14.5-py38ha65f79e_0 --> 1.14.4-py37h11fe52a_0
chardet 4.0.0-py38h578d9bd_1 --> 4.0.0-py37h89c1867_1
conda 4.9.2-py38h578d9bd_0 --> 4.9.2-py37h89c1867_0
conda-package-han~ 1.7.2-py38h8df0ef7_0 --> 1.7.2-py37hb5d75c8_0
cryptography 3.4.4-py38h3e25421_0 --> 2.5-py37hb7f436b_1
libffi 3.3-h58526e2_2 --> 3.2.1-he1b5a44_1007
openssl 1.1.1j-h7f98852_0 --> 1.0.2u-h516909a_0
pycosat 0.6.3-py38h497a2fe_1006 --> 0.6.3-py37h5e8e339_1006
pysocks 1.7.1-py38h578d9bd_3 --> 1.7.1-py37h89c1867_3
python_abi 3.8-1_cp38 --> 3.7-1_cp37m
readline 8.0-he28a2e2_2 --> 7.0-hf8c457e_1001
ruamel_yaml 0.15.80-py38h497a2fe_1004 --> 0.15.80-py37h5e8e339_1004
setuptools 49.6.0-py38h578d9bd_3 --> 49.6.0-py37h89c1867_3
sqlite 3.34.0-h74cdb3f_0 --> 3.28.0-h8b20d00_0
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
readline-7.0 | 391 KB | | 0% |############################################################################# | 100%
sysroot_linux-64-2.1 | 30.2 MB | ############################################################################# | 100%
h5py-2.10.0 | 1.0 MB | ############################################################################# | 100%
gcc_linux-64-9.3.0 | 23 KB | ############################################################################# | 100%
deepbgc-0.1.26 | 47 KB | ############################################################################# | 100%
libprotobuf-3.15.5 | 2.5 MB | ############################################################################# | 100%
libcblas-3.8.0 | 10 KB | ############################################################################# | 100%
keras-2.2.4 | 492 KB | ############################################################################# | 100%
binutils_impl_linux- | 9.3 MB | ############################################################################# | 100%
mako-1.1.4 | 58 KB | ############################################################################# | 100%
biopython-1.76 | 2.6 MB | ############################################################################# | 100%
pandas-0.24.1 | 11.1 MB | ############################################################################# | 100%
c-ares-1.17.1 | 109 KB | ############################################################################# | 100%
tornado-6.1 | 646 KB | ############################################################################# | 100%
markupsafe-1.1.1 | 27 KB | ############################################################################# | 100%
libgpuarray-0.7.6 | 245 KB | ############################################################################# | 100%
conda-4.9.2 | 3.0 MB | ############################################################################# | 100%
blas-2.14 | 10 KB | ############################################################################# | 100%
certifi-2020.12.5 | 143 KB | ############################################################################# | 100%
ruamel_yaml-0.15.80 | 270 KB | ############################################################################# | 100%
numpy-base-1.16.1 | 3.4 MB | | 0%
numpy-base-1.16.1 | 3.4 MB | ############################################################################# | 100%
keras-applications-1 | 30 KB | ############################################################################# | 100%
pysocks-1.7.1 | 27 KB | ############################################################################# | 100%
python_abi-3.7 | 4 KB | ############################################################################# | 100%
brotlipy-0.7.0 | 341 KB | ############################################################################# | 100%
numpy-1.16.1 | 48 KB | ############################################################################# | 100%
cffi-1.14.4 | 224 KB | ############################################################################# | 100%
theano-1.0.5 | 3.6 MB | ############################################################################# | 100%
pyopenssl-19.0.0 | 81 KB | ############################################################################# | 100%
tensorflow-1.14.0 | 4 KB | ############################################################################# | 100%
_tflow_select-2.3.0 | 2 KB | ############################################################################# | 100%
gxx_impl_linux-64-9. | 10.7 MB | ############################################################################# | 100%
gast-0.4.0 | 12 KB | ############################################################################# | 100%
scipy-1.2.0 | 13.7 MB | ############################################################################# | 100%
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gcc_impl_linux-64-9. | 43.1 MB | ############################################################################# | 100%
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tensorflow-base-1.14 | 84.4 MB | ############################################################################# | 100%
binutils_linux-64-2. | 22 KB | ############################################################################# | 100%
pygpu-0.7.6 | 629 KB | ############################################################################# | 100%
kiwisolver-1.3.1 | 78 KB | ############################################################################# | 100%
freetype-2.10.4 | 890 KB | ############################################################################# | 100%
asn1crypto-1.4.0 | 78 KB | ############################################################################# | 100%
cryptography-2.5 | 643 KB | ############################################################################# | 100%
icu-58.2 | 22.6 MB | ############################################################################# | 100%
grpcio-1.16.0 | 1.0 MB | ############################################################################# | 100%
pyyaml-5.4.1 | 189 KB | ############################################################################# | 100%
setuptools-49.6.0 | 947 KB | ############################################################################# | 100%
libstdcxx-devel_linu | 13.9 MB | ############################################################################# | 100%
liblapack-3.8.0 | 10 KB | ############################################################################# | 100%
liblapacke-3.8.0 | 10 KB | ############################################################################# | 100%
sqlite-3.28.0 | 1.9 MB | ############################################################################# | 100%
gxx_linux-64-9.3.0 | 23 KB | ############################################################################# | 100%
openssl-1.0.2u | 3.2 MB | ############################################################################# | 100%
scikit-learn-0.21.3 | 6.7 MB | ############################################################################# | 100%
libffi-3.2.1 | 47 KB | ############################################################################# | 100%
libblas-3.8.0 | 10 KB | ############################################################################# | 100%
tensorboard-1.14.0 | 3.2 MB | ############################################################################# | 100%
libopenblas-0.3.7 | 7.6 MB | ############################################################################# | 100%
chardet-4.0.0 | 204 KB | ############################################################################# | 100%
wrapt-1.12.1 | 47 KB | ############################################################################# | 100%
importlib-metadata-3 | 24 KB | ############################################################################# | 100%
python-3.7.0 | 31.5 MB | ############################################################################# | 100%
tensorflow-estimator | 645 KB | ############################################################################# | 100%
absl-py-0.11.0 | 168 KB | ############################################################################# | 100%
bzip2-1.0.8 | 484 KB | ############################################################################# | 100%
kernel-headers_linux | 707 KB | ############################################################################# | 100%
protobuf-3.15.5 | 344 KB | ############################################################################# | 100%
pycosat-0.6.3 | 107 KB | ############################################################################# | 100%
matplotlib-base-2.2. | 6.4 MB | ############################################################################# | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Then typing deepbgc download
, and finally I do it!
(base) b07@SB:~$ deepbgc info
_____ ____ ____ ____
| _ \ ___ ___ ____ | __ ) / ___) / ___)
| | \ \/ _ \/ _ \ _ \| _ \ | | _ | |
| |_/ / __/ __/ |_) | |_) || |_| || |___
|____/ \___|\___| ___/|____/ \____| \____)
=================|_|===== version 0.1.26 =====
INFO 09/03 16:53:56 Available data files: ['Pfam-A.31.0.hmm.h3i', 'Pfam-A.31.0.hmm.h3f', 'Pfam-A.31.0.clans.tsv', 'Pfam-A.31.0.hmm.h3m', 'Pfam-A.31.0.hmm.h3p', 'Pfam-A.31.0.hmm']
INFO 09/03 16:53:56 ================================================================================
INFO 09/03 16:53:56 Available detectors: ['clusterfinder_geneborder', 'clusterfinder_original', 'deepbgc', 'clusterfinder_retrained']INFO 09/03 16:53:56 --------------------------------------------------------------------------------
INFO 09/03 16:53:56 Model: clusterfinder_geneborder
INFO 09/03 16:53:56 Loading model from: /home/b07/.local/share/deepbgc/data/0.1.0/detector/clusterfinder_geneborder.pkl
WARNING 09/03 16:53:56 Model not supported: ('Package "hmmlearn" needs to be installed to run ClusterFinder HMM. ', 'Install extra dependencies using: \n pip install "deepbgc[hmm]"')
INFO 09/03 16:53:56 --------------------------------------------------------------------------------
INFO 09/03 16:53:56 Model: clusterfinder_original
INFO 09/03 16:53:56 Loading model from: /home/b07/.local/share/deepbgc/data/0.1.0/detector/clusterfinder_original.pkl
WARNING 09/03 16:53:56 Model not supported: ('Package "hmmlearn" needs to be installed to run ClusterFinder HMM. ', 'Install extra dependencies using: \n pip install "deepbgc[hmm]"')
INFO 09/03 16:53:56 --------------------------------------------------------------------------------
INFO 09/03 16:53:56 Model: deepbgc
INFO 09/03 16:53:56 Loading model from: /home/b07/.local/share/deepbgc/data/0.1.0/detector/deepbgc.pkl
Using TensorFlow backend.
WARNING 09/03 16:53:58 From /home/b07/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/keras/backend/tensorflow_backend.py:74: The name tf.get_default_graph is deprecated. Please use tf.compat.v1.get_default_graph instead.
WARNING 09/03 16:53:58 From /home/b07/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/keras/backend/tensorflow_backend.py:517: The name tf.placeholder is deprecated. Please use tf.compat.v1.placeholder instead.
WARNING 09/03 16:53:58 From /home/b07/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/keras/backend/tensorflow_backend.py:4138: The name tf.random_uniform is deprecated. Please use tf.random.uniform instead.
WARNING 09/03 16:53:58 From /home/b07/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/keras/backend/tensorflow_backend.py:133: The name tf.placeholder_with_default is deprecated. Please use tf.compat.v1.placeholder_with_default instead.
WARNING 09/03 16:53:58 From /home/b07/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/keras/backend/tensorflow_backend.py:3445: calling dropout (from tensorflow.python.ops.nn_ops) with keep_prob is deprecated and will be removed in a future version.
Instructions for updating:
Please use `rate` instead of `keep_prob`. Rate should be set to `rate = 1 - keep_prob`.
WARNING 09/03 16:53:58 From /home/b07/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/keras/backend/tensorflow_backend.py:174: The name tf.get_default_session is deprecated. Please use tf.compat.v1.get_default_session instead.
OMP: Info #212: KMP_AFFINITY: decoding x2APIC ids.
OMP: Info #210: KMP_AFFINITY: Affinity capable, using global cpuid leaf 11 info
OMP: Info #154: KMP_AFFINITY: Initial OS proc set respected: 0-3
OMP: Info #156: KMP_AFFINITY: 4 available OS procs
OMP: Info #157: KMP_AFFINITY: Uniform topology
OMP: Info #179: KMP_AFFINITY: 1 packages x 4 cores/pkg x 1 threads/core (4 total cores)
OMP: Info #214: KMP_AFFINITY: OS proc to physical thread map:
OMP: Info #171: KMP_AFFINITY: OS proc 0 maps to package 0 core 0
OMP: Info #171: KMP_AFFINITY: OS proc 1 maps to package 0 core 1
OMP: Info #171: KMP_AFFINITY: OS proc 2 maps to package 0 core 2
OMP: Info #171: KMP_AFFINITY: OS proc 3 maps to package 0 core 3
OMP: Info #250: KMP_AFFINITY: pid 5810 tid 5810 thread 0 bound to OS proc set 0
INFO 09/03 16:53:59 Type: KerasRNN
INFO 09/03 16:53:59 Version: 0.1.0
INFO 09/03 16:53:59 Timestamp: 1551305667.986168 (2019-02-27T14:14:27.986168)
INFO 09/03 16:53:59 --------------------------------------------------------------------------------
INFO 09/03 16:53:59 Model: clusterfinder_retrained
INFO 09/03 16:53:59 Loading model from: /home/b07/.local/share/deepbgc/data/0.1.0/detector/clusterfinder_retrained.pkl
WARNING 09/03 16:53:59 Model not supported: ('Package "hmmlearn" needs to be installed to run ClusterFinder HMM. ', 'Install extra dependencies using: \n pip install "deepbgc[hmm]"')
INFO 09/03 16:53:59 ================================================================================
INFO 09/03 16:53:59 Available classifiers: ['product_class', 'product_activity']
INFO 09/03 16:53:59 --------------------------------------------------------------------------------
INFO 09/03 16:53:59 Model: product_class
INFO 09/03 16:53:59 Loading model from: /home/b07/.local/share/deepbgc/data/0.1.0/classifier/product_class.pkl
/home/b07/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/sklearn/base.py:306: UserWarning: Trying to unpickle estimator DecisionTreeClassifier from version 0.18.2 when using version 0.21.3. This might lead to breaking code or invalid results. Use at your own risk.
UserWarning)
/home/b07/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/sklearn/base.py:306: UserWarning: Trying to unpickle estimator RandomForestClassifier from version 0.18.2 when using version 0.21.3. This might lead to breaking code or invalid results. Use at your own risk.
UserWarning)
INFO 09/03 16:53:59 Type: RandomForestClassifier
INFO 09/03 16:53:59 Version: 0.1.0
INFO 09/03 16:53:59 Timestamp: 1551781410.019103 (2019-03-05T02:23:30.019103)
INFO 09/03 16:53:59 --------------------------------------------------------------------------------
INFO 09/03 16:53:59 Model: product_activity
INFO 09/03 16:53:59 Loading model from: /home/b07/.local/share/deepbgc/data/0.1.0/classifier/product_activity.pkl
INFO 09/03 16:53:59 Type: RandomForestClassifier
INFO 09/03 16:53:59 Version: 0.1.0
INFO 09/03 16:53:59 Timestamp: 1551781433.886473 (2019-03-05T02:23:53.886473)
INFO 09/03 16:53:59 ================================================================================
WARNING 09/03 16:53:59 Some warnings detected, check the output above
By the way, do I need to care about this WARNING
message? Thank you👍
Great! The warning is fine, you should be good to go 👍
Hello, I am sorry to ask you for help again. 😥 I have some problem when I install deepbgc on WSL2.
First try: I follow your instruction to install deepbgc by
conda install deepbgc
. But it is not the latest version, it is0.1.10
.Second try: I want to try your latest version to get the
*.json
file. So I follow this issue How to use DeepBGC's results to the antiSMASH to install special version byconda install deepbgc==0.1.23
Third try: Finally, I just download this file to manually install deepbgc. Then I uncompressed it and tried to type
pip install .
in current directory. https://github.com/Merck/deepbgc/issues/45#issuecomment-784134359Unfortunately, I failed again. I hope you can help me, I want to this
antismash.json
file. Thank you in advance.