search

MetaboHUB-MetaToul-FluxoMet / Skyline2IsoCor

Preparing skyline output data for use in IsoCor software
GNU General Public License v3.0
0 stars 0 forks source link

Mettre à jour l'outil pour prendre en considération les "derivatives" #1

Open Youyou35650 opened 8 months ago

Youyou35650 commented 8 months ago

Bonjour,

Je souhaiterais utiliser l'outil skyline pour faire le retraitement isotopique de mes données de GC. Par la suite j'aurai besoin que l'outil skyline2isocor puisse prendre en considération les "derivatives" associés à chaque molécule. Cela permettrait d'ouvrir l'outil à l'ensemble des analyses isotopiques pratiquées sur MTH. On pourra partir sur du parsing au sein du nom de la molécule avec un élement type texte ("deriv") qui permet de splitter les informations dans les colonnes "metabolite" et "derivative". Par exemple, AlanineC1C3derivMEOXTBDMSMINUSC4H9 qui donnerait un metabolite AlanineC1C3 et en derivative MEOXTBDMSMINUSC4H9.

Qu'en dis-tu ? J'ai des données disponibles pour faire un crash test si besoin.

Merci.

Younès

llegregam commented 1 week ago

Hello, Oui ça peut être une bonne idée. A voir quel formalisme adopter qui serait general purpose et transparent pour les utilisateurs. N'y a-t-il pas un moyen dans skyline d'ajouter la colonne dérivative?