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MicroMedIAn / PathAIA

Digital Pathology Analysis Tools
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Avoid stopping script if only one file in the dataset misses data folder #3

Closed ArnaudAbreu closed 3 years ago

ArnaudAbreu commented 3 years ago

Je propose qu'on ajoute des warnings en plus des erreurs, et tout particulièrement un warning pour assouplir OpenSlideUnsupportedFormatError dans le cas du traitement d'un gros dataset.

Pour Goya par exemple, je n'ai pas vérifié que tous les .mrxs disposent d'un datafolder, je ne crois pas pour autant qu'un script de patchification doit planter parce que quelques folders sont manquants.

Du coup je catch OpenSlideUnsupportedFormatError dans ce cas là et j'en fais un warning pour ne pas arrêter l'exécution.

Dis-moi ce que tu en penses

schwobr commented 3 years ago

Ca me parait très bien. Bien vue aussi la correction de folder en folders dans get_files, je l'ai corrigée localement et j'ai oublié de commit comme un idiot.