gffs格式问题 - Githubissues

WWz33 commented 8 months ago

明师兄，你好！非常感谢你能公开这么棒的代码供我学习，请教一下Qsymbols, and Note是什么意思，我发现在运行过程中似乎没有用到，是否可以用其他字段填充呢？

Minglc commented 8 months ago

你好， Qsymbols, and Note分别是基因的名字和注释信息，可以设为缺失

WWz33 commented 8 months ago

谢谢师兄耐心解答，讨论一下碰见的一些弯路。 1.亲缘矩阵会有负数，应该调为0，不然会报以下错误，这可能和R包有关，计算平方根的时候没有修正负数

Computing Eigen Decomposition and Estimating V
Error in X_is_ok(random[[i]], n, names(random)[i]) :
  No NAs allowed in design matrix 'Effect_1'
Calls: cis_trans_TWAS ... system.time -> as.data.frame -> cGWAS.emmax -> clmm -> X_is_ok
In addition: Warning message:
In sqrt(UD$values) : NaNs produced
Timing stopped at: 0.084 0.133 0.015
Execution halted

2.gffs还是要严格按照顺序排序的

Running GWAS
0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Error in `[.data.frame`(res, , c("Gene", "chr", "start", "end", "strand",  :
  undefined columns selected
Calls: cis_trans_TWAS -> [ -> [.data.frame
Execution halted

3.数据不允许有任何缺失值，要不然在TWAS都容易报错

Minglc commented 8 months ago

感谢使用和提出问题，gffs文件只要列名一致就行，顺序不要紧的。“数据不允许有任何缺失”是指哪个数据呢？表型数据是允许有缺失的

WWz33 commented 8 months ago

是表达数据样本的缺失，导致的issue2的问题，我又使其样本一致还是没解决这个问题😵

jiangxiaokanggg commented 8 months ago

谢谢师兄耐心解答，讨论一下碰见的一些弯路。 1.亲缘矩阵会有负数，应该调为0，不然会报以下错误，这可能和R包有关，计算平方根的时候没有修正负数
Computing Eigen Decomposition and Estimating V
Error in X_is_ok(random[[i]], n, names(random)[i]) :
  No NAs allowed in design matrix 'Effect_1'
Calls: cis_trans_TWAS ... system.time -> as.data.frame -> cGWAS.emmax -> clmm -> X_is_ok
In addition: Warning message:
In sqrt(UD$values) : NaNs produced
Timing stopped at: 0.084 0.133 0.015
Execution halted
2.gffs还是要严格按照顺序排序的
Running GWAS
0%   10   20   30   40   50   60   70   80   90   100%
[----|----|----|----|----|----|----|----|----|----|
**************************************************|
Error in `[.data.frame`(res, , c("Gene", "chr", "start", "end", "strand",  :
  undefined columns selected
Calls: cis_trans_TWAS -> [ -> [.data.frame
Execution halted
3.数据不允许有任何缺失值，要不然在TWAS都容易报错

想问下您有碰到把kinship矩阵中的负数改为0仍然报同样错的情况吗？ @WWz33

Minglc / CisTrans-ECAS

gffs格式问题 #1