Für complex Graphen werden ja Kontakte zwischen den Ketten berechnet. Diese Kontakte werden dann mit der Länge der Ketten normalisiert (denn längere Ketten haben ja mehr "Chancen" Kontakte zu anderen Ketten zu haben). Die Anzahl Kontakte zwischen 2 Ketten wird dazu durch einen Faktor geteilt. Dieser Faktor kann unterschiedlich zustandekommen (z.B. additiv = beide Kettenlängen werden addiert). Wenn es mulitplikativ ist, dann werden beide Kettenlängen multipliziert. Wenn aber eine Kette Länge 0 hat, dann wird der Faktor null und man bekommt eine divide by zero exception. Und wenn eine Kette nur RNA enthält, dann wird sie aktuell mit Länge 0 gewertet, weil nur Aminosäurereste und ggf Liganden gezählt werden. Das sollte aber nicht so sein. Stattdessen sollte eine Kette aus RNA als Länge die Anzahl der RNA-Moleküle haben
reproduzierbar mit Protein 1urn (complex Graphen müssen eingeschaltet sein)
exception entsteht durch: ComplexGraphEdgeWeightTypes line 73
Länge der Ketten wird in einem Dict gesetzt: ComplexGraph in line 274 (hier wird nur AA und Lig genommen, aber RNA nicht)
Für complex Graphen werden ja Kontakte zwischen den Ketten berechnet. Diese Kontakte werden dann mit der Länge der Ketten normalisiert (denn längere Ketten haben ja mehr "Chancen" Kontakte zu anderen Ketten zu haben). Die Anzahl Kontakte zwischen 2 Ketten wird dazu durch einen Faktor geteilt. Dieser Faktor kann unterschiedlich zustandekommen (z.B. additiv = beide Kettenlängen werden addiert). Wenn es mulitplikativ ist, dann werden beide Kettenlängen multipliziert. Wenn aber eine Kette Länge 0 hat, dann wird der Faktor null und man bekommt eine divide by zero exception. Und wenn eine Kette nur RNA enthält, dann wird sie aktuell mit Länge 0 gewertet, weil nur Aminosäurereste und ggf Liganden gezählt werden. Das sollte aber nicht so sein. Stattdessen sollte eine Kette aus RNA als Länge die Anzahl der RNA-Moleküle haben
reproduzierbar mit Protein 1urn (complex Graphen müssen eingeschaltet sein)
exception entsteht durch: ComplexGraphEdgeWeightTypes line 73 Länge der Ketten wird in einem Dict gesetzt: ComplexGraph in line 274 (hier wird nur AA und Lig genommen, aber RNA nicht)