R carre

[lietai]

R trop long a charger meme avec fread avec trop de données non utiliser

plink ne conserve pas la phase dans les fichier vcf

• [ ] vcftool conserve la phase et permet de manipuler besoin d'un fichier de correspondance sample name population ou sample name overpopulation

[lietai]

https://www.internationalgenome.org/data-portal/sample le bouton download the list

[lietai]

add igsr_samples.tsv and EuropeanAncestrySampleList.txt

grep "European Ancestry" igsr_samples.tsv | cut -f1 | wc > EuropeanAncestrySampleList.txt

[lietai]

some SNPs seems to be not included in the results

In house R scrips?