NGSEP is an integrated framework for analysis of high throughput sequencing (HTS) reads. The main functionality of NGSEP is the variants detector, which allows to make integrated discovery and genotyping of Single Nucleotide Variants (SNVs), insertions, deletions, and genomic regions with copy number variation (CNVs).
Quedo la implementacion de paired end agregando la cadena de Ns para igualar la longitud de todas las cadenas de cada cluster, pegando -1 con -2 para cada sample. Puse un parametro de linea de comandos que sea un filesDescriptor, que es una tabla donde se tiene sample_id | file-1 | file-2, los cuales se deben poder encontrar en el input directory.
Quedo la implementacion de paired end agregando la cadena de Ns para igualar la longitud de todas las cadenas de cada cluster, pegando -1 con -2 para cada sample. Puse un parametro de linea de comandos que sea un filesDescriptor, que es una tabla donde se tiene sample_id | file-1 | file-2, los cuales se deben poder encontrar en el input directory.