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NOAA-ORR-ERD / OilLibrary

The NOAA library of oils and their properties.
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Problem in installing OilLibrary #23

Closed smrahmanbd closed 3 years ago

smrahmanbd commented 4 years ago

I am receiving the following problem.

oillibrary.docx

ChrisBarker-NOAA commented 4 years ago

Here is the OP's screen shot: image

I can't tell from that screenshot what went wrong, but a few ideas:

1) make sure you have the dependencies installed:

conda install --file conda_requirements.txt

If it stiil doesn' twork, you can post the results of:

conda list

Also: try installing it in "develop" mode:

python setup.py develop

We usually use that mode in development, so it's better tested.

Please do report how it works out.

-CHB

smrahmanbd commented 4 years ago

Dear Sir: Please find attached the file which shows the problems in testing. Please kindly help me to solve this problem. If you need any further details, please let me know. With best regards. Syed Masiur Rahman

On Thu, Oct 15, 2020 at 10:28 PM Chris Barker notifications@github.com wrote:

Here is the OP's screen shot: [image: image] https://user-images.githubusercontent.com/916576/96176575-67fd0e00-0ee1-11eb-87dd-f3786863e458.png

I can't tell from that screenshot what went wrong, but a few ideas:

  1. make sure you have the dependencies installed:

conda install --file conda_requirements.txt

If it stiil doesn' twork, you can post the results of:

conda list

Also: try installing it in "develop" mode:

python setup.py develop

We usually use that mode in development, so it's better tested.

Please do report how it works out.

-CHB

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary/issues/23#issuecomment-709543241, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACOBTVJZR6SXVTOQIB7VVHLSK5EMJANCNFSM4SSLV2HA .

-- Thank you. Sincerely, Syed

Syed Masiur Rahman PhD Research Engineer-III Center for Environment & Water, Research Institute King Fahd University of Petroleum & Minerals P. O. Box 713, Dhahran 31261 Saudi Arabia

(base) C:>cd users\smrahman

(base) C:\Users\smrahman>conda update conda Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

All requested packages already installed.

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels NOAA-ORR-ERD

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels conda-forge

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels --add channels 'defaults' # lowest priority --add channels 'NOAA-ORR-ERD' --add channels 'conda-forge' # highest priority

(base) C:\Users\smrahman>conda create --name gnome python=2 Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

The following packages will be downloaded:

package                    |            build
---------------------------|-----------------
certifi-2019.11.28         |   py27h8c360ce_1         149 KB  conda-forge
pip-20.1.1                 |     pyh9f0ad1d_0         1.1 MB  conda-forge
python-2.7.15              |h2880e7c_1011_cpython        20.3 MB  conda-forge
python_abi-2.7             |          1_cp27m           4 KB  conda-forge
setuptools-44.0.0          |           py27_0         665 KB  conda-forge
vs2008_runtime-9.0.30729.6161|                0         1.0 MB  conda-forge
wheel-0.35.1               |     pyh9f0ad1d_0          29 KB  conda-forge
wincertstore-0.2           |        py27_1003          13 KB  conda-forge
------------------------------------------------------------
                                       Total:        23.2 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

certifi conda-forge/win-64::certifi-2019.11.28-py27h8c360ce_1 pip conda-forge/noarch::pip-20.1.1-pyh9f0ad1d_0 python conda-forge/win-64::python-2.7.15-h2880e7c_1011_cpython python_abi conda-forge/win-64::python_abi-2.7-1_cp27m setuptools conda-forge/win-64::setuptools-44.0.0-py27_0 vc pkgs/main/win-64::vc-9-h7299396_1 vs2008_runtime conda-forge/win-64::vs2008_runtime-9.0.30729.6161-0 wheel conda-forge/noarch::wheel-0.35.1-pyh9f0ad1d_0 wincertstore conda-forge/win-64::wincertstore-0.2-py27_1003

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages setuptools-44.0.0 | 665 KB | ############################################################################ | 100% python-2.7.15 | 20.3 MB | ############################################################################ | 100% vs2008_runtime-9.0.3 | 1.0 MB | ############################################################################ | 100% certifi-2019.11.28 | 149 KB | ############################################################################ | 100% wheel-0.35.1 | 29 KB | ############################################################################ | 100% python_abi-2.7 | 4 KB | ############################################################################ | 100% pip-20.1.1 | 1.1 MB | ############################################################################ | 100% wincertstore-0.2 | 13 KB | ############################################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done #

To activate this environment, use

#

$ conda activate gnome

#

To deactivate an active environment, use

#

$ conda deactivate

(base) C:\Users\smrahman>conda activate gnome

(gnome) C:\Users\smrahman>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/PyGnome Cloning into 'PyGnome'... remote: Enumerating objects: 1743, done. remote: Counting objects: 100% (1743/1743), done. remote: Compressing objects: 100% (832/832), done. remote: Total 60118 (delta 1134), reused 1263 (delta 872), pack-reused 58375 Receiving objects: 100% (60118/60118), 145.48 MiB | 2.25 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (45148/45148), done. Updating files: 100% (1904/1904), done.

(gnome) C:\Users\smrahman>cd PyGnome

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

The following packages will be downloaded:

package                    |            build
---------------------------|-----------------
alabaster-0.7.12           |             py_0          15 KB  conda-forge
asn1crypto-1.4.0           |     pyh9f0ad1d_0          78 KB  conda-forge
atomicwrites-1.4.0         |     pyh9f0ad1d_0          10 KB  conda-forge
attrs-20.2.0               |     pyh9f0ad1d_0          41 KB  conda-forge
awesome-slugify-1.6.5      |             py_5          11 KB  conda-forge
babel-2.8.0                |             py_0         6.0 MB  conda-forge
backports-1.0              |             py_2           4 KB  conda-forge
backports.functools_lru_cache-1.6.1|             py_0           8 KB  conda-forge
backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0|             py_3           7 KB  conda-forge
backports.shutil_which-3.5.2|             py_0           6 KB  conda-forge
backports_abc-0.5          |             py_1           5 KB  conda-forge
bleach-3.2.1               |     pyh9f0ad1d_0         111 KB  conda-forge
brotlipy-0.7.0             |py27h0c8e037_1000         349 KB  conda-forge
bzip2-1.0.8                |       h0c8e037_2         111 KB  conda-forge
ca-certificates-2020.6.20  |       hecda079_0         184 KB  conda-forge
cell_tree2d-0.3.0          |py27h0e003f4_1001          64 KB  conda-forge
cffi-1.14.0                |   py27hcfb25f9_0         214 KB  conda-forge
cftime-1.0.4.2             |   py27h83e69c8_0         224 KB  conda-forge
chardet-3.0.4              |py27h8c360ce_1006         193 KB  conda-forge
colander-1.7.0             |           py27_0         262 KB
colorama-0.4.3             |             py_0          17 KB  conda-forge
configparser-3.7.3         |   py27h8c360ce_2          36 KB  conda-forge
contextlib2-0.6.0.post1    |             py_0          12 KB  conda-forge
coverage-5.0.4             |   py27h462b5f4_0         278 KB  conda-forge
cryptography-2.5           |   py27hc64555f_1         547 KB  conda-forge
curl-7.65.3                |       h2f83ebf_0         111 KB  conda-forge
cycler-0.10.0              |             py_2           9 KB  conda-forge
cython-0.25.2              |           py27_1         2.2 MB  conda-forge
decorator-4.4.2            |             py_0          11 KB  conda-forge
defusedxml-0.6.0           |             py_0          22 KB  conda-forge
docutils-0.16              |   py27h8c360ce_1         742 KB  conda-forge
entrypoints-0.3            |py27h8c360ce_1001          14 KB  conda-forge
enum34-1.1.10              |   py27h8c360ce_1          49 KB  conda-forge
freetype-2.10.1            |       h4d385ea_0         927 KB  conda-forge
funcsigs-1.0.2             |             py_3          14 KB  conda-forge
functools32-3.2.3.2        |             py_3          15 KB  conda-forge
futures-3.3.0              |   py27h8c360ce_1          25 KB  conda-forge
geojson-2.5.0              |             py_0          15 KB  conda-forge
gitdb2-2.0.6               |             py_0          46 KB  conda-forge
gitpython-2.1.11           |             py_0         335 KB  conda-forge
gridded-0.2.5              |           py27_0         281 KB  conda-forge
gsw-3.0.3                  |           py27_0         2.7 MB  conda-forge
hdf4-4.2.13                |    ha32470c_1003        1014 KB  conda-forge
hdf5-1.10.3                |    h95ae18b_1001        18.4 MB  conda-forge
icu-58.2                   |            vc9_0        21.9 MB  conda-forge
idna-2.10                  |     pyh9f0ad1d_0          52 KB  conda-forge
imagesize-1.2.0            |             py_0           8 KB  conda-forge
importlib-metadata-1.5.0   |           py27_0          41 KB  conda-forge
importlib_metadata-1.5.0   |                1           3 KB  conda-forge
intel-openmp-2020.1        |              216         1.6 MB
ipaddress-1.0.23           |             py_0          19 KB  conda-forge
ipykernel-4.10.0           |           py27_1         162 KB  conda-forge
ipython-5.8.0              |           py27_1         1.1 MB  conda-forge
ipython_genutils-0.2.0     |             py_1          21 KB  conda-forge
ipywidgets-7.5.1           |     pyh9f0ad1d_1         101 KB  conda-forge
iso8601-0.1.13             |     pyh9f0ad1d_0          12 KB  conda-forge
jinja2-2.11.2              |     pyh9f0ad1d_0          93 KB  conda-forge
jpeg-9c                    |    h0c8e037_1001         307 KB  conda-forge
jsonschema-3.2.0           |   py27h8c360ce_1         105 KB  conda-forge
jupyter-1.0.0              |             py_2           4 KB  conda-forge
jupyter_client-5.3.4       |           py27_1         152 KB  conda-forge
jupyter_console-5.2.0      |           py27_1          51 KB  conda-forge
jupyter_core-4.6.3         |   py27h8c360ce_1          94 KB  conda-forge
kiwisolver-1.1.0           |   py27h6c69bd3_1          67 KB  conda-forge
krb5-1.16.3                |    hb4d044e_1000         812 KB  conda-forge
libblas-3.8.0              |           16_mkl         3.6 MB  conda-forge
libcblas-3.8.0             |           16_mkl         3.6 MB  conda-forge
libcurl-7.65.3             |       h2f83ebf_0         266 KB  conda-forge
libgd-2.1.1                |                3         744 KB  NOAA-ORR-ERD
liblapack-3.8.0            |           16_mkl         3.6 MB  conda-forge
libnetcdf-4.6.1            |    h376332d_1010         567 KB  conda-forge
libpng-1.6.37              |       h7a46e7a_0         489 KB  conda-forge
libsodium-1.0.17           |       h3cc03e0_0         455 KB  conda-forge
markupsafe-1.1.1           |   py27h462b5f4_1          26 KB  conda-forge
matplotlib-2.2.5           |                1           6 KB  conda-forge
matplotlib-base-2.2.5      |   py27h6595424_1         6.5 MB  conda-forge
mistune-0.8.4              |py27h462b5f4_1001          53 KB  conda-forge
mkl-2020.1                 |              216        99.3 MB
more-itertools-5.0.0       |             py_0          44 KB  conda-forge
nbconvert-5.6.1            |           py27_0         507 KB  conda-forge
nbformat-4.4.0             |             py_1          91 KB  conda-forge
nbsphinx-0.3.5             |             py_0          18 KB  conda-forge
netcdf4-1.4.1              |   py27h6bbc3c5_3         381 KB  conda-forge
nose-1.3.7                 |py27h8c360ce_1004         240 KB  conda-forge
notebook-5.7.8             |           py27_1         7.2 MB  conda-forge
numpy-1.16.5               |   py27h0d21db5_0         3.9 MB  conda-forge
openssl-1.0.2u             |       h0c8e037_0         4.7 MB  conda-forge
packaging-20.4             |     pyh9f0ad1d_0          32 KB  conda-forge
pandoc-2.11.0.1            |       hf4a77e7_0        18.7 MB  conda-forge
pandocfilters-1.4.2        |             py_1           9 KB  conda-forge
pathlib2-2.3.5             |   py27h8c360ce_1          33 KB  conda-forge
pickleshare-0.7.5          |py27h8c360ce_1001          12 KB  conda-forge
pluggy-0.12.0              |             py_0          18 KB  conda-forge
progressbar-2.5            |             py_0          12 KB  conda-forge
prometheus_client-0.8.0    |     pyh9f0ad1d_0          44 KB  conda-forge
prompt_toolkit-1.0.15      |             py_1         154 KB  conda-forge
psutil-5.7.0               |   py27h462b5f4_1         336 KB  conda-forge
py-1.9.0                   |     pyh9f0ad1d_0          74 KB  conda-forge
py_gd-0.1.5                |           py27_0         130 KB  NOAA-ORR-ERD
pycparser-2.20             |     pyh9f0ad1d_2          94 KB  conda-forge
pygments-2.5.2             |             py_0         669 KB  conda-forge
pynucos-2.9.1              |     pyh9f0ad1d_0          25 KB  conda-forge
pyopenssl-19.0.0           |           py27_0          79 KB  conda-forge
pyparsing-2.4.7            |     pyh9f0ad1d_0          60 KB  conda-forge
pyqt-5.6.0                 |py27h4cbc711_1008         4.2 MB  conda-forge
pyrsistent-0.15.7          |   py27h462b5f4_1          73 KB  conda-forge
pyshp-1.2.12               |             py_2          22 KB  conda-forge
pysocks-1.7.1              |   py27h8c360ce_1          26 KB  conda-forge
pytest-4.6.4               |           py27_0         373 KB  conda-forge
pytest-cov-2.10.1          |     pyh9f0ad1d_0          20 KB  conda-forge
pytest-timeout-1.4.2       |     pyh9f0ad1d_0          13 KB  conda-forge
python-dateutil-2.8.1      |             py_0         220 KB  conda-forge
pytz-2020.1                |     pyh9f0ad1d_0         227 KB  conda-forge
pywin32-221                |           py27_0         6.0 MB  conda-forge
pywinpty-0.5.7             |           py27_0          45 KB  conda-forge
pyzmq-19.0.0               |   py27h331c9a6_1         414 KB  conda-forge
qtconsole-4.7.7            |     pyh9f0ad1d_0          88 KB  conda-forge
qtpy-1.9.0                 |             py_0          34 KB  conda-forge
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scandir-1.10.0             |   py27h462b5f4_1          29 KB  conda-forge
send2trash-1.5.0           |             py_0          12 KB  conda-forge
simplegeneric-0.8.1        |             py_1           7 KB  conda-forge
singledispatch-3.4.0.3     |  pyh9f0ad1d_1001          11 KB  conda-forge
sip-4.18.1                 |py27hc56fc5f_1000         263 KB  conda-forge
six-1.15.0                 |     pyh9f0ad1d_0          14 KB  conda-forge
smmap-3.0.4                |     pyh9f0ad1d_0          22 KB  conda-forge
smmap2-3.0.1               |             py_0           5 KB  conda-forge
snowballstemmer-2.0.0      |             py_0          55 KB  conda-forge
sphinx-1.8.5               |           py27_0         1.9 MB  conda-forge
sphinx_rtd_theme-0.5.0     |     pyh9f0ad1d_0         2.7 MB  conda-forge
sphinxcontrib-websupport-1.2.4|     pyh9f0ad1d_0          34 KB  conda-forge
sqlite-3.30.1              |       h0c8e037_0         1.1 MB  conda-forge
tblib-1.6.0                |             py_0          14 KB  conda-forge
terminado-0.8.3            |   py27h8c360ce_1          22 KB  conda-forge
testfixtures-6.15.0        |     pyh9f0ad1d_0          67 KB  conda-forge
testpath-0.4.4             |             py_0          85 KB  conda-forge
tk-8.6.10                  |       h0c8e037_0         3.0 MB  conda-forge
tornado-5.1.1              |py27h0c8e037_1000         640 KB  conda-forge
traitlets-4.3.3            |   py27h8c360ce_1         128 KB  conda-forge
translationstring-1.4      |     pyh9f0ad1d_0          15 KB  conda-forge
typing-3.7.4.1             |           py27_0          46 KB  conda-forge
unidecode-1.1.1            |             py_0         157 KB  conda-forge
urllib3-1.25.10            |             py_0          92 KB  conda-forge
wcwidth-0.2.5              |     pyh9f0ad1d_2          33 KB  conda-forge
webencodings-0.5.1         |             py_1          12 KB  conda-forge
widgetsnbextension-3.5.1   |           py27_0         1.8 MB  conda-forge
win_inet_pton-1.1.0        |           py27_0           7 KB  conda-forge
win_unicode_console-0.5    |        py27_1000          31 KB  conda-forge
winpty-0.4.3               |                4         1.1 MB  conda-forge
zeromq-4.3.2               |       h6538335_2        10.0 MB  conda-forge
zipp-1.0.0                 |             py_0           7 KB  conda-forge
zlib-1.2.11                |    h3cc03e0_1006         117 KB  conda-forge
------------------------------------------------------------
                                       Total:       254.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

alabaster conda-forge/noarch::alabaster-0.7.12-py_0 asn1crypto conda-forge/noarch::asn1crypto-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 atomicwrites conda-forge/noarch::atomicwrites-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 attrs conda-forge/noarch::attrs-20.2.0-pyh9f0ad1d_0 awesome-slugify conda-forge/noarch::awesome-slugify-1.6.5-py_5 babel conda-forge/noarch::babel-2.8.0-py_0 backports conda-forge/noarch::backports-1.0-py_2 backports.functoo~ conda-forge/noarch::backports.functools_lru_cache-1.6.1-py0 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py3 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_which-3.5.2-py_0 backports_abc conda-forge/noarch::backports_abc-0.5-py_1 blas pkgs/main/win-64::blas-1.0-mkl bleach conda-forge/noarch::bleach-3.2.1-pyh9f0ad1d_0 brotlipy conda-forge/win-64::brotlipy-0.7.0-py27h0c8e037_1000 bzip2 conda-forge/win-64::bzip2-1.0.8-h0c8e037_2 ca-certificates conda-forge/win-64::ca-certificates-2020.6.20-hecda079_0 cell_tree2d 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freetype conda-forge/win-64::freetype-2.10.1-h4d385ea_0 funcsigs conda-forge/noarch::funcsigs-1.0.2-py_3 functools32 conda-forge/noarch::functools32-3.2.3.2-py_3 futures conda-forge/win-64::futures-3.3.0-py27h8c360ce_1 geojson conda-forge/noarch::geojson-2.5.0-py_0 gitdb2 conda-forge/noarch::gitdb2-2.0.6-py_0 gitpython conda-forge/noarch::gitpython-2.1.11-py_0 gridded conda-forge/win-64::gridded-0.2.5-py27_0 gsw conda-forge/win-64::gsw-3.0.3-py27_0 hdf4 conda-forge/win-64::hdf4-4.2.13-ha32470c_1003 hdf5 conda-forge/win-64::hdf5-1.10.3-h95ae18b_1001 icc_rt pkgs/main/win-64::icc_rt-2019.0.0-h0cc432a_1 icu conda-forge/win-64::icu-58.2-vc9_0 idna conda-forge/noarch::idna-2.10-pyh9f0ad1d_0 imagesize conda-forge/noarch::imagesize-1.2.0-py_0 importlib-metadata conda-forge/win-64::importlib-metadata-1.5.0-py27_0 importlib_metadata conda-forge/noarch::importlib_metadata-1.5.0-1 intel-openmp pkgs/main/win-64::intel-openmp-2020.1-216 ipaddress conda-forge/noarch::ipaddress-1.0.23-py_0 ipykernel 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conda-forge/win-64::liblapack-3.8.0-16_mkl libnetcdf conda-forge/win-64::libnetcdf-4.6.1-h376332d_1010 libpng conda-forge/win-64::libpng-1.6.37-h7a46e7a_0 libsodium conda-forge/win-64::libsodium-1.0.17-h3cc03e0_0 libssh2 pkgs/main/win-64::libssh2-1.8.0-h77a7533_4 m2w64-gcc-libgfor~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libgfortran-5.3.0-6 m2w64-gcc-libs pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libs-5.3.0-7 m2w64-gcc-libs-co~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libs-core-5.3.0-7 m2w64-gmp pkgs/msys2/win-64::m2w64-gmp-6.1.0-2 m2w64-libwinpthre~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-libwinpthread-git-5.0.0.4634.697f757-2 markupsafe conda-forge/win-64::markupsafe-1.1.1-py27h462b5f4_1 matplotlib conda-forge/win-64::matplotlib-2.2.5-1 matplotlib-base conda-forge/win-64::matplotlib-base-2.2.5-py27h6595424_1 mistune conda-forge/win-64::mistune-0.8.4-py27h462b5f4_1001 mkl pkgs/main/win-64::mkl-2020.1-216 more-itertools conda-forge/noarch::more-itertools-5.0.0-py_0 msys2-conda-epoch pkgs/msys2/win-64::msys2-conda-epoch-20160418-1 nbconvert conda-forge/win-64::nbconvert-5.6.1-py27_0 nbformat conda-forge/noarch::nbformat-4.4.0-py_1 nbsphinx conda-forge/noarch::nbsphinx-0.3.5-py_0 netcdf4 conda-forge/win-64::netcdf4-1.4.1-py27h6bbc3c5_3 nose conda-forge/win-64::nose-1.3.7-py27h8c360ce_1004 notebook conda-forge/win-64::notebook-5.7.8-py27_1 numpy conda-forge/win-64::numpy-1.16.5-py27h0d21db5_0 openssl conda-forge/win-64::openssl-1.0.2u-h0c8e037_0 packaging conda-forge/noarch::packaging-20.4-pyh9f0ad1d_0 pandoc conda-forge/win-64::pandoc-2.11.0.1-hf4a77e7_0 pandocfilters conda-forge/noarch::pandocfilters-1.4.2-py_1 pathlib2 conda-forge/win-64::pathlib2-2.3.5-py27h8c360ce_1 pickleshare conda-forge/win-64::pickleshare-0.7.5-py27h8c360ce_1001 pluggy conda-forge/noarch::pluggy-0.12.0-py_0 progressbar conda-forge/noarch::progressbar-2.5-py_0 prometheus_client conda-forge/noarch::prometheus_client-0.8.0-pyh9f0ad1d_0 prompt_toolkit conda-forge/noarch::prompt_toolkit-1.0.15-py_1 psutil 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conda-forge/win-64::win_inet_pton-1.1.0-py27_0 win_unicode_conso~ conda-forge/win-64::win_unicode_console-0.5-py27_1000 winpty conda-forge/win-64::winpty-0.4.3-4 zeromq conda-forge/win-64::zeromq-4.3.2-h6538335_2 zipp conda-forge/noarch::zipp-1.0.0-py_0 zlib conda-forge/win-64::zlib-1.2.11-h3cc03e0_1006

Proceed ([y]/n)? y

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############################################################################ | 100% tk-8.6.10 | 3.0 MB | ############################################################################ | 100% bleach-3.2.1 | 111 KB | ############################################################################ | 100% atomicwrites-1.4.0 | 10 KB | ############################################################################ | 100% futures-3.3.0 | 25 KB | ############################################################################ | 100% gitpython-2.1.11 | 335 KB | ############################################################################ | 100% matplotlib-2.2.5 | 6 KB | ############################################################################ | 100% intel-openmp-2020.1 | 1.6 MB | ############################################################################ | 100% sqlite-3.30.1 | 1.1 MB | ############################################################################ | 100% terminado-0.8.3 | 22 KB | ############################################################################ | 100% pandocfilters-1.4.2 | 9 KB | ############################################################################ | 100% jinja2-2.11.2 | 93 KB | ############################################################################ | 100% nbformat-4.4.0 | 91 KB | ############################################################################ | 100% libblas-3.8.0 | 3.6 MB | ############################################################################ | 100% hdf4-4.2.13 | 1014 KB | ############################################################################ | 100% tornado-5.1.1 | 640 KB | ############################################################################ | 100% pyzmq-19.0.0 | 414 KB | ############################################################################ | 100% webencodings-0.5.1 | 12 KB | ############################################################################ | 100% libcblas-3.8.0 | 3.6 MB | ############################################################################ | 100% regex-2019.01.24 | 326 KB | ############################################################################ | 100% pytest-cov-2.10.1 | 20 KB | ############################################################################ | 100% ipython-5.8.0 | 1.1 MB | ############################################################################ | 100% libgd-2.1.1 | 744 KB | ############################################################################ | 100% numpy-1.16.5 | 3.9 MB | ############################################################################ | 100% snowballstemmer-2.0. | 55 KB | ############################################################################ | 100% sphinx_rtd_theme-0.5 | 2.7 MB | ############################################################################ | 100% prometheus_client-0. | 44 KB | ############################################################################ | 100% kiwisolver-1.1.0 | 67 KB | ############################################################################ | 100% nbsphinx-0.3.5 | 18 KB | ############################################################################ | 100% urllib3-1.25.10 | 92 KB | ############################################################################ | 100% cycler-0.10.0 | 9 KB | ############################################################################ | 100% jupyter_core-4.6.3 | 94 KB | ############################################################################ | 100% qtconsole-4.7.7 | 88 KB | ############################################################################ | 100% pysocks-1.7.1 | 26 KB | ############################################################################ | 100% pyshp-1.2.12 | 22 KB | ############################################################################ | 100% iso8601-0.1.13 | 12 KB | ############################################################################ | 100% chardet-3.0.4 | 193 KB | ############################################################################ | 100% configparser-3.7.3 | 36 KB | ############################################################################ | 100% prompt_toolkit-1.0.1 | 154 KB | ############################################################################ | 100% scandir-1.10.0 | 29 KB | ############################################################################ | 100% simplegeneric-0.8.1 | 7 KB | ############################################################################ | 100% enum34-1.1.10 | 49 KB | ############################################################################ | 100% backports.shutilwhi | 6 KB | ############################################################################ | 100% backports.functools | 8 KB | ############################################################################ | 100% nose-1.3.7 | 240 KB | ############################################################################ | 100% unidecode-1.1.1 | 157 KB | ############################################################################ | 100% curl-7.65.3 | 111 KB | ############################################################################ | 100% gsw-3.0.3 | 2.7 MB | ############################################################################ | 100% freetype-2.10.1 | 927 KB | ############################################################################ | 100% liblapack-3.8.0 | 3.6 MB | ############################################################################ | 100% docutils-0.16 | 742 KB | ############################################################################ | 100% python-dateutil-2.8. | 220 KB | ############################################################################ | 100% singledispatch-3.4.0 | 11 KB | ############################################################################ | 100% backports.shutil_get | 7 KB | ############################################################################ | 100% openssl-1.0.2u | 4.7 MB | ############################################################################ | 100% sip-4.18.1 | 263 KB | ############################################################################ | 100% pygments-2.5.2 | 669 KB | ############################################################################ | 100% ca-certificates-2020 | 184 KB | ############################################################################ | 100% tblib-1.6.0 | 14 KB | ############################################################################ | 100% winpty-0.4.3 | 1.1 MB | ############################################################################ | 100% functools32-3.2.3.2 | 15 KB | ############################################################################ | 100% traitlets-4.3.3 | 128 KB | ############################################################################ | 100% win_inet_pton-1.1.0 | 7 KB | ############################################################################ | 100% alabaster-0.7.12 | 15 KB | ############################################################################ | 100% zlib-1.2.11 | 117 KB | ############################################################################ | 100% importlib-metadata-1 | 41 KB | ############################################################################ | 100% pyopenssl-19.0.0 | 79 KB | ############################################################################ | 100% requests-2.24.0 | 47 KB | ############################################################################ | 100% importlib_metadata-1 | 3 KB | ############################################################################ | 100% pywin32-221 | 6.0 MB | ############################################################################ | 100% smmap2-3.0.1 | 5 KB | ############################################################################ | 100% jpeg-9c | 307 KB | ############################################################################ | 100% cryptography-2.5 | 547 KB | ############################################################################ | 100% colorama-0.4.3 | 17 KB | ############################################################################ | 100% pickleshare-0.7.5 | 12 KB | ############################################################################ | 100% hdf5-1.10.3 | 18.4 MB | ############################################################################ | 100% sphinx-1.8.5 | 1.9 MB | ############################################################################ | 100% gridded-0.2.5 | 281 KB | ############################################################################ | 100% gitdb2-2.0.6 | 46 KB | ############################################################################ | 100% backports-1.0 | 4 KB | ############################################################################ | 100% defusedxml-0.6.0 | 22 KB | ############################################################################ | 100% smmap-3.0.4 | 22 KB | ############################################################################ | 100% pytz-2020.1 | 227 KB | ############################################################################ | 100% icu-58.2 | 21.9 MB | ############################################################################ | 100% funcsigs-1.0.2 | 14 KB | ############################################################################ | 100% mkl-2020.1 | 99.3 MB | ############################################################################ | 100% six-1.15.0 | 14 KB | ############################################################################ | 100% ipywidgets-7.5.1 | 101 KB | ############################################################################ | 100% pyrsistent-0.15.7 | 73 KB | ############################################################################ | 100% pycparser-2.20 | 94 KB | ############################################################################ | 100% ipython_genutils-0.2 | 21 KB | ############################################################################ | 100% pathlib2-2.3.5 | 33 KB | ############################################################################ | 100% brotlipy-0.7.0 | 349 KB | ############################################################################ | 100% bzip2-1.0.8 | 111 KB | ############################################################################ | 100% coverage-5.0.4 | 278 KB | ############################################################################ | 100% colander-1.7.0 | 262 KB | ############################################################################ | 100% pandoc-2.11.0.1 | 18.7 MB | ############################################################################ | 100% pyqt-5.6.0 | 4.2 MB | ############################################################################ | 100% jsonschema-3.2.0 | 105 KB | ############################################################################ | 100% pywinpty-0.5.7 | 45 KB | ############################################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: | Enabling notebook extension jupyter-js-widgets/extension...

done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary.git Cloning into 'OilLibrary'... remote: Enumerating objects: 160, done. remote: Counting objects: 100% (160/160), done. remote: Compressing objects: 100% (76/76), done. remote: Total 1190 (delta 88), reused 132 (delta 83), pack-reused 1030 Receiving objects: 100% (1190/1190), 4.02 MiB | 2.15 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (723/723), done.

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>cd OilLibrary

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info creating oil_library.egg-info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py OilLibrary database generation failed Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 208, in zip_safe=False, File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools__init.py", line 145, in setup return distutils.core.setup(**attrs) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\core.py", line 151, in setup dist.run_commands() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 953, in run_commands self.run_command(cmd) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py", line 67, in run self.do_egg_install() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py", line 109, in do_egg_install self.run_command('bdist_egg') File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py", line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py", line 172, in run cmd = self.call_command('install_lib', warn_dir=0) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py", line 158, in call_command self.run_command(cmdname) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py", line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install_lib.py", line 11, in run self.build() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\command\install_lib.py", line 109, in build self.run_command('build_py') File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py", line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File "setup.py", line 160, in run init_db() File "setup.py", line 88, in init_db import oil_library.initializedb File "C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\init__.py", line 12, in from sqlalchemy import create_engine ImportError: No module named sqlalchemy

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

The following packages will be downloaded:

package                    |            build
---------------------------|-----------------
future-0.18.2              |   py27h8c360ce_1         746 KB  conda-forge
pathlib-1.0.1              |   py27h8c360ce_2          27 KB  conda-forge
sqlalchemy-1.3.13          |   py27h0c8e037_0         1.7 MB  conda-forge
transaction-2.4.0          |             py_0          36 KB  conda-forge
zope-1.0                   |           py27_1           4 KB
zope.interface-4.7.1       |   py27h0c8e037_0         195 KB
zope.sqlalchemy-1.1        |           py27_0         169 KB
------------------------------------------------------------
                                       Total:         2.9 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

future conda-forge/win-64::future-0.18.2-py27h8c360ce_1 pathlib conda-forge/win-64::pathlib-1.0.1-py27h8c360ce_2 sqlalchemy conda-forge/win-64::sqlalchemy-1.3.13-py27h0c8e037_0 transaction conda-forge/noarch::transaction-2.4.0-py_0 zope pkgs/main/win-64::zope-1.0-py27_1 zope.interface pkgs/main/win-64::zope.interface-4.7.1-py27h0c8e037_0 zope.sqlalchemy pkgs/main/win-64::zope.sqlalchemy-1.1-py27_0

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages zope-1.0 | 4 KB | ############################################################################ | 100% transaction-2.4.0 | 36 KB | ############################################################################ | 100% future-0.18.2 | 746 KB | ############################################################################ | 100% zope.interface-4.7.1 | 195 KB | ############################################################################ | 100% pathlib-1.0.1 | 27 KB | ############################################################################ | 100% zope.sqlalchemy-1.1 | 169 KB | ############################################################################ | 100% sqlalchemy-1.3.13 | 1.7 MB | ############################################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py setting up logger to dump to: DB_build_Log.txt calling initializedb.make_db() Building oil database:, installing to: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library INFO - initializedb - line:42 - Purging old records in database INFO - initializedb - line:49 - finished!!! 0 imported records purged. 0 oil records purged. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLib ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'6', u'2019-05-09', u'adios'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'FUEL OIL NO.2', u'AD00424', 0, '', u'FUEL OIL NO.2', u'Whiticar, S. Bobra, M., Fingas, M., Jokuty, P., Liuzzo, P., Callaghan, S., Ackerman, F., and Coa, J. 1992. A Catalogue of Crude Oil and Oil Product Properties (1992 Edition). Prepared for Environment Canada, EE-144, Ottawa, Ontario. 643pp.', u'1992', 33.7, 244.0, 244.0, u'Refined', None, None, None, 0.418, None, None, None, None, None, None, None, None, None, u'volume', u'Group 3', None, None, None, None, None, None, 0.572, None, None, None, None, None, None, None, None, 1, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'NAPHTHA (SOLVENT)', u'AD00800', 0, '', u'NAPHTHA (SOLVENT)', u'Whiticar, S. Bobra, M., Fingas, M., Jokuty, P., Liuzzo, P., Callaghan, S., Ackerman, F., and Coa, J. 1992. A Catalogue of Crude Oil and Oil Product Properties (1992 Edition). Prepared for Environment Canada, EE-144, Ottawa, Ontario. 643pp.', u'1992', None, None, None, u'Refined', u'Product is colorless.', None, None, None, None, None, None, 311.0, None, 0.045, 293.0, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, 280.0, 0, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... ...........WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'FUEL OIL NO.6', u'AD02431', 0, '', u'FUEL OIL NO.6', u'Jokuty, P., Whiticar, S., Wang, Z., Fingas, M., Fieldhouse, B., Lambert, P., Mullen, J. 1999. Properties of Crude Oils and Oil Products. Manuscript Report EE-165, Environmental Protection Service, Environment Canada, Ottawa, Ontario.', u'1999', 12.3, 288.0, 288.0, u'Refined', None, 0.06, 0.12, 0.055, None, None, None, 371.0, 371.0, None, None, None, None, u'weight', u'Group 4', None, None, None, None, None, 0.15, 0.24, 0.024, None, None, 9.0, 42.0, None, None, None, 0, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 1493 rows processed. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLibTest ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'6', u'2017-05-12', u'adios test records'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database .INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 14 rows processed. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLibNorway ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'1', u'2017-04-05', u'adios norway imports'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database ..INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 127 rows processed. INFO - init_oil - line:77 - Adding Oil objects... INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00005 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00009 C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\scipy\optimize\minpack.py:787: OptimizeWarning: Covariance of the parameters could not be estimated category=OptimizeWarning) INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00010 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00017 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00020 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00024 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00025 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00026 INFO - init_oil - l

ChrisBarker-NOAA commented 4 years ago

That all looks good to me -- the WARNINGS in bundling the database are expected.

Is the system working for you now?

-CHB

On Fri, Oct 16, 2020 at 11:35 AM Syed Masiur Rahman < notifications@github.com> wrote:

Dear Sir: Please find attached the file which shows the problems in testing. Please kindly help me to solve this problem. If you need any further details, please let me know. With best regards. Syed Masiur Rahman

On Thu, Oct 15, 2020 at 10:28 PM Chris Barker notifications@github.com wrote:

Here is the OP's screen shot: [image: image] < https://user-images.githubusercontent.com/916576/96176575-67fd0e00-0ee1-11eb-87dd-f3786863e458.png

I can't tell from that screenshot what went wrong, but a few ideas:

  1. make sure you have the dependencies installed:

conda install --file conda_requirements.txt

If it stiil doesn' twork, you can post the results of:

conda list

Also: try installing it in "develop" mode:

python setup.py develop

We usually use that mode in development, so it's better tested.

Please do report how it works out.

-CHB

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub < https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary/issues/23#issuecomment-709543241 , or unsubscribe < https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACOBTVJZR6SXVTOQIB7VVHLSK5EMJANCNFSM4SSLV2HA

.

-- Thank you. Sincerely, Syed

Syed Masiur Rahman PhD Research Engineer-III Center for Environment & Water, Research Institute King Fahd University of Petroleum & Minerals P. O. Box 713, Dhahran 31261 Saudi Arabia

(base) C:>cd users\smrahman

(base) C:\Users\smrahman>conda update conda Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

All requested packages already installed.

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels NOAA-ORR-ERD

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels conda-forge

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels --add channels 'defaults' # lowest priority --add channels 'NOAA-ORR-ERD' --add channels 'conda-forge' # highest priority

(base) C:\Users\smrahman>conda create --name gnome python=2 Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • python=2

The following packages will be downloaded:

package build
certifi-2019.11.28 py27h8c360ce_1 149 KB conda-forge
pip-20.1.1 pyh9f0ad1d_0 1.1 MB conda-forge
python-2.7.15 h2880e7c_1011_cpython 20.3 MB conda-forge
python_abi-2.7 1_cp27m 4 KB conda-forge
setuptools-44.0.0 py27_0 665 KB conda-forge
vs2008_runtime-9.0.30729.6161 0 1.0 MB conda-forge
wheel-0.35.1 pyh9f0ad1d_0 29 KB conda-forge
wincertstore-0.2 py27_1003 13 KB conda-forge

Total: 23.2 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

certifi conda-forge/win-64::certifi-2019.11.28-py27h8c360ce_1 pip conda-forge/noarch::pip-20.1.1-pyh9f0ad1d_0 python conda-forge/win-64::python-2.7.15-h2880e7c_1011_cpython python_abi conda-forge/win-64::python_abi-2.7-1_cp27m setuptools conda-forge/win-64::setuptools-44.0.0-py27_0 vc pkgs/main/win-64::vc-9-h7299396_1 vs2008_runtime conda-forge/win-64::vs2008_runtime-9.0.30729.6161-0 wheel conda-forge/noarch::wheel-0.35.1-pyh9f0ad1d_0 wincertstore conda-forge/win-64::wincertstore-0.2-py27_1003

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages setuptools-44.0.0 | 665 KB | ############################################################################ | 100% python-2.7.15 | 20.3 MB | ############################################################################ | 100% vs2008_runtime-9.0.3 | 1.0 MB | ############################################################################ | 100% certifi-2019.11.28 | 149 KB | ############################################################################ | 100% wheel-0.35.1 | 29 KB | ############################################################################ | 100% python_abi-2.7 | 4 KB | ############################################################################ | 100% pip-20.1.1 | 1.1 MB | ############################################################################ | 100% wincertstore-0.2 | 13 KB | ############################################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done #

To activate this environment, use

#

$ conda activate gnome

#

To deactivate an active environment, use

#

$ conda deactivate

(base) C:\Users\smrahman>conda activate gnome

(gnome) C:\Users\smrahman>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/PyGnome Cloning into 'PyGnome'... remote: Enumerating objects: 1743, done. remote: Counting objects: 100% (1743/1743), done. remote: Compressing objects: 100% (832/832), done. remote: Total 60118 (delta 1134), reused 1263 (delta 872), pack-reused 58375 Receiving objects: 100% (60118/60118), 145.48 MiB | 2.25 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (45148/45148), done. Updating files: 100% (1904/1904), done.

(gnome) C:\Users\smrahman>cd PyGnome

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • cell_tree2d[version='>=0.3.*']
  • cftime=1.0
  • colander[version='>=1.4']
  • cython=0.25
  • geojson[version='>=1.3']
  • gitpython
  • gridded==0.2.5
  • gsw==3.0.3
  • ipython
  • jupyter
  • libnetcdf==4.6.1
  • matplotlib
  • nbsphinx=0.3
  • netcdf4==1.4.1
  • numpy=1.16
  • progressbar[version='>=2.3']
  • psutil[version='>=4.3']
  • py_gd=0.1
  • pynucos[version='>=2.8.*']
  • pyshp==1.2.12
  • pytest
  • pytest-cov
  • pytest-timeout
  • python=2.7
  • pyzmq[version='>=16']
  • regex
  • scipy[version='>=0.18.*']
  • setuptools[version='>=23.0']
  • six[version='>=1.10']
  • sphinx
  • sphinx_rtd_theme
  • tblib[version='>=1.3.*']
  • testfixtures
  • unidecode[version='>=0.04.19']

The following packages will be downloaded:

package build
alabaster-0.7.12 py_0 15 KB conda-forge
asn1crypto-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 78 KB conda-forge
atomicwrites-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 10 KB conda-forge
attrs-20.2.0 pyh9f0ad1d_0 41 KB conda-forge
awesome-slugify-1.6.5 py_5 11 KB conda-forge
babel-2.8.0 py_0 6.0 MB conda-forge
backports-1.0 py_2 4 KB conda-forge
backports.functools_lru_cache-1.6.1 py_0 8 KB conda-forge
backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0 py_3 7 KB conda-forge
backports.shutil_which-3.5.2 py_0 6 KB conda-forge
backports_abc-0.5 py_1 5 KB conda-forge
bleach-3.2.1 pyh9f0ad1d_0 111 KB conda-forge
brotlipy-0.7.0 py27h0c8e037_1000 349 KB conda-forge
bzip2-1.0.8 h0c8e037_2 111 KB conda-forge
ca-certificates-2020.6.20 hecda079_0 184 KB conda-forge
cell_tree2d-0.3.0 py27h0e003f4_1001 64 KB conda-forge
cffi-1.14.0 py27hcfb25f9_0 214 KB conda-forge
cftime-1.0.4.2 py27h83e69c8_0 224 KB conda-forge
chardet-3.0.4 py27h8c360ce_1006 193 KB conda-forge
colander-1.7.0 py27_0 262 KB
colorama-0.4.3 py_0 17 KB conda-forge
configparser-3.7.3 py27h8c360ce_2 36 KB conda-forge
contextlib2-0.6.0.post1 py_0 12 KB conda-forge
coverage-5.0.4 py27h462b5f4_0 278 KB conda-forge
cryptography-2.5 py27hc64555f_1 547 KB conda-forge
curl-7.65.3 h2f83ebf_0 111 KB conda-forge
cycler-0.10.0 py_2 9 KB conda-forge
cython-0.25.2 py27_1 2.2 MB conda-forge
decorator-4.4.2 py_0 11 KB conda-forge
defusedxml-0.6.0 py_0 22 KB conda-forge
docutils-0.16 py27h8c360ce_1 742 KB conda-forge
entrypoints-0.3 py27h8c360ce_1001 14 KB conda-forge
enum34-1.1.10 py27h8c360ce_1 49 KB conda-forge
freetype-2.10.1 h4d385ea_0 927 KB conda-forge
funcsigs-1.0.2 py_3 14 KB conda-forge
functools32-3.2.3.2 py_3 15 KB conda-forge
futures-3.3.0 py27h8c360ce_1 25 KB conda-forge
geojson-2.5.0 py_0 15 KB conda-forge
gitdb2-2.0.6 py_0 46 KB conda-forge
gitpython-2.1.11 py_0 335 KB conda-forge
gridded-0.2.5 py27_0 281 KB conda-forge
gsw-3.0.3 py27_0 2.7 MB conda-forge
hdf4-4.2.13 ha32470c_1003 1014 KB conda-forge
hdf5-1.10.3 h95ae18b_1001 18.4 MB conda-forge
icu-58.2 vc9_0 21.9 MB conda-forge
idna-2.10 pyh9f0ad1d_0 52 KB conda-forge
imagesize-1.2.0 py_0 8 KB conda-forge
importlib-metadata-1.5.0 py27_0 41 KB conda-forge
importlib_metadata-1.5.0 1 3 KB conda-forge
intel-openmp-2020.1 216 1.6 MB
ipaddress-1.0.23 py_0 19 KB conda-forge
ipykernel-4.10.0 py27_1 162 KB conda-forge
ipython-5.8.0 py27_1 1.1 MB conda-forge
ipython_genutils-0.2.0 py_1 21 KB conda-forge
ipywidgets-7.5.1 pyh9f0ad1d_1 101 KB conda-forge
iso8601-0.1.13 pyh9f0ad1d_0 12 KB conda-forge
jinja2-2.11.2 pyh9f0ad1d_0 93 KB conda-forge
jpeg-9c h0c8e037_1001 307 KB conda-forge
jsonschema-3.2.0 py27h8c360ce_1 105 KB conda-forge
jupyter-1.0.0 py_2 4 KB conda-forge
jupyter_client-5.3.4 py27_1 152 KB conda-forge
jupyter_console-5.2.0 py27_1 51 KB conda-forge
jupyter_core-4.6.3 py27h8c360ce_1 94 KB conda-forge
kiwisolver-1.1.0 py27h6c69bd3_1 67 KB conda-forge
krb5-1.16.3 hb4d044e_1000 812 KB conda-forge
libblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libcblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libcurl-7.65.3 h2f83ebf_0 266 KB conda-forge
libgd-2.1.1 3 744 KB NOAA-ORR-ERD
liblapack-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libnetcdf-4.6.1 h376332d_1010 567 KB conda-forge
libpng-1.6.37 h7a46e7a_0 489 KB conda-forge
libsodium-1.0.17 h3cc03e0_0 455 KB conda-forge
markupsafe-1.1.1 py27h462b5f4_1 26 KB conda-forge
matplotlib-2.2.5 1 6 KB conda-forge
matplotlib-base-2.2.5 py27h6595424_1 6.5 MB conda-forge
mistune-0.8.4 py27h462b5f4_1001 53 KB conda-forge
mkl-2020.1 216 99.3 MB
more-itertools-5.0.0 py_0 44 KB conda-forge
nbconvert-5.6.1 py27_0 507 KB conda-forge
nbformat-4.4.0 py_1 91 KB conda-forge
nbsphinx-0.3.5 py_0 18 KB conda-forge
netcdf4-1.4.1 py27h6bbc3c5_3 381 KB conda-forge
nose-1.3.7 py27h8c360ce_1004 240 KB conda-forge
notebook-5.7.8 py27_1 7.2 MB conda-forge
numpy-1.16.5 py27h0d21db5_0 3.9 MB conda-forge
openssl-1.0.2u h0c8e037_0 4.7 MB conda-forge
packaging-20.4 pyh9f0ad1d_0 32 KB conda-forge
pandoc-2.11.0.1 hf4a77e7_0 18.7 MB conda-forge
pandocfilters-1.4.2 py_1 9 KB conda-forge
pathlib2-2.3.5 py27h8c360ce_1 33 KB conda-forge
pickleshare-0.7.5 py27h8c360ce_1001 12 KB conda-forge
pluggy-0.12.0 py_0 18 KB conda-forge
progressbar-2.5 py_0 12 KB conda-forge
prometheus_client-0.8.0 pyh9f0ad1d_0 44 KB conda-forge
prompt_toolkit-1.0.15 py_1 154 KB conda-forge
psutil-5.7.0 py27h462b5f4_1 336 KB conda-forge
py-1.9.0 pyh9f0ad1d_0 74 KB conda-forge
py_gd-0.1.5 py27_0 130 KB NOAA-ORR-ERD
pycparser-2.20 pyh9f0ad1d_2 94 KB conda-forge
pygments-2.5.2 py_0 669 KB conda-forge
pynucos-2.9.1 pyh9f0ad1d_0 25 KB conda-forge
pyopenssl-19.0.0 py27_0 79 KB conda-forge
pyparsing-2.4.7 pyh9f0ad1d_0 60 KB conda-forge
pyqt-5.6.0 py27h4cbc711_1008 4.2 MB conda-forge
pyrsistent-0.15.7 py27h462b5f4_1 73 KB conda-forge
pyshp-1.2.12 py_2 22 KB conda-forge
pysocks-1.7.1 py27h8c360ce_1 26 KB conda-forge
pytest-4.6.4 py27_0 373 KB conda-forge
pytest-cov-2.10.1 pyh9f0ad1d_0 20 KB conda-forge
pytest-timeout-1.4.2 pyh9f0ad1d_0 13 KB conda-forge
python-dateutil-2.8.1 py_0 220 KB conda-forge
pytz-2020.1 pyh9f0ad1d_0 227 KB conda-forge
pywin32-221 py27_0 6.0 MB conda-forge
pywinpty-0.5.7 py27_0 45 KB conda-forge
pyzmq-19.0.0 py27h331c9a6_1 414 KB conda-forge
qtconsole-4.7.7 pyh9f0ad1d_0 88 KB conda-forge
qtpy-1.9.0 py_0 34 KB conda-forge
regex-2019.01.24 py27h0c8e037_0 326 KB conda-forge
requests-2.24.0 pyh9f0ad1d_0 47 KB conda-forge
scandir-1.10.0 py27h462b5f4_1 29 KB conda-forge
send2trash-1.5.0 py_0 12 KB conda-forge
simplegeneric-0.8.1 py_1 7 KB conda-forge
singledispatch-3.4.0.3 pyh9f0ad1d_1001 11 KB conda-forge
sip-4.18.1 py27hc56fc5f_1000 263 KB conda-forge
six-1.15.0 pyh9f0ad1d_0 14 KB conda-forge
smmap-3.0.4 pyh9f0ad1d_0 22 KB conda-forge
smmap2-3.0.1 py_0 5 KB conda-forge
snowballstemmer-2.0.0 py_0 55 KB conda-forge
sphinx-1.8.5 py27_0 1.9 MB conda-forge
sphinx_rtd_theme-0.5.0 pyh9f0ad1d_0 2.7 MB conda-forge
sphinxcontrib-websupport-1.2.4 pyh9f0ad1d_0 34 KB conda-forge
sqlite-3.30.1 h0c8e037_0 1.1 MB conda-forge
tblib-1.6.0 py_0 14 KB conda-forge
terminado-0.8.3 py27h8c360ce_1 22 KB conda-forge
testfixtures-6.15.0 pyh9f0ad1d_0 67 KB conda-forge
testpath-0.4.4 py_0 85 KB conda-forge
tk-8.6.10 h0c8e037_0 3.0 MB conda-forge
tornado-5.1.1 py27h0c8e037_1000 640 KB conda-forge
traitlets-4.3.3 py27h8c360ce_1 128 KB conda-forge
translationstring-1.4 pyh9f0ad1d_0 15 KB conda-forge
typing-3.7.4.1 py27_0 46 KB conda-forge
unidecode-1.1.1 py_0 157 KB conda-forge
urllib3-1.25.10 py_0 92 KB conda-forge
wcwidth-0.2.5 pyh9f0ad1d_2 33 KB conda-forge
webencodings-0.5.1 py_1 12 KB conda-forge
widgetsnbextension-3.5.1 py27_0 1.8 MB conda-forge
win_inet_pton-1.1.0 py27_0 7 KB conda-forge
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Total: 254.3 MB

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Proceed ([y]/n)? y

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| ############################################################################ | 100% curl-7.65.3 | 111 KB | ############################################################################ | 100% gsw-3.0.3 | 2.7 MB | ############################################################################ | 100% freetype-2.10.1 | 927 KB | ############################################################################ | 100% liblapack-3.8.0 | 3.6 MB | ############################################################################ | 100% docutils-0.16 | 742 KB | ############################################################################ | 100% python-dateutil-2.8. | 220 KB | ############################################################################ | 100% singledispatch-3.4.0 | 11 KB | ############################################################################ | 100% backports.shutil_get | 7 KB | ############################################################################ | 100% openssl-1.0.2u | 4.7 MB | ############################################################################ | 100% sip-4.18.1 | 263 KB | ############################################################################ | 100% pygments-2.5.2 | 669 KB | ############################################################################ | 100% ca-certificates-2020 | 184 KB | ############################################################################ | 100% tblib-1.6.0 | 14 KB | ############################################################################ | 100% winpty-0.4.3 | 1.1 MB | ############################################################################ | 100% functools32-3.2.3.2 | 15 KB | ############################################################################ | 100% traitlets-4.3.3 | 128 KB | ############################################################################ | 100% win_inet_pton-1.1.0 | 7 KB | ############################################################################ | 100% alabaster-0.7.12 | 15 KB | ############################################################################ | 100% zlib-1.2.11 | 117 KB | ############################################################################ | 100% importlib-metadata-1 | 41 KB | ############################################################################ | 100% pyopenssl-19.0.0 | 79 KB | ############################################################################ | 100% requests-2.24.0 | 47 KB | ############################################################################ | 100% importlib_metadata-1 | 3 KB | ############################################################################ | 100% pywin32-221 | 6.0 MB | ############################################################################ | 100% smmap2-3.0.1 | 5 KB | ############################################################################ | 100% jpeg-9c | 307 KB | ############################################################################ | 100% cryptography-2.5 | 547 KB | ############################################################################ | 100% colorama-0.4.3 | 17 KB | ############################################################################ | 100% pickleshare-0.7.5 | 12 KB | ############################################################################ | 100% hdf5-1.10.3 | 18.4 MB | ############################################################################ | 100% sphinx-1.8.5 | 1.9 MB | ############################################################################ | 100% gridded-0.2.5 | 281 KB | ############################################################################ | 100% gitdb2-2.0.6 | 46 KB | ############################################################################ | 100% backports-1.0 | 4 KB | ############################################################################ | 100% defusedxml-0.6.0 | 22 KB | ############################################################################ | 100% smmap-3.0.4 | 22 KB | ############################################################################ | 100% pytz-2020.1 | 227 KB | ############################################################################ | 100% icu-58.2 | 21.9 MB | ############################################################################ | 100% funcsigs-1.0.2 | 14 KB | ############################################################################ | 100% mkl-2020.1 | 99.3 MB | ############################################################################ | 100% six-1.15.0 | 14 KB | ############################################################################ | 100% ipywidgets-7.5.1 | 101 KB | ############################################################################ | 100% pyrsistent-0.15.7 | 73 KB | ############################################################################ | 100% pycparser-2.20 | 94 KB | ############################################################################ | 100% ipython_genutils-0.2 | 21 KB | ############################################################################ | 100% pathlib2-2.3.5 | 33 KB | ############################################################################ | 100% brotlipy-0.7.0 | 349 KB | ############################################################################ | 100% bzip2-1.0.8 | 111 KB | ############################################################################ | 100% coverage-5.0.4 | 278 KB | ############################################################################ | 100% colander-1.7.0 | 262 KB | ############################################################################ | 100% pandoc-2.11.0.1 | 18.7 MB | ############################################################################ | 100% pyqt-5.6.0 | 4.2 MB | ############################################################################ | 100% jsonschema-3.2.0 | 105 KB | ############################################################################ | 100% pywinpty-0.5.7 | 45 KB | ############################################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: | Enabling notebook extension jupyter-js-widgets/extension...

  • Validating: ok

done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary.git Cloning into 'OilLibrary'... remote: Enumerating objects: 160, done. remote: Counting objects: 100% (160/160), done. remote: Compressing objects: 100% (76/76), done. remote: Total 1190 (delta 88), reused 132 (delta 83), pack-reused 1030 Receiving objects: 100% (1190/1190), 4.02 MiB | 2.15 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (723/723), done.

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>cd OilLibrary

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info creating oil_library.egg-info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py OilLibrary database generation failed Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 208, in zip_safe=False, File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools__init.py", line 145, in setup return distutils.core.setup(**attrs) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\core.py", line 151, in setup dist.run_commands() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 953, in run_commands self.run_command(cmd) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py", line 67, in run self.do_egg_install() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py", line 109, in do_egg_install self.run_command('bdist_egg') File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py", line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py", line 172, in run cmd = self.call_command('install_lib', warn_dir=0) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py", line 158, in call_command self.run_command(cmdname) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py", line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install_lib.py", line 11, in run self.build() File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\command\install_lib.py", line 109, in build self.run_command('build_py') File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py", line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File "C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File "setup.py", line 160, in run init_db() File "setup.py", line 88, in init_db import oil_library.initializedb File "C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\init__.py", line 12, in from sqlalchemy import create_engine ImportError: No module named sqlalchemy

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • future
  • gitpython
  • numpy[version='>=1.16.*']
  • pathlib
  • pynucos[version='>=2.7.4']
  • pytest[version='>=2.9.2']
  • python=2.7
  • scipy[version='>=0.18.1']
  • sqlalchemy[version='>=1.3.7']
  • zope.sqlalchemy[version='>=1.1']

The following packages will be downloaded:

package build
future-0.18.2 py27h8c360ce_1 746 KB conda-forge
pathlib-1.0.1 py27h8c360ce_2 27 KB conda-forge
sqlalchemy-1.3.13 py27h0c8e037_0 1.7 MB conda-forge
transaction-2.4.0 py_0 36 KB conda-forge
zope-1.0 py27_1 4 KB
zope.interface-4.7.1 py27h0c8e037_0 195 KB
zope.sqlalchemy-1.1 py27_0 169 KB

Total: 2.9 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

future conda-forge/win-64::future-0.18.2-py27h8c360ce_1 pathlib conda-forge/win-64::pathlib-1.0.1-py27h8c360ce_2 sqlalchemy conda-forge/win-64::sqlalchemy-1.3.13-py27h0c8e037_0 transaction conda-forge/noarch::transaction-2.4.0-py_0 zope pkgs/main/win-64::zope-1.0-py27_1 zope.interface pkgs/main/win-64::zope.interface-4.7.1-py27h0c8e037_0 zope.sqlalchemy pkgs/main/win-64::zope.sqlalchemy-1.1-py27_0

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages zope-1.0 | 4 KB | ############################################################################ | 100% transaction-2.4.0 | 36 KB | ############################################################################ | 100% future-0.18.2 | 746 KB | ############################################################################ | 100% zope.interface-4.7.1 | 195 KB | ############################################################################ | 100% pathlib-1.0.1 | 27 KB | ############################################################################ | 100% zope.sqlalchemy-1.1 | 169 KB | ############################################################################ | 100% sqlalchemy-1.3.13 | 1.7 MB | ############################################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py setting up logger to dump to: DB_build_Log.txt calling initializedb.make_db() Building oil database:, installing to: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library INFO - initializedb - line:42 - Purging old records in database INFO - initializedb - line:49 - finished!!! 0 imported records purged. 0 oil records purged. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLib ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'6', u'2019-05-09', u'adios'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'FUEL OIL NO.2', u'AD00424', 0, '', u'FUEL OIL NO.2', u'Whiticar, S. Bobra, M., Fingas, M., Jokuty, P., Liuzzo, P., Callaghan, S., Ackerman, F., and Coa, J. 1992. A Catalogue of Crude Oil and Oil Product Properties (1992 Edition). Prepared for Environment Canada, EE-144, Ottawa, Ontario. 643pp.', u'1992', 33.7, 244.0, 244.0, u'Refined', None, None, None, 0.418, None, None, None, None, None, None, None, None, None, u'volume', u'Group 3', None, None, None, None, None, None, 0.572, None, None, None, None, None, None, None, None, 1, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'NAPHTHA (SOLVENT)', u'AD00800', 0, '', u'NAPHTHA (SOLVENT)', u'Whiticar, S. Bobra, M., Fingas, M., Jokuty, P., Liuzzo, P., Callaghan, S., Ackerman, F., and Coa, J. 1992. A Catalogue of Crude Oil and Oil Product Properties (1992 Edition). Prepared for Environment Canada, EE-144, Ottawa, Ontario. 643pp.', u'1992', None, None, None, u'Refined', u'Product is colorless.', None, None, None, None, None, None, 311.0, None, 0.045, 293.0, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, 280.0, 0, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... ...........WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'FUEL OIL NO.6', u'AD02431', 0, '', u'FUEL OIL NO.6', u'Jokuty, P., Whiticar, S., Wang, Z., Fingas, M., Fieldhouse, B., Lambert, P., Mullen, J. 1999. Properties of Crude Oils and Oil Products. Manuscript Report EE-165, Environmental Protection Service, Environment Canada, Ottawa, Ontario.', u'1999', 12.3, 288.0, 288.0, u'Refined', None, 0.06, 0.12, 0.055, None, None, None, 371.0, 371.0, None, None, None, None, u'weight', u'Group 4', None, None, None, None, None, 0.15, 0.24, 0.024, None, None, 9.0, 42.0, None, None, None, 0, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 1493 rows processed. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLibTest ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'6', u'2017-05-12', u'adios test records'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database .INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 14 rows processed. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLibNorway ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'1', u'2017-04-05', u'adios norway imports'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database ..INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 127 rows processed. INFO - init_oil - line:77 - Adding Oil objects... INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00005 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00009 C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\scipy\optimize\minpack.py:787: OptimizeWarning: Covariance of the parameters could not be estimated category=OptimizeWarning) INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00010 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00017 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00020 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00024 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00025 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00026 INFO - init_oil - l

— You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary/issues/23#issuecomment-710381079, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAG7YYFH36CO3APQYEV7AGLSLCGFHANCNFSM4SSLV2HA .

--

Christopher Barker, Ph.D. Oceanographer

Emergency Response Division NOAA/NOS/OR&R (206) 526-6959 voice 7600 Sand Point Way NE (206) 526-6329 fax Seattle, WA 98115 (206) 526-6317 main reception

Chris.Barker@noaa.gov

smrahmanbd commented 4 years ago

Now, I would like to run the pygnome. But the Anaconda Navigator is not working. If I work with spyder, what should I do? How can I bring the conda gnome environment in spyder?

On Fri, Oct 16, 2020 at 9:41 PM Chris Barker notifications@github.com wrote:

That all looks good to me -- the WARNINGS in bundling the database are expected.

Is the system working for you now?

-CHB

On Fri, Oct 16, 2020 at 11:35 AM Syed Masiur Rahman < notifications@github.com> wrote:

Dear Sir: Please find attached the file which shows the problems in testing. Please kindly help me to solve this problem. If you need any further details, please let me know. With best regards. Syed Masiur Rahman

On Thu, Oct 15, 2020 at 10:28 PM Chris Barker notifications@github.com wrote:

Here is the OP's screen shot: [image: image] <

https://user-images.githubusercontent.com/916576/96176575-67fd0e00-0ee1-11eb-87dd-f3786863e458.png

I can't tell from that screenshot what went wrong, but a few ideas:

  1. make sure you have the dependencies installed:

conda install --file conda_requirements.txt

If it stiil doesn' twork, you can post the results of:

conda list

Also: try installing it in "develop" mode:

python setup.py develop

We usually use that mode in development, so it's better tested.

Please do report how it works out.

-CHB

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <

https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary/issues/23#issuecomment-709543241

, or unsubscribe <

https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACOBTVJZR6SXVTOQIB7VVHLSK5EMJANCNFSM4SSLV2HA

.

-- Thank you. Sincerely, Syed

Syed Masiur Rahman PhD Research Engineer-III Center for Environment & Water, Research Institute King Fahd University of Petroleum & Minerals P. O. Box 713, Dhahran 31261 Saudi Arabia

(base) C:>cd users\smrahman

(base) C:\Users\smrahman>conda update conda Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

All requested packages already installed.

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels NOAA-ORR-ERD

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels conda-forge

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels --add channels 'defaults' # lowest priority --add channels 'NOAA-ORR-ERD' --add channels 'conda-forge' # highest priority

(base) C:\Users\smrahman>conda create --name gnome python=2 Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • python=2

The following packages will be downloaded:

package build
certifi-2019.11.28 py27h8c360ce_1 149 KB conda-forge
pip-20.1.1 pyh9f0ad1d_0 1.1 MB conda-forge
python-2.7.15 h2880e7c_1011_cpython 20.3 MB conda-forge
python_abi-2.7 1_cp27m 4 KB conda-forge
setuptools-44.0.0 py27_0 665 KB conda-forge
vs2008_runtime-9.0.30729.6161 0 1.0 MB conda-forge
wheel-0.35.1 pyh9f0ad1d_0 29 KB conda-forge
wincertstore-0.2 py27_1003 13 KB conda-forge

Total: 23.2 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

certifi conda-forge/win-64::certifi-2019.11.28-py27h8c360ce_1 pip conda-forge/noarch::pip-20.1.1-pyh9f0ad1d_0 python conda-forge/win-64::python-2.7.15-h2880e7c_1011_cpython python_abi conda-forge/win-64::python_abi-2.7-1_cp27m setuptools conda-forge/win-64::setuptools-44.0.0-py27_0 vc pkgs/main/win-64::vc-9-h7299396_1 vs2008_runtime conda-forge/win-64::vs2008_runtime-9.0.30729.6161-0 wheel conda-forge/noarch::wheel-0.35.1-pyh9f0ad1d_0 wincertstore conda-forge/win-64::wincertstore-0.2-py27_1003

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages setuptools-44.0.0 | 665 KB |

############################################################################ | 100% python-2.7.15 | 20.3 MB |

############################################################################ | 100% vs2008_runtime-9.0.3 | 1.0 MB |

############################################################################ | 100% certifi-2019.11.28 | 149 KB |

############################################################################ | 100% wheel-0.35.1 | 29 KB |

############################################################################ | 100% python_abi-2.7 | 4 KB |

############################################################################ | 100% pip-20.1.1 | 1.1 MB |

############################################################################ | 100% wincertstore-0.2 | 13 KB |

############################################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done #

To activate this environment, use

#

$ conda activate gnome

#

To deactivate an active environment, use

#

$ conda deactivate

(base) C:\Users\smrahman>conda activate gnome

(gnome) C:\Users\smrahman>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/PyGnome Cloning into 'PyGnome'... remote: Enumerating objects: 1743, done. remote: Counting objects: 100% (1743/1743), done. remote: Compressing objects: 100% (832/832), done. remote: Total 60118 (delta 1134), reused 1263 (delta 872), pack-reused 58375 Receiving objects: 100% (60118/60118), 145.48 MiB | 2.25 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (45148/45148), done. Updating files: 100% (1904/1904), done.

(gnome) C:\Users\smrahman>cd PyGnome

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • cell_tree2d[version='>=0.3.*']
  • cftime=1.0
  • colander[version='>=1.4']
  • cython=0.25
  • geojson[version='>=1.3']
  • gitpython
  • gridded==0.2.5
  • gsw==3.0.3
  • ipython
  • jupyter
  • libnetcdf==4.6.1
  • matplotlib
  • nbsphinx=0.3
  • netcdf4==1.4.1
  • numpy=1.16
  • progressbar[version='>=2.3']
  • psutil[version='>=4.3']
  • py_gd=0.1
  • pynucos[version='>=2.8.*']
  • pyshp==1.2.12
  • pytest
  • pytest-cov
  • pytest-timeout
  • python=2.7
  • pyzmq[version='>=16']
  • regex
  • scipy[version='>=0.18.*']
  • setuptools[version='>=23.0']
  • six[version='>=1.10']
  • sphinx
  • sphinx_rtd_theme
  • tblib[version='>=1.3.*']
  • testfixtures
  • unidecode[version='>=0.04.19']

The following packages will be downloaded:

package build
alabaster-0.7.12 py_0 15 KB conda-forge
asn1crypto-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 78 KB conda-forge
atomicwrites-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 10 KB conda-forge
attrs-20.2.0 pyh9f0ad1d_0 41 KB conda-forge
awesome-slugify-1.6.5 py_5 11 KB conda-forge
babel-2.8.0 py_0 6.0 MB conda-forge
backports-1.0 py_2 4 KB conda-forge
backports.functools_lru_cache-1.6.1 py_0 8 KB conda-forge
backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0 py_3 7 KB conda-forge
backports.shutil_which-3.5.2 py_0 6 KB conda-forge
backports_abc-0.5 py_1 5 KB conda-forge
bleach-3.2.1 pyh9f0ad1d_0 111 KB conda-forge
brotlipy-0.7.0 py27h0c8e037_1000 349 KB conda-forge
bzip2-1.0.8 h0c8e037_2 111 KB conda-forge
ca-certificates-2020.6.20 hecda079_0 184 KB conda-forge
cell_tree2d-0.3.0 py27h0e003f4_1001 64 KB conda-forge
cffi-1.14.0 py27hcfb25f9_0 214 KB conda-forge
cftime-1.0.4.2 py27h83e69c8_0 224 KB conda-forge
chardet-3.0.4 py27h8c360ce_1006 193 KB conda-forge
colander-1.7.0 py27_0 262 KB
colorama-0.4.3 py_0 17 KB conda-forge
configparser-3.7.3 py27h8c360ce_2 36 KB conda-forge
contextlib2-0.6.0.post1 py_0 12 KB conda-forge
coverage-5.0.4 py27h462b5f4_0 278 KB conda-forge
cryptography-2.5 py27hc64555f_1 547 KB conda-forge
curl-7.65.3 h2f83ebf_0 111 KB conda-forge
cycler-0.10.0 py_2 9 KB conda-forge
cython-0.25.2 py27_1 2.2 MB conda-forge
decorator-4.4.2 py_0 11 KB conda-forge
defusedxml-0.6.0 py_0 22 KB conda-forge
docutils-0.16 py27h8c360ce_1 742 KB conda-forge
entrypoints-0.3 py27h8c360ce_1001 14 KB conda-forge
enum34-1.1.10 py27h8c360ce_1 49 KB conda-forge
freetype-2.10.1 h4d385ea_0 927 KB conda-forge
funcsigs-1.0.2 py_3 14 KB conda-forge
functools32-3.2.3.2 py_3 15 KB conda-forge
futures-3.3.0 py27h8c360ce_1 25 KB conda-forge
geojson-2.5.0 py_0 15 KB conda-forge
gitdb2-2.0.6 py_0 46 KB conda-forge
gitpython-2.1.11 py_0 335 KB conda-forge
gridded-0.2.5 py27_0 281 KB conda-forge
gsw-3.0.3 py27_0 2.7 MB conda-forge
hdf4-4.2.13 ha32470c_1003 1014 KB conda-forge
hdf5-1.10.3 h95ae18b_1001 18.4 MB conda-forge
icu-58.2 vc9_0 21.9 MB conda-forge
idna-2.10 pyh9f0ad1d_0 52 KB conda-forge
imagesize-1.2.0 py_0 8 KB conda-forge
importlib-metadata-1.5.0 py27_0 41 KB conda-forge
importlib_metadata-1.5.0 1 3 KB conda-forge
intel-openmp-2020.1 216 1.6 MB
ipaddress-1.0.23 py_0 19 KB conda-forge
ipykernel-4.10.0 py27_1 162 KB conda-forge
ipython-5.8.0 py27_1 1.1 MB conda-forge
ipython_genutils-0.2.0 py_1 21 KB conda-forge
ipywidgets-7.5.1 pyh9f0ad1d_1 101 KB conda-forge
iso8601-0.1.13 pyh9f0ad1d_0 12 KB conda-forge
jinja2-2.11.2 pyh9f0ad1d_0 93 KB conda-forge
jpeg-9c h0c8e037_1001 307 KB conda-forge
jsonschema-3.2.0 py27h8c360ce_1 105 KB conda-forge
jupyter-1.0.0 py_2 4 KB conda-forge
jupyter_client-5.3.4 py27_1 152 KB conda-forge
jupyter_console-5.2.0 py27_1 51 KB conda-forge
jupyter_core-4.6.3 py27h8c360ce_1 94 KB conda-forge
kiwisolver-1.1.0 py27h6c69bd3_1 67 KB conda-forge
krb5-1.16.3 hb4d044e_1000 812 KB conda-forge
libblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libcblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libcurl-7.65.3 h2f83ebf_0 266 KB conda-forge
libgd-2.1.1 3 744 KB NOAA-ORR-ERD
liblapack-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libnetcdf-4.6.1 h376332d_1010 567 KB conda-forge
libpng-1.6.37 h7a46e7a_0 489 KB conda-forge
libsodium-1.0.17 h3cc03e0_0 455 KB conda-forge
markupsafe-1.1.1 py27h462b5f4_1 26 KB conda-forge
matplotlib-2.2.5 1 6 KB conda-forge
matplotlib-base-2.2.5 py27h6595424_1 6.5 MB conda-forge
mistune-0.8.4 py27h462b5f4_1001 53 KB conda-forge
mkl-2020.1 216 99.3 MB
more-itertools-5.0.0 py_0 44 KB conda-forge
nbconvert-5.6.1 py27_0 507 KB conda-forge
nbformat-4.4.0 py_1 91 KB conda-forge
nbsphinx-0.3.5 py_0 18 KB conda-forge
netcdf4-1.4.1 py27h6bbc3c5_3 381 KB conda-forge
nose-1.3.7 py27h8c360ce_1004 240 KB conda-forge
notebook-5.7.8 py27_1 7.2 MB conda-forge
numpy-1.16.5 py27h0d21db5_0 3.9 MB conda-forge
openssl-1.0.2u h0c8e037_0 4.7 MB conda-forge
packaging-20.4 pyh9f0ad1d_0 32 KB conda-forge
pandoc-2.11.0.1 hf4a77e7_0 18.7 MB conda-forge
pandocfilters-1.4.2 py_1 9 KB conda-forge
pathlib2-2.3.5 py27h8c360ce_1 33 KB conda-forge
pickleshare-0.7.5 py27h8c360ce_1001 12 KB conda-forge
pluggy-0.12.0 py_0 18 KB conda-forge
progressbar-2.5 py_0 12 KB conda-forge
prometheus_client-0.8.0 pyh9f0ad1d_0 44 KB conda-forge
prompt_toolkit-1.0.15 py_1 154 KB conda-forge
psutil-5.7.0 py27h462b5f4_1 336 KB conda-forge
py-1.9.0 pyh9f0ad1d_0 74 KB conda-forge
py_gd-0.1.5 py27_0 130 KB NOAA-ORR-ERD
pycparser-2.20 pyh9f0ad1d_2 94 KB conda-forge
pygments-2.5.2 py_0 669 KB conda-forge
pynucos-2.9.1 pyh9f0ad1d_0 25 KB conda-forge
pyopenssl-19.0.0 py27_0 79 KB conda-forge
pyparsing-2.4.7 pyh9f0ad1d_0 60 KB conda-forge
pyqt-5.6.0 py27h4cbc711_1008 4.2 MB conda-forge
pyrsistent-0.15.7 py27h462b5f4_1 73 KB conda-forge
pyshp-1.2.12 py_2 22 KB conda-forge
pysocks-1.7.1 py27h8c360ce_1 26 KB conda-forge
pytest-4.6.4 py27_0 373 KB conda-forge
pytest-cov-2.10.1 pyh9f0ad1d_0 20 KB conda-forge
pytest-timeout-1.4.2 pyh9f0ad1d_0 13 KB conda-forge
python-dateutil-2.8.1 py_0 220 KB conda-forge
pytz-2020.1 pyh9f0ad1d_0 227 KB conda-forge
pywin32-221 py27_0 6.0 MB conda-forge
pywinpty-0.5.7 py27_0 45 KB conda-forge
pyzmq-19.0.0 py27h331c9a6_1 414 KB conda-forge
qtconsole-4.7.7 pyh9f0ad1d_0 88 KB conda-forge
qtpy-1.9.0 py_0 34 KB conda-forge
regex-2019.01.24 py27h0c8e037_0 326 KB conda-forge
requests-2.24.0 pyh9f0ad1d_0 47 KB conda-forge
scandir-1.10.0 py27h462b5f4_1 29 KB conda-forge
send2trash-1.5.0 py_0 12 KB conda-forge
simplegeneric-0.8.1 py_1 7 KB conda-forge
singledispatch-3.4.0.3 pyh9f0ad1d_1001 11 KB conda-forge
sip-4.18.1 py27hc56fc5f_1000 263 KB conda-forge
six-1.15.0 pyh9f0ad1d_0 14 KB conda-forge
smmap-3.0.4 pyh9f0ad1d_0 22 KB conda-forge
smmap2-3.0.1 py_0 5 KB conda-forge
snowballstemmer-2.0.0 py_0 55 KB conda-forge
sphinx-1.8.5 py27_0 1.9 MB conda-forge
sphinx_rtd_theme-0.5.0 pyh9f0ad1d_0 2.7 MB conda-forge
sphinxcontrib-websupport-1.2.4 pyh9f0ad1d_0 34 KB conda-forge
sqlite-3.30.1 h0c8e037_0 1.1 MB conda-forge
tblib-1.6.0 py_0 14 KB conda-forge
terminado-0.8.3 py27h8c360ce_1 22 KB conda-forge
testfixtures-6.15.0 pyh9f0ad1d_0 67 KB conda-forge
testpath-0.4.4 py_0 85 KB conda-forge
tk-8.6.10 h0c8e037_0 3.0 MB conda-forge
tornado-5.1.1 py27h0c8e037_1000 640 KB conda-forge
traitlets-4.3.3 py27h8c360ce_1 128 KB conda-forge
translationstring-1.4 pyh9f0ad1d_0 15 KB conda-forge
typing-3.7.4.1 py27_0 46 KB conda-forge
unidecode-1.1.1 py_0 157 KB conda-forge
urllib3-1.25.10 py_0 92 KB conda-forge
wcwidth-0.2.5 pyh9f0ad1d_2 33 KB conda-forge
webencodings-0.5.1 py_1 12 KB conda-forge
widgetsnbextension-3.5.1 py27_0 1.8 MB conda-forge
win_inet_pton-1.1.0 py27_0 7 KB conda-forge
win_unicode_console-0.5 py27_1000 31 KB conda-forge
winpty-0.4.3 4 1.1 MB conda-forge
zeromq-4.3.2 h6538335_2 10.0 MB conda-forge
zipp-1.0.0 py_0 7 KB conda-forge
zlib-1.2.11 h3cc03e0_1006 117 KB conda-forge

Total: 254.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

alabaster conda-forge/noarch::alabaster-0.7.12-py_0 asn1crypto conda-forge/noarch::asn1crypto-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 atomicwrites conda-forge/noarch::atomicwrites-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 attrs conda-forge/noarch::attrs-20.2.0-pyh9f0ad1d_0 awesome-slugify conda-forge/noarch::awesome-slugify-1.6.5-py_5 babel conda-forge/noarch::babel-2.8.0-py_0 backports conda-forge/noarch::backports-1.0-py_2 backports.functoo~ conda-forge/noarch::backports.functools_lru_cache-1.6.1-py0 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py3 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_which-3.5.2-py_0 backports_abc conda-forge/noarch::backports_abc-0.5-py_1 blas pkgs/main/win-64::blas-1.0-mkl bleach conda-forge/noarch::bleach-3.2.1-pyh9f0ad1d_0 brotlipy conda-forge/win-64::brotlipy-0.7.0-py27h0c8e037_1000 bzip2 conda-forge/win-64::bzip2-1.0.8-h0c8e037_2 ca-certificates conda-forge/win-64::ca-certificates-2020.6.20-hecda079_0 cell_tree2d conda-forge/win-64::cell_tree2d-0.3.0-py27h0e003f4_1001 cffi conda-forge/win-64::cffi-1.14.0-py27hcfb25f9_0 cftime conda-forge/win-64::cftime-1.0.4.2-py27h83e69c8_0 chardet conda-forge/win-64::chardet-3.0.4-py27h8c360ce_1006 colander pkgs/main/win-64::colander-1.7.0-py27_0 colorama conda-forge/noarch::colorama-0.4.3-py_0 configparser conda-forge/win-64::configparser-3.7.3-py27h8c360ce_2 contextlib2 conda-forge/noarch::contextlib2-0.6.0.post1-py_0 coverage conda-forge/win-64::coverage-5.0.4-py27h462b5f4_0 cryptography conda-forge/win-64::cryptography-2.5-py27hc64555f_1 curl conda-forge/win-64::curl-7.65.3-h2f83ebf_0 cycler conda-forge/noarch::cycler-0.10.0-py_2 cython conda-forge/win-64::cython-0.25.2-py27_1 decorator conda-forge/noarch::decorator-4.4.2-py_0 defusedxml conda-forge/noarch::defusedxml-0.6.0-py_0 docutils conda-forge/win-64::docutils-0.16-py27h8c360ce_1 entrypoints conda-forge/win-64::entrypoints-0.3-py27h8c360ce_1001 enum34 conda-forge/win-64::enum34-1.1.10-py27h8c360ce_1 freetype conda-forge/win-64::freetype-2.10.1-h4d385ea_0 funcsigs conda-forge/noarch::funcsigs-1.0.2-py_3 functools32 conda-forge/noarch::functools32-3.2.3.2-py_3 futures conda-forge/win-64::futures-3.3.0-py27h8c360ce_1 geojson conda-forge/noarch::geojson-2.5.0-py_0 gitdb2 conda-forge/noarch::gitdb2-2.0.6-py_0 gitpython conda-forge/noarch::gitpython-2.1.11-py_0 gridded conda-forge/win-64::gridded-0.2.5-py27_0 gsw conda-forge/win-64::gsw-3.0.3-py27_0 hdf4 conda-forge/win-64::hdf4-4.2.13-ha32470c_1003 hdf5 conda-forge/win-64::hdf5-1.10.3-h95ae18b_1001 icc_rt pkgs/main/win-64::icc_rt-2019.0.0-h0cc432a_1 icu conda-forge/win-64::icu-58.2-vc9_0 idna conda-forge/noarch::idna-2.10-pyh9f0ad1d_0 imagesize conda-forge/noarch::imagesize-1.2.0-py_0 importlib-metadata conda-forge/win-64::importlib-metadata-1.5.0-py27_0 importlib_metadata conda-forge/noarch::importlib_metadata-1.5.0-1 intel-openmp pkgs/main/win-64::intel-openmp-2020.1-216 ipaddress conda-forge/noarch::ipaddress-1.0.23-py_0 ipykernel conda-forge/win-64::ipykernel-4.10.0-py27_1 ipython conda-forge/win-64::ipython-5.8.0-py27_1 ipython_genutils conda-forge/noarch::ipython_genutils-0.2.0-py_1 ipywidgets conda-forge/noarch::ipywidgets-7.5.1-pyh9f0ad1d_1 iso8601 conda-forge/noarch::iso8601-0.1.13-pyh9f0ad1d_0 jinja2 conda-forge/noarch::jinja2-2.11.2-pyh9f0ad1d_0 jpeg conda-forge/win-64::jpeg-9c-h0c8e037_1001 jsonschema conda-forge/win-64::jsonschema-3.2.0-py27h8c360ce_1 jupyter conda-forge/noarch::jupyter-1.0.0-py_2 jupyter_client conda-forge/win-64::jupyter_client-5.3.4-py27_1 jupyter_console conda-forge/win-64::jupyter_console-5.2.0-py27_1 jupyter_core conda-forge/win-64::jupyter_core-4.6.3-py27h8c360ce_1 kiwisolver conda-forge/win-64::kiwisolver-1.1.0-py27h6c69bd3_1 krb5 conda-forge/win-64::krb5-1.16.3-hb4d044e_1000 libblas conda-forge/win-64::libblas-3.8.0-16_mkl libcblas conda-forge/win-64::libcblas-3.8.0-16_mkl libcurl conda-forge/win-64::libcurl-7.65.3-h2f83ebf_0 libgd NOAA-ORR-ERD/win-64::libgd-2.1.1-3 liblapack conda-forge/win-64::liblapack-3.8.0-16_mkl libnetcdf conda-forge/win-64::libnetcdf-4.6.1-h376332d_1010 libpng conda-forge/win-64::libpng-1.6.37-h7a46e7a_0 libsodium conda-forge/win-64::libsodium-1.0.17-h3cc03e0_0 libssh2 pkgs/main/win-64::libssh2-1.8.0-h77a7533_4 m2w64-gcc-libgfor~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libgfortran-5.3.0-6 m2w64-gcc-libs pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libs-5.3.0-7 m2w64-gcc-libs-co~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libs-core-5.3.0-7 m2w64-gmp pkgs/msys2/win-64::m2w64-gmp-6.1.0-2 m2w64-libwinpthre~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-libwinpthread-git-5.0.0.4634.697f757-2 markupsafe conda-forge/win-64::markupsafe-1.1.1-py27h462b5f4_1 matplotlib conda-forge/win-64::matplotlib-2.2.5-1 matplotlib-base conda-forge/win-64::matplotlib-base-2.2.5-py27h6595424_1 mistune conda-forge/win-64::mistune-0.8.4-py27h462b5f4_1001 mkl pkgs/main/win-64::mkl-2020.1-216 more-itertools conda-forge/noarch::more-itertools-5.0.0-py_0 msys2-conda-epoch pkgs/msys2/win-64::msys2-conda-epoch-20160418-1 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  • Validating: ok

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(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary.git Cloning into 'OilLibrary'... remote: Enumerating objects: 160, done. remote: Counting objects: 100% (160/160), done. remote: Compressing objects: 100% (76/76), done. remote: Total 1190 (delta 88), reused 132 (delta 83), pack-reused 1030 Receiving objects: 100% (1190/1190), 4.02 MiB | 2.15 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (723/723), done.

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>cd OilLibrary

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info creating oil_library.egg-info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py OilLibrary database generation failed Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 208, in zip_safe=False, File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools__init__.py", line 145, in setup return distutils.core.setup(**attrs) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\core.py", line 151, in setup dist.run_commands() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 953, in run_commands self.run_command(cmd) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py", line 67, in run self.do_egg_install() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py", line 109, in do_egg_install self.run_command('bdist_egg') File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py", line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py", line 172, in run cmd = self.call_command('install_lib', warn_dir=0) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py", line 158, in call_command self.run_command(cmdname) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py", line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install_lib.py", line 11, in run self.build() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\command\install_lib.py", line 109, in build self.run_command('build_py') File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py", line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py", line 972, in run_command cmd_obj.run() File "setup.py", line 160, in run init_db() File "setup.py", line 88, in init_db import oil_library.initializedb File "C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library__init__.py", line 12, in from sqlalchemy import create_engine ImportError: No module named sqlalchemy

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • future
  • gitpython
  • numpy[version='>=1.16.*']
  • pathlib
  • pynucos[version='>=2.7.4']
  • pytest[version='>=2.9.2']
  • python=2.7
  • scipy[version='>=0.18.1']
  • sqlalchemy[version='>=1.3.7']
  • zope.sqlalchemy[version='>=1.1']

The following packages will be downloaded:

package build
future-0.18.2 py27h8c360ce_1 746 KB conda-forge
pathlib-1.0.1 py27h8c360ce_2 27 KB conda-forge
sqlalchemy-1.3.13 py27h0c8e037_0 1.7 MB conda-forge
transaction-2.4.0 py_0 36 KB conda-forge
zope-1.0 py27_1 4 KB
zope.interface-4.7.1 py27h0c8e037_0 195 KB
zope.sqlalchemy-1.1 py27_0 169 KB

Total: 2.9 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

future conda-forge/win-64::future-0.18.2-py27h8c360ce_1 pathlib conda-forge/win-64::pathlib-1.0.1-py27h8c360ce_2 sqlalchemy conda-forge/win-64::sqlalchemy-1.3.13-py27h0c8e037_0 transaction conda-forge/noarch::transaction-2.4.0-py_0 zope pkgs/main/win-64::zope-1.0-py27_1 zope.interface pkgs/main/win-64::zope.interface-4.7.1-py27h0c8e037_0 zope.sqlalchemy pkgs/main/win-64::zope.sqlalchemy-1.1-py27_0

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages zope-1.0 | 4 KB |

############################################################################ | 100% transaction-2.4.0 | 36 KB |

############################################################################ | 100% future-0.18.2 | 746 KB |

############################################################################ | 100% zope.interface-4.7.1 | 195 KB |

############################################################################ | 100% pathlib-1.0.1 | 27 KB |

############################################################################ | 100% zope.sqlalchemy-1.1 | 169 KB |

############################################################################ | 100% sqlalchemy-1.3.13 | 1.7 MB |

############################################################################ | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py setting up logger to dump to: DB_build_Log.txt calling initializedb.make_db() Building oil database:, installing to: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library INFO - initializedb - line:42 - Purging old records in database INFO - initializedb - line:49 - finished!!! 0 imported records purged. 0 oil records purged. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLib ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'6', u'2019-05-09', u'adios'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'FUEL OIL NO.2', u'AD00424', 0, '', u'FUEL OIL NO.2', u'Whiticar, S. Bobra, M., Fingas, M., Jokuty, P., Liuzzo, P., Callaghan, S., Ackerman, F., and Coa, J. 1992. A Catalogue of Crude Oil and Oil Product Properties (1992 Edition). Prepared for Environment Canada, EE-144, Ottawa, Ontario. 643pp.', u'1992', 33.7, 244.0, 244.0, u'Refined', None, None, None, 0.418, None, None, None, None, None, None, None, None, None, u'volume', u'Group 3', None, None, None, None, None, None, 0.572, None, None, None, None, None, None, None, None, 1, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'NAPHTHA (SOLVENT)', u'AD00800', 0, '', u'NAPHTHA (SOLVENT)', u'Whiticar, S. Bobra, M., Fingas, M., Jokuty, P., Liuzzo, P., Callaghan, S., Ackerman, F., and Coa, J. 1992. A Catalogue of Crude Oil and Oil Product Properties (1992 Edition). Prepared for Environment Canada, EE-144, Ottawa, Ontario. 643pp.', u'1992', None, None, None, u'Refined', u'Product is colorless.', None, None, None, None, None, None, 311.0, None, 0.045, 293.0, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, 280.0, 0, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... ...........WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'FUEL OIL NO.6', u'AD02431', 0, '', u'FUEL OIL NO.6', u'Jokuty, P., Whiticar, S., Wang, Z., Fingas, M., Fieldhouse, B., Lambert, P., Mullen, J. 1999. Properties of Crude Oils and Oil Products. Manuscript Report EE-165, Environmental Protection Service, Environment Canada, Ottawa, Ontario.', u'1999', 12.3, 288.0, 288.0, u'Refined', None, 0.06, 0.12, 0.055, None, None, None, 371.0, 371.0, None, None, None, None, u'weight', u'Group 4', None, None, None, None, None, 0.15, 0.24, 0.024, None, None, 9.0, 42.0, None, None, None, 0, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 1493 rows processed. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLibTest ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'6', u'2017-05-12', u'adios test records'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database .INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 14 rows processed. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLibNorway ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'1', u'2017-04-05', u'adios norway imports'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database ..INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 127 rows processed. INFO - init_oil - line:77 - Adding Oil objects... INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00005 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00009

C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\scipy\optimize\minpack.py:787: OptimizeWarning: Covariance of the parameters could not be estimated category=OptimizeWarning) INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00010 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00017 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00020 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00024 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00025 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00026 INFO - init_oil - l

— You are receiving this because you commented. Reply to this email directly, view it on GitHub < https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary/issues/23#issuecomment-710381079 , or unsubscribe < https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAG7YYFH36CO3APQYEV7AGLSLCGFHANCNFSM4SSLV2HA

.

--

Christopher Barker, Ph.D. Oceanographer

Emergency Response Division NOAA/NOS/OR&R (206) 526-6959 voice 7600 Sand Point Way NE (206) 526-6329 fax Seattle, WA 98115 (206) 526-6317 main reception

Chris.Barker@noaa.gov

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-- Thank you. Sincerely, Syed

Syed Masiur Rahman PhD Research Engineer-III Center for Environment & Water, Research Institute King Fahd University of Petroleum & Minerals P. O. Box 713, Dhahran 31261 Saudi Arabia

ChrisBarker-NOAA commented 4 years ago

Anaconda Navigator should support using multiple environments, -- I think you can install Spyder into the gnome environment and use it there. Or there may be a way to tell Spyder what environment to run it.

But that's a question for the Anaconda / Spyder folks.

-CHB

On Fri, Oct 16, 2020 at 11:53 AM Syed Masiur Rahman < notifications@github.com> wrote:

Now, I would like to run the pygnome. But the Anaconda Navigator is not working. If I work with spyder, what should I do? How can I bring the conda gnome environment in spyder?

On Fri, Oct 16, 2020 at 9:41 PM Chris Barker notifications@github.com wrote:

That all looks good to me -- the WARNINGS in bundling the database are expected.

Is the system working for you now?

-CHB

On Fri, Oct 16, 2020 at 11:35 AM Syed Masiur Rahman < notifications@github.com> wrote:

Dear Sir: Please find attached the file which shows the problems in testing. Please kindly help me to solve this problem. If you need any further details, please let me know. With best regards. Syed Masiur Rahman

On Thu, Oct 15, 2020 at 10:28 PM Chris Barker < notifications@github.com> wrote:

Here is the OP's screen shot: [image: image] <

https://user-images.githubusercontent.com/916576/96176575-67fd0e00-0ee1-11eb-87dd-f3786863e458.png

I can't tell from that screenshot what went wrong, but a few ideas:

  1. make sure you have the dependencies installed:

conda install --file conda_requirements.txt

If it stiil doesn' twork, you can post the results of:

conda list

Also: try installing it in "develop" mode:

python setup.py develop

We usually use that mode in development, so it's better tested.

Please do report how it works out.

-CHB

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https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary/issues/23#issuecomment-709543241

, or unsubscribe <

https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACOBTVJZR6SXVTOQIB7VVHLSK5EMJANCNFSM4SSLV2HA

.

-- Thank you. Sincerely, Syed

Syed Masiur Rahman PhD Research Engineer-III Center for Environment & Water, Research Institute King Fahd University of Petroleum & Minerals P. O. Box 713, Dhahran 31261 Saudi Arabia

(base) C:>cd users\smrahman

(base) C:\Users\smrahman>conda update conda Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

All requested packages already installed.

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels NOAA-ORR-ERD

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels conda-forge

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels --add channels 'defaults' # lowest priority --add channels 'NOAA-ORR-ERD' --add channels 'conda-forge' # highest priority

(base) C:\Users\smrahman>conda create --name gnome python=2 Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • python=2

The following packages will be downloaded:

package build
certifi-2019.11.28 py27h8c360ce_1 149 KB conda-forge
pip-20.1.1 pyh9f0ad1d_0 1.1 MB conda-forge
python-2.7.15 h2880e7c_1011_cpython 20.3 MB conda-forge
python_abi-2.7 1_cp27m 4 KB conda-forge
setuptools-44.0.0 py27_0 665 KB conda-forge
vs2008_runtime-9.0.30729.6161 0 1.0 MB conda-forge
wheel-0.35.1 pyh9f0ad1d_0 29 KB conda-forge
wincertstore-0.2 py27_1003 13 KB conda-forge

Total: 23.2 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

certifi conda-forge/win-64::certifi-2019.11.28-py27h8c360ce_1 pip conda-forge/noarch::pip-20.1.1-pyh9f0ad1d_0 python conda-forge/win-64::python-2.7.15-h2880e7c_1011_cpython python_abi conda-forge/win-64::python_abi-2.7-1_cp27m setuptools conda-forge/win-64::setuptools-44.0.0-py27_0 vc pkgs/main/win-64::vc-9-h7299396_1 vs2008_runtime conda-forge/win-64::vs2008_runtime-9.0.30729.6161-0 wheel conda-forge/noarch::wheel-0.35.1-pyh9f0ad1d_0 wincertstore conda-forge/win-64::wincertstore-0.2-py27_1003

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages setuptools-44.0.0 | 665 KB |

############################################################################

| 100% python-2.7.15 | 20.3 MB |

############################################################################

| 100% vs2008_runtime-9.0.3 | 1.0 MB |

############################################################################

| 100% certifi-2019.11.28 | 149 KB |

############################################################################

| 100% wheel-0.35.1 | 29 KB |

############################################################################

| 100% python_abi-2.7 | 4 KB |

############################################################################

| 100% pip-20.1.1 | 1.1 MB |

############################################################################

| 100% wincertstore-0.2 | 13 KB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done #

To activate this environment, use

#

$ conda activate gnome

#

To deactivate an active environment, use

#

$ conda deactivate

(base) C:\Users\smrahman>conda activate gnome

(gnome) C:\Users\smrahman>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/PyGnome Cloning into 'PyGnome'... remote: Enumerating objects: 1743, done. remote: Counting objects: 100% (1743/1743), done. remote: Compressing objects: 100% (832/832), done. remote: Total 60118 (delta 1134), reused 1263 (delta 872), pack-reused 58375 Receiving objects: 100% (60118/60118), 145.48 MiB | 2.25 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (45148/45148), done. Updating files: 100% (1904/1904), done.

(gnome) C:\Users\smrahman>cd PyGnome

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • cell_tree2d[version='>=0.3.*']
  • cftime=1.0
  • colander[version='>=1.4']
  • cython=0.25
  • geojson[version='>=1.3']
  • gitpython
  • gridded==0.2.5
  • gsw==3.0.3
  • ipython
  • jupyter
  • libnetcdf==4.6.1
  • matplotlib
  • nbsphinx=0.3
  • netcdf4==1.4.1
  • numpy=1.16
  • progressbar[version='>=2.3']
  • psutil[version='>=4.3']
  • py_gd=0.1
  • pynucos[version='>=2.8.*']
  • pyshp==1.2.12
  • pytest
  • pytest-cov
  • pytest-timeout
  • python=2.7
  • pyzmq[version='>=16']
  • regex
  • scipy[version='>=0.18.*']
  • setuptools[version='>=23.0']
  • six[version='>=1.10']
  • sphinx
  • sphinx_rtd_theme
  • tblib[version='>=1.3.*']
  • testfixtures
  • unidecode[version='>=0.04.19']

The following packages will be downloaded:

package build
alabaster-0.7.12 py_0 15 KB conda-forge
asn1crypto-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 78 KB conda-forge
atomicwrites-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 10 KB conda-forge
attrs-20.2.0 pyh9f0ad1d_0 41 KB conda-forge
awesome-slugify-1.6.5 py_5 11 KB conda-forge
babel-2.8.0 py_0 6.0 MB conda-forge
backports-1.0 py_2 4 KB conda-forge
backports.functools_lru_cache-1.6.1 py_0 8 KB conda-forge
backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0 py_3 7 KB conda-forge
backports.shutil_which-3.5.2 py_0 6 KB conda-forge
backports_abc-0.5 py_1 5 KB conda-forge
bleach-3.2.1 pyh9f0ad1d_0 111 KB conda-forge
brotlipy-0.7.0 py27h0c8e037_1000 349 KB conda-forge
bzip2-1.0.8 h0c8e037_2 111 KB conda-forge
ca-certificates-2020.6.20 hecda079_0 184 KB conda-forge
cell_tree2d-0.3.0 py27h0e003f4_1001 64 KB conda-forge
cffi-1.14.0 py27hcfb25f9_0 214 KB conda-forge
cftime-1.0.4.2 py27h83e69c8_0 224 KB conda-forge
chardet-3.0.4 py27h8c360ce_1006 193 KB conda-forge
colander-1.7.0 py27_0 262 KB
colorama-0.4.3 py_0 17 KB conda-forge
configparser-3.7.3 py27h8c360ce_2 36 KB conda-forge
contextlib2-0.6.0.post1 py_0 12 KB conda-forge
coverage-5.0.4 py27h462b5f4_0 278 KB conda-forge
cryptography-2.5 py27hc64555f_1 547 KB conda-forge
curl-7.65.3 h2f83ebf_0 111 KB conda-forge
cycler-0.10.0 py_2 9 KB conda-forge
cython-0.25.2 py27_1 2.2 MB conda-forge
decorator-4.4.2 py_0 11 KB conda-forge
defusedxml-0.6.0 py_0 22 KB conda-forge
docutils-0.16 py27h8c360ce_1 742 KB conda-forge
entrypoints-0.3 py27h8c360ce_1001 14 KB conda-forge
enum34-1.1.10 py27h8c360ce_1 49 KB conda-forge
freetype-2.10.1 h4d385ea_0 927 KB conda-forge
funcsigs-1.0.2 py_3 14 KB conda-forge
functools32-3.2.3.2 py_3 15 KB conda-forge
futures-3.3.0 py27h8c360ce_1 25 KB conda-forge
geojson-2.5.0 py_0 15 KB conda-forge
gitdb2-2.0.6 py_0 46 KB conda-forge
gitpython-2.1.11 py_0 335 KB conda-forge
gridded-0.2.5 py27_0 281 KB conda-forge
gsw-3.0.3 py27_0 2.7 MB conda-forge
hdf4-4.2.13 ha32470c_1003 1014 KB conda-forge
hdf5-1.10.3 h95ae18b_1001 18.4 MB conda-forge
icu-58.2 vc9_0 21.9 MB conda-forge
idna-2.10 pyh9f0ad1d_0 52 KB conda-forge
imagesize-1.2.0 py_0 8 KB conda-forge
importlib-metadata-1.5.0 py27_0 41 KB conda-forge
importlib_metadata-1.5.0 1 3 KB conda-forge
intel-openmp-2020.1 216 1.6 MB
ipaddress-1.0.23 py_0 19 KB conda-forge
ipykernel-4.10.0 py27_1 162 KB conda-forge
ipython-5.8.0 py27_1 1.1 MB conda-forge
ipython_genutils-0.2.0 py_1 21 KB conda-forge
ipywidgets-7.5.1 pyh9f0ad1d_1 101 KB conda-forge
iso8601-0.1.13 pyh9f0ad1d_0 12 KB conda-forge
jinja2-2.11.2 pyh9f0ad1d_0 93 KB conda-forge
jpeg-9c h0c8e037_1001 307 KB conda-forge
jsonschema-3.2.0 py27h8c360ce_1 105 KB conda-forge
jupyter-1.0.0 py_2 4 KB conda-forge
jupyter_client-5.3.4 py27_1 152 KB conda-forge
jupyter_console-5.2.0 py27_1 51 KB conda-forge
jupyter_core-4.6.3 py27h8c360ce_1 94 KB conda-forge
kiwisolver-1.1.0 py27h6c69bd3_1 67 KB conda-forge
krb5-1.16.3 hb4d044e_1000 812 KB conda-forge
libblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libcblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libcurl-7.65.3 h2f83ebf_0 266 KB conda-forge
libgd-2.1.1 3 744 KB NOAA-ORR-ERD
liblapack-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libnetcdf-4.6.1 h376332d_1010 567 KB conda-forge
libpng-1.6.37 h7a46e7a_0 489 KB conda-forge
libsodium-1.0.17 h3cc03e0_0 455 KB conda-forge
markupsafe-1.1.1 py27h462b5f4_1 26 KB conda-forge
matplotlib-2.2.5 1 6 KB conda-forge
matplotlib-base-2.2.5 py27h6595424_1 6.5 MB conda-forge
mistune-0.8.4 py27h462b5f4_1001 53 KB conda-forge
mkl-2020.1 216 99.3 MB
more-itertools-5.0.0 py_0 44 KB conda-forge
nbconvert-5.6.1 py27_0 507 KB conda-forge
nbformat-4.4.0 py_1 91 KB conda-forge
nbsphinx-0.3.5 py_0 18 KB conda-forge
netcdf4-1.4.1 py27h6bbc3c5_3 381 KB conda-forge
nose-1.3.7 py27h8c360ce_1004 240 KB conda-forge
notebook-5.7.8 py27_1 7.2 MB conda-forge
numpy-1.16.5 py27h0d21db5_0 3.9 MB conda-forge
openssl-1.0.2u h0c8e037_0 4.7 MB conda-forge
packaging-20.4 pyh9f0ad1d_0 32 KB conda-forge
pandoc-2.11.0.1 hf4a77e7_0 18.7 MB conda-forge
pandocfilters-1.4.2 py_1 9 KB conda-forge
pathlib2-2.3.5 py27h8c360ce_1 33 KB conda-forge
pickleshare-0.7.5 py27h8c360ce_1001 12 KB conda-forge
pluggy-0.12.0 py_0 18 KB conda-forge
progressbar-2.5 py_0 12 KB conda-forge
prometheus_client-0.8.0 pyh9f0ad1d_0 44 KB conda-forge
prompt_toolkit-1.0.15 py_1 154 KB conda-forge
psutil-5.7.0 py27h462b5f4_1 336 KB conda-forge
py-1.9.0 pyh9f0ad1d_0 74 KB conda-forge
py_gd-0.1.5 py27_0 130 KB NOAA-ORR-ERD
pycparser-2.20 pyh9f0ad1d_2 94 KB conda-forge
pygments-2.5.2 py_0 669 KB conda-forge
pynucos-2.9.1 pyh9f0ad1d_0 25 KB conda-forge
pyopenssl-19.0.0 py27_0 79 KB conda-forge
pyparsing-2.4.7 pyh9f0ad1d_0 60 KB conda-forge
pyqt-5.6.0 py27h4cbc711_1008 4.2 MB conda-forge
pyrsistent-0.15.7 py27h462b5f4_1 73 KB conda-forge
pyshp-1.2.12 py_2 22 KB conda-forge
pysocks-1.7.1 py27h8c360ce_1 26 KB conda-forge
pytest-4.6.4 py27_0 373 KB conda-forge
pytest-cov-2.10.1 pyh9f0ad1d_0 20 KB conda-forge
pytest-timeout-1.4.2 pyh9f0ad1d_0 13 KB conda-forge
python-dateutil-2.8.1 py_0 220 KB conda-forge
pytz-2020.1 pyh9f0ad1d_0 227 KB conda-forge
pywin32-221 py27_0 6.0 MB conda-forge
pywinpty-0.5.7 py27_0 45 KB conda-forge
pyzmq-19.0.0 py27h331c9a6_1 414 KB conda-forge
qtconsole-4.7.7 pyh9f0ad1d_0 88 KB conda-forge
qtpy-1.9.0 py_0 34 KB conda-forge
regex-2019.01.24 py27h0c8e037_0 326 KB conda-forge
requests-2.24.0 pyh9f0ad1d_0 47 KB conda-forge
scandir-1.10.0 py27h462b5f4_1 29 KB conda-forge
send2trash-1.5.0 py_0 12 KB conda-forge
simplegeneric-0.8.1 py_1 7 KB conda-forge
singledispatch-3.4.0.3 pyh9f0ad1d_1001 11 KB conda-forge
sip-4.18.1 py27hc56fc5f_1000 263 KB conda-forge
six-1.15.0 pyh9f0ad1d_0 14 KB conda-forge
smmap-3.0.4 pyh9f0ad1d_0 22 KB conda-forge
smmap2-3.0.1 py_0 5 KB conda-forge
snowballstemmer-2.0.0 py_0 55 KB conda-forge
sphinx-1.8.5 py27_0 1.9 MB conda-forge
sphinx_rtd_theme-0.5.0 pyh9f0ad1d_0 2.7 MB conda-forge
sphinxcontrib-websupport-1.2.4 pyh9f0ad1d_0 34 KB conda-forge
sqlite-3.30.1 h0c8e037_0 1.1 MB conda-forge
tblib-1.6.0 py_0 14 KB conda-forge
terminado-0.8.3 py27h8c360ce_1 22 KB conda-forge
testfixtures-6.15.0 pyh9f0ad1d_0 67 KB conda-forge
testpath-0.4.4 py_0 85 KB conda-forge
tk-8.6.10 h0c8e037_0 3.0 MB conda-forge
tornado-5.1.1 py27h0c8e037_1000 640 KB conda-forge
traitlets-4.3.3 py27h8c360ce_1 128 KB conda-forge
translationstring-1.4 pyh9f0ad1d_0 15 KB conda-forge
typing-3.7.4.1 py27_0 46 KB conda-forge
unidecode-1.1.1 py_0 157 KB conda-forge
urllib3-1.25.10 py_0 92 KB conda-forge
wcwidth-0.2.5 pyh9f0ad1d_2 33 KB conda-forge
webencodings-0.5.1 py_1 12 KB conda-forge
widgetsnbextension-3.5.1 py27_0 1.8 MB conda-forge
win_inet_pton-1.1.0 py27_0 7 KB conda-forge
win_unicode_console-0.5 py27_1000 31 KB conda-forge
winpty-0.4.3 4 1.1 MB conda-forge
zeromq-4.3.2 h6538335_2 10.0 MB conda-forge
zipp-1.0.0 py_0 7 KB conda-forge
zlib-1.2.11 h3cc03e0_1006 117 KB conda-forge

Total: 254.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

alabaster conda-forge/noarch::alabaster-0.7.12-py_0 asn1crypto conda-forge/noarch::asn1crypto-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 atomicwrites conda-forge/noarch::atomicwrites-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 attrs conda-forge/noarch::attrs-20.2.0-pyh9f0ad1d_0 awesome-slugify conda-forge/noarch::awesome-slugify-1.6.5-py_5 babel conda-forge/noarch::babel-2.8.0-py_0 backports conda-forge/noarch::backports-1.0-py_2 backports.functoo~ conda-forge/noarch::backports.functools_lru_cache-1.6.1-py0 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py3 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_which-3.5.2-py_0 backports_abc conda-forge/noarch::backports_abc-0.5-py_1 blas pkgs/main/win-64::blas-1.0-mkl bleach conda-forge/noarch::bleach-3.2.1-pyh9f0ad1d_0 brotlipy conda-forge/win-64::brotlipy-0.7.0-py27h0c8e037_1000 bzip2 conda-forge/win-64::bzip2-1.0.8-h0c8e037_2 ca-certificates conda-forge/win-64::ca-certificates-2020.6.20-hecda079_0 cell_tree2d conda-forge/win-64::cell_tree2d-0.3.0-py27h0e003f4_1001 cffi conda-forge/win-64::cffi-1.14.0-py27hcfb25f9_0 cftime conda-forge/win-64::cftime-1.0.4.2-py27h83e69c8_0 chardet conda-forge/win-64::chardet-3.0.4-py27h8c360ce_1006 colander pkgs/main/win-64::colander-1.7.0-py27_0 colorama conda-forge/noarch::colorama-0.4.3-py_0 configparser conda-forge/win-64::configparser-3.7.3-py27h8c360ce_2 contextlib2 conda-forge/noarch::contextlib2-0.6.0.post1-py_0 coverage conda-forge/win-64::coverage-5.0.4-py27h462b5f4_0 cryptography conda-forge/win-64::cryptography-2.5-py27hc64555f_1 curl conda-forge/win-64::curl-7.65.3-h2f83ebf_0 cycler conda-forge/noarch::cycler-0.10.0-py_2 cython conda-forge/win-64::cython-0.25.2-py27_1 decorator conda-forge/noarch::decorator-4.4.2-py_0 defusedxml conda-forge/noarch::defusedxml-0.6.0-py_0 docutils conda-forge/win-64::docutils-0.16-py27h8c360ce_1 entrypoints conda-forge/win-64::entrypoints-0.3-py27h8c360ce_1001 enum34 conda-forge/win-64::enum34-1.1.10-py27h8c360ce_1 freetype conda-forge/win-64::freetype-2.10.1-h4d385ea_0 funcsigs conda-forge/noarch::funcsigs-1.0.2-py_3 functools32 conda-forge/noarch::functools32-3.2.3.2-py_3 futures conda-forge/win-64::futures-3.3.0-py27h8c360ce_1 geojson conda-forge/noarch::geojson-2.5.0-py_0 gitdb2 conda-forge/noarch::gitdb2-2.0.6-py_0 gitpython conda-forge/noarch::gitpython-2.1.11-py_0 gridded conda-forge/win-64::gridded-0.2.5-py27_0 gsw conda-forge/win-64::gsw-3.0.3-py27_0 hdf4 conda-forge/win-64::hdf4-4.2.13-ha32470c_1003 hdf5 conda-forge/win-64::hdf5-1.10.3-h95ae18b_1001 icc_rt pkgs/main/win-64::icc_rt-2019.0.0-h0cc432a_1 icu conda-forge/win-64::icu-58.2-vc9_0 idna conda-forge/noarch::idna-2.10-pyh9f0ad1d_0 imagesize conda-forge/noarch::imagesize-1.2.0-py_0 importlib-metadata conda-forge/win-64::importlib-metadata-1.5.0-py27_0 importlib_metadata conda-forge/noarch::importlib_metadata-1.5.0-1 intel-openmp pkgs/main/win-64::intel-openmp-2020.1-216 ipaddress conda-forge/noarch::ipaddress-1.0.23-py_0 ipykernel conda-forge/win-64::ipykernel-4.10.0-py27_1 ipython conda-forge/win-64::ipython-5.8.0-py27_1 ipython_genutils conda-forge/noarch::ipython_genutils-0.2.0-py_1 ipywidgets conda-forge/noarch::ipywidgets-7.5.1-pyh9f0ad1d_1 iso8601 conda-forge/noarch::iso8601-0.1.13-pyh9f0ad1d_0 jinja2 conda-forge/noarch::jinja2-2.11.2-pyh9f0ad1d_0 jpeg conda-forge/win-64::jpeg-9c-h0c8e037_1001 jsonschema conda-forge/win-64::jsonschema-3.2.0-py27h8c360ce_1 jupyter conda-forge/noarch::jupyter-1.0.0-py_2 jupyter_client conda-forge/win-64::jupyter_client-5.3.4-py27_1 jupyter_console conda-forge/win-64::jupyter_console-5.2.0-py27_1 jupyter_core conda-forge/win-64::jupyter_core-4.6.3-py27h8c360ce_1 kiwisolver conda-forge/win-64::kiwisolver-1.1.0-py27h6c69bd3_1 krb5 conda-forge/win-64::krb5-1.16.3-hb4d044e_1000 libblas conda-forge/win-64::libblas-3.8.0-16_mkl libcblas conda-forge/win-64::libcblas-3.8.0-16_mkl libcurl conda-forge/win-64::libcurl-7.65.3-h2f83ebf_0 libgd NOAA-ORR-ERD/win-64::libgd-2.1.1-3 liblapack conda-forge/win-64::liblapack-3.8.0-16_mkl libnetcdf conda-forge/win-64::libnetcdf-4.6.1-h376332d_1010 libpng conda-forge/win-64::libpng-1.6.37-h7a46e7a_0 libsodium conda-forge/win-64::libsodium-1.0.17-h3cc03e0_0 libssh2 pkgs/main/win-64::libssh2-1.8.0-h77a7533_4 m2w64-gcc-libgfor~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libgfortran-5.3.0-6 m2w64-gcc-libs pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libs-5.3.0-7 m2w64-gcc-libs-co~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libs-core-5.3.0-7 m2w64-gmp pkgs/msys2/win-64::m2w64-gmp-6.1.0-2 m2w64-libwinpthre~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-libwinpthread-git-5.0.0.4634.697f757-2 markupsafe conda-forge/win-64::markupsafe-1.1.1-py27h462b5f4_1 matplotlib conda-forge/win-64::matplotlib-2.2.5-1 matplotlib-base conda-forge/win-64::matplotlib-base-2.2.5-py27h6595424_1 mistune conda-forge/win-64::mistune-0.8.4-py27h462b5f4_1001 mkl pkgs/main/win-64::mkl-2020.1-216 more-itertools conda-forge/noarch::more-itertools-5.0.0-py_0 msys2-conda-epoch pkgs/msys2/win-64::msys2-conda-epoch-20160418-1 nbconvert conda-forge/win-64::nbconvert-5.6.1-py27_0 nbformat conda-forge/noarch::nbformat-4.4.0-py_1 nbsphinx conda-forge/noarch::nbsphinx-0.3.5-py_0 netcdf4 conda-forge/win-64::netcdf4-1.4.1-py27h6bbc3c5_3 nose conda-forge/win-64::nose-1.3.7-py27h8c360ce_1004 notebook conda-forge/win-64::notebook-5.7.8-py27_1 numpy conda-forge/win-64::numpy-1.16.5-py27h0d21db5_0 openssl conda-forge/win-64::openssl-1.0.2u-h0c8e037_0 packaging conda-forge/noarch::packaging-20.4-pyh9f0ad1d_0 pandoc conda-forge/win-64::pandoc-2.11.0.1-hf4a77e7_0 pandocfilters conda-forge/noarch::pandocfilters-1.4.2-py_1 pathlib2 conda-forge/win-64::pathlib2-2.3.5-py27h8c360ce_1 pickleshare conda-forge/win-64::pickleshare-0.7.5-py27h8c360ce_1001 pluggy conda-forge/noarch::pluggy-0.12.0-py_0 progressbar conda-forge/noarch::progressbar-2.5-py_0 prometheus_client conda-forge/noarch::prometheus_client-0.8.0-pyh9f0ad1d_0 prompt_toolkit conda-forge/noarch::prompt_toolkit-1.0.15-py_1 psutil conda-forge/win-64::psutil-5.7.0-py27h462b5f4_1 py conda-forge/noarch::py-1.9.0-pyh9f0ad1d_0 py_gd NOAA-ORR-ERD/win-64::py_gd-0.1.5-py27_0 pycparser conda-forge/noarch::pycparser-2.20-pyh9f0ad1d_2 pygments conda-forge/noarch::pygments-2.5.2-py_0 pynucos conda-forge/noarch::pynucos-2.9.1-pyh9f0ad1d_0 pyopenssl conda-forge/win-64::pyopenssl-19.0.0-py27_0 pyparsing conda-forge/noarch::pyparsing-2.4.7-pyh9f0ad1d_0 pyqt conda-forge/win-64::pyqt-5.6.0-py27h4cbc711_1008 pyrsistent conda-forge/win-64::pyrsistent-0.15.7-py27h462b5f4_1 pyshp conda-forge/noarch::pyshp-1.2.12-py_2 pysocks conda-forge/win-64::pysocks-1.7.1-py27h8c360ce_1 pytest conda-forge/win-64::pytest-4.6.4-py27_0 pytest-cov conda-forge/noarch::pytest-cov-2.10.1-pyh9f0ad1d_0 pytest-timeout conda-forge/noarch::pytest-timeout-1.4.2-pyh9f0ad1d_0 python-dateutil conda-forge/noarch::python-dateutil-2.8.1-py_0 pytz conda-forge/noarch::pytz-2020.1-pyh9f0ad1d_0 pywin32 conda-forge/win-64::pywin32-221-py27_0 pywinpty conda-forge/win-64::pywinpty-0.5.7-py27_0 pyzmq conda-forge/win-64::pyzmq-19.0.0-py27h331c9a6_1 qt pkgs/main/win-64::qt-5.6.2-vc9hc26998b_12 qtconsole conda-forge/noarch::qtconsole-4.7.7-pyh9f0ad1d_0 qtpy conda-forge/noarch::qtpy-1.9.0-py_0 regex conda-forge/win-64::regex-2019.01.24-py27h0c8e037_0 requests conda-forge/noarch::requests-2.24.0-pyh9f0ad1d_0 scandir conda-forge/win-64::scandir-1.10.0-py27h462b5f4_1 scipy pkgs/main/win-64::scipy-1.2.1-py27h4c3ab11_0 send2trash conda-forge/noarch::send2trash-1.5.0-py_0 simplegeneric conda-forge/noarch::simplegeneric-0.8.1-py_1 singledispatch conda-forge/noarch::singledispatch-3.4.0.3-pyh9f0ad1d_1001 sip conda-forge/win-64::sip-4.18.1-py27hc56fc5f_1000 six conda-forge/noarch::six-1.15.0-pyh9f0ad1d_0 smmap conda-forge/noarch::smmap-3.0.4-pyh9f0ad1d_0 smmap2 conda-forge/noarch::smmap2-3.0.1-py_0 snowballstemmer conda-forge/noarch::snowballstemmer-2.0.0-py_0 sphinx conda-forge/win-64::sphinx-1.8.5-py27_0 sphinx_rtd_theme 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conda-forge/win-64::win_inet_pton-1.1.0-py27_0 win_unicode_conso~ conda-forge/win-64::win_unicode_console-0.5-py27_1000 winpty conda-forge/win-64::winpty-0.4.3-4 zeromq conda-forge/win-64::zeromq-4.3.2-h6538335_2 zipp conda-forge/noarch::zipp-1.0.0-py_0 zlib conda-forge/win-64::zlib-1.2.11-h3cc03e0_1006

Proceed ([y]/n)? y

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| 100% singledispatch-3.4.0 | 11 KB |

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############################################################################

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| 100% traitlets-4.3.3 | 128 KB |

############################################################################

| 100% win_inet_pton-1.1.0 | 7 KB |

############################################################################

| 100% alabaster-0.7.12 | 15 KB |

############################################################################

| 100% zlib-1.2.11 | 117 KB |

############################################################################

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############################################################################

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| 100% importlib_metadata-1 | 3 KB |

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| 100% pywin32-221 | 6.0 MB |

############################################################################

| 100% smmap2-3.0.1 | 5 KB |

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############################################################################

| 100% pytz-2020.1 | 227 KB |

############################################################################

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############################################################################

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############################################################################

| 100% mkl-2020.1 | 99.3 MB |

############################################################################

| 100% six-1.15.0 | 14 KB |

############################################################################

| 100% ipywidgets-7.5.1 | 101 KB |

############################################################################

| 100% pyrsistent-0.15.7 | 73 KB |

############################################################################

| 100% pycparser-2.20 | 94 KB |

############################################################################

| 100% ipython_genutils-0.2 | 21 KB |

############################################################################

| 100% pathlib2-2.3.5 | 33 KB |

############################################################################

| 100% brotlipy-0.7.0 | 349 KB |

############################################################################

| 100% bzip2-1.0.8 | 111 KB |

############################################################################

| 100% coverage-5.0.4 | 278 KB |

############################################################################

| 100% colander-1.7.0 | 262 KB |

############################################################################

| 100% pandoc-2.11.0.1 | 18.7 MB |

############################################################################

| 100% pyqt-5.6.0 | 4.2 MB |

############################################################################

| 100% jsonschema-3.2.0 | 105 KB |

############################################################################

| 100% pywinpty-0.5.7 | 45 KB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: | Enabling notebook extension jupyter-js-widgets/extension...

  • Validating: ok

done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary.git Cloning into 'OilLibrary'... remote: Enumerating objects: 160, done. remote: Counting objects: 100% (160/160), done. remote: Compressing objects: 100% (76/76), done. remote: Total 1190 (delta 88), reused 132 (delta 83), pack-reused 1030 Receiving objects: 100% (1190/1190), 4.02 MiB | 2.15 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (723/723), done.

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>cd OilLibrary

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info creating oil_library.egg-info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py OilLibrary database generation failed Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 208, in zip_safe=False, File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools__init__.py",

line 145, in setup return distutils.core.setup(**attrs) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\core.py",

line 151, in setup dist.run_commands() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 953, in run_commands self.run_command(cmd) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py",

line 67, in run self.do_egg_install() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py",

line 109, in do_egg_install self.run_command('bdist_egg') File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py",

line 172, in run cmd = self.call_command('install_lib', warn_dir=0) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py",

line 158, in call_command self.run_command(cmdname) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install_lib.py",

line 11, in run self.build() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\command\install_lib.py",

line 109, in build self.run_command('build_py') File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File "setup.py", line 160, in run init_db() File "setup.py", line 88, in init_db import oil_library.initializedb File "C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library__init__.py", line 12, in from sqlalchemy import create_engine ImportError: No module named sqlalchemy

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • future
  • gitpython
  • numpy[version='>=1.16.*']
  • pathlib
  • pynucos[version='>=2.7.4']
  • pytest[version='>=2.9.2']
  • python=2.7
  • scipy[version='>=0.18.1']
  • sqlalchemy[version='>=1.3.7']
  • zope.sqlalchemy[version='>=1.1']

The following packages will be downloaded:

package build
future-0.18.2 py27h8c360ce_1 746 KB conda-forge
pathlib-1.0.1 py27h8c360ce_2 27 KB conda-forge
sqlalchemy-1.3.13 py27h0c8e037_0 1.7 MB conda-forge
transaction-2.4.0 py_0 36 KB conda-forge
zope-1.0 py27_1 4 KB
zope.interface-4.7.1 py27h0c8e037_0 195 KB
zope.sqlalchemy-1.1 py27_0 169 KB

Total: 2.9 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

future conda-forge/win-64::future-0.18.2-py27h8c360ce_1 pathlib conda-forge/win-64::pathlib-1.0.1-py27h8c360ce_2 sqlalchemy conda-forge/win-64::sqlalchemy-1.3.13-py27h0c8e037_0 transaction conda-forge/noarch::transaction-2.4.0-py_0 zope pkgs/main/win-64::zope-1.0-py27_1 zope.interface pkgs/main/win-64::zope.interface-4.7.1-py27h0c8e037_0 zope.sqlalchemy pkgs/main/win-64::zope.sqlalchemy-1.1-py27_0

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages zope-1.0 | 4 KB |

############################################################################

| 100% transaction-2.4.0 | 36 KB |

############################################################################

| 100% future-0.18.2 | 746 KB |

############################################################################

| 100% zope.interface-4.7.1 | 195 KB |

############################################################################

| 100% pathlib-1.0.1 | 27 KB |

############################################################################

| 100% zope.sqlalchemy-1.1 | 169 KB |

############################################################################

| 100% sqlalchemy-1.3.13 | 1.7 MB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py setting up logger to dump to: DB_build_Log.txt calling initializedb.make_db() Building oil database:, installing to: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library INFO - initializedb - line:42 - Purging old records in database INFO - initializedb - line:49 - finished!!! 0 imported records purged. 0 oil records purged. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLib ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'6', u'2019-05-09', u'adios'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'FUEL OIL NO.2', u'AD00424', 0, '', u'FUEL OIL NO.2', u'Whiticar, S. Bobra, M., Fingas, M., Jokuty, P., Liuzzo, P., Callaghan, S., Ackerman, F., and Coa, J. 1992. A Catalogue of Crude Oil and Oil Product Properties (1992 Edition). Prepared for Environment Canada, EE-144, Ottawa, Ontario. 643pp.', u'1992', 33.7, 244.0, 244.0, u'Refined', None, None, None, 0.418, None, None, None, None, None, None, None, None, None, u'volume', u'Group 3', None, None, None, None, None, None, 0.572, None, None, None, None, None, None, None, None, 1, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'NAPHTHA (SOLVENT)', u'AD00800', 0, '', u'NAPHTHA (SOLVENT)', u'Whiticar, S. Bobra, M., Fingas, M., Jokuty, P., Liuzzo, P., Callaghan, S., Ackerman, F., and Coa, J. 1992. A Catalogue of Crude Oil and Oil Product Properties (1992 Edition). Prepared for Environment Canada, EE-144, Ottawa, Ontario. 643pp.', u'1992', None, None, None, u'Refined', u'Product is colorless.', None, None, None, None, None, None, 311.0, None, 0.045, 293.0, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, None, 280.0, 0, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... ...........WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'FUEL OIL NO.6', u'AD02431', 0, '', u'FUEL OIL NO.6', u'Jokuty, P., Whiticar, S., Wang, Z., Fingas, M., Fieldhouse, B., Lambert, P., Mullen, J. 1999. Properties of Crude Oils and Oil Products. Manuscript Report EE-165, Environmental Protection Service, Environment Canada, Ottawa, Ontario.', u'1999', 12.3, 288.0, 288.0, u'Refined', None, 0.06, 0.12, 0.055, None, None, None, 371.0, 371.0, None, None, None, None, u'weight', u'Group 4', None, None, None, None, None, 0.15, 0.24, 0.024, None, None, 9.0, 42.0, None, None, None, 0, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 1493 rows processed. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLibTest ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'6', u'2017-05-12', u'adios test records'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database .INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 14 rows processed. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLibNorway ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'1', u'2017-04-05', u'adios norway imports'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database ..INFO - initializedb - line:77 - finished!!! 127 rows processed. INFO - init_oil - line:77 - Adding Oil objects... INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00005 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00009

C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\scipy\optimize\minpack.py:787:

OptimizeWarning: Covariance of the parameters could not be estimated category=OptimizeWarning) INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00010 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00017 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00020 INFO - init_oil - line:108 - Begin estimations for AD00024 INFO - init_oil - lin

smrahmanbd commented 4 years ago

Can I get a sample python code that runs an example of PYGNOME with some basic information?

On Fri, Oct 16, 2020 at 9:58 PM Chris Barker notifications@github.com wrote:

Anaconda Navigator should support using multiple environments, -- I think you can install Spyder into the gnome environment and use it there. Or there may be a way to tell Spyder what environment to run it.

But that's a question for the Anaconda / Spyder folks.

-CHB

On Fri, Oct 16, 2020 at 11:53 AM Syed Masiur Rahman < notifications@github.com> wrote:

Now, I would like to run the pygnome. But the Anaconda Navigator is not working. If I work with spyder, what should I do? How can I bring the conda gnome environment in spyder?

On Fri, Oct 16, 2020 at 9:41 PM Chris Barker notifications@github.com wrote:

That all looks good to me -- the WARNINGS in bundling the database are expected.

Is the system working for you now?

-CHB

On Fri, Oct 16, 2020 at 11:35 AM Syed Masiur Rahman < notifications@github.com> wrote:

Dear Sir: Please find attached the file which shows the problems in testing. Please kindly help me to solve this problem. If you need any further details, please let me know. With best regards. Syed Masiur Rahman

On Thu, Oct 15, 2020 at 10:28 PM Chris Barker < notifications@github.com> wrote:

Here is the OP's screen shot: [image: image] <

https://user-images.githubusercontent.com/916576/96176575-67fd0e00-0ee1-11eb-87dd-f3786863e458.png

I can't tell from that screenshot what went wrong, but a few ideas:

  1. make sure you have the dependencies installed:

conda install --file conda_requirements.txt

If it stiil doesn' twork, you can post the results of:

conda list

Also: try installing it in "develop" mode:

python setup.py develop

We usually use that mode in development, so it's better tested.

Please do report how it works out.

-CHB

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <

https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary/issues/23#issuecomment-709543241

, or unsubscribe <

https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACOBTVJZR6SXVTOQIB7VVHLSK5EMJANCNFSM4SSLV2HA

.

-- Thank you. Sincerely, Syed

Syed Masiur Rahman PhD Research Engineer-III Center for Environment & Water, Research Institute King Fahd University of Petroleum & Minerals P. O. Box 713, Dhahran 31261 Saudi Arabia

(base) C:>cd users\smrahman

(base) C:\Users\smrahman>conda update conda Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

All requested packages already installed.

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels NOAA-ORR-ERD

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels conda-forge

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels --add channels 'defaults' # lowest priority --add channels 'NOAA-ORR-ERD' --add channels 'conda-forge' # highest priority

(base) C:\Users\smrahman>conda create --name gnome python=2 Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • python=2

The following packages will be downloaded:

package build
certifi-2019.11.28 py27h8c360ce_1 149 KB conda-forge
pip-20.1.1 pyh9f0ad1d_0 1.1 MB conda-forge
python-2.7.15 h2880e7c_1011_cpython 20.3 MB conda-forge
python_abi-2.7 1_cp27m 4 KB conda-forge
setuptools-44.0.0 py27_0 665 KB conda-forge
vs2008_runtime-9.0.30729.6161 0 1.0 MB conda-forge
wheel-0.35.1 pyh9f0ad1d_0 29 KB conda-forge
wincertstore-0.2 py27_1003 13 KB conda-forge

Total: 23.2 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

certifi conda-forge/win-64::certifi-2019.11.28-py27h8c360ce_1 pip conda-forge/noarch::pip-20.1.1-pyh9f0ad1d_0 python conda-forge/win-64::python-2.7.15-h2880e7c_1011_cpython python_abi conda-forge/win-64::python_abi-2.7-1_cp27m setuptools conda-forge/win-64::setuptools-44.0.0-py27_0 vc pkgs/main/win-64::vc-9-h7299396_1 vs2008_runtime conda-forge/win-64::vs2008_runtime-9.0.30729.6161-0 wheel conda-forge/noarch::wheel-0.35.1-pyh9f0ad1d_0 wincertstore conda-forge/win-64::wincertstore-0.2-py27_1003

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages setuptools-44.0.0 | 665 KB |

############################################################################

| 100% python-2.7.15 | 20.3 MB |

############################################################################

| 100% vs2008_runtime-9.0.3 | 1.0 MB |

############################################################################

| 100% certifi-2019.11.28 | 149 KB |

############################################################################

| 100% wheel-0.35.1 | 29 KB |

############################################################################

| 100% python_abi-2.7 | 4 KB |

############################################################################

| 100% pip-20.1.1 | 1.1 MB |

############################################################################

| 100% wincertstore-0.2 | 13 KB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done #

To activate this environment, use

#

$ conda activate gnome

#

To deactivate an active environment, use

#

$ conda deactivate

(base) C:\Users\smrahman>conda activate gnome

(gnome) C:\Users\smrahman>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/PyGnome Cloning into 'PyGnome'... remote: Enumerating objects: 1743, done. remote: Counting objects: 100% (1743/1743), done. remote: Compressing objects: 100% (832/832), done. remote: Total 60118 (delta 1134), reused 1263 (delta 872), pack-reused 58375 Receiving objects: 100% (60118/60118), 145.48 MiB | 2.25 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (45148/45148), done. Updating files: 100% (1904/1904), done.

(gnome) C:\Users\smrahman>cd PyGnome

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • cell_tree2d[version='>=0.3.*']
  • cftime=1.0
  • colander[version='>=1.4']
  • cython=0.25
  • geojson[version='>=1.3']
  • gitpython
  • gridded==0.2.5
  • gsw==3.0.3
  • ipython
  • jupyter
  • libnetcdf==4.6.1
  • matplotlib
  • nbsphinx=0.3
  • netcdf4==1.4.1
  • numpy=1.16
  • progressbar[version='>=2.3']
  • psutil[version='>=4.3']
  • py_gd=0.1
  • pynucos[version='>=2.8.*']
  • pyshp==1.2.12
  • pytest
  • pytest-cov
  • pytest-timeout
  • python=2.7
  • pyzmq[version='>=16']
  • regex
  • scipy[version='>=0.18.*']
  • setuptools[version='>=23.0']
  • six[version='>=1.10']
  • sphinx
  • sphinx_rtd_theme
  • tblib[version='>=1.3.*']
  • testfixtures
  • unidecode[version='>=0.04.19']

The following packages will be downloaded:

package build
alabaster-0.7.12 py_0 15 KB conda-forge
asn1crypto-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 78 KB conda-forge
atomicwrites-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 10 KB conda-forge
attrs-20.2.0 pyh9f0ad1d_0 41 KB conda-forge
awesome-slugify-1.6.5 py_5 11 KB conda-forge
babel-2.8.0 py_0 6.0 MB conda-forge
backports-1.0 py_2 4 KB conda-forge
backports.functools_lru_cache-1.6.1 py_0 8 KB conda-forge
backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0 py_3 7 KB conda-forge
backports.shutil_which-3.5.2 py_0 6 KB conda-forge
backports_abc-0.5 py_1 5 KB conda-forge
bleach-3.2.1 pyh9f0ad1d_0 111 KB conda-forge
brotlipy-0.7.0 py27h0c8e037_1000 349 KB conda-forge
bzip2-1.0.8 h0c8e037_2 111 KB conda-forge
ca-certificates-2020.6.20 hecda079_0 184 KB conda-forge
cell_tree2d-0.3.0 py27h0e003f4_1001 64 KB conda-forge
cffi-1.14.0 py27hcfb25f9_0 214 KB conda-forge
cftime-1.0.4.2 py27h83e69c8_0 224 KB conda-forge
chardet-3.0.4 py27h8c360ce_1006 193 KB conda-forge
colander-1.7.0 py27_0 262 KB
colorama-0.4.3 py_0 17 KB conda-forge
configparser-3.7.3 py27h8c360ce_2 36 KB conda-forge
contextlib2-0.6.0.post1 py_0 12 KB conda-forge
coverage-5.0.4 py27h462b5f4_0 278 KB conda-forge
cryptography-2.5 py27hc64555f_1 547 KB conda-forge
curl-7.65.3 h2f83ebf_0 111 KB conda-forge
cycler-0.10.0 py_2 9 KB conda-forge
cython-0.25.2 py27_1 2.2 MB conda-forge
decorator-4.4.2 py_0 11 KB conda-forge
defusedxml-0.6.0 py_0 22 KB conda-forge
docutils-0.16 py27h8c360ce_1 742 KB conda-forge
entrypoints-0.3 py27h8c360ce_1001 14 KB conda-forge
enum34-1.1.10 py27h8c360ce_1 49 KB conda-forge
freetype-2.10.1 h4d385ea_0 927 KB conda-forge
funcsigs-1.0.2 py_3 14 KB conda-forge
functools32-3.2.3.2 py_3 15 KB conda-forge
futures-3.3.0 py27h8c360ce_1 25 KB conda-forge
geojson-2.5.0 py_0 15 KB conda-forge
gitdb2-2.0.6 py_0 46 KB conda-forge
gitpython-2.1.11 py_0 335 KB conda-forge
gridded-0.2.5 py27_0 281 KB conda-forge
gsw-3.0.3 py27_0 2.7 MB conda-forge
hdf4-4.2.13 ha32470c_1003 1014 KB conda-forge
hdf5-1.10.3 h95ae18b_1001 18.4 MB conda-forge
icu-58.2 vc9_0 21.9 MB conda-forge
idna-2.10 pyh9f0ad1d_0 52 KB conda-forge
imagesize-1.2.0 py_0 8 KB conda-forge
importlib-metadata-1.5.0 py27_0 41 KB conda-forge
importlib_metadata-1.5.0 1 3 KB conda-forge
intel-openmp-2020.1 216 1.6 MB
ipaddress-1.0.23 py_0 19 KB conda-forge
ipykernel-4.10.0 py27_1 162 KB conda-forge
ipython-5.8.0 py27_1 1.1 MB conda-forge
ipython_genutils-0.2.0 py_1 21 KB conda-forge
ipywidgets-7.5.1 pyh9f0ad1d_1 101 KB conda-forge
iso8601-0.1.13 pyh9f0ad1d_0 12 KB conda-forge
jinja2-2.11.2 pyh9f0ad1d_0 93 KB conda-forge
jpeg-9c h0c8e037_1001 307 KB conda-forge
jsonschema-3.2.0 py27h8c360ce_1 105 KB conda-forge
jupyter-1.0.0 py_2 4 KB conda-forge
jupyter_client-5.3.4 py27_1 152 KB conda-forge
jupyter_console-5.2.0 py27_1 51 KB conda-forge
jupyter_core-4.6.3 py27h8c360ce_1 94 KB conda-forge
kiwisolver-1.1.0 py27h6c69bd3_1 67 KB conda-forge
krb5-1.16.3 hb4d044e_1000 812 KB conda-forge
libblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libcblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libcurl-7.65.3 h2f83ebf_0 266 KB conda-forge
libgd-2.1.1 3 744 KB NOAA-ORR-ERD
liblapack-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libnetcdf-4.6.1 h376332d_1010 567 KB conda-forge
libpng-1.6.37 h7a46e7a_0 489 KB conda-forge
libsodium-1.0.17 h3cc03e0_0 455 KB conda-forge
markupsafe-1.1.1 py27h462b5f4_1 26 KB conda-forge
matplotlib-2.2.5 1 6 KB conda-forge
matplotlib-base-2.2.5 py27h6595424_1 6.5 MB conda-forge
mistune-0.8.4 py27h462b5f4_1001 53 KB conda-forge
mkl-2020.1 216 99.3 MB
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nbformat-4.4.0 py_1 91 KB conda-forge
nbsphinx-0.3.5 py_0 18 KB conda-forge
netcdf4-1.4.1 py27h6bbc3c5_3 381 KB conda-forge
nose-1.3.7 py27h8c360ce_1004 240 KB conda-forge
notebook-5.7.8 py27_1 7.2 MB conda-forge
numpy-1.16.5 py27h0d21db5_0 3.9 MB conda-forge
openssl-1.0.2u h0c8e037_0 4.7 MB conda-forge
packaging-20.4 pyh9f0ad1d_0 32 KB conda-forge
pandoc-2.11.0.1 hf4a77e7_0 18.7 MB conda-forge
pandocfilters-1.4.2 py_1 9 KB conda-forge
pathlib2-2.3.5 py27h8c360ce_1 33 KB conda-forge
pickleshare-0.7.5 py27h8c360ce_1001 12 KB conda-forge
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progressbar-2.5 py_0 12 KB conda-forge
prometheus_client-0.8.0 pyh9f0ad1d_0 44 KB conda-forge
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py_gd-0.1.5 py27_0 130 KB NOAA-ORR-ERD
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zeromq-4.3.2 h6538335_2 10.0 MB conda-forge
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zlib-1.2.11 h3cc03e0_1006 117 KB conda-forge

Total: 254.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

alabaster conda-forge/noarch::alabaster-0.7.12-py_0 asn1crypto conda-forge/noarch::asn1crypto-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 atomicwrites conda-forge/noarch::atomicwrites-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 attrs conda-forge/noarch::attrs-20.2.0-pyh9f0ad1d_0 awesome-slugify conda-forge/noarch::awesome-slugify-1.6.5-py_5 babel conda-forge/noarch::babel-2.8.0-py_0 backports conda-forge/noarch::backports-1.0-py_2 backports.functoo~ conda-forge/noarch::backports.functools_lru_cache-1.6.1-py0 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py3 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_which-3.5.2-py_0 backports_abc conda-forge/noarch::backports_abc-0.5-py_1 blas pkgs/main/win-64::blas-1.0-mkl bleach conda-forge/noarch::bleach-3.2.1-pyh9f0ad1d_0 brotlipy conda-forge/win-64::brotlipy-0.7.0-py27h0c8e037_1000 bzip2 conda-forge/win-64::bzip2-1.0.8-h0c8e037_2 ca-certificates conda-forge/win-64::ca-certificates-2020.6.20-hecda079_0 cell_tree2d conda-forge/win-64::cell_tree2d-0.3.0-py27h0e003f4_1001 cffi conda-forge/win-64::cffi-1.14.0-py27hcfb25f9_0 cftime conda-forge/win-64::cftime-1.0.4.2-py27h83e69c8_0 chardet conda-forge/win-64::chardet-3.0.4-py27h8c360ce_1006 colander pkgs/main/win-64::colander-1.7.0-py27_0 colorama conda-forge/noarch::colorama-0.4.3-py_0 configparser conda-forge/win-64::configparser-3.7.3-py27h8c360ce_2 contextlib2 conda-forge/noarch::contextlib2-0.6.0.post1-py_0 coverage conda-forge/win-64::coverage-5.0.4-py27h462b5f4_0 cryptography conda-forge/win-64::cryptography-2.5-py27hc64555f_1 curl conda-forge/win-64::curl-7.65.3-h2f83ebf_0 cycler conda-forge/noarch::cycler-0.10.0-py_2 cython conda-forge/win-64::cython-0.25.2-py27_1 decorator conda-forge/noarch::decorator-4.4.2-py_0 defusedxml conda-forge/noarch::defusedxml-0.6.0-py_0 docutils conda-forge/win-64::docutils-0.16-py27h8c360ce_1 entrypoints conda-forge/win-64::entrypoints-0.3-py27h8c360ce_1001 enum34 conda-forge/win-64::enum34-1.1.10-py27h8c360ce_1 freetype conda-forge/win-64::freetype-2.10.1-h4d385ea_0 funcsigs conda-forge/noarch::funcsigs-1.0.2-py_3 functools32 conda-forge/noarch::functools32-3.2.3.2-py_3 futures conda-forge/win-64::futures-3.3.0-py27h8c360ce_1 geojson conda-forge/noarch::geojson-2.5.0-py_0 gitdb2 conda-forge/noarch::gitdb2-2.0.6-py_0 gitpython conda-forge/noarch::gitpython-2.1.11-py_0 gridded conda-forge/win-64::gridded-0.2.5-py27_0 gsw conda-forge/win-64::gsw-3.0.3-py27_0 hdf4 conda-forge/win-64::hdf4-4.2.13-ha32470c_1003 hdf5 conda-forge/win-64::hdf5-1.10.3-h95ae18b_1001 icc_rt pkgs/main/win-64::icc_rt-2019.0.0-h0cc432a_1 icu conda-forge/win-64::icu-58.2-vc9_0 idna conda-forge/noarch::idna-2.10-pyh9f0ad1d_0 imagesize conda-forge/noarch::imagesize-1.2.0-py_0 importlib-metadata conda-forge/win-64::importlib-metadata-1.5.0-py27_0 importlib_metadata conda-forge/noarch::importlib_metadata-1.5.0-1 intel-openmp pkgs/main/win-64::intel-openmp-2020.1-216 ipaddress conda-forge/noarch::ipaddress-1.0.23-py_0 ipykernel 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Proceed ([y]/n)? y

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| 100% imagesize-1.2.0 | 8 KB |

############################################################################

| 100% pluggy-0.12.0 | 18 KB |

############################################################################

| 100% psutil-5.7.0 | 336 KB |

############################################################################

| 100% awesome-slugify-1.6. | 11 KB |

############################################################################

| 100% typing-3.7.4.1 | 46 KB |

############################################################################

| 100% libpng-1.6.37 | 489 KB |

############################################################################

| 100% packaging-20.4 | 32 KB |

############################################################################

| 100% zipp-1.0.0 | 7 KB |

############################################################################

| 100% tk-8.6.10 | 3.0 MB |

############################################################################

| 100% bleach-3.2.1 | 111 KB |

############################################################################

| 100% atomicwrites-1.4.0 | 10 KB |

############################################################################

| 100% futures-3.3.0 | 25 KB |

############################################################################

| 100% gitpython-2.1.11 | 335 KB |

############################################################################

| 100% matplotlib-2.2.5 | 6 KB |

############################################################################

| 100% intel-openmp-2020.1 | 1.6 MB |

############################################################################

| 100% sqlite-3.30.1 | 1.1 MB |

############################################################################

| 100% terminado-0.8.3 | 22 KB |

############################################################################

| 100% pandocfilters-1.4.2 | 9 KB |

############################################################################

| 100% jinja2-2.11.2 | 93 KB |

############################################################################

| 100% nbformat-4.4.0 | 91 KB |

############################################################################

| 100% libblas-3.8.0 | 3.6 MB |

############################################################################

| 100% hdf4-4.2.13 | 1014 KB |

############################################################################

| 100% tornado-5.1.1 | 640 KB |

############################################################################

| 100% pyzmq-19.0.0 | 414 KB |

############################################################################

| 100% webencodings-0.5.1 | 12 KB |

############################################################################

| 100% libcblas-3.8.0 | 3.6 MB |

############################################################################

| 100% regex-2019.01.24 | 326 KB |

############################################################################

| 100% pytest-cov-2.10.1 | 20 KB |

############################################################################

| 100% ipython-5.8.0 | 1.1 MB |

############################################################################

| 100% libgd-2.1.1 | 744 KB |

############################################################################

| 100% numpy-1.16.5 | 3.9 MB |

############################################################################

| 100% snowballstemmer-2.0. | 55 KB |

############################################################################

| 100% sphinx_rtd_theme-0.5 | 2.7 MB |

############################################################################

| 100% prometheus_client-0. | 44 KB |

############################################################################

| 100% kiwisolver-1.1.0 | 67 KB |

############################################################################

| 100% nbsphinx-0.3.5 | 18 KB |

############################################################################

| 100% urllib3-1.25.10 | 92 KB |

############################################################################

| 100% cycler-0.10.0 | 9 KB |

############################################################################

| 100% jupyter_core-4.6.3 | 94 KB |

############################################################################

| 100% qtconsole-4.7.7 | 88 KB |

############################################################################

| 100% pysocks-1.7.1 | 26 KB |

############################################################################

| 100% pyshp-1.2.12 | 22 KB |

############################################################################

| 100% iso8601-0.1.13 | 12 KB |

############################################################################

| 100% chardet-3.0.4 | 193 KB |

############################################################################

| 100% configparser-3.7.3 | 36 KB |

############################################################################

| 100% prompt_toolkit-1.0.1 | 154 KB |

############################################################################

| 100% scandir-1.10.0 | 29 KB |

############################################################################

| 100% simplegeneric-0.8.1 | 7 KB |

############################################################################

| 100% enum34-1.1.10 | 49 KB |

############################################################################

| 100% backports.shutil_whi | 6 KB |

############################################################################

| 100% backports.functools_ | 8 KB |

############################################################################

| 100% nose-1.3.7 | 240 KB |

############################################################################

| 100% unidecode-1.1.1 | 157 KB |

############################################################################

| 100% curl-7.65.3 | 111 KB |

############################################################################

| 100% gsw-3.0.3 | 2.7 MB |

############################################################################

| 100% freetype-2.10.1 | 927 KB |

############################################################################

| 100% liblapack-3.8.0 | 3.6 MB |

############################################################################

| 100% docutils-0.16 | 742 KB |

############################################################################

| 100% python-dateutil-2.8. | 220 KB |

############################################################################

| 100% singledispatch-3.4.0 | 11 KB |

############################################################################

| 100% backports.shutil_get | 7 KB |

############################################################################

| 100% openssl-1.0.2u | 4.7 MB |

############################################################################

| 100% sip-4.18.1 | 263 KB |

############################################################################

| 100% pygments-2.5.2 | 669 KB |

############################################################################

| 100% ca-certificates-2020 | 184 KB |

############################################################################

| 100% tblib-1.6.0 | 14 KB |

############################################################################

| 100% winpty-0.4.3 | 1.1 MB |

############################################################################

| 100% functools32-3.2.3.2 | 15 KB |

############################################################################

| 100% traitlets-4.3.3 | 128 KB |

############################################################################

| 100% win_inet_pton-1.1.0 | 7 KB |

############################################################################

| 100% alabaster-0.7.12 | 15 KB |

############################################################################

| 100% zlib-1.2.11 | 117 KB |

############################################################################

| 100% importlib-metadata-1 | 41 KB |

############################################################################

| 100% pyopenssl-19.0.0 | 79 KB |

############################################################################

| 100% requests-2.24.0 | 47 KB |

############################################################################

| 100% importlib_metadata-1 | 3 KB |

############################################################################

| 100% pywin32-221 | 6.0 MB |

############################################################################

| 100% smmap2-3.0.1 | 5 KB |

############################################################################

| 100% jpeg-9c | 307 KB |

############################################################################

| 100% cryptography-2.5 | 547 KB |

############################################################################

| 100% colorama-0.4.3 | 17 KB |

############################################################################

| 100% pickleshare-0.7.5 | 12 KB |

############################################################################

| 100% hdf5-1.10.3 | 18.4 MB |

############################################################################

| 100% sphinx-1.8.5 | 1.9 MB |

############################################################################

| 100% gridded-0.2.5 | 281 KB |

############################################################################

| 100% gitdb2-2.0.6 | 46 KB |

############################################################################

| 100% backports-1.0 | 4 KB |

############################################################################

| 100% defusedxml-0.6.0 | 22 KB |

############################################################################

| 100% smmap-3.0.4 | 22 KB |

############################################################################

| 100% pytz-2020.1 | 227 KB |

############################################################################

| 100% icu-58.2 | 21.9 MB |

############################################################################

| 100% funcsigs-1.0.2 | 14 KB |

############################################################################

| 100% mkl-2020.1 | 99.3 MB |

############################################################################

| 100% six-1.15.0 | 14 KB |

############################################################################

| 100% ipywidgets-7.5.1 | 101 KB |

############################################################################

| 100% pyrsistent-0.15.7 | 73 KB |

############################################################################

| 100% pycparser-2.20 | 94 KB |

############################################################################

| 100% ipython_genutils-0.2 | 21 KB |

############################################################################

| 100% pathlib2-2.3.5 | 33 KB |

############################################################################

| 100% brotlipy-0.7.0 | 349 KB |

############################################################################

| 100% bzip2-1.0.8 | 111 KB |

############################################################################

| 100% coverage-5.0.4 | 278 KB |

############################################################################

| 100% colander-1.7.0 | 262 KB |

############################################################################

| 100% pandoc-2.11.0.1 | 18.7 MB |

############################################################################

| 100% pyqt-5.6.0 | 4.2 MB |

############################################################################

| 100% jsonschema-3.2.0 | 105 KB |

############################################################################

| 100% pywinpty-0.5.7 | 45 KB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: | Enabling notebook extension jupyter-js-widgets/extension...

  • Validating: ok

done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary.git Cloning into 'OilLibrary'... remote: Enumerating objects: 160, done. remote: Counting objects: 100% (160/160), done. remote: Compressing objects: 100% (76/76), done. remote: Total 1190 (delta 88), reused 132 (delta 83), pack-reused 1030 Receiving objects: 100% (1190/1190), 4.02 MiB | 2.15 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (723/723), done.

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>cd OilLibrary

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info creating oil_library.egg-info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py OilLibrary database generation failed Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 208, in zip_safe=False, File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools__init__.py",

line 145, in setup return distutils.core.setup(**attrs) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\core.py",

line 151, in setup dist.run_commands() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 953, in run_commands self.run_command(cmd) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py",

line 67, in run self.do_egg_install() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py",

line 109, in do_egg_install self.run_command('bdist_egg') File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py",

line 172, in run cmd = self.call_command('install_lib', warn_dir=0) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py",

line 158, in call_command self.run_command(cmdname) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install_lib.py",

line 11, in run self.build() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\command\install_lib.py",

line 109, in build self.run_command('build_py') File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File "setup.py", line 160, in run init_db() File "setup.py", line 88, in init_db import oil_library.initializedb File "C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library__init__.py", line 12, in from sqlalchemy import create_engine ImportError: No module named sqlalchemy

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • future
  • gitpython
  • numpy[version='>=1.16.*']
  • pathlib
  • pynucos[version='>=2.7.4']
  • pytest[version='>=2.9.2']
  • python=2.7
  • scipy[version='>=0.18.1']
  • sqlalchemy[version='>=1.3.7']
  • zope.sqlalchemy[version='>=1.1']

The following packages will be downloaded:

package build
future-0.18.2 py27h8c360ce_1 746 KB conda-forge
pathlib-1.0.1 py27h8c360ce_2 27 KB conda-forge
sqlalchemy-1.3.13 py27h0c8e037_0 1.7 MB conda-forge
transaction-2.4.0 py_0 36 KB conda-forge
zope-1.0 py27_1 4 KB
zope.interface-4.7.1 py27h0c8e037_0 195 KB
zope.sqlalchemy-1.1 py27_0 169 KB

Total: 2.9 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

future conda-forge/win-64::future-0.18.2-py27h8c360ce_1 pathlib conda-forge/win-64::pathlib-1.0.1-py27h8c360ce_2 sqlalchemy conda-forge/win-64::sqlalchemy-1.3.13-py27h0c8e037_0 transaction conda-forge/noarch::transaction-2.4.0-py_0 zope pkgs/main/win-64::zope-1.0-py27_1 zope.interface pkgs/main/win-64::zope.interface-4.7.1-py27h0c8e037_0 zope.sqlalchemy pkgs/main/win-64::zope.sqlalchemy-1.1-py27_0

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages zope-1.0 | 4 KB |

############################################################################

| 100% transaction-2.4.0 | 36 KB |

############################################################################

| 100% future-0.18.2 | 746 KB |

############################################################################

| 100% zope.interface-4.7.1 | 195 KB |

############################################################################

| 100% pathlib-1.0.1 | 27 KB |

############################################################################

| 100% zope.sqlalchemy-1.1 | 169 KB |

############################################################################

| 100% sqlalchemy-1.3.13 | 1.7 MB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py setting up logger to dump to: DB_build_Log.txt calling initializedb.make_db() Building oil database:, installing to: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library INFO - initializedb - line:42 - Purging old records in database INFO - initializedb - line:49 - finished!!! 0 imported records purged. 0 oil records purged. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLib ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'6', u'2019-05-09', u'adios'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'FUEL OIL NO.2', u'AD00424', 0, '', u'FUEL OIL NO.2', u'Whiticar, S. Bobra, M., Fingas, M., Jokuty, P., Liuzzo, P., Callaghan, S., Ackerman, F., and Coa, J. 1992. A Catalogue of Crude Oil and Oil Product Properties (1992 Edition). Prepared for Environment Canada, EE-144, Ottawa, Ontario. 643pp.', u'1992', 33.7, 244.0, 244.0, u'Refined', None, None, None, 0.418, None, None, None, None, None, None, None, None, None, u'volume', u'Group 3', None, None, None, None, None, None, 0.572, None, None, None, None, None, None, None, None, 1, 2.02e-06)] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/gkpj) INFO - initializedb - line:66 - rolling back... INFO - initializedb - line:69 - continuing... ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seawater_interfacial_tension_ref_temp_k, cut_units, oil_class, adhesion, benzene, naphthenes, paraffins, polars, resins, saturates, sulphur, reid_vapor_pressure, viscosity_multiplier, nickel, vanadium, conrandson_residuum, conrandson_crude, dispersability_temp_k, preferred_oils, k0y) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)] [parameters: (u'NAPHTHA (SOLVENT)', u'AD00800', 0, '', u'NAPHTHA (SOLVENT)', u'Whiticar, S. Bobra, M., Fingas, M., Jokuty, P., Liuzzo, P., Callaghan, S., Ackerman, F., and Coa, J.

smrahmanbd commented 4 years ago

Please find below the error I was getting.

from gnome.model import Model

from datetime import datetime, timedelta

start_time = datetime(2015, 1, 1, 0, 0)

model = Model(start_time=start_time,

          duration=timedelta(days=3),

          time_step=60 * 15, #seconds

          )

---------------------------------------------------------------------------ImportError Traceback (most recent call last) in ()----> 1 from gnome.model import Model 2 from datetime import datetime, timedelta 3 start_time = datetime(2015, 1, 1, 0, 0) 4 model = Model(start_time=start_time, 5 duration=timedelta(days=3), ImportError: No module named gnome.model

On Sat, Oct 17, 2020 at 12:40 PM Syed smrahman.bd@gmail.com wrote:

Can I get a sample python code that runs an example of PYGNOME with some basic information?

On Fri, Oct 16, 2020 at 9:58 PM Chris Barker notifications@github.com wrote:

Anaconda Navigator should support using multiple environments, -- I think you can install Spyder into the gnome environment and use it there. Or there may be a way to tell Spyder what environment to run it.

But that's a question for the Anaconda / Spyder folks.

-CHB

On Fri, Oct 16, 2020 at 11:53 AM Syed Masiur Rahman < notifications@github.com> wrote:

Now, I would like to run the pygnome. But the Anaconda Navigator is not working. If I work with spyder, what should I do? How can I bring the conda gnome environment in spyder?

On Fri, Oct 16, 2020 at 9:41 PM Chris Barker notifications@github.com wrote:

That all looks good to me -- the WARNINGS in bundling the database are expected.

Is the system working for you now?

-CHB

On Fri, Oct 16, 2020 at 11:35 AM Syed Masiur Rahman < notifications@github.com> wrote:

Dear Sir: Please find attached the file which shows the problems in testing. Please kindly help me to solve this problem. If you need any further details, please let me know. With best regards. Syed Masiur Rahman

On Thu, Oct 15, 2020 at 10:28 PM Chris Barker < notifications@github.com> wrote:

Here is the OP's screen shot: [image: image] <

https://user-images.githubusercontent.com/916576/96176575-67fd0e00-0ee1-11eb-87dd-f3786863e458.png

I can't tell from that screenshot what went wrong, but a few ideas:

  1. make sure you have the dependencies installed:

conda install --file conda_requirements.txt

If it stiil doesn' twork, you can post the results of:

conda list

Also: try installing it in "develop" mode:

python setup.py develop

We usually use that mode in development, so it's better tested.

Please do report how it works out.

-CHB

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <

https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary/issues/23#issuecomment-709543241

, or unsubscribe <

https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACOBTVJZR6SXVTOQIB7VVHLSK5EMJANCNFSM4SSLV2HA

.

-- Thank you. Sincerely, Syed

Syed Masiur Rahman PhD Research Engineer-III Center for Environment & Water, Research Institute King Fahd University of Petroleum & Minerals P. O. Box 713, Dhahran 31261 Saudi Arabia

(base) C:>cd users\smrahman

(base) C:\Users\smrahman>conda update conda Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

All requested packages already installed.

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels NOAA-ORR-ERD

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels conda-forge

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels --add channels 'defaults' # lowest priority --add channels 'NOAA-ORR-ERD' --add channels 'conda-forge' # highest priority

(base) C:\Users\smrahman>conda create --name gnome python=2 Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • python=2

The following packages will be downloaded:

package build
certifi-2019.11.28 py27h8c360ce_1 149 KB conda-forge
pip-20.1.1 pyh9f0ad1d_0 1.1 MB conda-forge
python-2.7.15 h2880e7c_1011_cpython 20.3 MB conda-forge
python_abi-2.7 1_cp27m 4 KB conda-forge
setuptools-44.0.0 py27_0 665 KB conda-forge
vs2008_runtime-9.0.30729.6161 0 1.0 MB conda-forge
wheel-0.35.1 pyh9f0ad1d_0 29 KB conda-forge
wincertstore-0.2 py27_1003 13 KB conda-forge

Total: 23.2 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

certifi conda-forge/win-64::certifi-2019.11.28-py27h8c360ce_1 pip conda-forge/noarch::pip-20.1.1-pyh9f0ad1d_0 python conda-forge/win-64::python-2.7.15-h2880e7c_1011_cpython python_abi conda-forge/win-64::python_abi-2.7-1_cp27m setuptools conda-forge/win-64::setuptools-44.0.0-py27_0 vc pkgs/main/win-64::vc-9-h7299396_1 vs2008_runtime conda-forge/win-64::vs2008_runtime-9.0.30729.6161-0 wheel conda-forge/noarch::wheel-0.35.1-pyh9f0ad1d_0 wincertstore conda-forge/win-64::wincertstore-0.2-py27_1003

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages setuptools-44.0.0 | 665 KB |

############################################################################

| 100% python-2.7.15 | 20.3 MB |

############################################################################

| 100% vs2008_runtime-9.0.3 | 1.0 MB |

############################################################################

| 100% certifi-2019.11.28 | 149 KB |

############################################################################

| 100% wheel-0.35.1 | 29 KB |

############################################################################

| 100% python_abi-2.7 | 4 KB |

############################################################################

| 100% pip-20.1.1 | 1.1 MB |

############################################################################

| 100% wincertstore-0.2 | 13 KB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done #

To activate this environment, use

#

$ conda activate gnome

#

To deactivate an active environment, use

#

$ conda deactivate

(base) C:\Users\smrahman>conda activate gnome

(gnome) C:\Users\smrahman>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/PyGnome Cloning into 'PyGnome'... remote: Enumerating objects: 1743, done. remote: Counting objects: 100% (1743/1743), done. remote: Compressing objects: 100% (832/832), done. remote: Total 60118 (delta 1134), reused 1263 (delta 872), pack-reused 58375 Receiving objects: 100% (60118/60118), 145.48 MiB | 2.25 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (45148/45148), done. Updating files: 100% (1904/1904), done.

(gnome) C:\Users\smrahman>cd PyGnome

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • cell_tree2d[version='>=0.3.*']
  • cftime=1.0
  • colander[version='>=1.4']
  • cython=0.25
  • geojson[version='>=1.3']
  • gitpython
  • gridded==0.2.5
  • gsw==3.0.3
  • ipython
  • jupyter
  • libnetcdf==4.6.1
  • matplotlib
  • nbsphinx=0.3
  • netcdf4==1.4.1
  • numpy=1.16
  • progressbar[version='>=2.3']
  • psutil[version='>=4.3']
  • py_gd=0.1
  • pynucos[version='>=2.8.*']
  • pyshp==1.2.12
  • pytest
  • pytest-cov
  • pytest-timeout
  • python=2.7
  • pyzmq[version='>=16']
  • regex
  • scipy[version='>=0.18.*']
  • setuptools[version='>=23.0']
  • six[version='>=1.10']
  • sphinx
  • sphinx_rtd_theme
  • tblib[version='>=1.3.*']
  • testfixtures
  • unidecode[version='>=0.04.19']

The following packages will be downloaded:

package build
alabaster-0.7.12 py_0 15 KB conda-forge
asn1crypto-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 78 KB conda-forge
atomicwrites-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 10 KB conda-forge
attrs-20.2.0 pyh9f0ad1d_0 41 KB conda-forge
awesome-slugify-1.6.5 py_5 11 KB conda-forge
babel-2.8.0 py_0 6.0 MB conda-forge
backports-1.0 py_2 4 KB conda-forge
backports.functools_lru_cache-1.6.1 py_0 8 KB conda-forge
backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0 py_3 7 KB conda-forge
backports.shutil_which-3.5.2 py_0 6 KB conda-forge
backports_abc-0.5 py_1 5 KB conda-forge
bleach-3.2.1 pyh9f0ad1d_0 111 KB conda-forge
brotlipy-0.7.0 py27h0c8e037_1000 349 KB conda-forge
bzip2-1.0.8 h0c8e037_2 111 KB conda-forge
ca-certificates-2020.6.20 hecda079_0 184 KB conda-forge
cell_tree2d-0.3.0 py27h0e003f4_1001 64 KB conda-forge
cffi-1.14.0 py27hcfb25f9_0 214 KB conda-forge
cftime-1.0.4.2 py27h83e69c8_0 224 KB conda-forge
chardet-3.0.4 py27h8c360ce_1006 193 KB conda-forge
colander-1.7.0 py27_0 262 KB
colorama-0.4.3 py_0 17 KB conda-forge
configparser-3.7.3 py27h8c360ce_2 36 KB conda-forge
contextlib2-0.6.0.post1 py_0 12 KB conda-forge
coverage-5.0.4 py27h462b5f4_0 278 KB conda-forge
cryptography-2.5 py27hc64555f_1 547 KB conda-forge
curl-7.65.3 h2f83ebf_0 111 KB conda-forge
cycler-0.10.0 py_2 9 KB conda-forge
cython-0.25.2 py27_1 2.2 MB conda-forge
decorator-4.4.2 py_0 11 KB conda-forge
defusedxml-0.6.0 py_0 22 KB conda-forge
docutils-0.16 py27h8c360ce_1 742 KB conda-forge
entrypoints-0.3 py27h8c360ce_1001 14 KB conda-forge
enum34-1.1.10 py27h8c360ce_1 49 KB conda-forge
freetype-2.10.1 h4d385ea_0 927 KB conda-forge
funcsigs-1.0.2 py_3 14 KB conda-forge
functools32-3.2.3.2 py_3 15 KB conda-forge
futures-3.3.0 py27h8c360ce_1 25 KB conda-forge
geojson-2.5.0 py_0 15 KB conda-forge
gitdb2-2.0.6 py_0 46 KB conda-forge
gitpython-2.1.11 py_0 335 KB conda-forge
gridded-0.2.5 py27_0 281 KB conda-forge
gsw-3.0.3 py27_0 2.7 MB conda-forge
hdf4-4.2.13 ha32470c_1003 1014 KB conda-forge
hdf5-1.10.3 h95ae18b_1001 18.4 MB conda-forge
icu-58.2 vc9_0 21.9 MB conda-forge
idna-2.10 pyh9f0ad1d_0 52 KB conda-forge
imagesize-1.2.0 py_0 8 KB conda-forge
importlib-metadata-1.5.0 py27_0 41 KB conda-forge
importlib_metadata-1.5.0 1 3 KB conda-forge
intel-openmp-2020.1 216 1.6 MB
ipaddress-1.0.23 py_0 19 KB conda-forge
ipykernel-4.10.0 py27_1 162 KB conda-forge
ipython-5.8.0 py27_1 1.1 MB conda-forge
ipython_genutils-0.2.0 py_1 21 KB conda-forge
ipywidgets-7.5.1 pyh9f0ad1d_1 101 KB conda-forge
iso8601-0.1.13 pyh9f0ad1d_0 12 KB conda-forge
jinja2-2.11.2 pyh9f0ad1d_0 93 KB conda-forge
jpeg-9c h0c8e037_1001 307 KB conda-forge
jsonschema-3.2.0 py27h8c360ce_1 105 KB conda-forge
jupyter-1.0.0 py_2 4 KB conda-forge
jupyter_client-5.3.4 py27_1 152 KB conda-forge
jupyter_console-5.2.0 py27_1 51 KB conda-forge
jupyter_core-4.6.3 py27h8c360ce_1 94 KB conda-forge
kiwisolver-1.1.0 py27h6c69bd3_1 67 KB conda-forge
krb5-1.16.3 hb4d044e_1000 812 KB conda-forge
libblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libcblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libcurl-7.65.3 h2f83ebf_0 266 KB conda-forge
libgd-2.1.1 3 744 KB NOAA-ORR-ERD
liblapack-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libnetcdf-4.6.1 h376332d_1010 567 KB conda-forge
libpng-1.6.37 h7a46e7a_0 489 KB conda-forge
libsodium-1.0.17 h3cc03e0_0 455 KB conda-forge
markupsafe-1.1.1 py27h462b5f4_1 26 KB conda-forge
matplotlib-2.2.5 1 6 KB conda-forge
matplotlib-base-2.2.5 py27h6595424_1 6.5 MB conda-forge
mistune-0.8.4 py27h462b5f4_1001 53 KB conda-forge
mkl-2020.1 216 99.3 MB
more-itertools-5.0.0 py_0 44 KB conda-forge
nbconvert-5.6.1 py27_0 507 KB conda-forge
nbformat-4.4.0 py_1 91 KB conda-forge
nbsphinx-0.3.5 py_0 18 KB conda-forge
netcdf4-1.4.1 py27h6bbc3c5_3 381 KB conda-forge
nose-1.3.7 py27h8c360ce_1004 240 KB conda-forge
notebook-5.7.8 py27_1 7.2 MB conda-forge
numpy-1.16.5 py27h0d21db5_0 3.9 MB conda-forge
openssl-1.0.2u h0c8e037_0 4.7 MB conda-forge
packaging-20.4 pyh9f0ad1d_0 32 KB conda-forge
pandoc-2.11.0.1 hf4a77e7_0 18.7 MB conda-forge
pandocfilters-1.4.2 py_1 9 KB conda-forge
pathlib2-2.3.5 py27h8c360ce_1 33 KB conda-forge
pickleshare-0.7.5 py27h8c360ce_1001 12 KB conda-forge
pluggy-0.12.0 py_0 18 KB conda-forge
progressbar-2.5 py_0 12 KB conda-forge
prometheus_client-0.8.0 pyh9f0ad1d_0 44 KB conda-forge
prompt_toolkit-1.0.15 py_1 154 KB conda-forge
psutil-5.7.0 py27h462b5f4_1 336 KB conda-forge
py-1.9.0 pyh9f0ad1d_0 74 KB conda-forge
py_gd-0.1.5 py27_0 130 KB NOAA-ORR-ERD
pycparser-2.20 pyh9f0ad1d_2 94 KB conda-forge
pygments-2.5.2 py_0 669 KB conda-forge
pynucos-2.9.1 pyh9f0ad1d_0 25 KB conda-forge
pyopenssl-19.0.0 py27_0 79 KB conda-forge
pyparsing-2.4.7 pyh9f0ad1d_0 60 KB conda-forge
pyqt-5.6.0 py27h4cbc711_1008 4.2 MB conda-forge
pyrsistent-0.15.7 py27h462b5f4_1 73 KB conda-forge
pyshp-1.2.12 py_2 22 KB conda-forge
pysocks-1.7.1 py27h8c360ce_1 26 KB conda-forge
pytest-4.6.4 py27_0 373 KB conda-forge
pytest-cov-2.10.1 pyh9f0ad1d_0 20 KB conda-forge
pytest-timeout-1.4.2 pyh9f0ad1d_0 13 KB conda-forge
python-dateutil-2.8.1 py_0 220 KB conda-forge
pytz-2020.1 pyh9f0ad1d_0 227 KB conda-forge
pywin32-221 py27_0 6.0 MB conda-forge
pywinpty-0.5.7 py27_0 45 KB conda-forge
pyzmq-19.0.0 py27h331c9a6_1 414 KB conda-forge
qtconsole-4.7.7 pyh9f0ad1d_0 88 KB conda-forge
qtpy-1.9.0 py_0 34 KB conda-forge
regex-2019.01.24 py27h0c8e037_0 326 KB conda-forge
requests-2.24.0 pyh9f0ad1d_0 47 KB conda-forge
scandir-1.10.0 py27h462b5f4_1 29 KB conda-forge
send2trash-1.5.0 py_0 12 KB conda-forge
simplegeneric-0.8.1 py_1 7 KB conda-forge
singledispatch-3.4.0.3 pyh9f0ad1d_1001 11 KB conda-forge
sip-4.18.1 py27hc56fc5f_1000 263 KB conda-forge
six-1.15.0 pyh9f0ad1d_0 14 KB conda-forge
smmap-3.0.4 pyh9f0ad1d_0 22 KB conda-forge
smmap2-3.0.1 py_0 5 KB conda-forge
snowballstemmer-2.0.0 py_0 55 KB conda-forge
sphinx-1.8.5 py27_0 1.9 MB conda-forge
sphinx_rtd_theme-0.5.0 pyh9f0ad1d_0 2.7 MB conda-forge
sphinxcontrib-websupport-1.2.4 pyh9f0ad1d_0 34 KB conda-forge
sqlite-3.30.1 h0c8e037_0 1.1 MB conda-forge
tblib-1.6.0 py_0 14 KB conda-forge
terminado-0.8.3 py27h8c360ce_1 22 KB conda-forge
testfixtures-6.15.0 pyh9f0ad1d_0 67 KB conda-forge
testpath-0.4.4 py_0 85 KB conda-forge
tk-8.6.10 h0c8e037_0 3.0 MB conda-forge
tornado-5.1.1 py27h0c8e037_1000 640 KB conda-forge
traitlets-4.3.3 py27h8c360ce_1 128 KB conda-forge
translationstring-1.4 pyh9f0ad1d_0 15 KB conda-forge
typing-3.7.4.1 py27_0 46 KB conda-forge
unidecode-1.1.1 py_0 157 KB conda-forge
urllib3-1.25.10 py_0 92 KB conda-forge
wcwidth-0.2.5 pyh9f0ad1d_2 33 KB conda-forge
webencodings-0.5.1 py_1 12 KB conda-forge
widgetsnbextension-3.5.1 py27_0 1.8 MB conda-forge
win_inet_pton-1.1.0 py27_0 7 KB conda-forge
win_unicode_console-0.5 py27_1000 31 KB conda-forge
winpty-0.4.3 4 1.1 MB conda-forge
zeromq-4.3.2 h6538335_2 10.0 MB conda-forge
zipp-1.0.0 py_0 7 KB conda-forge
zlib-1.2.11 h3cc03e0_1006 117 KB conda-forge

Total: 254.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

alabaster conda-forge/noarch::alabaster-0.7.12-py_0 asn1crypto conda-forge/noarch::asn1crypto-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 atomicwrites conda-forge/noarch::atomicwrites-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 attrs conda-forge/noarch::attrs-20.2.0-pyh9f0ad1d_0 awesome-slugify conda-forge/noarch::awesome-slugify-1.6.5-py_5 babel conda-forge/noarch::babel-2.8.0-py_0 backports conda-forge/noarch::backports-1.0-py_2 backports.functoo~ conda-forge/noarch::backports.functools_lru_cache-1.6.1-py0 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py3 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_which-3.5.2-py_0 backports_abc conda-forge/noarch::backports_abc-0.5-py_1 blas pkgs/main/win-64::blas-1.0-mkl bleach conda-forge/noarch::bleach-3.2.1-pyh9f0ad1d_0 brotlipy conda-forge/win-64::brotlipy-0.7.0-py27h0c8e037_1000 bzip2 conda-forge/win-64::bzip2-1.0.8-h0c8e037_2 ca-certificates conda-forge/win-64::ca-certificates-2020.6.20-hecda079_0 cell_tree2d conda-forge/win-64::cell_tree2d-0.3.0-py27h0e003f4_1001 cffi conda-forge/win-64::cffi-1.14.0-py27hcfb25f9_0 cftime conda-forge/win-64::cftime-1.0.4.2-py27h83e69c8_0 chardet conda-forge/win-64::chardet-3.0.4-py27h8c360ce_1006 colander pkgs/main/win-64::colander-1.7.0-py27_0 colorama conda-forge/noarch::colorama-0.4.3-py_0 configparser conda-forge/win-64::configparser-3.7.3-py27h8c360ce_2 contextlib2 conda-forge/noarch::contextlib2-0.6.0.post1-py_0 coverage conda-forge/win-64::coverage-5.0.4-py27h462b5f4_0 cryptography conda-forge/win-64::cryptography-2.5-py27hc64555f_1 curl conda-forge/win-64::curl-7.65.3-h2f83ebf_0 cycler conda-forge/noarch::cycler-0.10.0-py_2 cython conda-forge/win-64::cython-0.25.2-py27_1 decorator conda-forge/noarch::decorator-4.4.2-py_0 defusedxml conda-forge/noarch::defusedxml-0.6.0-py_0 docutils conda-forge/win-64::docutils-0.16-py27h8c360ce_1 entrypoints conda-forge/win-64::entrypoints-0.3-py27h8c360ce_1001 enum34 conda-forge/win-64::enum34-1.1.10-py27h8c360ce_1 freetype conda-forge/win-64::freetype-2.10.1-h4d385ea_0 funcsigs conda-forge/noarch::funcsigs-1.0.2-py_3 functools32 conda-forge/noarch::functools32-3.2.3.2-py_3 futures conda-forge/win-64::futures-3.3.0-py27h8c360ce_1 geojson conda-forge/noarch::geojson-2.5.0-py_0 gitdb2 conda-forge/noarch::gitdb2-2.0.6-py_0 gitpython conda-forge/noarch::gitpython-2.1.11-py_0 gridded conda-forge/win-64::gridded-0.2.5-py27_0 gsw conda-forge/win-64::gsw-3.0.3-py27_0 hdf4 conda-forge/win-64::hdf4-4.2.13-ha32470c_1003 hdf5 conda-forge/win-64::hdf5-1.10.3-h95ae18b_1001 icc_rt pkgs/main/win-64::icc_rt-2019.0.0-h0cc432a_1 icu conda-forge/win-64::icu-58.2-vc9_0 idna conda-forge/noarch::idna-2.10-pyh9f0ad1d_0 imagesize conda-forge/noarch::imagesize-1.2.0-py_0 importlib-metadata conda-forge/win-64::importlib-metadata-1.5.0-py27_0 importlib_metadata conda-forge/noarch::importlib_metadata-1.5.0-1 intel-openmp pkgs/main/win-64::intel-openmp-2020.1-216 ipaddress conda-forge/noarch::ipaddress-1.0.23-py_0 ipykernel conda-forge/win-64::ipykernel-4.10.0-py27_1 ipython conda-forge/win-64::ipython-5.8.0-py27_1 ipython_genutils conda-forge/noarch::ipython_genutils-0.2.0-py_1 ipywidgets conda-forge/noarch::ipywidgets-7.5.1-pyh9f0ad1d_1 iso8601 conda-forge/noarch::iso8601-0.1.13-pyh9f0ad1d_0 jinja2 conda-forge/noarch::jinja2-2.11.2-pyh9f0ad1d_0 jpeg conda-forge/win-64::jpeg-9c-h0c8e037_1001 jsonschema conda-forge/win-64::jsonschema-3.2.0-py27h8c360ce_1 jupyter conda-forge/noarch::jupyter-1.0.0-py_2 jupyter_client conda-forge/win-64::jupyter_client-5.3.4-py27_1 jupyter_console conda-forge/win-64::jupyter_console-5.2.0-py27_1 jupyter_core conda-forge/win-64::jupyter_core-4.6.3-py27h8c360ce_1 kiwisolver conda-forge/win-64::kiwisolver-1.1.0-py27h6c69bd3_1 krb5 conda-forge/win-64::krb5-1.16.3-hb4d044e_1000 libblas conda-forge/win-64::libblas-3.8.0-16_mkl libcblas conda-forge/win-64::libcblas-3.8.0-16_mkl libcurl conda-forge/win-64::libcurl-7.65.3-h2f83ebf_0 libgd NOAA-ORR-ERD/win-64::libgd-2.1.1-3 liblapack 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| 100% ipython_genutils-0.2 | 21 KB |

############################################################################

| 100% pathlib2-2.3.5 | 33 KB |

############################################################################

| 100% brotlipy-0.7.0 | 349 KB |

############################################################################

| 100% bzip2-1.0.8 | 111 KB |

############################################################################

| 100% coverage-5.0.4 | 278 KB |

############################################################################

| 100% colander-1.7.0 | 262 KB |

############################################################################

| 100% pandoc-2.11.0.1 | 18.7 MB |

############################################################################

| 100% pyqt-5.6.0 | 4.2 MB |

############################################################################

| 100% jsonschema-3.2.0 | 105 KB |

############################################################################

| 100% pywinpty-0.5.7 | 45 KB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: | Enabling notebook extension jupyter-js-widgets/extension...

  • Validating: ok

done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary.git Cloning into 'OilLibrary'... remote: Enumerating objects: 160, done. remote: Counting objects: 100% (160/160), done. remote: Compressing objects: 100% (76/76), done. remote: Total 1190 (delta 88), reused 132 (delta 83), pack-reused 1030 Receiving objects: 100% (1190/1190), 4.02 MiB | 2.15 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (723/723), done.

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>cd OilLibrary

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info creating oil_library.egg-info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py OilLibrary database generation failed Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 208, in zip_safe=False, File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools__init__.py",

line 145, in setup return distutils.core.setup(**attrs) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\core.py",

line 151, in setup dist.run_commands() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 953, in run_commands self.run_command(cmd) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py",

line 67, in run self.do_egg_install() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py",

line 109, in do_egg_install self.run_command('bdist_egg') File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py",

line 172, in run cmd = self.call_command('install_lib', warn_dir=0) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py",

line 158, in call_command self.run_command(cmdname) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install_lib.py",

line 11, in run self.build() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\command\install_lib.py",

line 109, in build self.run_command('build_py') File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File "setup.py", line 160, in run init_db() File "setup.py", line 88, in init_db import oil_library.initializedb File "C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library__init__.py", line 12, in from sqlalchemy import create_engine ImportError: No module named sqlalchemy

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • future
  • gitpython
  • numpy[version='>=1.16.*']
  • pathlib
  • pynucos[version='>=2.7.4']
  • pytest[version='>=2.9.2']
  • python=2.7
  • scipy[version='>=0.18.1']
  • sqlalchemy[version='>=1.3.7']
  • zope.sqlalchemy[version='>=1.1']

The following packages will be downloaded:

package build
future-0.18.2 py27h8c360ce_1 746 KB conda-forge
pathlib-1.0.1 py27h8c360ce_2 27 KB conda-forge
sqlalchemy-1.3.13 py27h0c8e037_0 1.7 MB conda-forge
transaction-2.4.0 py_0 36 KB conda-forge
zope-1.0 py27_1 4 KB
zope.interface-4.7.1 py27h0c8e037_0 195 KB
zope.sqlalchemy-1.1 py27_0 169 KB

Total: 2.9 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

future conda-forge/win-64::future-0.18.2-py27h8c360ce_1 pathlib conda-forge/win-64::pathlib-1.0.1-py27h8c360ce_2 sqlalchemy conda-forge/win-64::sqlalchemy-1.3.13-py27h0c8e037_0 transaction conda-forge/noarch::transaction-2.4.0-py_0 zope pkgs/main/win-64::zope-1.0-py27_1 zope.interface pkgs/main/win-64::zope.interface-4.7.1-py27h0c8e037_0 zope.sqlalchemy pkgs/main/win-64::zope.sqlalchemy-1.1-py27_0

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages zope-1.0 | 4 KB |

############################################################################

| 100% transaction-2.4.0 | 36 KB |

############################################################################

| 100% future-0.18.2 | 746 KB |

############################################################################

| 100% zope.interface-4.7.1 | 195 KB |

############################################################################

| 100% pathlib-1.0.1 | 27 KB |

############################################################################

| 100% zope.sqlalchemy-1.1 | 169 KB |

############################################################################

| 100% sqlalchemy-1.3.13 | 1.7 MB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py setting up logger to dump to: DB_build_Log.txt calling initializedb.make_db() Building oil database:, installing to: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library INFO - initializedb - line:42 - Purging old records in database INFO - initializedb - line:49 - finished!!! 0 imported records purged. 0 oil records purged. INFO - initializedb - line:52 - opening file: C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library\OilLib ... INFO - initializedb - line:54 - file version: [u'6', u'2019-05-09', u'adios'] INFO - initializedb - line:56 - Adding new records to database ..WARNING - initializedb - line:65 - Failed to add oil: (sqlite3.IntegrityError) UNIQUE constraint failed: imported_records.oil_name, imported_records.location, imported_records.field_name, imported_records.reference_date [SQL: INSERT INTO imported_records (oil_name, adios_oil_id, custom, location, field_name, reference, reference_date, api, pour_point_min_k, pour_point_max_k, product_type, comments, asphaltenes, wax_content, aromatics, water_content_emulsion, emuls_constant_min, emuls_constant_max, flash_point_min_k, flash_point_max_k, oil_water_interfacial_tension_n_m, oil_water_interfacial_tension_ref_temp_k, oil_seawater_interfacial_tension_n_m, oil_seaw

smrahmanbd commented 4 years ago

Dear Dr. Barker: I run the following codes.

(base) C:>cd users\smrahman

(base) C:\Users\smrahman>conda activate gnome

(gnome) C:\Users\smrahman>jupyter notebook [I 14:56:08.983 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: C:\Users\smrahman [I 14:56:08.983 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at: [I 14:56:08.983 NotebookApp] http://localhost:8888/?token=dcd78369049c70f7fc2a5430dc66933744b122cf32453c46 [I 14:56:08.983 NotebookApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip confirmation). [C 14:56:09.035 NotebookApp]

To access the notebook, open this file in a browser:

file:///C:/Users/smrahman/AppData/Roaming/jupyter/runtime/nbserver-9956-open.html Or copy and paste one of these URLs:

http://localhost:8888/?token=dcd78369049c70f7fc2a5430dc66933744b122cf32453c46 [I 14:56:25.632 NotebookApp] Creating new notebook in [I 14:56:28.022 NotebookApp] Kernel started: 1cdd07d3-0a5c-4da9-83df-7725b59fc73e [I 14:56:30.592 NotebookApp] Adapting to protocol v5.1 for kernel 1cdd07d3-0a5c-4da9-83df-7725b59fc73e [I 14:58:27.713 NotebookApp] Saving file at /Untitled5.ipynb [I 15:00:27.713 NotebookApp] Saving file at /Untitled5.ipynb [I 15:02:27.698 NotebookApp] Saving file at /Untitled5.ipynb [I 15:04:27.710 NotebookApp] Saving file at /Untitled5.ipynb [I 15:06:27.717 NotebookApp] Saving file at /Untitled5.ipynb [I 15:08:27.707 NotebookApp] Saving file at /Untitled5.ipynb

Then I run the following codes in jupyter notebook. from gnome.model import Model from datetime import datetime, timedelta start_time = datetime(2015, 1, 1, 0, 0) model = Model(start_time=start_time, duration=timedelta(days=3), time_step=60 * 15, #seconds ) But I was receiving the following error. ImportError Traceback (most recent call last) in () ----> 1 from gnome.model import Model 2 from datetime import datetime, timedelta 3 start_time = datetime(2015, 1, 1, 0, 0) 4 model = Model(start_time=start_time, 5 duration=timedelta(days=3), ImportError: No module named gnome.model

Is there any way, I can get some help to smoothly run the pygnome? I will highly appreciate your kind support in this regard. With kind regards. Syed

On Sat, Oct 17, 2020 at 12:50 PM Syed smrahman.bd@gmail.com wrote:

Please find below the error I was getting.

from gnome.model import Model

from datetime import datetime, timedelta

start_time = datetime(2015, 1, 1, 0, 0)

model = Model(start_time=start_time,

          duration=timedelta(days=3),

          time_step=60 * 15, #seconds

          )

---------------------------------------------------------------------------ImportError Traceback (most recent call last) in ()----> 1 from gnome.model import Model 2 from datetime import datetime, timedelta 3 start_time = datetime(2015, 1, 1, 0, 0) 4 model = Model(start_time=start_time, 5 duration=timedelta(days=3), ImportError: No module named gnome.model

On Sat, Oct 17, 2020 at 12:40 PM Syed smrahman.bd@gmail.com wrote:

Can I get a sample python code that runs an example of PYGNOME with some basic information?

On Fri, Oct 16, 2020 at 9:58 PM Chris Barker notifications@github.com wrote:

Anaconda Navigator should support using multiple environments, -- I think you can install Spyder into the gnome environment and use it there. Or there may be a way to tell Spyder what environment to run it.

But that's a question for the Anaconda / Spyder folks.

-CHB

On Fri, Oct 16, 2020 at 11:53 AM Syed Masiur Rahman < notifications@github.com> wrote:

Now, I would like to run the pygnome. But the Anaconda Navigator is not working. If I work with spyder, what should I do? How can I bring the conda gnome environment in spyder?

On Fri, Oct 16, 2020 at 9:41 PM Chris Barker <notifications@github.com

wrote:

That all looks good to me -- the WARNINGS in bundling the database are expected.

Is the system working for you now?

-CHB

On Fri, Oct 16, 2020 at 11:35 AM Syed Masiur Rahman < notifications@github.com> wrote:

Dear Sir: Please find attached the file which shows the problems in testing. Please kindly help me to solve this problem. If you need any further details, please let me know. With best regards. Syed Masiur Rahman

On Thu, Oct 15, 2020 at 10:28 PM Chris Barker < notifications@github.com> wrote:

Here is the OP's screen shot: [image: image] <

https://user-images.githubusercontent.com/916576/96176575-67fd0e00-0ee1-11eb-87dd-f3786863e458.png

I can't tell from that screenshot what went wrong, but a few ideas:

  1. make sure you have the dependencies installed:

conda install --file conda_requirements.txt

If it stiil doesn' twork, you can post the results of:

conda list

Also: try installing it in "develop" mode:

python setup.py develop

We usually use that mode in development, so it's better tested.

Please do report how it works out.

-CHB

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <

https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary/issues/23#issuecomment-709543241

, or unsubscribe <

https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACOBTVJZR6SXVTOQIB7VVHLSK5EMJANCNFSM4SSLV2HA

.

-- Thank you. Sincerely, Syed

Syed Masiur Rahman PhD Research Engineer-III Center for Environment & Water, Research Institute King Fahd University of Petroleum & Minerals P. O. Box 713, Dhahran 31261 Saudi Arabia

(base) C:>cd users\smrahman

(base) C:\Users\smrahman>conda update conda Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

All requested packages already installed.

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels NOAA-ORR-ERD

(base) C:\Users\smrahman>conda config --add channels conda-forge

(base) C:\Users\smrahman>conda config --get channels --add channels 'defaults' # lowest priority --add channels 'NOAA-ORR-ERD' --add channels 'conda-forge' # highest priority

(base) C:\Users\smrahman>conda create --name gnome python=2 Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • python=2

The following packages will be downloaded:

package build
certifi-2019.11.28 py27h8c360ce_1 149 KB conda-forge
pip-20.1.1 pyh9f0ad1d_0 1.1 MB conda-forge
python-2.7.15 h2880e7c_1011_cpython 20.3 MB conda-forge
python_abi-2.7 1_cp27m 4 KB conda-forge
setuptools-44.0.0 py27_0 665 KB conda-forge
vs2008_runtime-9.0.30729.6161 0 1.0 MB conda-forge
wheel-0.35.1 pyh9f0ad1d_0 29 KB conda-forge
wincertstore-0.2 py27_1003 13 KB conda-forge

Total: 23.2 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

certifi conda-forge/win-64::certifi-2019.11.28-py27h8c360ce_1 pip conda-forge/noarch::pip-20.1.1-pyh9f0ad1d_0 python conda-forge/win-64::python-2.7.15-h2880e7c_1011_cpython python_abi conda-forge/win-64::python_abi-2.7-1_cp27m setuptools conda-forge/win-64::setuptools-44.0.0-py27_0 vc pkgs/main/win-64::vc-9-h7299396_1 vs2008_runtime conda-forge/win-64::vs2008_runtime-9.0.30729.6161-0 wheel conda-forge/noarch::wheel-0.35.1-pyh9f0ad1d_0 wincertstore conda-forge/win-64::wincertstore-0.2-py27_1003

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages setuptools-44.0.0 | 665 KB |

############################################################################

| 100% python-2.7.15 | 20.3 MB |

############################################################################

| 100% vs2008_runtime-9.0.3 | 1.0 MB |

############################################################################

| 100% certifi-2019.11.28 | 149 KB |

############################################################################

| 100% wheel-0.35.1 | 29 KB |

############################################################################

| 100% python_abi-2.7 | 4 KB |

############################################################################

| 100% pip-20.1.1 | 1.1 MB |

############################################################################

| 100% wincertstore-0.2 | 13 KB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done #

To activate this environment, use

#

$ conda activate gnome

#

To deactivate an active environment, use

#

$ conda deactivate

(base) C:\Users\smrahman>conda activate gnome

(gnome) C:\Users\smrahman>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/PyGnome Cloning into 'PyGnome'... remote: Enumerating objects: 1743, done. remote: Counting objects: 100% (1743/1743), done. remote: Compressing objects: 100% (832/832), done. remote: Total 60118 (delta 1134), reused 1263 (delta 872), pack-reused 58375 Receiving objects: 100% (60118/60118), 145.48 MiB | 2.25 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (45148/45148), done. Updating files: 100% (1904/1904), done.

(gnome) C:\Users\smrahman>cd PyGnome

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve. Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • cell_tree2d[version='>=0.3.*']
  • cftime=1.0
  • colander[version='>=1.4']
  • cython=0.25
  • geojson[version='>=1.3']
  • gitpython
  • gridded==0.2.5
  • gsw==3.0.3
  • ipython
  • jupyter
  • libnetcdf==4.6.1
  • matplotlib
  • nbsphinx=0.3
  • netcdf4==1.4.1
  • numpy=1.16
  • progressbar[version='>=2.3']
  • psutil[version='>=4.3']
  • py_gd=0.1
  • pynucos[version='>=2.8.*']
  • pyshp==1.2.12
  • pytest
  • pytest-cov
  • pytest-timeout
  • python=2.7
  • pyzmq[version='>=16']
  • regex
  • scipy[version='>=0.18.*']
  • setuptools[version='>=23.0']
  • six[version='>=1.10']
  • sphinx
  • sphinx_rtd_theme
  • tblib[version='>=1.3.*']
  • testfixtures
  • unidecode[version='>=0.04.19']

The following packages will be downloaded:

package build
alabaster-0.7.12 py_0 15 KB conda-forge
asn1crypto-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 78 KB conda-forge
atomicwrites-1.4.0 pyh9f0ad1d_0 10 KB conda-forge
attrs-20.2.0 pyh9f0ad1d_0 41 KB conda-forge
awesome-slugify-1.6.5 py_5 11 KB conda-forge
babel-2.8.0 py_0 6.0 MB conda-forge
backports-1.0 py_2 4 KB conda-forge
backports.functools_lru_cache-1.6.1 py_0 8 KB conda-forge
backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0 py_3 7 KB conda-forge
backports.shutil_which-3.5.2 py_0 6 KB conda-forge
backports_abc-0.5 py_1 5 KB conda-forge
bleach-3.2.1 pyh9f0ad1d_0 111 KB conda-forge
brotlipy-0.7.0 py27h0c8e037_1000 349 KB conda-forge
bzip2-1.0.8 h0c8e037_2 111 KB conda-forge
ca-certificates-2020.6.20 hecda079_0 184 KB conda-forge
cell_tree2d-0.3.0 py27h0e003f4_1001 64 KB conda-forge
cffi-1.14.0 py27hcfb25f9_0 214 KB conda-forge
cftime-1.0.4.2 py27h83e69c8_0 224 KB conda-forge
chardet-3.0.4 py27h8c360ce_1006 193 KB conda-forge
colander-1.7.0 py27_0 262 KB
colorama-0.4.3 py_0 17 KB conda-forge
configparser-3.7.3 py27h8c360ce_2 36 KB conda-forge
contextlib2-0.6.0.post1 py_0 12 KB conda-forge
coverage-5.0.4 py27h462b5f4_0 278 KB conda-forge
cryptography-2.5 py27hc64555f_1 547 KB conda-forge
curl-7.65.3 h2f83ebf_0 111 KB conda-forge
cycler-0.10.0 py_2 9 KB conda-forge
cython-0.25.2 py27_1 2.2 MB conda-forge
decorator-4.4.2 py_0 11 KB conda-forge
defusedxml-0.6.0 py_0 22 KB conda-forge
docutils-0.16 py27h8c360ce_1 742 KB conda-forge
entrypoints-0.3 py27h8c360ce_1001 14 KB conda-forge
enum34-1.1.10 py27h8c360ce_1 49 KB conda-forge
freetype-2.10.1 h4d385ea_0 927 KB conda-forge
funcsigs-1.0.2 py_3 14 KB conda-forge
functools32-3.2.3.2 py_3 15 KB conda-forge
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gitpython-2.1.11 py_0 335 KB conda-forge
gridded-0.2.5 py27_0 281 KB conda-forge
gsw-3.0.3 py27_0 2.7 MB conda-forge
hdf4-4.2.13 ha32470c_1003 1014 KB conda-forge
hdf5-1.10.3 h95ae18b_1001 18.4 MB conda-forge
icu-58.2 vc9_0 21.9 MB conda-forge
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imagesize-1.2.0 py_0 8 KB conda-forge
importlib-metadata-1.5.0 py27_0 41 KB conda-forge
importlib_metadata-1.5.0 1 3 KB conda-forge
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ipaddress-1.0.23 py_0 19 KB conda-forge
ipykernel-4.10.0 py27_1 162 KB conda-forge
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jpeg-9c h0c8e037_1001 307 KB conda-forge
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jupyter_client-5.3.4 py27_1 152 KB conda-forge
jupyter_console-5.2.0 py27_1 51 KB conda-forge
jupyter_core-4.6.3 py27h8c360ce_1 94 KB conda-forge
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krb5-1.16.3 hb4d044e_1000 812 KB conda-forge
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libcblas-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
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libgd-2.1.1 3 744 KB NOAA-ORR-ERD
liblapack-3.8.0 16_mkl 3.6 MB conda-forge
libnetcdf-4.6.1 h376332d_1010 567 KB conda-forge
libpng-1.6.37 h7a46e7a_0 489 KB conda-forge
libsodium-1.0.17 h3cc03e0_0 455 KB conda-forge
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matplotlib-2.2.5 1 6 KB conda-forge
matplotlib-base-2.2.5 py27h6595424_1 6.5 MB conda-forge
mistune-0.8.4 py27h462b5f4_1001 53 KB conda-forge
mkl-2020.1 216 99.3 MB
more-itertools-5.0.0 py_0 44 KB conda-forge
nbconvert-5.6.1 py27_0 507 KB conda-forge
nbformat-4.4.0 py_1 91 KB conda-forge
nbsphinx-0.3.5 py_0 18 KB conda-forge
netcdf4-1.4.1 py27h6bbc3c5_3 381 KB conda-forge
nose-1.3.7 py27h8c360ce_1004 240 KB conda-forge
notebook-5.7.8 py27_1 7.2 MB conda-forge
numpy-1.16.5 py27h0d21db5_0 3.9 MB conda-forge
openssl-1.0.2u h0c8e037_0 4.7 MB conda-forge
packaging-20.4 pyh9f0ad1d_0 32 KB conda-forge
pandoc-2.11.0.1 hf4a77e7_0 18.7 MB conda-forge
pandocfilters-1.4.2 py_1 9 KB conda-forge
pathlib2-2.3.5 py27h8c360ce_1 33 KB conda-forge
pickleshare-0.7.5 py27h8c360ce_1001 12 KB conda-forge
pluggy-0.12.0 py_0 18 KB conda-forge
progressbar-2.5 py_0 12 KB conda-forge
prometheus_client-0.8.0 pyh9f0ad1d_0 44 KB conda-forge
prompt_toolkit-1.0.15 py_1 154 KB conda-forge
psutil-5.7.0 py27h462b5f4_1 336 KB conda-forge
py-1.9.0 pyh9f0ad1d_0 74 KB conda-forge
py_gd-0.1.5 py27_0 130 KB NOAA-ORR-ERD
pycparser-2.20 pyh9f0ad1d_2 94 KB conda-forge
pygments-2.5.2 py_0 669 KB conda-forge
pynucos-2.9.1 pyh9f0ad1d_0 25 KB conda-forge
pyopenssl-19.0.0 py27_0 79 KB conda-forge
pyparsing-2.4.7 pyh9f0ad1d_0 60 KB conda-forge
pyqt-5.6.0 py27h4cbc711_1008 4.2 MB conda-forge
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pyshp-1.2.12 py_2 22 KB conda-forge
pysocks-1.7.1 py27h8c360ce_1 26 KB conda-forge
pytest-4.6.4 py27_0 373 KB conda-forge
pytest-cov-2.10.1 pyh9f0ad1d_0 20 KB conda-forge
pytest-timeout-1.4.2 pyh9f0ad1d_0 13 KB conda-forge
python-dateutil-2.8.1 py_0 220 KB conda-forge
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pywin32-221 py27_0 6.0 MB conda-forge
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simplegeneric-0.8.1 py_1 7 KB conda-forge
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smmap2-3.0.1 py_0 5 KB conda-forge
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testpath-0.4.4 py_0 85 KB conda-forge
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typing-3.7.4.1 py27_0 46 KB conda-forge
unidecode-1.1.1 py_0 157 KB conda-forge
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wcwidth-0.2.5 pyh9f0ad1d_2 33 KB conda-forge
webencodings-0.5.1 py_1 12 KB conda-forge
widgetsnbextension-3.5.1 py27_0 1.8 MB conda-forge
win_inet_pton-1.1.0 py27_0 7 KB conda-forge
win_unicode_console-0.5 py27_1000 31 KB conda-forge
winpty-0.4.3 4 1.1 MB conda-forge
zeromq-4.3.2 h6538335_2 10.0 MB conda-forge
zipp-1.0.0 py_0 7 KB conda-forge
zlib-1.2.11 h3cc03e0_1006 117 KB conda-forge

Total: 254.3 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

alabaster conda-forge/noarch::alabaster-0.7.12-py_0 asn1crypto conda-forge/noarch::asn1crypto-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 atomicwrites conda-forge/noarch::atomicwrites-1.4.0-pyh9f0ad1d_0 attrs conda-forge/noarch::attrs-20.2.0-pyh9f0ad1d_0 awesome-slugify conda-forge/noarch::awesome-slugify-1.6.5-py_5 babel conda-forge/noarch::babel-2.8.0-py_0 backports conda-forge/noarch::backports-1.0-py_2 backports.functoo~ conda-forge/noarch::backports.functools_lru_cache-1.6.1-py0 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py3 backports.shutil~ conda-forge/noarch::backports.shutil_which-3.5.2-py_0 backports_abc conda-forge/noarch::backports_abc-0.5-py_1 blas pkgs/main/win-64::blas-1.0-mkl bleach conda-forge/noarch::bleach-3.2.1-pyh9f0ad1d_0 brotlipy conda-forge/win-64::brotlipy-0.7.0-py27h0c8e037_1000 bzip2 conda-forge/win-64::bzip2-1.0.8-h0c8e037_2 ca-certificates conda-forge/win-64::ca-certificates-2020.6.20-hecda079_0 cell_tree2d conda-forge/win-64::cell_tree2d-0.3.0-py27h0e003f4_1001 cffi conda-forge/win-64::cffi-1.14.0-py27hcfb25f9_0 cftime conda-forge/win-64::cftime-1.0.4.2-py27h83e69c8_0 chardet conda-forge/win-64::chardet-3.0.4-py27h8c360ce_1006 colander pkgs/main/win-64::colander-1.7.0-py27_0 colorama conda-forge/noarch::colorama-0.4.3-py_0 configparser conda-forge/win-64::configparser-3.7.3-py27h8c360ce_2 contextlib2 conda-forge/noarch::contextlib2-0.6.0.post1-py_0 coverage conda-forge/win-64::coverage-5.0.4-py27h462b5f4_0 cryptography conda-forge/win-64::cryptography-2.5-py27hc64555f_1 curl conda-forge/win-64::curl-7.65.3-h2f83ebf_0 cycler conda-forge/noarch::cycler-0.10.0-py_2 cython conda-forge/win-64::cython-0.25.2-py27_1 decorator conda-forge/noarch::decorator-4.4.2-py_0 defusedxml conda-forge/noarch::defusedxml-0.6.0-py_0 docutils conda-forge/win-64::docutils-0.16-py27h8c360ce_1 entrypoints conda-forge/win-64::entrypoints-0.3-py27h8c360ce_1001 enum34 conda-forge/win-64::enum34-1.1.10-py27h8c360ce_1 freetype conda-forge/win-64::freetype-2.10.1-h4d385ea_0 funcsigs conda-forge/noarch::funcsigs-1.0.2-py_3 functools32 conda-forge/noarch::functools32-3.2.3.2-py_3 futures conda-forge/win-64::futures-3.3.0-py27h8c360ce_1 geojson conda-forge/noarch::geojson-2.5.0-py_0 gitdb2 conda-forge/noarch::gitdb2-2.0.6-py_0 gitpython conda-forge/noarch::gitpython-2.1.11-py_0 gridded conda-forge/win-64::gridded-0.2.5-py27_0 gsw conda-forge/win-64::gsw-3.0.3-py27_0 hdf4 conda-forge/win-64::hdf4-4.2.13-ha32470c_1003 hdf5 conda-forge/win-64::hdf5-1.10.3-h95ae18b_1001 icc_rt pkgs/main/win-64::icc_rt-2019.0.0-h0cc432a_1 icu conda-forge/win-64::icu-58.2-vc9_0 idna conda-forge/noarch::idna-2.10-pyh9f0ad1d_0 imagesize conda-forge/noarch::imagesize-1.2.0-py_0 importlib-metadata conda-forge/win-64::importlib-metadata-1.5.0-py27_0 importlib_metadata conda-forge/noarch::importlib_metadata-1.5.0-1 intel-openmp pkgs/main/win-64::intel-openmp-2020.1-216 ipaddress conda-forge/noarch::ipaddress-1.0.23-py_0 ipykernel conda-forge/win-64::ipykernel-4.10.0-py27_1 ipython conda-forge/win-64::ipython-5.8.0-py27_1 ipython_genutils conda-forge/noarch::ipython_genutils-0.2.0-py_1 ipywidgets conda-forge/noarch::ipywidgets-7.5.1-pyh9f0ad1d_1 iso8601 conda-forge/noarch::iso8601-0.1.13-pyh9f0ad1d_0 jinja2 conda-forge/noarch::jinja2-2.11.2-pyh9f0ad1d_0 jpeg conda-forge/win-64::jpeg-9c-h0c8e037_1001 jsonschema conda-forge/win-64::jsonschema-3.2.0-py27h8c360ce_1 jupyter conda-forge/noarch::jupyter-1.0.0-py_2 jupyter_client conda-forge/win-64::jupyter_client-5.3.4-py27_1 jupyter_console conda-forge/win-64::jupyter_console-5.2.0-py27_1 jupyter_core conda-forge/win-64::jupyter_core-4.6.3-py27h8c360ce_1 kiwisolver conda-forge/win-64::kiwisolver-1.1.0-py27h6c69bd3_1 krb5 conda-forge/win-64::krb5-1.16.3-hb4d044e_1000 libblas conda-forge/win-64::libblas-3.8.0-16_mkl libcblas conda-forge/win-64::libcblas-3.8.0-16_mkl libcurl conda-forge/win-64::libcurl-7.65.3-h2f83ebf_0 libgd NOAA-ORR-ERD/win-64::libgd-2.1.1-3 liblapack conda-forge/win-64::liblapack-3.8.0-16_mkl libnetcdf conda-forge/win-64::libnetcdf-4.6.1-h376332d_1010 libpng conda-forge/win-64::libpng-1.6.37-h7a46e7a_0 libsodium conda-forge/win-64::libsodium-1.0.17-h3cc03e0_0 libssh2 pkgs/main/win-64::libssh2-1.8.0-h77a7533_4 m2w64-gcc-libgfor~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libgfortran-5.3.0-6 m2w64-gcc-libs pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libs-5.3.0-7 m2w64-gcc-libs-co~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-gcc-libs-core-5.3.0-7 m2w64-gmp pkgs/msys2/win-64::m2w64-gmp-6.1.0-2 m2w64-libwinpthre~ pkgs/msys2/win-64::m2w64-libwinpthread-git-5.0.0.4634.697f757-2 markupsafe conda-forge/win-64::markupsafe-1.1.1-py27h462b5f4_1 matplotlib conda-forge/win-64::matplotlib-2.2.5-1 matplotlib-base conda-forge/win-64::matplotlib-base-2.2.5-py27h6595424_1 mistune conda-forge/win-64::mistune-0.8.4-py27h462b5f4_1001 mkl pkgs/main/win-64::mkl-2020.1-216 more-itertools conda-forge/noarch::more-itertools-5.0.0-py_0 msys2-conda-epoch pkgs/msys2/win-64::msys2-conda-epoch-20160418-1 nbconvert conda-forge/win-64::nbconvert-5.6.1-py27_0 nbformat conda-forge/noarch::nbformat-4.4.0-py_1 nbsphinx conda-forge/noarch::nbsphinx-0.3.5-py_0 netcdf4 conda-forge/win-64::netcdf4-1.4.1-py27h6bbc3c5_3 nose conda-forge/win-64::nose-1.3.7-py27h8c360ce_1004 notebook conda-forge/win-64::notebook-5.7.8-py27_1 numpy conda-forge/win-64::numpy-1.16.5-py27h0d21db5_0 openssl conda-forge/win-64::openssl-1.0.2u-h0c8e037_0 packaging conda-forge/noarch::packaging-20.4-pyh9f0ad1d_0 pandoc conda-forge/win-64::pandoc-2.11.0.1-hf4a77e7_0 pandocfilters conda-forge/noarch::pandocfilters-1.4.2-py_1 pathlib2 conda-forge/win-64::pathlib2-2.3.5-py27h8c360ce_1 pickleshare conda-forge/win-64::pickleshare-0.7.5-py27h8c360ce_1001 pluggy conda-forge/noarch::pluggy-0.12.0-py_0 progressbar conda-forge/noarch::progressbar-2.5-py_0 prometheus_client conda-forge/noarch::prometheus_client-0.8.0-pyh9f0ad1d_0 prompt_toolkit conda-forge/noarch::prompt_toolkit-1.0.15-py_1 psutil 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Proceed ([y]/n)? y

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| 100% idna-2.10 | 52 KB |

############################################################################

| 100% more-itertools-5.0.0 | 44 KB |

############################################################################

| 100% cell_tree2d-0.3.0 | 64 KB |

############################################################################

| 100% contextlib2-0.6.0.po | 12 KB |

############################################################################

| 100% win_unicode_console- | 31 KB |

############################################################################

| 100% geojson-2.5.0 | 15 KB |

############################################################################

| 100% qtpy-1.9.0 | 34 KB |

############################################################################

| 100% pynucos-2.9.1 | 25 KB |

############################################################################

| 100% jupyter-1.0.0 | 4 KB |

############################################################################

| 100% progressbar-2.5 | 12 KB |

############################################################################

| 100% zeromq-4.3.2 | 10.0 MB |

############################################################################

| 100% jupyter_client-5.3.4 | 152 KB |

############################################################################

| 100% decorator-4.4.2 | 11 KB |

############################################################################

| 100% py_gd-0.1.5 | 130 KB |

############################################################################

| 100% mistune-0.8.4 | 53 KB |

############################################################################

| 100% testfixtures-6.15.0 | 67 KB |

############################################################################

| 100% libnetcdf-4.6.1 | 567 KB |

############################################################################

| 100% cython-0.25.2 | 2.2 MB |

############################################################################

| 100% notebook-5.7.8 | 7.2 MB |

############################################################################

| 100% send2trash-1.5.0 | 12 KB |

############################################################################

| 100% ipaddress-1.0.23 | 19 KB |

############################################################################

| 100% matplotlib-base-2.2. | 6.5 MB |

############################################################################

| 100% nbconvert-5.6.1 | 507 KB |

############################################################################

| 100% backports_abc-0.5 | 5 KB |

############################################################################

| 100% cffi-1.14.0 | 214 KB |

############################################################################

| 100% py-1.9.0 | 74 KB |

############################################################################

| 100% attrs-20.2.0 | 41 KB |

############################################################################

| 100% krb5-1.16.3 | 812 KB |

############################################################################

| 100% libsodium-1.0.17 | 455 KB |

############################################################################

| 100% sphinxcontrib-websup | 34 KB |

############################################################################

| 100% pyparsing-2.4.7 | 60 KB |

############################################################################

| 100% libcurl-7.65.3 | 266 KB |

############################################################################

| 100% entrypoints-0.3 | 14 KB |

############################################################################

| 100% netcdf4-1.4.1 | 381 KB |

############################################################################

| 100% ipykernel-4.10.0 | 162 KB |

############################################################################

| 100% imagesize-1.2.0 | 8 KB |

############################################################################

| 100% pluggy-0.12.0 | 18 KB |

############################################################################

| 100% psutil-5.7.0 | 336 KB |

############################################################################

| 100% awesome-slugify-1.6. | 11 KB |

############################################################################

| 100% typing-3.7.4.1 | 46 KB |

############################################################################

| 100% libpng-1.6.37 | 489 KB |

############################################################################

| 100% packaging-20.4 | 32 KB |

############################################################################

| 100% zipp-1.0.0 | 7 KB |

############################################################################

| 100% tk-8.6.10 | 3.0 MB |

############################################################################

| 100% bleach-3.2.1 | 111 KB |

############################################################################

| 100% atomicwrites-1.4.0 | 10 KB |

############################################################################

| 100% futures-3.3.0 | 25 KB |

############################################################################

| 100% gitpython-2.1.11 | 335 KB |

############################################################################

| 100% matplotlib-2.2.5 | 6 KB |

############################################################################

| 100% intel-openmp-2020.1 | 1.6 MB |

############################################################################

| 100% sqlite-3.30.1 | 1.1 MB |

############################################################################

| 100% terminado-0.8.3 | 22 KB |

############################################################################

| 100% pandocfilters-1.4.2 | 9 KB |

############################################################################

| 100% jinja2-2.11.2 | 93 KB |

############################################################################

| 100% nbformat-4.4.0 | 91 KB |

############################################################################

| 100% libblas-3.8.0 | 3.6 MB |

############################################################################

| 100% hdf4-4.2.13 | 1014 KB |

############################################################################

| 100% tornado-5.1.1 | 640 KB |

############################################################################

| 100% pyzmq-19.0.0 | 414 KB |

############################################################################

| 100% webencodings-0.5.1 | 12 KB |

############################################################################

| 100% libcblas-3.8.0 | 3.6 MB |

############################################################################

| 100% regex-2019.01.24 | 326 KB |

############################################################################

| 100% pytest-cov-2.10.1 | 20 KB |

############################################################################

| 100% ipython-5.8.0 | 1.1 MB |

############################################################################

| 100% libgd-2.1.1 | 744 KB |

############################################################################

| 100% numpy-1.16.5 | 3.9 MB |

############################################################################

| 100% snowballstemmer-2.0. | 55 KB |

############################################################################

| 100% sphinx_rtd_theme-0.5 | 2.7 MB |

############################################################################

| 100% prometheus_client-0. | 44 KB |

############################################################################

| 100% kiwisolver-1.1.0 | 67 KB |

############################################################################

| 100% nbsphinx-0.3.5 | 18 KB |

############################################################################

| 100% urllib3-1.25.10 | 92 KB |

############################################################################

| 100% cycler-0.10.0 | 9 KB |

############################################################################

| 100% jupyter_core-4.6.3 | 94 KB |

############################################################################

| 100% qtconsole-4.7.7 | 88 KB |

############################################################################

| 100% pysocks-1.7.1 | 26 KB |

############################################################################

| 100% pyshp-1.2.12 | 22 KB |

############################################################################

| 100% iso8601-0.1.13 | 12 KB |

############################################################################

| 100% chardet-3.0.4 | 193 KB |

############################################################################

| 100% configparser-3.7.3 | 36 KB |

############################################################################

| 100% prompt_toolkit-1.0.1 | 154 KB |

############################################################################

| 100% scandir-1.10.0 | 29 KB |

############################################################################

| 100% simplegeneric-0.8.1 | 7 KB |

############################################################################

| 100% enum34-1.1.10 | 49 KB |

############################################################################

| 100% backports.shutil_whi | 6 KB |

############################################################################

| 100% backports.functools_ | 8 KB |

############################################################################

| 100% nose-1.3.7 | 240 KB |

############################################################################

| 100% unidecode-1.1.1 | 157 KB |

############################################################################

| 100% curl-7.65.3 | 111 KB |

############################################################################

| 100% gsw-3.0.3 | 2.7 MB |

############################################################################

| 100% freetype-2.10.1 | 927 KB |

############################################################################

| 100% liblapack-3.8.0 | 3.6 MB |

############################################################################

| 100% docutils-0.16 | 742 KB |

############################################################################

| 100% python-dateutil-2.8. | 220 KB |

############################################################################

| 100% singledispatch-3.4.0 | 11 KB |

############################################################################

| 100% backports.shutil_get | 7 KB |

############################################################################

| 100% openssl-1.0.2u | 4.7 MB |

############################################################################

| 100% sip-4.18.1 | 263 KB |

############################################################################

| 100% pygments-2.5.2 | 669 KB |

############################################################################

| 100% ca-certificates-2020 | 184 KB |

############################################################################

| 100% tblib-1.6.0 | 14 KB |

############################################################################

| 100% winpty-0.4.3 | 1.1 MB |

############################################################################

| 100% functools32-3.2.3.2 | 15 KB |

############################################################################

| 100% traitlets-4.3.3 | 128 KB |

############################################################################

| 100% win_inet_pton-1.1.0 | 7 KB |

############################################################################

| 100% alabaster-0.7.12 | 15 KB |

############################################################################

| 100% zlib-1.2.11 | 117 KB |

############################################################################

| 100% importlib-metadata-1 | 41 KB |

############################################################################

| 100% pyopenssl-19.0.0 | 79 KB |

############################################################################

| 100% requests-2.24.0 | 47 KB |

############################################################################

| 100% importlib_metadata-1 | 3 KB |

############################################################################

| 100% pywin32-221 | 6.0 MB |

############################################################################

| 100% smmap2-3.0.1 | 5 KB |

############################################################################

| 100% jpeg-9c | 307 KB |

############################################################################

| 100% cryptography-2.5 | 547 KB |

############################################################################

| 100% colorama-0.4.3 | 17 KB |

############################################################################

| 100% pickleshare-0.7.5 | 12 KB |

############################################################################

| 100% hdf5-1.10.3 | 18.4 MB |

############################################################################

| 100% sphinx-1.8.5 | 1.9 MB |

############################################################################

| 100% gridded-0.2.5 | 281 KB |

############################################################################

| 100% gitdb2-2.0.6 | 46 KB |

############################################################################

| 100% backports-1.0 | 4 KB |

############################################################################

| 100% defusedxml-0.6.0 | 22 KB |

############################################################################

| 100% smmap-3.0.4 | 22 KB |

############################################################################

| 100% pytz-2020.1 | 227 KB |

############################################################################

| 100% icu-58.2 | 21.9 MB |

############################################################################

| 100% funcsigs-1.0.2 | 14 KB |

############################################################################

| 100% mkl-2020.1 | 99.3 MB |

############################################################################

| 100% six-1.15.0 | 14 KB |

############################################################################

| 100% ipywidgets-7.5.1 | 101 KB |

############################################################################

| 100% pyrsistent-0.15.7 | 73 KB |

############################################################################

| 100% pycparser-2.20 | 94 KB |

############################################################################

| 100% ipython_genutils-0.2 | 21 KB |

############################################################################

| 100% pathlib2-2.3.5 | 33 KB |

############################################################################

| 100% brotlipy-0.7.0 | 349 KB |

############################################################################

| 100% bzip2-1.0.8 | 111 KB |

############################################################################

| 100% coverage-5.0.4 | 278 KB |

############################################################################

| 100% colander-1.7.0 | 262 KB |

############################################################################

| 100% pandoc-2.11.0.1 | 18.7 MB |

############################################################################

| 100% pyqt-5.6.0 | 4.2 MB |

############################################################################

| 100% jsonschema-3.2.0 | 105 KB |

############################################################################

| 100% pywinpty-0.5.7 | 45 KB |

############################################################################

| 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: | Enabling notebook extension jupyter-js-widgets/extension...

  • Validating: ok

done

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>git clone https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary.git Cloning into 'OilLibrary'... remote: Enumerating objects: 160, done. remote: Counting objects: 100% (160/160), done. remote: Compressing objects: 100% (76/76), done. remote: Total 1190 (delta 88), reused 132 (delta 83), pack-reused 1030 Receiving objects: 100% (1190/1190), 4.02 MiB | 2.15 MiB/s, done. Resolving deltas: 100% (723/723), done.

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome>cd OilLibrary

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>python setup.py install running install running bdist_egg running egg_info creating oil_library.egg-info writing oil_library.egg-info\PKG-INFO writing top-level names to oil_library.egg-info\top_level.txt writing dependency_links to oil_library.egg-info\dependency_links.txt writing entry points to oil_library.egg-info\entry_points.txt writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' reading manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' writing manifest file 'oil_library.egg-info\SOURCES.txt' installing library code to build\bdist.win-amd64\egg running install_lib running build_py OilLibrary database generation failed Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 208, in zip_safe=False, File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools__init__.py",

line 145, in setup return distutils.core.setup(**attrs) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\core.py",

line 151, in setup dist.run_commands() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 953, in run_commands self.run_command(cmd) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py",

line 67, in run self.do_egg_install() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install.py",

line 109, in do_egg_install self.run_command('bdist_egg') File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py",

line 172, in run cmd = self.call_command('install_lib', warn_dir=0) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\bdist_egg.py",

line 158, in call_command self.run_command(cmdname) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\site-packages\setuptools\command\install_lib.py",

line 11, in run self.build() File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\command\install_lib.py",

line 109, in build self.run_command('build_py') File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\cmd.py",

line 326, in run_command self.distribution.run_command(command) File

"C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome\lib\distutils\dist.py",

line 972, in run_command cmd_obj.run() File "setup.py", line 160, in run init_db() File "setup.py", line 88, in init_db import oil_library.initializedb File "C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary\oil_library__init__.py", line 12, in from sqlalchemy import create_engine ImportError: No module named sqlalchemy

(gnome) C:\Users\smrahman\PyGnome\OilLibrary>conda install --file conda_requirements.txt Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done

==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.7.12 latest version: 4.8.5

Please update conda by running

$ conda update -n base -c defaults conda

Package Plan

environment location: C:\Users\smrahman\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\gnome

added / updated specs:

  • awesome-slugify[version='>=1.6.5']
  • backports.functools_lru_cache[version='>=1.5']
  • future
  • gitpython
  • numpy[version='>=1.16.*']
  • pathlib
  • pynucos[version='>=2.7.4']
  • pytest[version='>=2.9.2']
  • python=2.7
  • scipy[version='>=0.18.1']
  • sqlalchemy[version='>=1.3.7']
  • zope.sqlalchemy[version='>=1.1']

The following packages will be downloaded:

package build
future-0.18.2 py27h8c360ce_1 746 KB conda-forge
pathlib-1.0.1 py27h8c360ce_2 27 KB conda-forge
sqlalchemy-1.3.13 py27h0c8e037_0 1.7 MB conda-forge
transaction-2.4.0 py_0 36 KB co
ChrisBarker-NOAA commented 4 years ago

if you can't import gnome, then you haven't installed it properly, or, more likely, you are running Jupyter in a different conda environment than where you installed gnome.

I just googled "jupyter conda environments"

and found this -- maybe it will be helpful.

https://www.osc.edu/resources/getting_started/howto/howto_use_a_conda_environment_with_jupyter

There are some other hits from that search that might help as well

Note that there are a number of sample scripts in the "scripts" dir --not well organised or documented, but there are examples there.

Also incomplete, but here's a place to start as well:

https://gnome.orr.noaa.gov/doc/pygnome/scripting.html

-CHB

smrahmanbd commented 4 years ago

Dear Sir: Now, the pygnome is working fine. I was following the scripts of the link : https://gnome.orr.noaa.gov/doc/pygnome/scripting/scripting_intro.html It was going fine. But the following code under "Step through the model and view data" x=[] y=[] for step in model: positions = model.get_spill_property('positions') x.append(positions[:,0]) y.append(positions[:,1]) was giving the following error: WindowsError: [Error 32] The process cannot access the file because it is being used by another process: './.\anim.gif' Please help me in this regard. I will highly appreciate your kind support in this regard. With best regards. Syed

ChrisBarker-NOAA commented 4 years ago

Sounds like Aggressive Windows file locking.

Any chance you have that animated gif open in another application?

the gif is created by the Renderer -- if you don't want the model run rendered, you can not add that to your model.

ChrisBarker-NOAA commented 3 years ago

NOTE: I just realized that you may be running in a Jupyter notebook -- in that case, the gif file may not have been closed -- try restarting the kernel and running again.

Closing for now -- if you have more questions, you can open another issue.

smrahmanbd commented 3 years ago

Thank you.

On Tue, Nov 24, 2020 at 3:12 AM Chris Barker notifications@github.com wrote:

NOTE: I just realized that you may be running in a Jupyter notebook -- in that case, the gif file may not have been closed -- try restarting the kernel and running again.

Closing for now -- if you have more questions, you can open another issue.

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/NOAA-ORR-ERD/OilLibrary/issues/23#issuecomment-732499327, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ACOBTVJMNT4J22VIF7EYDXTSRL27FANCNFSM4SSLV2HA .

-- Thank you. Sincerely, Syed

Syed Masiur Rahman PhD Research Engineer-III Center for Environment & Water, Research Institute King Fahd University of Petroleum & Minerals P. O. Box 713, Dhahran 31261 Saudi Arabia