WU-CRISPR: characteristics of functional guide RNAs for the CRISPR/Cas9 system

[NagiYoshitsugu]

書誌情報

一言でいうと

CRISPR/Cas9におけるsgRNAの有効性と特異性を決定するため，CRISPR RNA-seqデータを解析し，配列特徴を同定した．この特徴を踏まえてsgRNAをデザインするツール，WU-CRISPRを開発した．

論文リンク

https://doi.org/10.1186/s13059-015-0784-0

著者

Nathan Wong, Weijun Liu & Xiaowei Wang

ジャーナル/会議名

Genome Biology

出版日(yyyy/MM/dd)

2015/11/02

背景

結果

• シード配列（18-20位）のアクセス性が重要
• sgRNA自身が二次構造を持つと活性が低下 （メモ）RNAは概ね10塩基以上で二次構造を取り始め，20塩基を超えると安定的な二次構造を形成する
• GC含量が高め（0.61），非機能RNAは0.57
• 反復塩基（AAAAA, CCCCC, GGGG, UUUU）はDNAオリゴの合成効率が低くなる とくにGGGGはグアニン四重鎖を形成しガイドへのアクセスが悪くなる UUUUはU6プロモーターを認識するRNAポリメラーゼⅢの転写終了シグナルとなるため解析対象から除外したが，UUUも活性が低下した（とくに最後の6塩基）
• 塩基の含有率は表1．Aの含有量は活性を向上させ，GG・GGGは活性を低下させた