Evaluation of efficiency prediction algorithms and development of ensemble model for CRISPR/Cas9 gRNA selection

[NagiYoshitsugu]

書誌情報

一言でいうと

CRISPR/Cas9のgRNA設計について，16のデータセット用いて15のアルゴリズムの比較分析を行った．上位のアルゴリズムを用いてアンサンブルモデルを構築した．

論文リンク

https://www.doi.org/10.1093/bioinformatics/btac681

著者

Yuhao Chen, Xiaowei Wang

ジャーナル/会議名

Bioinformatics

出版日(yyyy/MM/dd)

2022/10/13

概要

背景

新規性

用いているデータセットや提案手法(簡潔に、詳細は結果の項目で)

研究として評価されている点(新規性で述べた点以外で)

Limitationや疑問・コメント(批判的なコメントも書くこと)

Graphical Absrtract(ある場合は適切なところに入れること)

結果

1. 提案手法

2. 実験

• 既存手法と提案手法の差分を示すためにどのような実験が行われたのかについてまとめる。

2-i データ

• input/output の形式, サンプル数, 取得方法

2-ii. 評価指標

• Accuracy, AUROC, MSE etc… 。評価指標が独特な場合はその算出方法についても触れる。

3.結果(実験と同時に書いてもいい)

Fig.1 15のアルゴリズムのスピアマン相関係数による性能比較．行がアルゴリズム，列がデータセット．グレーは自身のトレーニングデータ． Fig. 2 15のアルゴリズムのROC分析による性能比較．行がアルゴリズム，列がデータセット．グレーは自身のトレーニングデータ．